BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G06490.1
Length=5991
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg470669 jgi|Araly1|470669|fgenesh2_kg.1__623__AT1G06490.1 9461 0.0
Ahg325786 jgi|Araly1|325786|fgenesh1_pm.C_scaffold_6001006 76.8 2e-12
> Ahg470669 jgi|Araly1|470669|fgenesh2_kg.1__623__AT1G06490.1
Length=5814
Score = 9461 bits (5123), Expect = 0.0
Identities = 5592/5820 (96%), Gaps = 26/5820 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCGAGTACTAGTAGTGGTGGAAGAGGCGAAGATGGGCGGCCGCCGCAAATGCAGCCA 60
||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCGAGTAC---TAGTGGTGGTAGAGCCGAAGATGGGCGGCCGCCGCAAATGCAGCCA 57
Query 61 GTTCGGTCTATGTCTCGGAAGATGACACGAGCTGGTACGATGATGATTGAGCATCCTAAT 120
||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||
Sbjct 58 GTTCGGTCTATGTCTCGGAGGATGACACGAGCTGGGACCATGATGATTGATCATCCTAAT 117
Query 121 GAAGATGAAAGAC-CAATTGACAGCGAGCTTGTTCCTTCTTCTCTCGCTTCCATTGCTCC 179
||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 118 GAAGATGAAAG-CGCAATTGACAGCGAGCTTGTTCCTTCTTCTCTCGCTTCCATTGCTCC 176
Query 180 TATTCTTCGAGTTGCTAATGATATTGACCAAGATAACGCAAGGGTTGCTTACCTTTGTCG 239
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 177 CATTCTTCGTGTTGCTAATGATATTGAAGAAGATAACCCAAGGGTTGCTTACCTTTGTCG 236
Query 240 CTTCCATGCATTTGAGAAGGCTCATCGAATGGATCCAACATCAAGCGGACGAGGCGTTCG 299
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 237 CTTCCATGCATTTGAGAAGGCTCATAGAATGGATCCAACATCAAGTGGACGAGGCGTTCG 296
Query 300 TCAATTTAAGACTTATCTATTGCACAAGCTAGAGGAGGAGGAAGAGATTACAGAACATAT 359
|||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 297 TCAATTTAAGACCTATCTATTGCACAAGCTAGAGAAGGAGGAAGAGATTACAGAACCCAT 356
Query 360 GTTGGCGAAGAGTGACCCAAGAGAAATTCAGCTCTACTATCAGACGTTCTATGAGAATAA 419
|||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 357 GTTGGCGAAGAGTGACCCGAGAGAAATTCAGTTGTACTATCAGACCTTCTATGAGAATAA 416
Query 420 TATACAAGATGGAGAAGGGAAAAAGACACCGGAGGAGATGGCCAAGCTTTACCAGATAGC 479
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 417 TATACAAGAAGGAGAAGGGAAAAAGACACCGGAGGAGATGGCCAAGCTTTACCAGATAGC 476
Query 480 GACAGTCTTGTATGATGTTTTAAAGACAGTGGTTCCTCAAGCAAGAATTGACGACAAGAC 539
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 477 GACAGTCTTGTATGATGTTTTAAAGACAGTGGTTCCTCAAGCAAGAATTGACGAGAAGAC 536
Query 540 CCTTAGGTATGCCAAAGAAGTTGAAAGAAAGAAAGAACAGTATGAACACTACAACATTCT 599
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 537 CCTTAGATATGCCAAAGAAGTTGAAAGAAAGAAAGAACAGTATGAACACTACAACATTCT 596
Query 600 TCCGCTGTACGCTTTAGGGGCTAAAACTGCAGTAATGGAACTCCCTGAGATTAAGGCGGC 659
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 597 TCCGCTGTACGCTTTAGGAGCTAAAACTGCAGTAATGGAACTCCCTGAGATTAAGGCGGC 656
Query 660 AATTCTTGCTGTCTGCAATGTGGACAATCTTCCTCGACCAAGATTCCATTCAGCCTCAGC 719
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 657 AATTCTTGCTGTCTGCAATGTTGACAATCTTCCTCGGCCAAGATTCCATTCAGCCTCAGC 716
Query 720 TAACCTGGATGAAGTGGATAGAGAAAGAGGCAGATCTTTTAATGATATTCTCGAGTGGCT 779
||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 717 TAACCTGGATGAAGTGGGTAGAGAAAGAGGCAGATCCTTTAATGACATTCTCGAGTGGCT 776
Query 780 TGCTTTGGTTTTCGGTTTTCAGCGAGGAAATGTAGCTAATCAGAGGGAGCATCTTATACT 839
| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 777 TTCTTTGGTTTTTGGTTTTCAGCGAGGAAATGTAGCTAATCAGAGGGAGCATCTCATACT 836
Query 840 GCTACTTGCCAACATCGATGTGAGGAAGAGGGATCTCGAGAATTATGTCGAGATAAAGCC 899
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 837 GCTACTTGCCAACATCGATGTGAGGAAGAGGGATCTTGAGAATTATGTTGAGCTAAAGCC 896
Query 900 TAGCACCGTGCGGAAATTGATGGAAAAATACTTCAAGAATTACAATTCATGGTGCAAGTA 959
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 897 TAGCACCGTGCGGAAGTTGATGGAAAAATACTTCAAGAATTACAGGTCATGGTGCAAGTA 956
Query 960 TTTGCGGTGTGACTCATATTTGAGGTTTCCTGCAGGTTGTGATAAGCAACAACTGAGCCT 1019
|||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 957 TTTGCGGTGTGAGTCATATTTGAGATTTCCTCCAGGTTGCGATGAGCAACAACTGAGCCT 1016
Query 1020 TCTGTATATCGGCCTTTATCTTCTCATATGGGGAGAAGCATCAAATGTCCGCTTCATGCC 1079
| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 TTTGTATATCAGCCTTTATCTTCTCATATGGGGTGAAGCATCAAATGTCCGCTTCATGCC 1076
Query 1080 TGAATGCCTTTGCTACATTTTCCACAATATGGCCAATGAAGTCCATGGAATTCTGTTTGG 1139
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1077 TGAATGTCTTTGCTACATTTTCCACAATATGGCCAATGAAGTTCATGGAATTCTGTTTGG 1136
Query 1140 CAATGTGTACCCTGTAACTGGGGACACATATGAGGCAGGTGCACCGGACGAAGAAGCATT 1199
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 1137 AAATGTGTACCCTGTAACTGGGGACACATATGAGGCAGGTGCACCTGACGAAGAGGCATT 1196
Query 1200 CTTAAGGAATGTTATAACACCAATCTACCAGGTCTTACGCAAGGAAGTCAGGAGAAACAA 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
Sbjct 1197 CTTAAGGAATGTTATAACACCAATCTACCAGGTCTTACGTAAGGAAGTCAGGAGAAAC-A 1255
Query 1260 AAAT-GGAAAGGCAAGCCATTCAAAATGGAGAAACTATGATGATCTGAATGAGTACTTTT 1318
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 AAATGGGAAAGGCAAGCCATTCAAAATGGAGAAACTATGATGATCTGAATGAGTACTTTT 1315
Query 1319 GGGATAAGAGGTGTTTTAGGCTGAAATGGCCAATGAACTTTAAGGCAGATTTTTTCATCC 1378
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1316 GGGATAATAGGTGTTTTAGGCTGAAATGGCCAATGAACTCTAAGGCAGATTTTTTCATCC 1375
Query 1379 ACACTGATGAGATCTCGCAAGTTCCGAATCAGAGACATGACCAAGTGTCTCATGGAAAAA 1438
|||||||||||||||| | | |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1376 ACACTGATGAGATCTCACCACTTCCGAATGAGAGACATGACCAAGTATCTCATGGAAAAA 1435
Query 1439 GGAAACCTAAAACTAATTTTGTTGAAGCTCGCACGTTTTGGAACCTCTATCGAAGTTTCG 1498
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1436 GGAAACCTAAAACTAATTTTGTTGAAGCCCGCACGTTTTGGAACCTCTATCGAAGTTTCG 1495
Query 1499 ACCGAATGTGGATGTTCCTTGTATTGTCTCTACAGACTATGATAATAGTTGCATGGCACC 1558
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1496 ACCGAATGTGGATGTTCCTTGTATTGTCTCTACAGACTATGATAATAGTTGCATGGCATC 1555
Query 1559 CGTCAGGATCTATTCTTGCCA-TTTTTACTGAGGATGTCTTTAGAAACGTGTTGACCATT 1617
| |||||||| |||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1556 CATCAGGATCCATTCTTGCCATTTTTTA-TAAGGATGTCTTTAGAAACGTGTTAACCATT 1614
Query 1618 TTCATAACTTCAGCTTTTCTCAATCTTCTACAAGCGACACTGGATTTAGTTCTTAGTTTT 1677
||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1615 TTCATCACTTCAGCTTTTCTTAATCTTCTACAAGCGACACTGGATTTAATTCTTAGTTTT 1674
Query 1678 GGTGCTTGGAAGAGCCTAAAGTTTTCCCAAATTATGCGGTACATCACAAAATTTTTAATG 1737
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1675 GGTGCTTGGAAGAGCCTAAAGTTTTCCCAAATTATGCGATACATCACAAAATTTTTAATG 1734
Query 1738 GCAGCCATGTGGGCCATCATGTTGCCAATTACTTACTCGAAGTCAGTCCAGAATCCTACT 1797
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1735 GCAGCCATGTGGGCCATCATGTTGCCAATTACTTACTCGAAGTCAGTCCAGAATCCAACT 1794
Query 1798 GGACTAATAAAGTTCTTCAGCAGCTGGGTTGGGAGTTGGCTTCACCGGTCGTTATACGAC 1857
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||
Sbjct 1795 GGACTAATAAAGTTCTTCAGCAGCTGGGTTGGGAGTTGGCTTCACCAGTCATTATACAAC 1854
Query 1858 TATGCTATTGCCTTGTATGTCTTACCAAATATTTTGGCTGCTGTGTTTTTCTTACTTCCA 1917
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1855 TATGCTATTGCCTTATATGTCTTACCAAATATTTTGGCTGCTGTGTTTTTCTTACTTCCA 1914
Query 1918 CCTCTGCGGAGAATCATGGAGCGATCAAACATGCGGATTGTCACACTTATCATGTGGTGG 1977
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1915 CCTCTGCGGAGAATCATGGAGCGATCAAACATGCGAATTGTCACACTTATCATGTGGTGG 1974
Query 1978 GCTCAGCCAAAATTGTATATTGGTAGAGGAATGCATGAAGAAATGTTTGCACTTTTCAAG 2037
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1975 GCTCAGCCTAAATTGTATATTGGTAGAGGAATGCATGAAGAAATGTTTGCACTTTTCAAG 2034
Query 2038 TATACATTCTTTTGGGTCATGCTGTTACTTAGCAAGCTCGCTTTCAGCTACTATGTGGAG 2097
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2035 TATACATTCTTTTGGGTCATGCTGTTACTAAGCAAGCTCGCTTTCAGCTACTATGTGGAG 2094
Query 2098 ATATTACCACTTGTCAACCCAACTAAGTTAATATGGGATATGCATGTCGTAAATTACGAG 2157
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2095 ATATTACCACTTGTCAACCCAACGAAGTTAATATGGGATATGCATGTCGTAAATTACCAG 2154
Query 2158 TGGCATGAGTTCTTTCCAAATGCCACTCATAACATTGGGGTAATCATCGCCATATGGGGT 2217
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2155 TGGCACGAGTTCTTTCCAAATGCCACTCATAACATTGGGGTAATCATCTCCATATGGGGT 2214
Query 2218 CCAATTGTCTTGGTTTACTTTATGGATACGCAAATATGGTATGCCATATTCTCTACTCTT 2277
||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2215 CCAATCGTCTTGGTTTATTTTATGGATACACAAATATGGTATGCCATATTCTCTACTCTA 2274
Query 2278 TTTGGAGGGATATATGGAGCCTTCAGCCATCTCGGGGAGATACGCACACTTGGAATGTTG 2337
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2275 TTTGGTGGGATATATGGAGCTTTCAGCCATCTCGGGGAGATACGCACACTTGGAATGTTG 2334
Query 2338 CGGTCCAGATTTAAAGTTGTTCCATCTGCTTTCTGT-TCTAAACTTACACCGTTACCTCT 2396
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 2335 CGGTCCAGATTTAAACTTGTTCCATCTGCTTTCTGTAT-TAAACTTACACCGTTACCTCT 2393
Query 2397 AGGTCATGCAAAGAGAAAGCACTTGGACGAAACGGTGGACGAAAAAGACATTGCGAGGTT 2456
||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2394 CGGTCATGCAAAGAGAAAGCACTTGGACGACACAGTGGACGAAGAAGACATTGCGAGGTT 2453
Query 2457 CTCACAGATGTGGAATAAGTTCATACATACTATGCGGGATGAAGATCTGATCAGCGATAG 2516
||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2454 CTCACAGGTGTGGAATAAGTTCATACTTACTATGCGGGATGAAGATCTGATCAGCGATAG 2513
Query 2517 GGAAAGAGATTTGCTACTTGTACCTTCGTCTTCTGGAGATGTTACTGTTGTGCAATGGCC 2576
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2514 AGAAAGAGATTTGCTACTTGTACCTTCGTCTTCTGGAGATGTTTCTGTTGTGCAATGGCC 2573
Query 2577 TCCTTTCTTGCTTGCTAGCAAGATTCCAATAGCATTAGACATGGCTAAAGATTTCAAGGG 2636
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2574 TCCTTTCTTGCTTGCTAGCAAGATTCCAATAGCATTAGACATGGCTAAAGATTTCAAGGG 2633
Query 2637 AAAAGAGGACGTTGACTTATTCAAGAAAATCAAAAGCGAATACTATATGCATTACGCAGT 2696
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2634 AAAAGAGGACGTTGACTTATTCAAGAAAATTAAAAGCGAATACTACATGCATTACGCAGT 2693
Query 2697 GGTTGAGGCTTATGAAACCGTGAGAGACATAATATATGGCCTTCTTCAAGATGAATCTGA 2756
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2694 GGTTGAGGCTTATGAAACCGTGAGAGACATAATATATGGCCTTCTTCAAGATGAATCTGA 2753
Query 2757 TAAGAGGATTGTAAGGGAGATTTGCTACGAAGTAGATATTAGCATCCAACAACACAGATT 2816
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||
Sbjct 2754 TAAGAGGATTGTAAGGGAGATTTGCTATGAAGTAGATGTTAGCATCCAACAACATAGATT 2813
Query 2817 TTTAAGTGAATTCCGGATGACTGGTATGCCTTTGCTCAGTGACAAGCTAGAGAAATTCTT 2876
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2814 TTTAAGTGAATTCCGGATGACTGGTATGCCTTTGCTCAGTGACAAGCTAGAGAAATTCTT 2873
Query 2877 AAAAATCCTGCTAAGTGATTATGAGGAAGATGA---TTACAAGTCTCAGATTATCAATGT 2933
||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2874 AAAAATCCTGCTAAGTGATTACGAGGAAGATGAAACTTACAAGTCTCAGATAATCAATGT 2933
Query 2934 TCTCCAGGATATTATTGAAATCATCACCCAGGATGTCATGGTTAACGGTCACGAAATCCT 2993
||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2934 TCTCCAGGATATTATTGAAATCATCACGCAAGATGTTATGGTTAACGGTCACGAAATCCT 2993
Query 2994 TGAAAGGGCTCATTTACAGAGTGGTGATATTGAAAGCGACAAGAAAGAACAA-------A 3046
||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 2994 TGAAAGGGCTCATTTTCAAAGTGGTGATATTGAAAGCGACAAGAAACAACAACGGTTTGA 3053
Query 3047 -----GGTTTGAAAAGATAGATCTTAGTTTGACTCAGAACATATCCTGGAGGGAAAAGGT 3101
|||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 3054 ACAACGGTTTGAAAAGATAGATCTTCGTCTGACTCAGAACGTATCTTGGAGGGAAAAGGT 3113
Query 3102 TGTAAGACTTTTGTTACTTTTGACTGTTAAAGAATCCGCAATAAATATCCCTCAAAGTTT 3161
||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3114 TGTAAGACTTTTGTTACTTCTGACCGTTAAAGAATCCGCAATAAATATCCCACAAAGTTT 3173
Query 3162 GGAAGCTCGTCGTCGTATGACATTCTTTGCAAATTCCTTATTCATGAATATGCCAGATGC 3221
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3174 GGAAGCTCGTCGTCGTATGACATTCTTTGCAAATTCCTTATTCATGAATATGCCAGATGC 3233
Query 3222 TCCCCGAGTTCGTGACATGTTATCCTTTAGTGTCTTAACTCCTTATTACAAAGAGGATGT 3281
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3234 TCCCCGAGTTCGTGACATGTTATCCTTTAGTGTCTTAACTCCTTATTACAAAGAGGATGT 3293
Query 3282 TCTCTATTCGGAGGAAGAACTGAACAAGGAAAACGAAGATGGAATAACTATTTTGTTTTA 3341
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3294 TCTCTATTCGGAGGAAGAACTGAACAAGGAAAATGAAGATGGAATAACTATTTTGTTTTA 3353
Query 3342 CCTACAGAGGATATATCCTGAGGAATGGTCAAACTATTGCGAACGTGTAAATGATTTGAA 3401
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3354 CCTACAGAGGATATATCCTGAGGAATGGTCAAACTATTGCGAACGTGTAAATGATTTGAA 3413
Query 3402 ACGCAACTTATCTGAGAAAGACAAGGCAGAGCAACTCCGCCAATGGGTATCTTATAGAGG 3461
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3414 ACGGAATTTATCTGAGAAAGACAAGGCAGAGCAACTCCGCCAATGGGTATCTTATAGAGG 3473
Query 3462 CCAGACTCTTTCAAGGACAGTTAGGGGAATGATGTACTACAGAGTGGCTCTCGAACTTCA 3521
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3474 CCAGACCCTTTCAAGGACAGTTAGGGGAATGATGTACTACAGAGTGGCTCTCGAACTTCA 3533
Query 3522 ATGTTTCCAGGAATACACTGAAGAAAACGCTACCAATGGTGGCTATCTTCCCTCAGAATC 3581
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3534 ATGTTTCCAGGAATACACTGGAGAAAACGCTACCAATGGTGGCTTTCTTCCCTCAGAATC 3593
Query 3582 AAATGAAGATGATCGAAAGGCTTTTAGTGACCGTGCACGAGCTCTTGCAGATTTAAAATT 3641
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3594 AAATGAAGATGATCGAAAGGCTTTTACTGACCGTGCACGAGCTCTTGCAGATTTAAAATT 3653
Query 3642 TACATATGTCGTGTCCTGTCAGGTCTATGGGAACCAGAAAAAGTCAAGTGAAAGCCGAGA 3701
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3654 CACATATGTCGTGTCATGTCAGGTCTATGGGAACCAGAAAAAGTCAAGTGAAAGCCGGGA 3713
Query 3702 CCGGAGTTGTTACAATAACATTTTACAGCTCATGCTAAAGTATCCGTCATTGCGTGTTGC 3761
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3714 CCGTAGTTGTTACAATAACATTTTACAGCTCATGCTAAAGTATCCGTCCTTGCGTGTTGC 3773
Query 3762 CTATATAGATGAAAGGGAGGAGACAGTTAATGGAAAATCACAGAAAGTATTCTACTCTGT 3821
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3774 CTATATAGATGAAAGGGAGGAGACAGTTAATGGAAAATCACAGAAAGTATTCTACTCTGT 3833
Query 3822 GCTACTCAAAGGATGTGACAAATTGGATGAGGAAATATATCGTATCAAACTTCCCGGCCC 3881
||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3834 GCTGCTCAAAGGATGTGACAAATTAGATGAGGAAATATATCGTATCAAACTTCCCGGCCC 3893
Query 3882 TCCCACTGAAATTGGTGAAGGAAAACCCGAGAATCAAAACCATGCCATCATTTTCACTCG 3941
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3894 TCCCACTGAAATTGGTGAAGGAAAACCTGAGAATCAAAACCATGCCATCATTTTCACTCG 3953
Query 3942 CGGTGAAGCACTCCAGACCATAGACATGAACCAGGACAACTACTTTGAAGAGTGTTTCAA 4001
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3954 CGGTGAAGCACTCCAGACCATAGACATGAACCAGGACAACTACTTTGAAGAGTCTTTCAA 4013
Query 4002 AATGAGAAACGTGCTACAAGAATTTGATGAAGGTCGACGTGGCAAGAGAAATCCTACAAT 4061
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4014 AATGAGAAACGTGCTACAAGAATTTGATGAAGGTCGACGTGGCAAGAGAAATCCTACAAT 4073
Query 4062 TTTGGGTCTTCGTGAACACATATTTACTGGAAGTGTTTCTTCACTTGCTTGGTTCATGTC 4121
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 4074 TTTGGGTCTTCGTGAACACATATTTACTGGAAGTGTTTCTTCACTTGCTTGGTTTATGTC 4133
Query 4122 GAATCAAGAAACAAGTTTTGTAACCATTGGCCAACGTGTTCTGGCAAATCCTCTGAGGGT 4181
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4134 GAATCAAGAAACAAGTTTCGTAACCATCGGCCAACGTGTTCTGGCAAATCCTCTGAGGGT 4193
Query 4182 GCGTTTCCATTATGGCCATCCTGATATATTTGATAGAATCTTCCACATCACAAGAGGAGG 4241
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 4194 GCGTTTCCATTATGGCCATCCTGATATATTTGATAGAATCTTCCACATCACAAGGGGAGG 4253
Query 4242 CATTAGCAAGGCTTCAAAGATAATAAACTTAAGCGAAGATATCTTTGCAGGGTACAATTC 4301
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4254 CATTAGCAAGGCTTCAAAGATAATAAACTTAAGCGAAGATATCTTTGCAGGGTACAATTC 4313
Query 4302 AACTCTTCGTGGGGGTTACGTCACACATCACGAGTATATTCAAGCAGGGAAAGGTCGTGA 4361
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 4314 AACTCTTCGTGGGGGTTATATCACACATCACGAGTATATTCAAGCAGGGAAAGGGCGTGA 4373
Query 4362 TGTAGGGATGAATCAGATTTCGTTTTTTGAAGCCAAAGTTGCGAATGGTAATGGAGAACA 4421
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4374 TGTAGGGATGAATCAGATTTCATTTTTTGAAGCCAAAGTTGCGAATGGTAATGGAGAACA 4433
Query 4422 AACACTAAGTCGTGACGTTTACCGACTTGGACGCCGGTTTGATTTTTACAGGATGCTTTC 4481
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 4434 AACACTAAGTCGTGACGTTTACCGACTTGGACGCCGGTTTGATTTCTACAGGATGCTCTC 4493
Query 4482 ATTCTACTTCACCACAGTTGGTTTCTATTTCAGTAGTATGATAACGGTGCTCACGGTATA 4541
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4494 ATTCTACTTCACCACAGTTGGTTTCTATTTCAGTAGTATGATAACGGTGCTCACGGTATA 4553
Query 4542 TGTGTTCCTTTATGGGCGTCTTTATCTGGTATTGAGCGGATTAGaaaaaaaCATCCTGCA 4601
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 4554 TGTGTTCCTCTATGGGCGTCTTTATCTGGTATTGAGCGGATTAGAAAAGGAGATCCTGCA 4613
Query 4602 AAGTGCAAGTGTACATGAGTCCAATGCCCTTGAGCAGGCACTAGCAGCCCAATCTGTTTT 4661
|||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 4614 AAGTGCAACTGTACATCAGTCCAATGCCCTTGAGCAGGCATTAGCAGCCCAATCTGTTTT 4673
Query 4662 CCAGTTAGGTTTTCTGATGGTTCTACCAATGGTTATGGAAATTGGCCTAGAAAAAGGGTT 4721
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4674 CCAATTAGGTTTTCTGATGGTTCTACCAATGGTTATGGAAATTGGCCTAGAAAAAGGGTT 4733
Query 4722 TCGCACAGCCTTGGGTGATTTCATCATAATGCAGCTGCAGCTTGCCTCTGTTTTCTTCAC 4781
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4734 TCGCACGGCCTTGGGTGATTTCATCATAATGCAGCTTCAGCTTGCCTCTGTTTTCTTCAC 4793
Query 4782 GTTTCAACTGGGAACGAAAGCGCATTACTTTGGAAGGACGATTTTGCATGGAGGCTCTAA 4841
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 4794 GTTTCAGCTTGGAACGAAAGCGCATTACTTTGGAAGGACAATTTTGCATGGAGGCTCTAA 4853
Query 4842 GTACCGAGCAACTGGTCGAGGTTTTGTTGTTTTCCATGCGAAGTTTGCAGAAAACTATAG 4901
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 4854 GTACCGAGCAACTGGTCGAGGGTTTGTTGTTTTCCATGCGAAGTTTGCGGAAAACTACAG 4913
Query 4902 ACTATATTCGCGAAGCCATTTTGTTAAGGGACTGGAGTTGGTCATACTACTAGTTGTGTA 4961
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 4914 ACTATATTCGCGAAGCCATTTTGTTAAGGGACTGGAGTTGGTCATACTACTAGTTGTATA 4973
Query 4962 TCAAGTTTATGGAACTTCGTACCGTAGCTCAAGTACTTATATGTACATCACATTTTCAAT 5021
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||
Sbjct 4974 TCAAGTTTATGGAACTTCATACCGTAGCTCAAGTACTTATCTATACATCACATTTTCTAT 5033
Query 5022 GTGGTTCCTGGTGACTTCTTGGTTGTTTGCTCCATTTATATTCAACCCATCTGGGTTTGA 5081
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5034 GTGGTTCCTGGTGACTTCCTGGTTGTTTGCTCCATTTATATTCAACCCATCTGGGTTTGA 5093
Query 5082 GTGGCAAAAGACGGTGGACGATTGGACTGACTGGAAACGTTGGATGGGAAACCGCGGTGG 5141
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 5094 GTGGCAAAAGACCGTGGACGACTGGACTGACTGGAAACGGTGGATGGGAAACCGTGGTGG 5153
Query 5142 CATAGGAATTGTTCTTGACAAAAGTTGGGAATCATGGTGGGATATAGAGCAAGAACATCT 5201
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 5154 CATAGGAATCGTTCTTGACAAAAGTTGGGAATCATGGTGGGATATAGAGCAAGAACACCT 5213
Query 5202 CAAGCACACAAATTTAAGAGGAAGGGTTCTAGAGATACTTCTCGCTCTGCGTTTTCTCCT 5261
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||
Sbjct 5214 CAAGCACACAAATATAAGAGGAAGGGTTCTAGAGATACTTCTCGCTTTGCGTTTCCTCCT 5273
Query 5262 TTACCAGTATGGAATTGTCTACCACCTCAACATCGCTCGCCGCCACACAACATTTCTGGT 5321
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 5274 TTACCAGTATGGAATTGTCTACCACCTCAACATCGCTCACCGCGACACAACATTTCTGGT 5333
Query 5322 TTATGGACTCTCTTGGGCTATCTTGTTGTCAGTTCTTCTCGTGCTAAAGATGGTATCAAT 5381
||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5334 TTATGGACTCTCTTGGGCTGTCTTGTTGTCTGTTCTTCTCGTGCTAAAGATGGTATCAAT 5393
Query 5382 GGGTAGACGGAAGTTTGGTACAGATTTTCAGGTTATGTTCAGGATTCTCAAGGCACTTCT 5441
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 5394 GGGTAGACGGAAGTTTGGTACAGATTTTCAGGTTATGTTCAGGATTCTCAAAGTGCTTCT 5453
Query 5442 CTTCCTTGGTTTCTTGTCAGTCATGACTGTATTATTTGTCGTCTGCGGCCTCACGATCTC 5501
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||
Sbjct 5454 CTTCCTTGGTTTCTTGTCAGTCATGACAGTATTATTTGTAGTCTGCGGCCTCACGGTCTC 5513
Query 5502 GGATCTCTTTGCCTCCATCCTCGCTTTCTTACCTACTGGCTGGGCTATTCTTCTTATCGG 5561
|||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 5514 GGATCTCTTTGCTTCCATCCTCGCTTTCTTGCCTACTGGATGGGCTCTTCTTCTTATCGG 5573
Query 5562 GCAAGCGCTGCGTAGCGTGTTCAAAGGATTAGGATTCTGGGACTCGGTGAAAGAGCTAGG 5621
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 5574 GCAAGCGCTGCGTAGCGTATTCAAGGGATTAGGATTCTGGGACTCAGTGAAAGAGCTAGG 5633
Query 5622 GAGAGCTTACGAGTATATAATGGGGCTTGTGATATTCACACCCATTGCTGTCTTATCGTG 5681
||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 5634 GAGAGCTTATGAGTACATAATGGGGCTTGTGATATTCACACCCATTGCGGTCTTATCGTG 5693
Query 5682 GTTCCCATTTGTGTCTGAGTTCCAAACTAGATTACTGTTTAATCAAGCCTTCAGTCGCGG 5741
||||||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5694 GTTCCCATTTGTGTCCGAGTTCCAAACCAGACTGTTGTTTAATCAAGCCTTCAGTCGCGG 5753
Query 5742 TCTGCAGATCTCTATGATTCTCGCCGGAAAGAAAGACAAAGAGACACCTTCCACCAAGTA 5801
||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 5754 TCTGCAGATATCTATGATTCTCGCCGGAAGGAAAGACAAAGATACACCTTCCACCAAGTA 5813
> Ahg325786 jgi|Araly1|325786|fgenesh1_pm.C_scaffold_6001006
Length=5709
Score = 76.8 bits (41), Expect = 2e-12
Identities = 52/57 (91%), Gaps = 2/57 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 2572 TGGCCTCCTTTCTTGCTT-GCTAGCAAGATTCCAATAGCATTAGACATGGCTAAAGA 2627
|||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2560 TGGCCTCCCTTCTT-ATTGGCTAGCAAGATTCCAATAGCATTAGACATGGCAAAAGA 2615
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 226975365372
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5