BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G06560.1
Length=2027
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg910344 jgi|Araly1|910344|Al_scaffold_0001_598 2826 0.0
> Ahg910344 jgi|Araly1|910344|Al_scaffold_0001_598
Length=1800
Score = 2826 bits (1530), Expect = 0.0
Identities = 1714/1804 (95%), Gaps = 8/1804 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 46 ATGAGTAAAGCGAGGGTTCTGCTAAAACCCTCTTCCCTCACCACTTGCTTAACCAGAGCC 105
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAGTAAAGCGAGGGTTCTGCTAAAACCCTCTTTGCTCACCACTTGCTTAACCAGAGCC 60
Query 106 AAGGCCTTCTTCTCCTCTGTTTCTCAGTCACGCTCTATCTCTCATCAGATGGAGATGG-G 164
| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 61 TCGACCTTCTTCTCCTCTGTTTCTCAGTTACGCTCTATCTCTCATCAGATGGAGATGGAG 120
Query 165 TCCTTCCGATTCGGAGCGTTACTGTTATGATCCGGTACTGCGATGGAATCCTGAAGTTGA 224
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 121 -CCTTCCGATTCGGAGCGTTACTGTTATGATCCGGTACTGCGATGGAATCCTCAAGTGGA 179
Query 225 AGACTACTTCACTAAAGCTTATGGACCCGATCACTTTGCTCGCATTTCAAAGGCTCTCAC 284
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 AGACTACTTCACTAAAGCTTATGGACCTGATCACTTTGCTCGCATTTCAAAGGCTCTCAC 239
Query 285 GCGCCCATCTTCATACTCCTGCATTAGGGTGAACACTGTTAAAACGACGAGTGATGCGGT 344
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||
Sbjct 240 GCGCCCATCTTCCTACTCCTGCATTAGGGTGAACACAGTTAAAACAACAAGTGATGCTGT 299
Query 345 TATCGAAAAGCTTACGAAAATTTTAAACGACTCGGAGGAGGGCTTGAAGCTAGTACAACC 404
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 300 TATCGAAAAGCTTACAAAAATTTTAAACGATTCGGAGGAGGGCTTGAAGCTCGTACAACC 359
Query 405 AGATGGAAGTAGTCCCGTCACCAAGTGTCAGATACCTGGTTTGGATTATGTTGTCTTT-G 463
|||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 360 AGATGGAAGTAGTCCCATCGCCAAGTGTCAGATACCTGGTTTGGATTATGTTGT-TTTGG 418
Query 464 TCAATGGTTCAGGCCCACATAAG-ATAGAATATGATTCTGGTCTTGAAAACCCTCCAAAG 522
|||||||||||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 419 TCAATGGTTCAGGCCCACAT-AGAATTGAATATGACTCTGGTCTTGAAAACCCTCCCAAG 477
Query 523 GAGGTACTAGTGAGCAGGAAGTGTGCTGAAGCAGTTCTCAGAGGAGCCCAGGTCTATGTG 582
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 478 GAGGTACTAGTGAGCAGGAAGTGTGCTGAAGCAGTTCTAAGAGGAGCCCAGGTCTATGTT 537
Query 583 CCAGGTGTACTGGCTTGCACTGCCCATGTTGAGAAAGGAGATGCGGTTGCTGTCTGTGTT 642
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 CCTGGTGTACTGGCTTGCACTGCCCATGTTGAGAAAGGAGATGCGGTTGCTGTCTGTGTT 597
Query 643 GCTATGGAACAACCTGGTGATGAAGGTGACTGGAGTGTTAATATGACTCGTGGGACCACT 702
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 GCTATGGAACAACCTGGTGATGAAGGTGACTGGAGTGTTAATATGACTCGTGGGACCACT 657
Query 703 CTCCAGGGGCTGCCAACAGATCCTTACTATCGTGAACGCAGTGGACTATATATCGGCATG 762
|||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 CTCCAGGGTCTGTCAACAGATCCTTACTATCGTGAACGCAGTGGACTATATATCGGCATG 717
Query 763 GGAACAGCTATGTTGTCAAGGGCTGGGATGTTTCGTGTTCCTAATGGAATTGCGGTGGAT 822
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 718 GGAACAGCTATGTTGTCAAGGGCTGGGATGTTTCGTGTTCATCATGGAATTGCGGTGGAT 777
Query 823 TTGAACCATAGAGTTTTCAGATTGCCTTCTTTACATAATATCCTTGAGGGGGAAATATTT 882
|||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 778 TTGAGCAATAGAGTTTTCAGATTGCCTTCTTTACATAATGTCCTTGAGGGGGAAATCTTT 837
Query 883 CTTCAAAACCTGCCAAGTATTATTGTTGCTCATGCTCTTGATCCTCAAAAAGGGGAGAGA 942
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 838 CTTCAAAACCTGCCAAGTATTATTGTTGCTCATGCTCTTGATCCTCAGAAAGGGGAGAGA 897
Query 943 ATATTAGATATGTGTGCAGCACCTGGAGGGAAGACTACTGCAATTGCTATACTTATGAAT 1002
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 ATATTAGATATGTGTGCAGCACCTGGAGGGAAGACTACTGCAATTGCTATACTTATGAAT 957
Query 1003 GATGAGGGAGAGATAGTGGCAGCAGATAGATCTCATAACAAGGTGCTGGTTGTCCAGAAC 1062
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||
Sbjct 958 GATGAGGGAGAGATAGTGGCAGCAGATAGATCTCATAACAAGGTGCTGAATGTCCAAAAA 1017
Query 1063 TTGTCTGCTGAAATGGGTTTTACCTGCATAACAACATGTAAATTAGATGCACTAAAATCT 1122
||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1018 TTGTCTGCTGAAATGGGATTAAGCTGCATAACAACATGTAAATTGGATGCACTAAAATCT 1077
Query 1123 GTCTGTCTTCCGA-CCACACTCAATGAGTCCACAATATTAATTAACGGTGATAATAGTAG 1181
|||||| |||| | || ||| |||||| ||||||| | || ||||| |||||||||||||
Sbjct 1078 GTCTGTATTCCAAACC-CACCCAATGATTCCACAACAATAGTTAACAGTGATAATAGTAG 1136
Query 1182 TTCCATGACCAGCCATTCTGAATTATCATCAAACGAGGAAATGACATCTGTTACTTCTAG 1241
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| || |||||||
Sbjct 1137 TTCCATGACCAGCCATTCTGAATTATCATCAAGCGAAGAAATGACATCACTTGCTTCTAG 1196
Query 1242 AAGATCCGAGGCTGACAAATCATGTGAGAAAAATGACAGCACTGAACAGCCAAATGGAGG 1301
|| |||| |||||||||||||||| ||| |||||| |||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 1197 AAAATCCAAGGCTGACAAATCATGGGAGGAAAATGCCAGCCCTGAACAGACAAATGGAGG 1256
Query 1302 GGATAATGTTAGCCAAGCTTACATCAGGAAGAATAAAGGAAGGTTGAAAAATGGTCGTGG 1361
| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1257 GAATAATGTTAGCCAAGCTGACATCAGGAAGAATAAAGGAAGGTTGAAAAATGGTCGCGG 1316
Query 1362 AAGAACTCAATGCCAAGGTGGAAGAGCTGGAAAATCACAAGGTTTCCCGCCTAATAGTTT 1421
|||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 AAGAACTCAATGCCAAGGTGGAAGGGTTGGAAAGTCACAAGGTTTCCCGCCTAATAGTTT 1376
Query 1422 CGATAGGGTCCTTTTAGATGCTCCTTGTTCTGCCCTTGGCTTGAGACCTCGTCTTTTCGC 1481
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 CGATAGGGTTCTTTTAGATGCTCCTTGTTCTGCCCTTGGCTTGAGACCTCGTCTTTTCGC 1436
Query 1482 TGGACTGGAGACTGTTGTATCTTTGAGAAACCATGGATGGTACCAGCGGAAAATGTTGGA 1541
||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 TGGACTGGAGACTGTCATATCTTTGAGAGACCATGGACGGTACCAGCGGAAAATGTTGGA 1496
Query 1542 CCAGGCTGTTCAATTGGTTCGCGTTGGTGGAATTCTTGTATACTCAACGTGCACAATTAA 1601
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1497 CCAGGCTGTTCAATTGGTTCGCGTTGGTGGAATTCTCGTATACTCAACGTGCACGATTAA 1556
Query 1602 CCCTAGCGAGAATGAGGCCGTGGTTCGCTATGCCCTGGATAAATACAGATTTCTTTCTTT 1661
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 CCCTAGCGAGAATGAGGCTGTGGTTCGCTATGCTCTGGATAAATACAGATTTCTTTCTTT 1616
Query 1662 AGCACCACAGCATCCTAGGATCGGAGGACCTGGTCTAGTTGGTCGATGTGAATTCCCAGA 1721
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1617 AGCACCACAGCATCCTAGGATTGGAGGACCTGGTCTAGTTGGTCGATGTGAATTCCCCGA 1676
Query 1722 CGGATATATCGAGGAGTGGTTAAAACCCGGTGAAGAAGAACTGGTTCAGAAATTCGACCC 1781
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1677 CGGATATATCGAGGAGTGGTTAAAACCCGGTGAAGAAGAAATGGTTCAGAAATTCGACCC 1736
Query 1782 GTCATCTGAGCTCGATACCATCGGGTTCTTTATAGCAAAGTTCAGCGTCGGCCCCAAGGA 1841
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 ATCATCTGAGCTCGATACCATCGGGTTCTTTATAGCTAAGTTCAGCGTCGGCCCCAAGGA 1796
Query 1842 TTAG 1845
||||
Sbjct 1797 TTAG 1800
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 76218580245
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5