BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G06560.1 Length=2027 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg910344 jgi|Araly1|910344|Al_scaffold_0001_598 2826 0.0 > Ahg910344 jgi|Araly1|910344|Al_scaffold_0001_598 Length=1800 Score = 2826 bits (1530), Expect = 0.0 Identities = 1714/1804 (95%), Gaps = 8/1804 (0%) Strand=Plus/Plus Query 46 ATGAGTAAAGCGAGGGTTCTGCTAAAACCCTCTTCCCTCACCACTTGCTTAACCAGAGCC 105 |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 ATGAGTAAAGCGAGGGTTCTGCTAAAACCCTCTTTGCTCACCACTTGCTTAACCAGAGCC 60 Query 106 AAGGCCTTCTTCTCCTCTGTTTCTCAGTCACGCTCTATCTCTCATCAGATGGAGATGG-G 164 | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 61 TCGACCTTCTTCTCCTCTGTTTCTCAGTTACGCTCTATCTCTCATCAGATGGAGATGGAG 120 Query 165 TCCTTCCGATTCGGAGCGTTACTGTTATGATCCGGTACTGCGATGGAATCCTGAAGTTGA 224 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || Sbjct 121 -CCTTCCGATTCGGAGCGTTACTGTTATGATCCGGTACTGCGATGGAATCCTCAAGTGGA 179 Query 225 AGACTACTTCACTAAAGCTTATGGACCCGATCACTTTGCTCGCATTTCAAAGGCTCTCAC 284 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 180 AGACTACTTCACTAAAGCTTATGGACCTGATCACTTTGCTCGCATTTCAAAGGCTCTCAC 239 Query 285 GCGCCCATCTTCATACTCCTGCATTAGGGTGAACACTGTTAAAACGACGAGTGATGCGGT 344 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| || Sbjct 240 GCGCCCATCTTCCTACTCCTGCATTAGGGTGAACACAGTTAAAACAACAAGTGATGCTGT 299 Query 345 TATCGAAAAGCTTACGAAAATTTTAAACGACTCGGAGGAGGGCTTGAAGCTAGTACAACC 404 ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 300 TATCGAAAAGCTTACAAAAATTTTAAACGATTCGGAGGAGGGCTTGAAGCTCGTACAACC 359 Query 405 AGATGGAAGTAGTCCCGTCACCAAGTGTCAGATACCTGGTTTGGATTATGTTGTCTTT-G 463 |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | Sbjct 360 AGATGGAAGTAGTCCCATCGCCAAGTGTCAGATACCTGGTTTGGATTATGTTGT-TTTGG 418 Query 464 TCAATGGTTCAGGCCCACATAAG-ATAGAATATGATTCTGGTCTTGAAAACCCTCCAAAG 522 |||||||||||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||| ||| Sbjct 419 TCAATGGTTCAGGCCCACAT-AGAATTGAATATGACTCTGGTCTTGAAAACCCTCCCAAG 477 Query 523 GAGGTACTAGTGAGCAGGAAGTGTGCTGAAGCAGTTCTCAGAGGAGCCCAGGTCTATGTG 582 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 478 GAGGTACTAGTGAGCAGGAAGTGTGCTGAAGCAGTTCTAAGAGGAGCCCAGGTCTATGTT 537 Query 583 CCAGGTGTACTGGCTTGCACTGCCCATGTTGAGAAAGGAGATGCGGTTGCTGTCTGTGTT 642 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 538 CCTGGTGTACTGGCTTGCACTGCCCATGTTGAGAAAGGAGATGCGGTTGCTGTCTGTGTT 597 Query 643 GCTATGGAACAACCTGGTGATGAAGGTGACTGGAGTGTTAATATGACTCGTGGGACCACT 702 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 598 GCTATGGAACAACCTGGTGATGAAGGTGACTGGAGTGTTAATATGACTCGTGGGACCACT 657 Query 703 CTCCAGGGGCTGCCAACAGATCCTTACTATCGTGAACGCAGTGGACTATATATCGGCATG 762 |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 658 CTCCAGGGTCTGTCAACAGATCCTTACTATCGTGAACGCAGTGGACTATATATCGGCATG 717 Query 763 GGAACAGCTATGTTGTCAAGGGCTGGGATGTTTCGTGTTCCTAATGGAATTGCGGTGGAT 822 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| Sbjct 718 GGAACAGCTATGTTGTCAAGGGCTGGGATGTTTCGTGTTCATCATGGAATTGCGGTGGAT 777 Query 823 TTGAACCATAGAGTTTTCAGATTGCCTTCTTTACATAATATCCTTGAGGGGGAAATATTT 882 |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| Sbjct 778 TTGAGCAATAGAGTTTTCAGATTGCCTTCTTTACATAATGTCCTTGAGGGGGAAATCTTT 837 Query 883 CTTCAAAACCTGCCAAGTATTATTGTTGCTCATGCTCTTGATCCTCAAAAAGGGGAGAGA 942 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 838 CTTCAAAACCTGCCAAGTATTATTGTTGCTCATGCTCTTGATCCTCAGAAAGGGGAGAGA 897 Query 943 ATATTAGATATGTGTGCAGCACCTGGAGGGAAGACTACTGCAATTGCTATACTTATGAAT 1002 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 898 ATATTAGATATGTGTGCAGCACCTGGAGGGAAGACTACTGCAATTGCTATACTTATGAAT 957 Query 1003 GATGAGGGAGAGATAGTGGCAGCAGATAGATCTCATAACAAGGTGCTGGTTGTCCAGAAC 1062 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || Sbjct 958 GATGAGGGAGAGATAGTGGCAGCAGATAGATCTCATAACAAGGTGCTGAATGTCCAAAAA 1017 Query 1063 TTGTCTGCTGAAATGGGTTTTACCTGCATAACAACATGTAAATTAGATGCACTAAAATCT 1122 ||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1018 TTGTCTGCTGAAATGGGATTAAGCTGCATAACAACATGTAAATTGGATGCACTAAAATCT 1077 Query 1123 GTCTGTCTTCCGA-CCACACTCAATGAGTCCACAATATTAATTAACGGTGATAATAGTAG 1181 |||||| |||| | || ||| |||||| ||||||| | || ||||| ||||||||||||| Sbjct 1078 GTCTGTATTCCAAACC-CACCCAATGATTCCACAACAATAGTTAACAGTGATAATAGTAG 1136 Query 1182 TTCCATGACCAGCCATTCTGAATTATCATCAAACGAGGAAATGACATCTGTTACTTCTAG 1241 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| || ||||||| Sbjct 1137 TTCCATGACCAGCCATTCTGAATTATCATCAAGCGAAGAAATGACATCACTTGCTTCTAG 1196 Query 1242 AAGATCCGAGGCTGACAAATCATGTGAGAAAAATGACAGCACTGAACAGCCAAATGGAGG 1301 || |||| |||||||||||||||| ||| |||||| |||| |||||||| |||||||||| Sbjct 1197 AAAATCCAAGGCTGACAAATCATGGGAGGAAAATGCCAGCCCTGAACAGACAAATGGAGG 1256 Query 1302 GGATAATGTTAGCCAAGCTTACATCAGGAAGAATAAAGGAAGGTTGAAAAATGGTCGTGG 1361 | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1257 GAATAATGTTAGCCAAGCTGACATCAGGAAGAATAAAGGAAGGTTGAAAAATGGTCGCGG 1316 Query 1362 AAGAACTCAATGCCAAGGTGGAAGAGCTGGAAAATCACAAGGTTTCCCGCCTAATAGTTT 1421 |||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1317 AAGAACTCAATGCCAAGGTGGAAGGGTTGGAAAGTCACAAGGTTTCCCGCCTAATAGTTT 1376 Query 1422 CGATAGGGTCCTTTTAGATGCTCCTTGTTCTGCCCTTGGCTTGAGACCTCGTCTTTTCGC 1481 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1377 CGATAGGGTTCTTTTAGATGCTCCTTGTTCTGCCCTTGGCTTGAGACCTCGTCTTTTCGC 1436 Query 1482 TGGACTGGAGACTGTTGTATCTTTGAGAAACCATGGATGGTACCAGCGGAAAATGTTGGA 1541 ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1437 TGGACTGGAGACTGTCATATCTTTGAGAGACCATGGACGGTACCAGCGGAAAATGTTGGA 1496 Query 1542 CCAGGCTGTTCAATTGGTTCGCGTTGGTGGAATTCTTGTATACTCAACGTGCACAATTAA 1601 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1497 CCAGGCTGTTCAATTGGTTCGCGTTGGTGGAATTCTCGTATACTCAACGTGCACGATTAA 1556 Query 1602 CCCTAGCGAGAATGAGGCCGTGGTTCGCTATGCCCTGGATAAATACAGATTTCTTTCTTT 1661 |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1557 CCCTAGCGAGAATGAGGCTGTGGTTCGCTATGCTCTGGATAAATACAGATTTCTTTCTTT 1616 Query 1662 AGCACCACAGCATCCTAGGATCGGAGGACCTGGTCTAGTTGGTCGATGTGAATTCCCAGA 1721 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1617 AGCACCACAGCATCCTAGGATTGGAGGACCTGGTCTAGTTGGTCGATGTGAATTCCCCGA 1676 Query 1722 CGGATATATCGAGGAGTGGTTAAAACCCGGTGAAGAAGAACTGGTTCAGAAATTCGACCC 1781 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1677 CGGATATATCGAGGAGTGGTTAAAACCCGGTGAAGAAGAAATGGTTCAGAAATTCGACCC 1736 Query 1782 GTCATCTGAGCTCGATACCATCGGGTTCTTTATAGCAAAGTTCAGCGTCGGCCCCAAGGA 1841 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1737 ATCATCTGAGCTCGATACCATCGGGTTCTTTATAGCTAAGTTCAGCGTCGGCCCCAAGGA 1796 Query 1842 TTAG 1845 |||| Sbjct 1797 TTAG 1800 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 76218580245 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5