BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G06590.1
Length=3104
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg919375 jgi|Araly1|919375|scaffold_100656.1 4577 0.0
> Ahg919375 jgi|Araly1|919375|scaffold_100656.1
Length=2797
Score = 4577 bits (2478), Expect = 0.0
Identities = 2684/2785 (96%), Gaps = 8/2785 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 134 TGAGTGTTTTAGCGACAGAGAGATATGGCCGGATTAACGAGAACGGCCGGTGCTTTTGCG 193
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TGAGTGTTTTAGCGACGGAGAGATATGGCCGGATTAACGAGAACGGCCGGTGCTTTTGCG 60
Query 194 GTAACTCCACACAAGATCTCCGTTTGCATTCTCCTGCAGATATACGCTCCTTCCGCTCAG 253
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GTAACTCCACACAAGATCTCCGTTTGCATTCTCCTCCAGATATACGCTCCTTCCGCTCAG 120
Query 254 ATGTCTCTTCCTTTTCCTTTCTCTTCCGTTGCTCAGCACAACCGCCTCGGCCTCTACTTG 313
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 ATGTCTCTTCCTTTTCCTTTCTCTTCCGTTGCTCAGCACAACCGCCTCGGCCTCTACTTG 180
Query 314 CTCTCTCTTACTAAGTCTTGCGATGATATATTTGAGCCGAAGCTGGAAAAGCTCATCAAC 373
||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 181 CTCTCCCTCACTAAGTCTTGCGATGATATATTTGAGCCGAAGCTGGAAGAGCTCATCAAC 240
Query 374 CAGTTGAGGGAAGTTGGTGAAGAGATGGACGCGTGGCTAACTGACCATTTAACTAATAGA 433
||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CAGTTGAGGGAAGTTGGCGAAGAGATGGATGCGTGGCTAACTGACCATTTAACTAATAGA 300
Query 434 TTTTCCTCTTTGGCTTCACCAGATGATCTATTAAATTTCTTTAATGACATGCGAGGAATA 493
|||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TTTTCCGCTTTAGCTTCACCAGATGATCTATTAAATTTCTTTAATGACATGCGAGGAATA 360
Query 494 CTTGGGAGCCTTGATTCAGGAGTCGTGCAAGATGATCAGATTATTTTGGATCCCAACAGC 553
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CTTGGGAGCCTTGATTCAGGAGTTGTGCAAGATGATCAGATTATTTTGGATCCCAACAGC 420
Query 554 AACTTGGGAATGTTTGTTCGTCGTTGCATTTTGGCATTCAACCTTTTATCGTTCGAGGGA 613
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 AACTTGGGAATGTTTGTTCGTCGTTGCATTTTGGCATTCAACCTTTTATCGTTCGAGGGA 480
Query 614 GTTTGTCATCTTTTTTCAAGTATTGAAGATTACTGCAAAGAAGCCCATTCAAGCTTTGCT 673
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 481 GTTTGTCATCTTTTTTCAAGCATTGAAGATTACTGCAAAGAAGCCCATTCAAGCTCTGCT 540
Query 674 CAGTTTGGTGCACCTAATAATAATCTGGAGTCATTAATACAATATGATCAGATGGATATG 733
||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CAGTTTGATGCATCTAATAATAATTTGGAGTCATTAACACAATATGATCAGATGGATATG 600
Query 734 GAGAATTATGCAATGGATAAACCAACTGAAGAAATAGAGTTTCAGAAAACTGCTAGTGGA 793
|| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 601 GAAAATTATGCAATGGATAAAGCAACTGAAGAAATAGAGTTTCAGAAAAGTGCTAGTGGA 660
Query 794 ATTGTCCCTTTTCACCTTCATACACCAGATTCACTTATGAAAGCGACAGAAGGTTTGCTA 853
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 661 ATTGTCCCTTTTCACCTTCATACACCAGAATCACTTTTCAAAGCGACAGAAGGTTTGCTA 720
Query 854 CATAATAGGAAGGAAACATCAAGGACCAGCAAGAAAGATACAGAAGCTACTCCAGTTGCT 913
|||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 CATACTAGGAAGGAAACATCAAGAACCGGCAAGAAAGATACAGAAGCTACTCCAGTTGCT 780
Query 914 CGTGCCTCAACAAGTACACTTGAGGAAT-CTCTGGTAGATGAGTCATTATTCCTTCGGAC 972
||||||||| ||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 CGTGCCTCATCAAGTACACTTGAGG-ATACTCTGGTTGATGAGTCATTATTCCTTCGGAC 839
Query 973 AAATTTGCAGATACAAGGCTTTTTAATGGAACAGGCCGATGCAATTGAAATCCATGGAAG 1032
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 840 AAATTTGCAGATACAAGGCTTTTTAATGGAACAGGCCGATGCAATTGAAACCCATGGAAG 899
Query 1033 TTCAAGTTCATTCTCTTCAAGTTCCATCGAAAGTTTCCTTGATCAGCTTCAGAAATTAGC 1092
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 900 TTCAAGTTCATTCTCTTCAAGTTCCATTGAAAGTTTCCTTGAGCAGCTTCAGAATTTAGC 959
Query 1093 CCCTGAACTGCATCGTGTTCACTTTTTGCGTTACTTGAATAAACTTCACAGTGATGACTA 1152
||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 CCCTGAATTGCATCGCGTTCACTTTTTGCGTTACTTGAATAAACTTCACAGTGATGACTA 1019
Query 1153 CTTTGCTGCTTTGGATAATCTCCTCCGTTACTTTGATTACAGTGCAGGGACTGAGGGATT 1212
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 TTTTGCTGCTTTGGATAATCTCCTCCGTTACTTTGATTACAGTGCAGGGACTGAGGGATT 1079
Query 1213 TGACCTTGTTCCTCCTTCAACTGGCTGCAGCATGTATGGAAGGTACGAGATTGGTTTGCT 1272
||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 1080 TGATCTTGTGCCTCCTTCAACTGGTTGCAGCATGTATGGAAGGTACGAGATTGCTTTGTT 1139
Query 1273 ATGTCTGGGAATGATGCATTTCCGATTTGGGCATCCTAATCTGGCTCTAGAGGTTTTGAC 1332
|||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 1140 ATGTTTGGGAATGACGCATTTCCGCTTTGGGCATCCTAATCTGGCTCTGGAGGTTTTAAC 1199
Query 1333 AGAAGCTGTGCGTGTATCACAGCAGCTTAGTAATGATACTTGTCTAGCATATACGCTAGC 1392
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 AGAAGCTGTGCGTGTATCGCAGCAGCTTAGTAACGATACTTGTCTAGCATATACGCTAGC 1259
Query 1393 AGCAATGAGCAACTTGTTATCGGAAATGGGCATTGCAAGTACCTCCGGTGTTCTCGGATC 1452
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||
Sbjct 1260 AGCAATGAGCAACTTGTTATCAGAAATGGGCATTGCAAGTACCACCTGTGTTCTTGGATC 1319
Query 1453 CTCATACTCACCCGTCACTAGCACTGCGTCTTCATTATCTGTACAACAAAGAGTGTACAT 1512
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 CTCGTACTCACCCGTCACTAGCACTGCGTCTTCATTATCTGTACAACAAAGAGTGTACAT 1379
Query 1513 ACTTTTGAAAGAGTCTTTGAGGAGAGCTGACAGTCTAAAGTTAAGACGCTTAGTGGCTTC 1572
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 ACTTTTGAAAGAGTCTTTGAGGAGAGCTGACAGTCTAAAGTTAAGACGCTTAGTGGCTTC 1439
Query 1573 TAATCATCTTGCGATGGCTAAATTTGAGTTGATGCATGTGCAAAGGCCTCTACTGTCATT 1632
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 TAATCATCTTGCAATGGCTAAATTTGAGTTGATGCATGTGCAAAGGCCTCTACTGTCATT 1499
Query 1633 TGGTCCCAAAGCTTCTATGCGTCACAAAACTTGTCCAGTTAGTGTCTGCAAGGAAATAAG 1692
||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 TGGTCCCAAAGCTTCTACGCATCACAAAACTTGTCCAGTTAGTGTCTGCAAGGAAATAAG 1559
Query 1693 ACTAGGGGCACACCTAATCAGCGACTTTTCTTCTGAAAGCTCTACAATGACAATTGATGG 1752
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 ACTAGGGGCACACCTAATCAGCGACTTTTCTTCTGAAAGCTCTACAATGACAATTGATGG 1619
Query 1753 TTCTCTAAGCTCGGCTTGGCTTAAAGACTTGCAAAAACCATGGGGTCCACCTGTGATTTC 1812
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 TTCTCTAAGCTCGGCTTGGCTTAAAGACTTGCAAAAACCATGGGGTCCACCTGTGATTTC 1679
Query 1813 CCCAG-ACTCCGGTTCTAGAAAAAGTTCAACtttttttCAACTCTGTGATCATTTGGTCT 1871
|| || | || ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||| ||||
Sbjct 1680 CC-AGGAATCTGGTTCTAGAAAAAGTTCGACTTTTTTCCAGTTCTGTGATCATTTAGTCT 1738
Query 1872 CAATTCCTGGATCCGTGTCACAATTAATAGGTGCTTCTTATTTACTCCGGGCTACTTCAT 1931
||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 CAATTCCTGGATCTGTGGCACAATTAATAGGTGCTTCATATTTACTCCGGGCTACTTCAT 1798
Query 1932 GGGAGTTATATGGCAGCGCTCCCATGGCTCGGATGAATACCTTGGTGTATGCAACTTTAT 1991
||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 GGGAGTTATTTGGCAGCGCTCCTATGGCTCGGATGAATACCTTGGTGTATGCAACTTTAT 1858
Query 1992 TCGGTGACTCTTCTAGTTCGTCTGACGCAGAGTTAGCATACTTGAAGCTCATTCAACATT 2051
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 TCGGTGACTCTTCTAGTTCATCTGACGCAGAGTTAGCATACTTGAAGCTCATTCAACATT 1918
Query 2052 TGGCACTATATAAGGGATACAAAGATGCCTTTGCTGCTCTTAAGGTCGCAGAGGAAAAGT 2111
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1919 TGGCACTATATAAAGGATACAAAGATGCCTTTGCTGCTCTTAAGATCGCAGAGGAAAAGT 1978
Query 2112 TCTTAACCGTATCGAAATCAAAAGTATTGTTGCTCAAGTTGCA-ACTACTACATGAGCGT 2170
||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 1979 TCTTAACCGTATCAAAATCAAAAATATTGTTGCTCAAGTTGCAGA-TACTACATGAGCGT 2037
Query 2171 GCCTTGCATTGTGGGAATTTAAAACTAGCTCAACGAATATGTAATGAGCTAGGAGGCTTG 2230
|||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2038 GCCTTGCATTGTGGGAATCTACAACTAGCTCAACGAATATGTAATGAGCTAGGAGGCTTG 2097
Query 2231 GCATCAACAGCCATGGGTGTAGACATGGAGCTAAAAGTAGAAGCAAGTCTTCGTGAAGCT 2290
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2098 GCATCAACAGCCATGGGTGTAGACATGGAGCTGAAAGTAGAAGCAAGTCTTCGTGAAGCT 2157
Query 2291 CGGACTTTGCTTGCAGCAAAACAGTATAGCCAGGCAGCAAATGTGGCACACTCCCTCTTC 2350
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2158 CGGACTTTGCTTGCAGCAAAACAGTATAGCCAGGCAGCAAATGTGGCACACTCCCTCTTC 2217
Query 2351 TGCACATGTCACAAATTCAATTTGCAAATCGAAAAGGCGTCTGTTCTTCTTCTGCTCGCA 2410
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2218 TGCACATGTCACAAATTCAATTTGCTAATCGAAAAGGCGTCTGTTCTTCTTCTGCTCGCA 2277
Query 2411 GAGATCCATAAGAAGTCAGGAAATGCTGTCCTGGGTCTTCCATATGCGCTGGCAAGCATC 2470
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2278 GAGATCCATAAGAAGTCAGGAAATGCGGTCCTGGGTCTTCCATATGCGCTGGCAAGCATT 2337
Query 2471 TCGTTTTGCCAGTCATTCAACTTGGATCTTCTCAAAGCATCAGCTACTCTCACTCTGGCC 2530
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2338 TCGTTTTGCCAGTCATTCAACTTGGATCTTCTCAAAGCATCAGCTACTCTCACACTGGCC 2397
Query 2531 GAGCTTTGGCTTGGTCTTGGATCAAATCATACCAAACGAGCATTAGACCTTTTGCATGGG 2590
||||| |||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2398 GAGCTGTGGCTTGGTCTTGGATCAGATCATGCTAAACGAGCATTAGACCTTTTGCATGGG 2457
Query 2591 GCTTTCCCTATGATTCTTGGCCATGGAGGTTTGGAGTTGCGTGCTCGAGCTTACATCTTT 2650
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2458 GCTTTCCCTATGATTCTTGGCCATGGAGGTTTGGAGTTGCGTGCTCGAGCTTACATCTTT 2517
Query 2651 GAAGCAAACTGCTATCTATCTGATCCAAGTTCTTCAGTTTCCACAGATTCTGACACTGTC 2710
||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2518 GAAGCAAACTGCTATCTGTCTGATCCAAGTTTTTCAGTTTCCACAGATTCTGACACTGTC 2577
Query 2711 TTGGATTCTCTAAGGCAAGCTTCAGATGAGCTTCAAGCTTTGGAGTACCATGAACTGGCA 2770
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2578 CTGGATTCTCTAAGGCAAGCTTCAGATGAGCTTCAAGCTTTGGAGTACCATGAACTGGCA 2637
Query 2771 GCGGAAGCCTCGTACTTAATGGCCATGGTATATGACAAG-TTGGGACGGCTTGATGAGAG 2829
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||| || ||||||||||||
Sbjct 2638 GCGGAAGCCTCATACTTAATGGCGATGGTATATGACAAGCTTGG-ACAGCTTGATGAGAG 2696
Query 2830 GGAAGAAGCTGCGTCTTTGTTTAAGAAACATATCATAGCTCTCGAGAACCCTCAAGATGT 2889
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2697 GGAAGAAGCTGCGTCTTTGTTTAAGATGCATATCATAGCTCTCGAGAACCCTCAAGGTGT 2756
Query 2890 GGAACAAAACATGGCATGAGATGTT 2914
|||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2757 CGAACAAAACATGGCTTGAGATGTT 2781
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 117241774110
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5