BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G06710.1
Length=3418
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg311741 jgi|Araly1|311741|fgenesh1_pm.C_scaffold_1000521 4868 0.0
> Ahg311741 jgi|Araly1|311741|fgenesh1_pm.C_scaffold_1000521
Length=2967
Score = 4868 bits (2636), Expect = 0.0
Identities = 2852/2957 (96%), Gaps = 11/2957 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAACAAAACAGTCGTAAGATGTCTTCTTTCTCGTTCACACCATCCTTTGATTCATTTC 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1 ATGAACAAAACAGTCGTAAGATGTCTTCTTTCTCGTTCACACCATCCTTTGATTCCTTTC 60
Query 61 TCCACCAATTTATCTCTTCTCCACAGAGTTTTCACCTGTAGCCGTTATCTCACTG-CTAG 119
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 61 TCCACCAATTTATCTCTTCTCCACAGAGTTTTCACCTGTAGCCGTTATCTCAC-GACTAG 119
Query 120 GTTTATGTCCACTCCTCCGCCGGATGACATGTTTGGTTTCGACGATCCTTTCTCCCCCAG 179
||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 120 GTTTATGTCCACTCCTCCGCCCGATGAAATGTTTGGTTTCGACGATCCCTTCTCCCCCAT 179
Query 180 TGATTCGCGGGAAGTTGTGGATTTGACTAAAGAGTACTCCTTTTTGCACGATTCTCTTGT 239
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 180 TGAGTCGCGGGAAGTTGTGGATTTGACTAAAGAGTACTCCTTTTTGCACGATTCTCTTTT 239
Query 240 CGACTATGGAAACGTTAATGTTCATCAAGTAGTGCCCATTATTACTCAATCCTCTATTGA 299
|||| |||||| ||| || |||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 GGACTCTGGAAATGTTGATCTTCACCAATTAGTGCCCGTTATTACTCAATCCTCTATTGA 299
Query 300 CGCTAGAGCCATTGCAGATGCTGTTTCTGGTGTCGACGATGTGTTTGGGAGAAAATCCCA 359
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 300 TGCTAGAGCCATTGCAGATGCTGTTTCTGGTGGCGATGATGTGTTTGGGAGCAAATCCCA 359
Query 360 GAAGTTTCTTAGGCAATTTAGAGAGAAATTGAGTGAGAGTTTAGTGATTGAGGTGTTGCG 419
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 GAAGTTTCTTAGGCAATTTAGAGAGAAGTTGAGTGAGAGTTTAGTGATTGAGGTGTTGCG 419
Query 420 TTTGATAGCAAGACCATCTGCTGTTATCAGTTTCTTCGTTTGGGCAGGTAGGCAGATAGG 479
|||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TTTGATAGAAAGACCTTCTGCTGTTATCAGTTTCTTCGTTTGGGCAGGTAGGCAGATAGG 479
Query 480 TTATAAGCATAC-TGCACCTGTGTATAACGCTTTGGTTGACCTTATTGTACGTGATGATG 538
|||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 480 TTATAAGCATACAT-CACCTGTGTATAACGCTTTGGTAGACCTTATTGTACGCGATGATG 538
Query 539 ACGAAAAAGTTCCCGAAGAATTCCTGCAACAGATTAGAGATGATGATAAGGAAGTGTTTG 598
|||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 ACGAAAAAGTTCCCGAAGAACTCCTGCAGCAGATTAGAGATGATGATAAGGAAGTGTTTG 598
Query 599 GCGAATTTCTCAATGTGTTGGTAAGGAAACATTGCAGGAATGGGTCATTTAGTATTGCGC 658
| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||| |
Sbjct 599 GGGAATTTCTCAATGTGTTGGTAAGGAAATATTGCAGGAGTGGGTCATTTAGCATTGCAC 658
Query 659 TTGAGGAGTTAGGGAGGCTCAAGGATTTTAGGTTCAGACCTTCAAGATCGACTTATAATT 718
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 659 TTGAGGAGTTAGGGAGGCTCAAGGATTTTAGGTTTAGACCTTCAAGATCTACTTATAATT 718
Query 719 GTTTGATTCAGGCATTTCTCAAGGCTGATCGTTTGGACTCTGCATCTTTGATTCATAGGG 778
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||| | ||| | |
Sbjct 719 GTTTGATTCAGGCATTTCTCAAGGCTGATTGTTTGGACTCTGCTTCGTTGGTCCATCGAG 778
Query 779 AAATGTCTCTTGCAAATCTTAGGATGGATGGGTTTACACTTAGATGCTTTGCTTATTCTC 838
||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||
Sbjct 779 AAATGTCCCTTGCAAATCTTAGGATGGATGGTTTTACGCTTAGATGCTATGCTTACTCTC 838
Query 839 TCTGTAAAGTAGGAAAGTGGAGGGAAGCTCTAACATTGGTGGAAACGGAAAATTTTGTGC 898
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 839 TCTGTAGAGTAGGAAAGTGGAGGGAAGCTCTAACATTGATGGAAACGGAAAATTTTGTGC 898
Query 899 CTGATACTGTGTTTTATACAAAATTGATATCTGGTCTGTGTGAAGCTTCGCTTTTTGAAG 958
|||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 899 CTGATACTGTCTTTTATACAAAACTGATATCTGGTCTGTGTGAAGCATCGCTTTTTGAAG 958
Query 959 AGGCTATGGATTTCCTGAATAGGATGCGTGCTACTTCCTGCCTTCCAAATGTTGTTACAT 1018
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 959 AGGCTATGGATTTCCTGAATAGGATGCGAGCTACTTCCTGCCTTCCAAATGTTGTAACAT 1018
Query 1019 ATTCAACTTTGCTGTGTGGATGCTTGAACAAAAAACAGCTGGGTAGGTGTAAAAGGGTGC 1078
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 ATTCAACTTTGCTGTGTGGATGCTTGAACAAAAAACAGCTGGGTAGGTGTAAAAGGGTGC 1078
Query 1079 TTAATATGATGATGATGGAAGGTTGTTATCCAAGTCCCAAGATTTTTAATTCTCTTGTAC 1138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 TTAATATGATGATGATGGAAGGTTGTTATCCAAGTCCCAAGATTTTTAATTCTCTTGTAC 1138
Query 1139 ATGCTTATTGCACATCAGGAGATCATTCATATGCATACAAATTGCTCaaa-aaaaTGGTT 1197
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 1139 ATGCTTATTGCACATCAGGAGATCATTCATATGCATACAAATTGCT-AAAGAAAATGGTT 1197
Query 1198 AAATGTGGTCACATGCCAGGATATGTTGTCTACAATATATTGATTGGGAGTATTTGTGGT 1257
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 AAATGTGGTCACACGCCAGGATATGTTGTCTACAATATATTGATTGGGAGTATTTGTGGT 1257
Query 1258 GACAAAGACTCCCTTAATTGTGATCTGTTGGACTTAGCTGAGAAAGCTTATAGTGAAATG 1317
|||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 GACAAAGACTCCCTTAGTTGTGATCTGTTGGAATTAGCTGAGAAAGCTTATAGTGAAATG 1317
Query 1318 CTTGCTGCAGGGGTTGTTCTGAATAAGATTAATGTCAGTAGCTTCACACGGTGTCTTTGT 1377
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 CTTGCTACAGGGGTTGTTCTGAATAAGATTAATGTCAGCAGCTTCACACGGTGTCTTTGT 1377
Query 1378 AGTGCTGGGAAATATGAAAAGGCATTTAGTGTTATCCGTGAAATGATTGGTCAGGGATTT 1437
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1378 AGTGCTGGGAAATATGAAAAGGCATTTAGTGTTATCCGTGAAATGATTGGTCAGGGTTTT 1437
Query 1438 ATACCAGATACCAGTACCTATTCCAAAGTCCTTAATTATTTATGTAATGCTTCGAAAATG 1497
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 ATACCAGATACCAGTACCTATTCCAAAGTCCTTGGTTATTTATGTAATGCTTCGAAAATG 1497
Query 1498 GAGTTGGCGTTTTTGTTATTTGAAGAAATGAAAAGGGGTGGCCTTGTTGCTGATGTCTAC 1557
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 GAGTTGGCGTTTCTGTTATTTGAAGAAATGAAAAGGGGTGGCCTTGTTGCTGATGTCTAC 1557
Query 1558 ACGTATACTATTATGGTAGATAGTTTCTGTAAAGCTGGTCTAATTGAACAGGCTCGTAAG 1617
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 ACGTATACTATTATGGTAGATAGTTTCTGTAAAGCTGGTCTAATTGAACAGGCTCGTAAG 1617
Query 1618 TGGTTCAATGAAATGAGAGAGGTTGGTTGTACACCTAACGTCGTCACATATACCGCTCTT 1677
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 TGGTTCAATGAAATGATAGAGGTTGGTTGTACACCTAACGTCGTCACATATACCGCTCTT 1677
Query 1678 ATCCATGCTTATCTTAAGGCTAAGAAGGTCAGCTATGCAAATGAGCTGTTTGAAACGATG 1737
|||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 ATCCATGCTTATCTTAAGACTAAGAAGGTCAGTTATGCAAATGAGCTGTTTGAAACGATG 1737
Query 1738 CTGTCTGAAGGGTGTCTCCCTAATATTGTTACATATTCTGCCTTAATTGATGGCCATTGC 1797
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1738 CTGTCTGAAGGTTGTCTCCCTAATATTGTTACATATTCTGCCTTAATTGATGGCCATTGC 1797
Query 1798 AAAGCTGGACAAGTGGAGAAAGCCTGCCAGATTTTTGAAAGAATGTGTGGCAGCAAAGAT 1857
|||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1798 AAAGCTGGACAAATGGAGAAAGCTTGCCAGATTTTTGAAAGAATGTGTGGCAGTAAAGAT 1857
Query 1858 GTCCCAGATGTAGATATGTACTTCAAGCAGTA---TGATGACAACAGCGAGAGGCCAAAT 1914
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 GTCCCAGATGTAGATATGTACTTCAAGCAGTATGTTGATGACAACAGCGAGAGGCCAAAT 1917
Query 1915 GTAGTTACATATGGAGCTTTACTGGATGGTTTCTGCAAGTCGCATAGGGTCGAAGAAGCT 1974
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1918 GTAGTTATATATGGAGCTTTACTGGATGGTTTCTGCAAGTTGCATAGGGTCGAAGAAGCT 1977
Query 1975 CGTAAGTTGTTGGATGCTATGTCTATGGAAGGTTGTGAACCGAATCAGATTGTATATGAT 2034
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1978 CGTAAGTTGTTGGATGCTATGTCTATGGAAGGTTGTGAACCAAATCAGATTGTATATGAT 2037
Query 2035 GCTCTCATTGATGGACTCTGTAAGGTTGGGAAACTAGACGAAGCACAAGAAGTGAAAACT 2094
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2038 GCTCTCATCGATGGACTCTGTAAGGTTGGGAAACTAGACGAAGCACAAGAAGTGAAAGCT 2097
Query 2095 GAGATGTCTGAGCATGGATTCCCTGCAACCTTATATACTTACAGTTCTCTAATTGATCGT 2154
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2098 GAGATGTCTGAGCATGGATTCCCCGCAACCTTATATACTTACAGTTCTCTAATTGATCGT 2157
Query 2155 TATTTCAAAGTCAAGCGCCAAGATTTAGCCTCAAAAGTATTATCTAAGATGCTTGAGAAT 2214
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2158 TATTTCAAAGTCAAGCGCCAAGATTTAGCCTCAAAAGTATTGTCTAAGATGCTTGAGAAT 2217
Query 2215 TCCTGTGCGCCCAATGTGGTTATATACACTGAGATGATTGATGGCTTATGCAAGGTTGGT 2274
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2218 TCCTGTGCGCCCAATGTGGTTATATACACTGAGATGATTGATGGCTTATGCAAGGTTGGT 2277
Query 2275 AAAACTGATGAAGCTTATAAGCTTATGCAAATGATGGAAGAAAAAGGGTGTCAGCCCAAT 2334
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2278 AAAACTGATGAAGCTTATAAGCTTATGCAAATGATGGAAGAAAAAGGGTGTCAGCCCAAT 2337
Query 2335 GTTGTGACATATACAGCGATGATTGATGGATTTGGAATGATTGGTAAAATAGAAACATGC 2394
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2338 GTTGTGACATATACAGCGATGATTGATGGATTTGGAAGGATTGGTAAAATAGAAACATGC 2397
Query 2395 CTTGAGCTCTTAGAGCGAATGGGTTCCAAAGGTGTTGCTCCAAATTATGTTACTTACAGG 2454
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2398 CTTGAGCTCTTAGAGCGAATGGGTTCCAAAGGTGTTGCTCCAAATTATGTTACTTATAGG 2457
Query 2455 GTCTTGATAGATCATTGTTGCAAAAATGGTGCACTGGATGTGGCCCACAATCTTCTCGAA 2514
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2458 GTCTTGATAGATCATTGTTGCAAAAATGGTGCACTGGATGTGGCCCACAATCTTCTAGAA 2517
Query 2515 GAAATGAAACAGACACATTGGCCTACACACACAGCAGGATATCGCAAAGTCATTGAAGGA 2574
|||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2518 GAAATGAAACAGACACATTGGCCTACACACGCAGCCGGATATCGCAAAGTCATTGAAGGA 2577
Query 2575 TTCAATAAAGAGTTCATAGAGTCTCTAGGGCTTCTCGATGAGATAGGCCAGGATGATACT 2634
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2578 TTCAATAAAGAGTTCATAGAGTCTCTAGGTCTTCTTGATGAGATAGGCCAGGATGATACT 2637
Query 2635 GCCCCTTTTCTTTCTGTATATAGGCTTTTGATTGATAATCTTATTAAAGCTCAAAGACTG 2694
||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2638 GCCCCTTTTCTTTCTTTATATAGGCTTTTGGTTGATAATCTTATTAAAGCTCAAAGGCTG 2697
Query 2695 GAAATGGCTCTTAGGCTTCTTGAAGAGGTTGCAACATTTTCAGCCACGTTGGTTGACTAC 2754
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2698 GAAATGGCTCTTAGGCTTCTTGAAGAGGTTGCAACATTTTCAGCCACGTTGGTTGACTAC 2757
Query 2755 AGTAGCACATATAACTCACTGATTGAAAGCCTTTGCCTTGCTAATAAAGTGGA-AACGGC 2813
|||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 2758 AGTAGCACATATAATTCATTAATTGAAAGCCTTTGCCTTGCTAATAAAGTGGACAA-GGC 2816
Query 2814 TTTTCAGTTGTTCTCAGAAATGACAAAGAAAGGTGTCATTCCGGAGATGCAATCATTCTG 2873
||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 2817 TTTTCGGTTGTTCTCAGAAATGTCAAAGAAAGGTGTCATTCCGGAGATGCAAACATTTTG 2876
Query 2874 TAGTCTAATCAAGGGACTTTTCCGAAACAGCAAGATCAGTGAAGCACTATTGCTTCTAGA 2933
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2877 TAGTCTCATCAAGGGACTTTTCCGAAACAGCAAGATCAGTGAAGCACTCTTGCTTCTAGA 2936
Query 2934 TTTCATATCTCATATGG 2950
|||||||||||||||||
Sbjct 2937 TTTCATATCTCATATGG 2953
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 129053230043
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5