BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G06720.1
Length=3657
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg470695 jgi|Araly1|470695|fgenesh2_kg.1__649__AT1G06720.1 5483 0.0
> Ahg470695 jgi|Araly1|470695|fgenesh2_kg.1__649__AT1G06720.1
Length=3518
Score = 5483 bits (2969), Expect = 0.0
Identities = 3355/3539 (95%), Gaps = 36/3539 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 16 TTCATCGTTTAGAGCTCACTTCAAGCCATGGCCGCCGACGAACTGATGCCGTCTCACAGG 75
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTCATCGTTTAGAGCTCACTGCAAGCCATGGCCGCCGACGAACTGATGCCGTCTCACAGG 60
Query 76 TCACACAGGACTCCCAAATCAGGTCCTACCGCGAGGAAGAAATCTGAACTAGATAAGAAG 135
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 61 TCACACAGGACTCCCAAATCAGGTCCTACCGCGAGGAAGAAATCTGAACAAGATAAGAAG 120
Query 136 AAGCGTGGAATCTCCGTTGACAAGCA-GAAAAACCTTAAGGCGTTTGGTGTTAAATCGG- 193
|||||||||||| | ||| ||||| | | |||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 AAGCGTGGAATCACGGTTAACAAG-ACGCCAAACTTTAAGGCGTTTGGTGTTAAATCGGC 179
Query 194 TTGTTCA-TGCGAAGAAAGCAAAA-CATCACGCTGCGGAGAAGGAGCAAAAGCGGCTTCA 251
| | || ||| || | ||||| | || ||||||||||||||| ||||| || |||||
Sbjct 180 TCG--CAGGGCGCAGCGATCAAAATC-TCGCGCTGCGGAGAAGGATCAAAAACGACTTCA 236
Query 252 TCTTCCGAAAATTGATCGTAA-TTATGGCGAAGCTCCTCCTTTCGTCGTCGTGGTTCAAG 310
|||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 237 TCTTCCGAAAATTGATCG-AACTTATGGCGAAGCTCCTCCTTTCGTCGTCGTGGTTCAAG 295
Query 311 GCCCCCCAGGAGTTGGAAAGTCTCTCGTGATTAAATCTCTTGTGAAGGAATTTACAAAAC 370
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 296 GCCCCCCAGGAGTTGGAAAGTCTCTCGTTATTAAGTCTCTTGTGAAGGATTTTACAAAAC 355
Query 371 AGAATGTACCCGAGGTTCGAGGACCTATTACCATTGTACAAGGTAAACAGAGAAGGTTTC 430
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 356 AGAATGTACCGGAGGTTCGAGGACCTATTACCATTGTACAAGGTAAACATACAAGGTTTC 415
Query 431 AATTTGTGGAGTGCCCGAATGATATCAATGCGATGGTGGATTGTGCAAAGGTTGCTGATC 490
||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 416 AATTTGTGGAGTGCCCGAATGATGTCAATGCCATGGTAGATTGTGCAAAGGTTGCTGATC 475
Query 491 TAGCCCTACTTGTTGTAGACGGGAGTTATGGTTTTGAGATGGAAACCTTTGAATTCCTCA 550
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 476 TAGCCCTACTTGTTGTAGACGGGAGTTATGGTTTTGAGATGGAAACCTTTGAATTCCTCA 535
Query 551 ATATTATGCAAGTGCATGGATTTCCTAGAGTTATGGGTGTTCTCACTCACCTTGATAAGT 610
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 536 ATATTATGCAAGTGCATGGATTTCCTAGAGTTATGGGTGTCCTCACTCACCTTGATAAGT 595
Query 611 TCAATGATGTTAAGAAGCTGAGAAAAACAAAACATCATCTCAAGCATCGGTTTTGGACTG 670
|||| |||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 596 TCAACAATGTAAAGAAGCTGAGGAAAACTAAACAACATCTCAAGCATCGGTTTTGGACCG 655
Query 671 AAATATATCA-TGGAGCTAAATTGTTTTATTTATCTGGTCTCATTCATGGGAAGTATACG 729
|||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 656 AAATATAT-AGTGGAGCTAAATTGTTCTATTTATCTGGTCTCATTCATGGGAAGTATTCG 714
Query 730 CCGCGTGAAGTTCACAACCTCGCCCGCTTTGTAAT-TGTTATCA-AGCCTCAGCCATTGA 787
|||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| | |||||||| ||||
Sbjct 715 CCGCGTGAAGTTCACAACCTCGCCCGCTTTGT-ATCCATTATCACA-CCTCAGCCTTTGA 772
Query 788 CATGGCGAACAGCACATCCTTATGTGTTGGTTGATCGCCTTGAAGATGTTACCCCTCCGG 847
||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 773 CATGGCGAACATCACATCCTTATGTGTTGGCTGATCGCCTTGAAGATGTTACCCCTCCAG 832
Query 848 AGAAAGTTCAGATGGATAAGAAATGCGATAGAAATATCACTGTGTTTGGTTACCTACGTG 907
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 833 AGAAAGTTCAGATGGATAAGAAATGTGATAGAAATATCACTTTGTATGGTTACCTACGTG 892
Query 908 GTTGTAACTTCaaaaaaaGGATGAAGGTTCATATTGCTGGAGTTGGTGACTTCATTGTAG 967
| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||
Sbjct 893 GCTGTAACTTCAAAAAAGGGATGAAGGTTCATATTGCTGGAGTTGGCGACTACAGTGTAG 952
Query 968 CTGGGGTGACTGCTTTAACTGATCCTTGTCCTTTACCTTCAGCTGGCAAGAAAAAAGGGC 1027
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 953 CTGGGGTGACTGCTTTACCTGATCCTTGTCCTTTACCTTCAGCTGGCAAGAGAAAAGGGC 1012
Query 1028 TGAGGGACAGGGATAAGCTTTTCTATGCTCCTATGTCCGGGATTGGAGATCTTGTGTATG 1087
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 1013 TGAGGGACAGGGATAAGCTTTTCTATGCTCCTATGTCCGGGATTGGAGATCTTTTATATG 1072
Query 1088 ACAAAGATGCTGTTTACATCAACATAAATAG-TCACCAAGTTCAGTACTCTAAAACTGAC 1146
||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1073 ACAAAGATGCTGTTTACATCAACATAAAT-GATCACCAAGTTCAGTACTCTAAAACTGAC 1131
Query 1147 GATGGAAAGGGAGAACCTACTAATAAAGGAAAGGGCAGAGATGTTGGTGAAGATTTGGTA 1206
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1132 GATGGAAAGGGAGAACCTACTAATAAAGGAAAGGGCAGAGATGTTGGTGAAGATTTGGTA 1191
Query 1207 AAGTCGTTGCAGAACACAAAGTATTCTGTTGATGAGAAACTAGATAAGACATTCATTAAC 1266
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1192 AAGTCGTTGCAGAACACAAAGTATTCTGTTGATGAGAAACTGGATAAGACATTCATTAAC 1251
Query 1267 TTTTTTGGCAAAAAGACTAGTGCCAGTTCAGAAACAAAACTTAAGGCTGAAGATGCGTAT 1326
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1252 ATTTTTGGCAAAAAGACTAGTGCCAGTTCAGAAACAAAACTTAAGGCTGAAGATGCGTAT 1311
Query 1327 CACTCTTTGCCGGAAGGTTCTGACAGTGAGTCTCAATCTGGCGATGATGAGGAGGATATA 1386
|| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1312 CAATCCTTACCGGAAGGTTCTGACAGTGAGTCTCAATCTGGCGATGATGAGGAGGATGTA 1371
Query 1387 GTAGGTAATGAAAGTGAAATGAAGCAGGAAACTGAGATTCATGGTGGAAGGTTGAGGAGG 1446
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1372 GTAGGTAATGACAGTGAAATCAAGCAGGAAACTGAGATTCATGGTGGAAGGTTGAGGAGG 1431
Query 1447 AAAGCTATCTTCAAGAC-GGACTTGAATGAAGATGATTTTGAGGAAGCAGACGATCTTGA 1505
|||||||||||| || | |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 1432 AAAGCTATCTTC-AGGCAGGACTTAAATGAAGATGATTTTGAGGAAGCAGATGATGTTGA 1490
Query 1506 ATTGGATTCATATGACCCAGATACATATGATTTTGAGGAAGCAGACGATGCTGAATCAGA 1565
|||||| |||||||||||| ||| ||||| |||| ||||||||||||||| |||||| ||
Sbjct 1491 ATTGGACTCATATGACCCAAATATATATGGTTTTAAGGAAGCAGACGATGTTGAATCGGA 1550
Query 1566 CGATAATGAAGTTGAAGATGGTGGAGATGACTCTGCTTCCGATTCAGCC-GATGGTGAAC 1624
| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||
Sbjct 1551 CAAAAATGAAGTTGAAGATGGTGGAGATGACTCTGCTTCCGATTC-GCCAGATGATGAGG 1609
Query 1625 CAGGGGATTATCAGATAGATGATAAGGACTCTGGTAACATATCACAATGGAAAGCACCCT 1684
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1610 CAGGGGATTATCAGATAGATGATAAGGACTTTGGTAACATATCAAAATGGAAAGCACCCT 1669
Query 1685 TGAAGGAGATAGCCAGAAAGAAGAACCCCAACTTGATGCAAATTGTGTATGGAGCATC-- 1742
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1670 TGAAGGAGAAAGCCAGAAAGAAGAACCCCAACTTGATGCAGATTGTGTATGGAGCATCGG 1729
Query 1743 -ATCATTAGCTACTCCCTTGATAAATGAGAACCATGACATTAGTGATGATGACGAAAGTG 1801
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1730 GATCATCAGCTACTCCCTTGATAAATGAGAACCATGACATTAGTGATGATGAAGAAAGTG 1789
Query 1802 ATGATGAAGACTTCTTTAAGCCAAAAGGAGAACAACA-CAAGAATTTAGGTGGTGGATTG 1860
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| | ||||||| || |
Sbjct 1790 ATGATGAAGACTTCTTTAAGCCAAAAGGAGAACAA-AGCAAGAATCTGGGTGGTGAATGG 1848
Query 1861 GATGTGGGATATGTCAACTCAGAGGATTGTTCTAAATTTGTGAATTATGGATACCTAAAG 1920
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1849 GATGTGGGATATGTCAACTCAGAGGATTGTTCTAAATTTGTGAATTATGGTTACCTAAAG 1908
Query 1921 AATTGGAAAGAGAAAGAAGTATGTGAGAGCATTCGTGATCGATTTACCACTGGTGATTGG 1980
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1909 AATTGGAAAGAGAAAGAAGTCTGTGAGAGCATTCGTGATCGATTTACCACTGGTGATTGG 1968
Query 1981 TCAAAAGCTGCTCTGAGAGACAAAAATTTAGGTACTGGCGGTGAGGGAGAAGATGATGAA 2040
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1969 TCAAAAGCTGCTCTGAGAGACAAAAATTTAGGTACTGGCGGTGAGGGAGAAGATGATGAA 2028
Query 2041 CTTTATGGTGATTTTGAGGATCTAGAGACGGGAGAGAAGCACAAAAGCCATGAGAACTTG 2100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||
Sbjct 2029 CTTTATGGTGATTTTGAGGATCTAGAGACGGGAGAGAAGCATAAAAGCCATGTTAACATG 2088
Query 2101 GAATCGGGTGCAAATGAAAATGAAGATGAAGATGCAGAAGTCGTTGAGCGTGATGGGAAC 2160
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2089 GAATCGGGTGCAAATGAAAATGAAGATGAAGATGCAGAAGTCGTTGAGCGTGATGGGAAC 2148
Query 2161 AATCCTCGTAGTCAAGCCGATGAACCAGGATACGCTGATAAATTGAAGGAAGCGCAGGAA 2220
|||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||
Sbjct 2149 AATCCTCGTAGTCAAGCCAATGAACCAGGATACGTTGATAAATTGAAGGAAGAGCTTGAA 2208
Query 2221 ATTACAAAACAGAGGAATGAGTTAGAATACAATGATCTTGACGAGGAAACTCGAATTGAG 2280
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2209 ATTATAAAACAGAGGAATGAGTTAGAATACAATGATCTTGACGAGGAAACTCGAATTGAG 2268
Query 2281 TTAGCAGGATTCCGGACTGGAACATACTTGAGGCTGGAGATTCACAATGTTCCTTATGAG 2340
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2269 TTAGCGGGATTCCGGACTGGAACATACTTGAGGCTGGAAATTCACAATGTTCCTTATGAG 2328
Query 2341 ATGGTTGAATTCTTTGATCCTTGTCATCCAATTCTAGTTGGAGGTATTGGTTTCGGCGAG 2400
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2329 ATGGTTGAATTCTTTGATCCTTGTCATCCAATTCTGGTTGGAGGTATTGGTTTCGGCGAG 2388
Query 2401 GACAATGTTGGATATATGCAGGCCCGGTTGAAGAAACATAGGTGGCATAAGAAAGTACTA 2460
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2389 GACAATGTTGGATATATGCAGGCCCGGTTGAAGAGACATAGGTGGCATAAGAAAGTACTA 2448
Query 2461 AAGACAAGAGATCCTATTATTGTGTCTATTGGATGGAGACGCTATCAGACTATTCCTGTA 2520
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||
Sbjct 2449 AAGACAAGAGATCCTATTATTGTGTCTATCGGATGGAGACGCTATCAAACAATGCCTGTA 2508
Query 2521 TTTGCCATTGAAGATCGCAATGGCAGGCATCGAATGCTCAAGTATACTCCAGAACACATG 2580
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2509 TATGCCATTGAAGATCGCAATGGCAGGCATCGAATGCTCAAGTATACTCCAGAACACATG 2568
Query 2581 CACTGCCTTGCTTCGTTCTGGGGTCCTCTTGTCCCACCCAACACTGGCTTTGTCGCTTTC 2640
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2569 CACTGCCTTGCTACGTTCTGGGGTCCTCTTGTCCCACCCAACACCGGCTTTGTCGCTTTC 2628
Query 2641 CAGAACCTGTCAAACAATCAGGCAGGATTTAGGATAACAGCGACTTCTGTAGTTCTGGAG 2700
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 2629 CAGAACCTGTCAAACAATCAGGCAGGATTTAGGATAACAGCGACATCTGTAGTTCTTGAG 2688
Query 2701 TTTAATCACCAGGCCCGTATTGTAAAGAAAATCAAGCTGGTTGGGACTCCGTGCAAGATC 2760
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2689 TTTAATCACCAGGCCCGTATTGTAAAGAAAATCAAGATGGTTGGGACTCCCTGCAAGATC 2748
Query 2761 AAGAAAAAGACTGCATTTATCAAAGACATGTTCACTTCTGACCTTGAAATAGCTCGATTT 2820
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2749 AAGAAAAAGACTGCATTTATCAAAGACATGTTCACTTCTGACCTAGAAATAGCTCGATTT 2808
Query 2821 GAAGGTTCATCTGTTCGGACAGTTAGTGGCATTAGAGGACAAGTAAAAAAGGCTGGAAAA 2880
|||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2809 GAAGGTTCATCTGTCCGAACAGTTAGTGGCATTAGAGGACAAGTTAAAAAGGCTGGAAAA 2868
Query 2881 AACATGCTTGATAACAAGGCTGAAGAAGGGATTGCGAGGTGTACCTTTGAAGATCAAATC 2940
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2869 AACATGCTTGATAACAAGGCTGAAGAAGGGATTGCGAGGTGTACCTTTGAAGATCAAATC 2928
Query 2941 CATATGAGCGACATGGTATTCTTAAGGGCTTGGACTACAGTGGAAGTTCCACAATTTTAC 3000
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2929 CATATGAGCGACATGGTCTTCTTAAGGGCTTGGACTACAGTGGAAGTTCCACAATTTTAC 2988
Query 3001 AATCCTCTAACGACAGCCTTGCAACCCCGCGATAAGACCTGGAATGGGATGAAAACTTTT 3060
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2989 AATCCTCTAACGACAGCCTTGCAACCCCGTGATAAGACCTGGAATGGGATGAAAACCTTT 3048
Query 3061 GGCGAACTCCGTAGAGAGCTGAATATTCCTATTCCAGTGAATAAGGATTCACTCTACAAG 3120
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3049 GGCGAACTCCGTAGAGAGCTGAATATTCCTGTTCCAGTGAATAAGGATTCACTCTACAAG 3108
Query 3121 GCAATCGAAAGAAAGCAAAAGAAGTTCAATCCACTACAGATTCCAAAGCGTCTAGAAAAA 3180
|||| |||||||||| ||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 3109 CCAATTGAAAGAAAGCCAAAGAAGCTCTATCCACTAAAGATTCCAAAGAGTCTACAAAAA 3168
Query 3181 GATTTACCGTTTATGTCGAAACCCAAAAATATACCAAAGCGGAAAAGACCATCACTAGAG 3240
||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3169 GATTTACCGTTTACATCGAAACCCAAAGATATACCAAAGCGGAAAAGACCATCACTAGAT 3228
Query 3241 GATAAAAGAGCAGTTATAATGGAACCGAAAGAAAGAAAAGAGCATACTATCATCCAGCAA 3300
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3229 GATAAAAGAGCAGTTATAATGGAACCTAAAGAAAGAAAAGAGCATTCTATCATCCAGCAA 3288
Query 3301 TTCCAGCTGCTTCAACATCACACGATgaagaagaaaaaggcaacggatcagaagaagagg 3360
||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3289 TTCCAGCTGCTGCAACATCACAGGATGAAGAAGAAAAAGGCAACGGATCAGAAGAAGAGG 3348
Query 3361 aaagagtatgaagcagagaaagctaagaaTGAGGAAATAAATAAGAAACGTAGgagagaa 3420
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3349 AAAGAGTATGAAGCAGAGAAAGCTAAGAATGAGGAAATAAATAAGAAACGGAGGAGAGAG 3408
Query 3421 gagagacgggacagatatcgtgaggaagataaacagaaaaagaagacgagaagaagCCTT 3480
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3409 GAGAGACGTGACAGATATCGTGAGGAAGATAAACAAAAAAAGAAGACGAGAAGAAGCCAA 3468
Query 3481 GATTAATTTATTAATACCTTATTTCAACTTTTGTGTAATACTAAAAGTTTTGTTTTCAT 3539
||||||| | | ||| ||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 3469 GATTAATG-A--A-TACGTTATTTCAACT---GTG-A-TACTAAAAGTTTTGTTTTCAT 3518
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 138148989990
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5