BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G06840.1
Length=3240
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg910368 jgi|Araly1|910368|Al_scaffold_0001_622 4580 0.0
> Ahg910368 jgi|Araly1|910368|Al_scaffold_0001_622
Length=2826
Score = 4580 bits (2480), Expect = 0.0
Identities = 2665/2756 (97%), Gaps = 6/2756 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 384 TGAGGGCTTTGCGAGTGATCAAAGAAAGTTTGAACGATCCTGTTCATAGATTGAGAAATT 443
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 71 TGAGGGCTTTGCGAGTGATCAAAGAAAGTTTGAAGGATCCTGTTCATAGATTGAGAAATT 130
Query 444 GGAAGCATGGAGACCCGTGCAATTCGAATTGGACTGGTGTTGTCTGCTTCAACTCCACTC 503
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 131 GGAAGCATGGAGACCCGTGCAATTCGAATTGGACTGGTGTTGTCTGCTTCAATTCCACTC 190
Query 504 TTGATGATGGTTATCTTCATGTCAGCGAATTGCAATTGTTCAGTATGAATCTCTCAGGGA 563
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 191 TTGATGACGGTTATCTTCATGTCAGCGAATTGCAATTGTTCAGTATGAATCTCTCAGGGA 250
Query 564 ACTTGTCTCCGGAGCTTGGCCGGTTGTCTCGTCTTACTATCCTGAGTTTCATGTGGAATA 623
| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |
Sbjct 251 ATTTGTCTCCGGAGCTTGGCCGGTTGACTCGTCTTACTGTCCTGAGTTTCATGTGGAACA 310
Query 624 AGATCACCGGAAGTATACCAAAGGAAATTGGGAATATCAAGTCCTTAGAACTCTTGCTCC 683
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 311 AGATCACCGGTAGTATACCAAAGGAAATTGGGAATATCAAGTCCTTAGAACTCTTGCTCT 370
Query 684 TGAATGGAAATCTGTTAAATGGAAACTTACCAGAGGAGCTAGGGTTTCTTCCAAACTTGG 743
||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 371 TGAATGGAAATCTATTAACTGGAAACTTACCTGAGGAGCTTGGGTTTCTTCCAAACTTGG 430
Query 744 ACAGAATACAGATTGATGAAAACCGTATATCAGGACCACTTCCCAAATCTTTTGCAAACT 803
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 431 ACAGAATACAGATTGATGAAAACCGTATATCAGGACCACTTCCCAAATCGTTTGTAAACT 490
Query 804 TAAACAAAACGAAGCACTTTCACATGAACAATAATTCTATTAGCGGGCAGATACCACCAG 863
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 491 TAAACAAGACGAAGCATTTTCACATGAACAATAATTCAATTAGCGGGCAGATACCACCAG 550
Query 864 AGCTTGGAAGCCTACCATCCATTGTTCACATCCTTCTTGATAACAACAATTTATCAGGCT 923
|| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 551 AGATTGGAAGCCTACCATCAATTGTTCACATCCTTCTTGACAACAACAATTTATCAGGCT 610
Query 924 ATCTTCCCCCTGAGTTATCAAACATGCCGCGTTTACTTATCCTACAATTAGATAACAATC 983
|||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 611 ATCTTCCCCCTGAGTTATCAAACATGCCACATTTGCTTATCCTACAATTAGATAACAATC 670
Query 984 ACTTTGACGGGACTACGATTCCACAATCTTATGGAAACATGTCTAAACTTTTGAAGATGA 1043
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 671 ACTTTGATGGGACTACGATTCCACAATCTTATGGAAACATGTCTAAACTTTTGAAGATGA 730
Query 1044 GTCTTAGGAACTGCAGCTTGCAAGGGCCAGTGCCTGATCTTAGCAGCATACCGAACCTTG 1103
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 731 GTCTTAGGAACTGCAGCTTGCAAGGGCCAGTGCCTGATCTTAGCAGTATACCGAACCTTG 790
Query 1104 GTTATTTGGACCTAAGTCAAAATCAGTTAAATGGATCTATACCTGCAGGGAAGCTTTCTG 1163
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 791 GTTATTTGGACCTAAGTCAAAATCAGTTAAATGGATCTATACCTACAGGGAAGCTTTCTG 850
Query 1164 ATAGTATCACAACCATCGATCTATCCAATAACAGTCTAACTGGAACCATTCCAACAAATT 1223
||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 851 ATAATATCACAACCATCGATCTATCCAGCAACAGTCTAACTGGAACCATTCCAACAAATT 910
Query 1224 TCTCAGGCCTTCCACGGCTTCAAAAGCTGTCGCTTGCAAACAATGCTCTGAGTGGTTCCA 1283
||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 911 TCTCAGGCCTTCCTCGGCTTCAAAAGTTGTCGCTTGCAAACAATGCTCTGAGTGGTTCCA 970
Query 1284 TTCCCTCTAGAATATGGCAGGAAAGAGAGCTGAATTCAACCGAGAGTATTATCGTGGATC 1343
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 971 TTCCCTCTAGAATATGGCAGGAAAGAGAGCTGAATTCAACCGAGAGTATTATTGTGGATC 1030
Query 1344 TGCGGAACAATGGGTTTTCAAATATCTCTGGCAGATCCGATCTCCGTCCAAATGTGACCG 1403
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1031 TGCGGAACAATAGGTTTTCAAATATCTCTGGCAGATCCGATCTCCGCCCAAATGTGACCG 1090
Query 1404 TCTGGCTTCAGGGGAATCCGTTGTGCTCAGATGGAAATCTGCTTCGATTGTGTGGACCTA 1463
||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1091 TCTGGCTTCAGGGAAATCCGTTATGCTCAGATGGAAATCTGCTTCGACTGTGTGGACCTA 1150
Query 1464 TAACTGAGGAAGACATTAAT------CAGGGTTCAACCAATTCTAATACTACAATTTGTT 1517
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 1151 TAACTGAGGAAGACATTAATCAGGGACAGGGTTCAACCAATTCTTATACTACAACTTGTT 1210
Query 1518 CTGACTGCCCACCCCCTTATGAATTTTCACCAGAACCTCTTAGACGTTGCTTTTGTGCTG 1577
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1211 CGGACTGCCCACCCCCTTATGAATTTTCACCAGAACCTCTTAGACGGTGCTTTTGTGCTG 1270
Query 1578 CTCCTCTGCTTGTTGGATATCGGTTGAAAAGTCCTGGTTTCTCGGACTTTGTTCCTTACA 1637
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1271 CTCCTCTGCTTGTTGGATATCGGTTGAAAAGTCCTGGTTTCTCGGATTTTGTTCCTTATA 1330
Query 1638 GATCCGAATTTGAGCAATATATCACCTCTGGTCTTAGTTTGAATCTGTATCAGCTACGCC 1697
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1331 GATCCGAATTTGAGCAATATATCACCTCTGGTCTTAGTTTGAATCTGTATCAGCTGCGCC 1390
Query 1698 TTGACTCATTCCAGTGGCAGAAAGGACCTAGACTTCGAATGTATTTGAAGTTCTTTCCTG 1757
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1391 TTGACTCATTCCAGTGGCAAAAAGGACCTAGACTTCGAATGTATTTGAAGTTCTTTCCTG 1450
Query 1758 TTTTTGGTTCAAATGCCAACAATTCTTTCATATTCAATCGTAGCGAGGTTCGGCGAATAA 1817
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1451 TTTTTGGTTCAAATGCCAACAATTCTTTCATATTCAATCGTAGCGAGGTTCGACGAATAA 1510
Query 1818 GGGGCATGTTCACTGGATGGAATATCCGAGACGAAGATCTCTTTGGTCCTTATGAGCTTA 1877
|||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1511 GGGGCATGTTCACTGGATGGCATATTCGAGACGAAGATCTGTTTGGTCCTTATGAGCTTA 1570
Query 1878 TGAATTTCACATTGTTAGATGTCTACAGAGATGTGTTTCCTTCAGCTTCGCCATCTGGTC 1937
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1571 TGAATTTCACATTGTTAGATGTCTACAGAGATGTGTTTCCTTCAGCTTCACCATCTGGTT 1630
Query 1938 TAAGTAATGGTGCAGTTGCGGGAATAGTTCTTGGTTCTGTTGCAGCTGCAGTAACGCTAA 1997
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1631 TAAGTAAGGGTGCAGTTGCGGGAATAGTTCTTGGTTCTGTTGCAGCTGCAGTTACGCTAA 1690
Query 1998 CTGCTATCATTGCCCTTATCATTATGAGAAAACGTATGAGAGGATACAGTGCAGTTGCTA 2057
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1691 CTGCTATCATTGCCCTTATCATTATGAGAAAACGTATGAGAGGATACAGTGCGGTTGCTA 1750
Query 2058 GAAGAAAGCGATCTTCCAAAGCTTCTTTGAAAATCGAAGGTGTGAAGAGCTTCACTTATG 2117
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1751 GAAGAAAGCGATCTTCCAAAGCTTCTTTGAAAATCGAAGGTGTGAAGAGCTTTACTTATG 1810
Query 2118 CTGAGTTGGCTCTGGCTACAGACAATTTTAATAGTTCCACTCAAATTGGGCAAGGGGGTT 2177
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1811 ATGAGTTGGCTCTGGCTACAGACAATTTTAATAGTTCCACTCAAATTGGGCAAGGGGGTT 1870
Query 2178 ATGGAAAGGTATACAAAGGTACACTTGGGAGTGGAACGGTTGTGGCAATTAAAAGAGCAC 2237
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1871 ATGGAAAGGTCTACAAAGGTACCCTTGGGAGTGGAACGGTTGTGGCAATTAAAAGAGCAC 1930
Query 2238 AAGAGGGATCATTGCAGGGTGAGAAGGAGTTCCTAACTGAAATTGAATTGTTATCGAGAT 2297
||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1931 AAGAGGGATCATTGCAGGGCGAGAAAGAGTTCCTAACTGAAATTGAATTGTTATCGAGAT 1990
Query 2298 TGCATCACAGAAACCTTGTTTCGTTGCTTGGATTCTGTGATGAAGAAGGCGAACAGATGC 2357
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1991 TGCATCACAGAAACCTTGTTTCGTTGCTTGGATTCTGTGATGAAGAAGGGGAACAGATGC 2050
Query 2358 TGGTTTATGAGTACATGGAAAATGGTACTTTGCGAGACAACATTTCTGTTAAATTAAAAG 2417
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2051 TGGTTTATGAGTACATGGAAAATGGTACTTTGCGAGACAACATTTCTGTTAAATTAAAAG 2110
Query 2418 AGCCTCTAGACTTTGCGATGAGACTACGGATTGCTTTAGGTTCAGCCAAGGGAATCTTGT 2477
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2111 AGCCTCTAGACTTTGCGATGAGACTACGGATTGCTTTAGGTTCAGCCAAGGGAATCCTGT 2170
Query 2478 ATTTACACACGGAAGCTAATCCCCCGATATTTCATCGCGATATCAAAGCAAGCAACATAT 2537
|||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2171 ATTTACACACCGAAGCTAATCCCCCAATATTCCATCGCGATATCAAAGCAAGCAACATAT 2230
Query 2538 TGTTGGACTCCAGATTCACCGCAAAGGTTGCAGATTTTGGACTCTCAAGACTTGCCCCAG 2597
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2231 TGTTGGACTCCAGATTCATCGCAAAGGTTGCAGATTTTGGACTCTCAAGACTTGCCCCAG 2290
Query 2598 TACCTGATATGGAAGGCATCTCACCTCAGCACGTGTCTACTGTTGTAAAAGGGACTCCTG 2657
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2291 TACCTGATATGGAAGGCATCTCACCTCATCACGTGTCTACTGTTGTAAAAGGGACTCCGG 2350
Query 2658 GTTACCTTGACCCGGAATATTTCTTGACTCATCAATTGACGGACAAAAGTGATGTATATA 2717
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2351 GTTACCTTGACCCGGAATATTTCTTGACTCATCAATTGACGGACAAAAGCGATGTATATA 2410
Query 2718 GTCTAGGCGTAGTGTTGTTAGAGCTCTTTACTGGAATGCAGCCAATCACACATGGCAAGA 2777
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2411 GTCTAGGCGTAGTGTTCTTAGAGCTCTTTACTGGAATGCAGCCAATCACACATGGCAAGA 2470
Query 2778 ACATTGTGCGAGAGATCAACATTGCCTACGAGTCTGGTTCGATATTATCAACCGTGGATA 2837
||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| | |||||||
Sbjct 2471 ACATTGTTCGAGAGATCAACATTGCTTACGAGTCTGGTTCAATATTATCCGCTGTGGATA 2530
Query 2838 AGAGAATGAGCTCAGTTCCAGACGAATGCCTCGAAAAGTTTGCAACTTTAGCGCTGCGAT 2897
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2531 AGAGAATGAGCTCAGTTCCAGACGAATGCCTTGAAAAGTTTGCAACTTTAGCGCTGCGAT 2590
Query 2898 GCTGCAGAGAGGAGACAGATGCGAGGCCTTCAATGGCAGAAGTTGTAAGAGAACTAGAAA 2957
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2591 GCTGCAGAGAGGAGACAGATGCGAGGCCTTCAATGGCGGAAGTTGTAAGAGAACTGGAAA 2650
Query 2958 TCATATGGGAACTGATGCCGGAATCTCATGTAGCCAAGACAGCGGATCTCTCTGAGACAA 3017
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2651 TCATATGGGAACTGATGCCGGAATCTCATGTAGCCAAAACAGCGGATCTGTCTGAGACAA 2710
Query 3018 TGACTCATCCATCATCGTCATCGAATTCTTCAATCATGAAGCATCATTATACATCGATGG 3077
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2711 TGACTCATCCATCATCGTCATCGAATTCTTCAATCATGAAGCATCCTTATACATCGATGG 2770
Query 3078 ATGTCTCCGGCTCTGACCTCGTCAGTGGAGTTGCTCCCTCAGTTGCACCTAGATAG 3133
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2771 ATGTCTCCGGCTCTGACCTTGTCAGTGGAGTTGCTCCCTCCGTTGCACCTAGATAG 2826
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 122278982049
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5