BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G06900.1 Length=3413 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg919404 jgi|Araly1|919404|scaffold_100685.1 5276 0.0 > Ahg919404 jgi|Araly1|919404|scaffold_100685.1 Length=3119 Score = 5276 bits (2857), Expect = 0.0 Identities = 3041/3129 (97%), Gaps = 16/3129 (1%) Strand=Plus/Plus Query 89 TCTTCTTCTCAAAACGAGAACAATGTCTTCAATGAAATCCGTCTCGGCTTTGGACAATGT 148 ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 TCTTCTTCTCAGAACGAGAACAATGTCTCCAATGAAATCCGTCTCGGCTTTGGACAATGT 60 Query 149 AGTGGTGAAGTCACCAAACGATCGGAGGTTATACAGAGTGATTGAATTGGAGAATGGATT 208 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 AGTGGTGAAGTCACCGAACGATCGGAGGTTATACAGAGTGATTGAATTGGAGAATGGATT 120 Query 209 GTGTGCTCTGCTCATTCACGATCCAGATATTTACCCCGAAGGCTCTGTTCCGGATCAAAT 268 |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 GTGTGCTCTGCTTATTCACGATCCAGATATTTATCCCGAAGGCTCTGTTCCGGATCAAAT 180 Query 269 TGATGAAGATGACGAGGAC-G-G-TG-A-A-GAAGAAGATAGTGACGGGAGCTCtgaaga 322 ||||||||||||||||||| | | | | | ||||||||||||||| | || ||| || Sbjct 181 TGATGAAGATGACGAGGACGGAGAAGAAGATGAAGAAGATAGTGAC-GAAG--ATGATGA 237 Query 323 tgatgatgatgatgaagatgatgaggaagatggggaaggagatgaagaagatgaggatga 382 ||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 238 TGAAGATGATGATGAAGAAGATGATGAAGAAGGGGAAGGAGATGAAGAAGAT---GATGA 294 Query 383 ggatgaagatgaagtgaaagggaaaggggatCATCAGACCAAAAAGGCTGCTGCAGCTAT 442 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 295 GGATGAAGATGAAGTGAAAGGGAAAGGGGATCATCAGACCAAAAAGGCTGCTGCAGCTAT 354 Query 443 GTGTGTTTCAATGGGAAGCTTCTTGGATCCTCCGGAGGCACAAGGCCTGGCTCACTTTCT 502 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 355 GTGTGTTTCAATGGGAAGCTTCTTGGATCCTCCGGAGGCACAAGGCCTAGCTCACTTTCT 414 Query 503 TGAACACATGCTTTTTATGGGTAGCACTGAGTTCCCCGATGAGAATGAATATGATAGTTA 562 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 415 TGAACACATGCTTTTTATGGGTAGCACTGAGTTCCCCGATGAGAATGAATATGATAGTTA 474 Query 563 CTTGTCTAAGCATGGTGGATCCTCTAACGCATACACAGAAATGGAGCATACATGCTATCA 622 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 475 CTTGTCTAAGCATGGTGGATCCTCTAACGCGTACACAGAAATGGAGCATACATGCTATCA 534 Query 623 CTTCGAAGTCAAGAGAGAATTTCTTCAAGGGGCCTTGAAAAGATTCTCTCAGTTTTTTGT 682 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 535 CTTCGAAGTCAAGAGAGAATTTCTTCAAGGGGCCTTGAAAAGATTCTCTCAGTTTTTTGT 594 Query 683 TGCACCGCTCATGAAGACTGAAGCTATGGAACGGGAAGTCCTGGCCGTTGATTCAGAATT 742 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 595 TGCACCGCTCATGAAGACTGAAGCTATGGAACGAGAAGTCCTTGCCGTTGATTCAGAATT 654 Query 743 TAACCAGGCCCTCCAAAATGATGCATGTCGCCTGCAACAACTTCAGTGCTATACATCTGC 802 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 655 TAACCAGGCCCTCCAAAATGATGCATGTCGCCTGCAACAACTTCAGTGCTATACGTCTGC 714 Query 803 AAAGGGTCATCCTTTTAATAGGTTTGCATGGGGTAACAAGAAGAGCTTAAGTGGTGCAAT 862 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 715 AAAGGGTCATCCTTTTAATAGGTTTGCATGGGGTAACAAGAAGAGCTTAAGTGGTGCAAT 774 Query 863 GGAAAATGGGGTTGATCTACGGGAATGTATTGTGAAATTATACAAGGAATATTACCATGG 922 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 775 GGAAAATGGGGTTGATCTACGGGAATGTATTGTGAAATTATACAAGGAATATTACCATGG 834 Query 923 TGGACTGATGAAGCTCGTTGTCATTGGGGGAGAATCTCTCGACATGCTTGAAAGTTGGGT 982 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 835 TGGACTGATGAAGCTCGTTGTCATTGGGGGAGAATCTCTCGACATGCTTGAAAGTTGGGT 894 Query 983 TGTAGAACTATTTGGTGATGTCAAAAACGGATCCAAAATCAGGCCAACTCTGGAGGCAGA 1042 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 895 TGTAGAACTATTTGGTGATGTCAAAAACGGATCCAAAATCAGGCCAACTCTGGAGGCAGA 954 Query 1043 AGGTCCTATTTGGAAAGGCGGTAAGTTATATCGCCTAGAGGCGGTTAAAGATGTTCATAT 1102 |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 955 AGGTCCTATTTGGAAAGGTGGTAAATTATATCGCCTAGAAGCGGTTAAAGATGTTCATAT 1014 Query 1103 ACTTGATTTGACATGGACTCTCCCTCCTCTTCGCTCTGCCTATGTGAAGAAGCCGGAAGA 1162 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1015 ACTTGATTTGACATGGACTCTCCCTCCTCTTCGCTATGCCTATGTGAAGAAGCCGGAAGA 1074 Query 1163 CTACCTAGCACATCTATTAGGACATGAGGGTAGAGGAAGTCTGCATTCATTCCTCAAAGC 1222 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1075 CTATCTAGCACATCTATTAGGACATGAGGGTAGAGGAAGTCTGCATTCATTCCTCAAAGC 1134 Query 1223 CAAGGGTTGGGCAACCTCACTGTCTGCTGGTGTTGGGGATGATGGAATCAACCGCTCGTC 1282 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1135 TAAGGGTTGGGCAACCTCACTGTCTGCTGGTGTTGGGGATGATGGAATTAACCGCTCGTC 1194 Query 1283 TCTAGCATATGTGTTCGGCATGTCCATACATCTCACTGACTCTGGTTTAGAGAAGATTTA 1342 |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1195 TCTAGCCTATGTATTCGGCATGTCCATACATCTCACTGACTCTGGTTTAGAGAAGATTTA 1254 Query 1343 TGACATCATTGGTTACATCTATCAATATCTCAAGTTATTGCGTGATGTGTCACCACAAGA 1402 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1255 TGACATCATTGGTTACATCTATCAATATCTCAAGTTATTGCGTGATGTGTCACCACGAGA 1314 Query 1403 ATGGATATTCAAGGAACTCCAAGATATTGGGAACATGGACTTCAGATTTGCTGAGGAGCA 1462 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1315 ATGGATATTCAAGGAACTCCAAGATATTGGGAACATGGACTTTAGATTTGCTGAGGAGCA 1374 Query 1463 GCCGGCAGATGATTATGCTGCTGAGCTCTCAGAGAATATGCTTGCTTATCCAGTGGAGCA 1522 |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1375 GCCGGCGGATGATTATGCTGCTGAGCTCTCAGAGAATATGCTTGCTTATCCGGTGGAGCA 1434 Query 1523 CGTTATTTATGGTGATTATGTGTACCAGACATGGGATCCAAAATTGATAGAAGATCTTAT 1582 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1435 CGTTATTTATGGTGATTATGTATACCAGACATGGGATCCAAAATTGATAGAAGATCTTAT 1494 Query 1583 GGGTTTTTTCACACCTCAGAACATGAGGATTGATGTTGTTTCGAAATCCATCAAGTCGGA 1642 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1495 GGGTTTTTTCACACCTCAGAACATGAGGATTGATGTTGTTTCGAAATCCATCAAGTCGGA 1554 Query 1643 AGAGTTCCAACAAGAACCTTGGTTCGGTTCTAGTTACATAGAGGAAGATGTTCCATTGTC 1702 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1555 AGAGTTCGAACAAGAACCTTGGTTCGGTTCTAGTTACATAGAGGAAGATGTTCCATTGTC 1614 Query 1703 TTTGATGGAATCATGGAGCAATCCTTCAGAAGTAGATAACTCTTTACATCTCCCCTCGAA 1762 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1615 TTTGATGGAATCATGGAGCAATCCTTCAGAAGTAGATAACTCTTTGCATCTCCCCTCGAA 1674 Query 1763 AAACCAATTCATCCCTTGTGATTTTTCGATCCGAGCCATTAACTCTGATGTGGATCCCAA 1822 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1675 AAACCAATTCATCCCTTGTGATTTTTCAATCCGAGCCATTAATTCTGATGTGGATCCCAA 1734 Query 1823 AAGTCAGTCTCCTCCGAGATGTATAATTGATGAACCGTTCATGAAATTCTGGTACAAGCT 1882 ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1735 AAGTCAGTCTCCTCCTAGATGTATAATTGACGAACCGTTCATGAAATTCTGGTACAAGCT 1794 Query 1883 TGACGAAACTTTTAAGGTTCCTCGTGCAAATACATACTTCCGCATAAATTTGAAGGGGGC 1942 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1795 TGACGAAACTTTTAAGGTTCCTCGTGCAAATACATACTTCCGCATAAATTTGAAGGGGGC 1854 Query 1943 ATATGCCAGTGTGAAGAACTGCCTTTTGACAGAATTATATATTAACCTTCTGAAAGATGA 2002 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| Sbjct 1855 ATATGCCAGTGTGAAGAACTGCCTTTTGACAGAATTATTTATTAACCTTCTAAAAGATGA 1914 Query 2003 GCTTAATGAGATCATCTACCAGGCCAGTATAGCAAAACTTGAAACTTCTTTATCTATGTA 2062 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1915 GCTAAATGAGATCATCTACCAGGCCAGTATAGCAAAACTTGAAACTTCTTTATCTATGTA 1974 Query 2063 TGGTGATAAGCTAGAGCTTAAAGTGTATGGCTTTAATGAGAAAATTCCAGCTCTTCTATC 2122 |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1975 TGGTGACAAGCTAGAGCTTAAAGTGTATGGCTTTAATGAGAAAATTCCAGCTCTTCTATT 2034 Query 2123 AAAAATCTTAGCCATAGCCAAATCCTTCATGCCAAACCTGGAGCGATTTAAGGTTATCAA 2182 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2035 AAAAATCTTAGCCATAGCCAAATCCTTCATGCCAAACCTGGAGCGATTTAAGGTTATCAA 2094 Query 2183 AGAAAACATGGAGAGAGGGTTTAGGAATACTAATATGAAGCCTTTGAACCATTCTACATA 2242 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2095 AGAAAACATGGAGAGAGGGTTTAGGAATACTAATATGAAGCCTTTGAACCATTCTACATA 2154 Query 2243 CTTGAGACTGCAACTCTTGTGTAAACGGATCTATGACAGCGATGAAAAGTTGTCTGTACT 2302 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2155 CTTGAGACTGCAACTCTTGTGTAAACGGATCTATGACAGCGATGAAAAGTTGTCTGTACT 2214 Query 2303 AAATGATTTGTCTCTCGATGATCTCAACAGCTTTATTCCTGAACTCCGCTCTCAGATATT 2362 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 2215 AAATGATTTGTCTCTCGATGATCTCAACAGCTTTATTCCTGAACTCCGTTCTCAGATATT 2274 Query 2363 TATTGAGGCTCTATGTCATGGTAATTTGTCCGAAGACGAAGCAGTGAACATATCAAACAT 2422 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2275 TATTGAGGCTCTGTGTCATGGTAATTTGTCCGAAGATGAAGCAGTGAACATATCAAACAT 2334 Query 2423 TTTCAAAGACAGTTTGACGGTTGAACCACTCCCAAGCAAATGTAGACATGGTGAACAGAT 2482 |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2335 ATTCAAAAATAGTTTGACGGTTGAACCACTCCCAAGCAAATGTAGACATGGAGAACAGAT 2394 Query 2483 AACATGTTTCCCTATGGGTGCCAAACTTGTGAGAGATGTCAATGTGAAGAACAAATCTGA 2542 ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2395 AACATGTTTCCCTCTGGGTGCCAAACTTGTAAGAGATGTTGATGTGAAGAACAAATCTGA 2454 Query 2543 AACAAACTCAGTAGTCGAGCTTTACTATCAAATCGAGCCTGAAGAAGCTCAATCAACGAG 2602 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || Sbjct 2455 AACTAACTCAGTAGTCGAGCTTTACTATCAAATCGAGCCTGAAGAAGCGCAGTCAACAAG 2514 Query 2603 AACGAAAGCTGTGCTGGATCTCTTTCATGAAATCATAGAAGAGCCATTGTTCAATCAGTT 2662 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2515 AATGAAAGCTGTGCTGGATCTCTTTCATGAAATCATAGAAGAGCCATTGTTCAATCAGTT 2574 Query 2663 GAGGACAAAGGAGCAGCTTGGTTATGTTGTCGAGTGTGGCCCTCGCTTAACGTATCGTGT 2722 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2575 GAGGACAAAGGAGCAGCTTGGTTATGTTGTCGAGTGTGGCCCTCGCTTAACGTATCGTGT 2634 Query 2723 GCACGGTTTCTGTTTCTGTGTTCAATCTTCTAAGTACGGTCCAGTTCATTTGCTGGGGAG 2782 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2635 CCACGGTTTCTGTTTCTGTGTTCAATCTTCTAAATACGGTCCAGTTCATTTGCTGGGGAG 2694 Query 2783 AGTTGACAATTTCATAAAAGATATCGAAGGGCTTCTGGAACAACTGGATGATGAATCCTA 2842 ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| Sbjct 2695 AGTCGACAATTTCATAAAAGATATCGAAGGCCTTCTGGAACACCTCGATGATGAATCCTA 2754 Query 2843 TGAAGATTACCGAAGTGGTATGATTGCTAGATTGCTGGAAAAGGATCCCTCTCTCTTGTC 2902 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2755 TGAAGATTACCGAAGTGGTATGATTGCTAGATTGCTGGAAAAGGATCCCTCTCTCTTGTC 2814 Query 2903 CGAGACAAATGACTTATGGAGTCAGATTGTTGACAAAAGGTACATGTTTGATTTCTCCCA 2962 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2815 TGAGACAAATGAATTATGGAGTCAGATTGTTGACAAAAGGTACATGTTTGATTTCTCCCA 2874 Query 2963 CAAAGAAGCAGAAGAACTAAGAAGTATACAGAAGAAAGATGTGATCAGTTGGTACAAAAC 3022 ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2875 CAAGGAAGCAGAAGAACTAAGAAGCATACAGAAGAAAGATGTGATCAGTTGGTACAAAAC 2934 Query 3023 CTATTTCAGAGAATCATCACCCAAATGTCGTAGGCTTGCGGTAAGGGTTTGGGGATGCGA 3082 ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2935 CTATTTCAGAGAATCGTCACCCAAATGCCGTAGGCTTGCGGTAAGGGTTTGGGGATGCGA 2994 Query 3083 TACCAATATGAAAGAAACTCAAACAGATCAAAAGGCGGTGCAGGTCATCGCAGACGCAGT 3142 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2995 TACCAATATGAAAGAAACTCAAACAGATCAAAAGGCGGTGCAGGTCATCGCAGACGCAGT 3054 Query 3143 GGCTTTCAAGTCAACTTCTAAGTTTTACCCCAGCCTTTGCTAATGAGAAGAAACATACAA 3202 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| Sbjct 3055 GGATTTCAAGTCAACTTCTAAGTTTTACCCCAGCCTTTGCTAATGAGAA-A--CATACAA 3111 Query 3203 AAGAGTTTT 3211 | ||||||| Sbjct 3112 A-GAGTTTT 3119 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 128862942178 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5