BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G06900.1
Length=3413
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg919404 jgi|Araly1|919404|scaffold_100685.1 5276 0.0
> Ahg919404 jgi|Araly1|919404|scaffold_100685.1
Length=3119
Score = 5276 bits (2857), Expect = 0.0
Identities = 3041/3129 (97%), Gaps = 16/3129 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 89 TCTTCTTCTCAAAACGAGAACAATGTCTTCAATGAAATCCGTCTCGGCTTTGGACAATGT 148
||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TCTTCTTCTCAGAACGAGAACAATGTCTCCAATGAAATCCGTCTCGGCTTTGGACAATGT 60
Query 149 AGTGGTGAAGTCACCAAACGATCGGAGGTTATACAGAGTGATTGAATTGGAGAATGGATT 208
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AGTGGTGAAGTCACCGAACGATCGGAGGTTATACAGAGTGATTGAATTGGAGAATGGATT 120
Query 209 GTGTGCTCTGCTCATTCACGATCCAGATATTTACCCCGAAGGCTCTGTTCCGGATCAAAT 268
|||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GTGTGCTCTGCTTATTCACGATCCAGATATTTATCCCGAAGGCTCTGTTCCGGATCAAAT 180
Query 269 TGATGAAGATGACGAGGAC-G-G-TG-A-A-GAAGAAGATAGTGACGGGAGCTCtgaaga 322
||||||||||||||||||| | | | | | ||||||||||||||| | || ||| ||
Sbjct 181 TGATGAAGATGACGAGGACGGAGAAGAAGATGAAGAAGATAGTGAC-GAAG--ATGATGA 237
Query 323 tgatgatgatgatgaagatgatgaggaagatggggaaggagatgaagaagatgaggatga 382
||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 238 TGAAGATGATGATGAAGAAGATGATGAAGAAGGGGAAGGAGATGAAGAAGAT---GATGA 294
Query 383 ggatgaagatgaagtgaaagggaaaggggatCATCAGACCAAAAAGGCTGCTGCAGCTAT 442
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 295 GGATGAAGATGAAGTGAAAGGGAAAGGGGATCATCAGACCAAAAAGGCTGCTGCAGCTAT 354
Query 443 GTGTGTTTCAATGGGAAGCTTCTTGGATCCTCCGGAGGCACAAGGCCTGGCTCACTTTCT 502
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 355 GTGTGTTTCAATGGGAAGCTTCTTGGATCCTCCGGAGGCACAAGGCCTAGCTCACTTTCT 414
Query 503 TGAACACATGCTTTTTATGGGTAGCACTGAGTTCCCCGATGAGAATGAATATGATAGTTA 562
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 415 TGAACACATGCTTTTTATGGGTAGCACTGAGTTCCCCGATGAGAATGAATATGATAGTTA 474
Query 563 CTTGTCTAAGCATGGTGGATCCTCTAACGCATACACAGAAATGGAGCATACATGCTATCA 622
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 475 CTTGTCTAAGCATGGTGGATCCTCTAACGCGTACACAGAAATGGAGCATACATGCTATCA 534
Query 623 CTTCGAAGTCAAGAGAGAATTTCTTCAAGGGGCCTTGAAAAGATTCTCTCAGTTTTTTGT 682
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 535 CTTCGAAGTCAAGAGAGAATTTCTTCAAGGGGCCTTGAAAAGATTCTCTCAGTTTTTTGT 594
Query 683 TGCACCGCTCATGAAGACTGAAGCTATGGAACGGGAAGTCCTGGCCGTTGATTCAGAATT 742
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 595 TGCACCGCTCATGAAGACTGAAGCTATGGAACGAGAAGTCCTTGCCGTTGATTCAGAATT 654
Query 743 TAACCAGGCCCTCCAAAATGATGCATGTCGCCTGCAACAACTTCAGTGCTATACATCTGC 802
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 655 TAACCAGGCCCTCCAAAATGATGCATGTCGCCTGCAACAACTTCAGTGCTATACGTCTGC 714
Query 803 AAAGGGTCATCCTTTTAATAGGTTTGCATGGGGTAACAAGAAGAGCTTAAGTGGTGCAAT 862
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 715 AAAGGGTCATCCTTTTAATAGGTTTGCATGGGGTAACAAGAAGAGCTTAAGTGGTGCAAT 774
Query 863 GGAAAATGGGGTTGATCTACGGGAATGTATTGTGAAATTATACAAGGAATATTACCATGG 922
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 775 GGAAAATGGGGTTGATCTACGGGAATGTATTGTGAAATTATACAAGGAATATTACCATGG 834
Query 923 TGGACTGATGAAGCTCGTTGTCATTGGGGGAGAATCTCTCGACATGCTTGAAAGTTGGGT 982
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 835 TGGACTGATGAAGCTCGTTGTCATTGGGGGAGAATCTCTCGACATGCTTGAAAGTTGGGT 894
Query 983 TGTAGAACTATTTGGTGATGTCAAAAACGGATCCAAAATCAGGCCAACTCTGGAGGCAGA 1042
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 895 TGTAGAACTATTTGGTGATGTCAAAAACGGATCCAAAATCAGGCCAACTCTGGAGGCAGA 954
Query 1043 AGGTCCTATTTGGAAAGGCGGTAAGTTATATCGCCTAGAGGCGGTTAAAGATGTTCATAT 1102
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 955 AGGTCCTATTTGGAAAGGTGGTAAATTATATCGCCTAGAAGCGGTTAAAGATGTTCATAT 1014
Query 1103 ACTTGATTTGACATGGACTCTCCCTCCTCTTCGCTCTGCCTATGTGAAGAAGCCGGAAGA 1162
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1015 ACTTGATTTGACATGGACTCTCCCTCCTCTTCGCTATGCCTATGTGAAGAAGCCGGAAGA 1074
Query 1163 CTACCTAGCACATCTATTAGGACATGAGGGTAGAGGAAGTCTGCATTCATTCCTCAAAGC 1222
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1075 CTATCTAGCACATCTATTAGGACATGAGGGTAGAGGAAGTCTGCATTCATTCCTCAAAGC 1134
Query 1223 CAAGGGTTGGGCAACCTCACTGTCTGCTGGTGTTGGGGATGATGGAATCAACCGCTCGTC 1282
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1135 TAAGGGTTGGGCAACCTCACTGTCTGCTGGTGTTGGGGATGATGGAATTAACCGCTCGTC 1194
Query 1283 TCTAGCATATGTGTTCGGCATGTCCATACATCTCACTGACTCTGGTTTAGAGAAGATTTA 1342
|||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1195 TCTAGCCTATGTATTCGGCATGTCCATACATCTCACTGACTCTGGTTTAGAGAAGATTTA 1254
Query 1343 TGACATCATTGGTTACATCTATCAATATCTCAAGTTATTGCGTGATGTGTCACCACAAGA 1402
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1255 TGACATCATTGGTTACATCTATCAATATCTCAAGTTATTGCGTGATGTGTCACCACGAGA 1314
Query 1403 ATGGATATTCAAGGAACTCCAAGATATTGGGAACATGGACTTCAGATTTGCTGAGGAGCA 1462
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1315 ATGGATATTCAAGGAACTCCAAGATATTGGGAACATGGACTTTAGATTTGCTGAGGAGCA 1374
Query 1463 GCCGGCAGATGATTATGCTGCTGAGCTCTCAGAGAATATGCTTGCTTATCCAGTGGAGCA 1522
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1375 GCCGGCGGATGATTATGCTGCTGAGCTCTCAGAGAATATGCTTGCTTATCCGGTGGAGCA 1434
Query 1523 CGTTATTTATGGTGATTATGTGTACCAGACATGGGATCCAAAATTGATAGAAGATCTTAT 1582
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1435 CGTTATTTATGGTGATTATGTATACCAGACATGGGATCCAAAATTGATAGAAGATCTTAT 1494
Query 1583 GGGTTTTTTCACACCTCAGAACATGAGGATTGATGTTGTTTCGAAATCCATCAAGTCGGA 1642
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1495 GGGTTTTTTCACACCTCAGAACATGAGGATTGATGTTGTTTCGAAATCCATCAAGTCGGA 1554
Query 1643 AGAGTTCCAACAAGAACCTTGGTTCGGTTCTAGTTACATAGAGGAAGATGTTCCATTGTC 1702
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 AGAGTTCGAACAAGAACCTTGGTTCGGTTCTAGTTACATAGAGGAAGATGTTCCATTGTC 1614
Query 1703 TTTGATGGAATCATGGAGCAATCCTTCAGAAGTAGATAACTCTTTACATCTCCCCTCGAA 1762
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1615 TTTGATGGAATCATGGAGCAATCCTTCAGAAGTAGATAACTCTTTGCATCTCCCCTCGAA 1674
Query 1763 AAACCAATTCATCCCTTGTGATTTTTCGATCCGAGCCATTAACTCTGATGTGGATCCCAA 1822
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1675 AAACCAATTCATCCCTTGTGATTTTTCAATCCGAGCCATTAATTCTGATGTGGATCCCAA 1734
Query 1823 AAGTCAGTCTCCTCCGAGATGTATAATTGATGAACCGTTCATGAAATTCTGGTACAAGCT 1882
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1735 AAGTCAGTCTCCTCCTAGATGTATAATTGACGAACCGTTCATGAAATTCTGGTACAAGCT 1794
Query 1883 TGACGAAACTTTTAAGGTTCCTCGTGCAAATACATACTTCCGCATAAATTTGAAGGGGGC 1942
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1795 TGACGAAACTTTTAAGGTTCCTCGTGCAAATACATACTTCCGCATAAATTTGAAGGGGGC 1854
Query 1943 ATATGCCAGTGTGAAGAACTGCCTTTTGACAGAATTATATATTAACCTTCTGAAAGATGA 2002
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 1855 ATATGCCAGTGTGAAGAACTGCCTTTTGACAGAATTATTTATTAACCTTCTAAAAGATGA 1914
Query 2003 GCTTAATGAGATCATCTACCAGGCCAGTATAGCAAAACTTGAAACTTCTTTATCTATGTA 2062
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1915 GCTAAATGAGATCATCTACCAGGCCAGTATAGCAAAACTTGAAACTTCTTTATCTATGTA 1974
Query 2063 TGGTGATAAGCTAGAGCTTAAAGTGTATGGCTTTAATGAGAAAATTCCAGCTCTTCTATC 2122
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1975 TGGTGACAAGCTAGAGCTTAAAGTGTATGGCTTTAATGAGAAAATTCCAGCTCTTCTATT 2034
Query 2123 AAAAATCTTAGCCATAGCCAAATCCTTCATGCCAAACCTGGAGCGATTTAAGGTTATCAA 2182
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2035 AAAAATCTTAGCCATAGCCAAATCCTTCATGCCAAACCTGGAGCGATTTAAGGTTATCAA 2094
Query 2183 AGAAAACATGGAGAGAGGGTTTAGGAATACTAATATGAAGCCTTTGAACCATTCTACATA 2242
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2095 AGAAAACATGGAGAGAGGGTTTAGGAATACTAATATGAAGCCTTTGAACCATTCTACATA 2154
Query 2243 CTTGAGACTGCAACTCTTGTGTAAACGGATCTATGACAGCGATGAAAAGTTGTCTGTACT 2302
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2155 CTTGAGACTGCAACTCTTGTGTAAACGGATCTATGACAGCGATGAAAAGTTGTCTGTACT 2214
Query 2303 AAATGATTTGTCTCTCGATGATCTCAACAGCTTTATTCCTGAACTCCGCTCTCAGATATT 2362
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2215 AAATGATTTGTCTCTCGATGATCTCAACAGCTTTATTCCTGAACTCCGTTCTCAGATATT 2274
Query 2363 TATTGAGGCTCTATGTCATGGTAATTTGTCCGAAGACGAAGCAGTGAACATATCAAACAT 2422
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2275 TATTGAGGCTCTGTGTCATGGTAATTTGTCCGAAGATGAAGCAGTGAACATATCAAACAT 2334
Query 2423 TTTCAAAGACAGTTTGACGGTTGAACCACTCCCAAGCAAATGTAGACATGGTGAACAGAT 2482
|||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2335 ATTCAAAAATAGTTTGACGGTTGAACCACTCCCAAGCAAATGTAGACATGGAGAACAGAT 2394
Query 2483 AACATGTTTCCCTATGGGTGCCAAACTTGTGAGAGATGTCAATGTGAAGAACAAATCTGA 2542
||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2395 AACATGTTTCCCTCTGGGTGCCAAACTTGTAAGAGATGTTGATGTGAAGAACAAATCTGA 2454
Query 2543 AACAAACTCAGTAGTCGAGCTTTACTATCAAATCGAGCCTGAAGAAGCTCAATCAACGAG 2602
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||
Sbjct 2455 AACTAACTCAGTAGTCGAGCTTTACTATCAAATCGAGCCTGAAGAAGCGCAGTCAACAAG 2514
Query 2603 AACGAAAGCTGTGCTGGATCTCTTTCATGAAATCATAGAAGAGCCATTGTTCAATCAGTT 2662
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2515 AATGAAAGCTGTGCTGGATCTCTTTCATGAAATCATAGAAGAGCCATTGTTCAATCAGTT 2574
Query 2663 GAGGACAAAGGAGCAGCTTGGTTATGTTGTCGAGTGTGGCCCTCGCTTAACGTATCGTGT 2722
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2575 GAGGACAAAGGAGCAGCTTGGTTATGTTGTCGAGTGTGGCCCTCGCTTAACGTATCGTGT 2634
Query 2723 GCACGGTTTCTGTTTCTGTGTTCAATCTTCTAAGTACGGTCCAGTTCATTTGCTGGGGAG 2782
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2635 CCACGGTTTCTGTTTCTGTGTTCAATCTTCTAAATACGGTCCAGTTCATTTGCTGGGGAG 2694
Query 2783 AGTTGACAATTTCATAAAAGATATCGAAGGGCTTCTGGAACAACTGGATGATGAATCCTA 2842
||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 2695 AGTCGACAATTTCATAAAAGATATCGAAGGCCTTCTGGAACACCTCGATGATGAATCCTA 2754
Query 2843 TGAAGATTACCGAAGTGGTATGATTGCTAGATTGCTGGAAAAGGATCCCTCTCTCTTGTC 2902
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2755 TGAAGATTACCGAAGTGGTATGATTGCTAGATTGCTGGAAAAGGATCCCTCTCTCTTGTC 2814
Query 2903 CGAGACAAATGACTTATGGAGTCAGATTGTTGACAAAAGGTACATGTTTGATTTCTCCCA 2962
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2815 TGAGACAAATGAATTATGGAGTCAGATTGTTGACAAAAGGTACATGTTTGATTTCTCCCA 2874
Query 2963 CAAAGAAGCAGAAGAACTAAGAAGTATACAGAAGAAAGATGTGATCAGTTGGTACAAAAC 3022
||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2875 CAAGGAAGCAGAAGAACTAAGAAGCATACAGAAGAAAGATGTGATCAGTTGGTACAAAAC 2934
Query 3023 CTATTTCAGAGAATCATCACCCAAATGTCGTAGGCTTGCGGTAAGGGTTTGGGGATGCGA 3082
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2935 CTATTTCAGAGAATCGTCACCCAAATGCCGTAGGCTTGCGGTAAGGGTTTGGGGATGCGA 2994
Query 3083 TACCAATATGAAAGAAACTCAAACAGATCAAAAGGCGGTGCAGGTCATCGCAGACGCAGT 3142
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2995 TACCAATATGAAAGAAACTCAAACAGATCAAAAGGCGGTGCAGGTCATCGCAGACGCAGT 3054
Query 3143 GGCTTTCAAGTCAACTTCTAAGTTTTACCCCAGCCTTTGCTAATGAGAAGAAACATACAA 3202
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 3055 GGATTTCAAGTCAACTTCTAAGTTTTACCCCAGCCTTTGCTAATGAGAA-A--CATACAA 3111
Query 3203 AAGAGTTTT 3211
| |||||||
Sbjct 3112 A-GAGTTTT 3119
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 128862942178
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5