BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G06950.1
Length=3314
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg470715 jgi|Araly1|470715|fgenesh2_kg.1__669__AT1G06950.1 5221 0.0
Ahg919422 jgi|Araly1|919422|scaffold_100703.1 1491 0.0
Ahg919409 jgi|Araly1|919409|scaffold_100690.1 353 4e-96
> Ahg470715 jgi|Araly1|470715|fgenesh2_kg.1__669__AT1G06950.1
Length=3191
Score = 5221 bits (2827), Expect = 0.0
Identities = 3064/3176 (96%), Gaps = 26/3176 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 14 TCTTCTTCCGTTGTCTACTGTTTTTCGTTAAACCCTACGATTCTTCtttttttCAACGAC 73
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| | |||||
Sbjct 1 TCTTCTTCCCTTGTCTACTGTTTTTCGTTAAACCCTAC---T-TTC------T--ACGAC 48
Query 74 TGCTCGGATCTTTCTCAGTAGAGGGAACCATGAATCCCTCACTCGTCACCGCCATTAACG 133
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 49 TGCTCGGATCCTTCTCAGTAGAGGGAACCATGAATCCCTCACTCGTCACCGCCATTAACG 108
Query 134 CTCCAATTTCACCTTCTCCTCGGTCTCCTCTTCTTTCTCACTTCCTACCTACTTTACCTC 193
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 109 CTCCAATTTCACCTTCTCCTCGGTCTCCTCTTCTTTCTCACTTCCTACCTTCTTTACCTC 168
Query 194 ACCGTTTCTCCAAGTCTGAGTGTCT-ATCTCGCCGTCGTTATCGAGTTTCGTTCCCTCGT 252
||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 169 ACCGTTTCTCCAAGTCTGAGTGTCTGA-CTCGCCGTCGTTATCGAGTTTCGTTACCTCGT 227
Query 253 AGCTCAGCTGCTTCCTCCGACCAACTATCAGTATCTACGCAGGCGAAGAATCCCGGTATC 312
|||||||||||||||||||||| | | | || | |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 228 AGCTCAGCTGCTTCCTCCGACC-A--A-C--TA--T-CGCAGGCGAAGAATCCCGGTTTC 278
Query 313 CATGGGA-ATAAGAAGGAGCTCACTGGATTGCAACCGATTGTTGAGAAAATGACACCGCC 371
||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 279 CAT-GGAGATAAGAAGGAGCTCACTGGATTGCAACCGATTGTTGAGAAAATGACGCCGCC 337
Query 372 GGTGAGGCTAGCGACTTCAGCTGTTGTATTAGCGGCGTCTTTAGCTACTGGTTACGGCCT 431
|||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 338 GGTGAGGCTAGCCACTTCAGCTGTTGTTTTAGCGGCGTCTTTAGCTACTGGTTACGGTCT 397
Query 432 TGGGCTCCGTTTAGCCGGCTCCAGGAATATTGCCTTTGGTGGGGCTGCTGTTGCTGGAGC 491
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 398 TGGGCTTCGTTTAGCCGGCTCCAGGAATATTGCCTTTGGTGGGGCTGCTGTTGCTGGAGC 457
Query 492 CGCCGGTGGAGCTGTCGTATATGCGTTGAACTCTGCTGTACCGGAGGTAGCTGCTATCAG 551
||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 458 CGCTGGTGGAGCTGTCGTGTATGCGTTGAACTCTGCTGTACCGGAGGTGGCTGCTATCAG 517
Query 552 TTTGCATAATTATGTTGCCGAATTCGAAGATCCTGCCTCTGTGACGAAAGATGATGTAGA 611
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 518 TTTGCATAATTATGTTGCCGACTTCGAAGATCCTGCCTCTGTCACGAAAGATGATGTAGA 577
Query 612 AAAGATCGCTGATAGGTACGGTGTCAACAAAGGAGACGAAGCATTCCAGGCTGAGATTTG 671
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 578 AAAGATTGCTGATAGGTATGGTGTCAACAAAGGAGACGAAGCATTCCAGGCTGAGATTTG 637
Query 672 TGATATTTATTGCCGGTATGTAACTTCCGTGCTTCCAACTGAAGGACAGTCTCTTAAAGG 731
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 638 TGATATCTATTGCCGGTATGTAACTTCCGTGCTTCCAACTGAAGGACAGTCTCTTAAAGG 697
Query 732 GGATGAAGTGGCGAAGATAGTCAAGTTCAAAAATGCTTTAGGGATAGACGAACCTGATGC 791
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 698 GGATGAAGTGGCGAAGATAATCAAGTTCAAAAATGCTTTAGGGATAGACGACCCTGATGC 757
Query 792 AGCTGCCATGCACATGGAGATTGGTCGCAGGATTTTTAGGCAAAGGCTTGAGACTGGGGA 851
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 758 AGCTGCCATGCACATGGAGATTGGCCGCAGGATTTTTAGGCAAAGGCTAGAGACTGGGGA 817
Query 852 GCGTGAAGGTGATGCAGAACAGCGTCGGGCATTTATGAGGCTTGTATATGTTTCAGCTCT 911
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 818 ACGTGAAGGTGATGCAGAACAGCGTCGGGCATTTATGAGGCTTGTATATGTTTCAGCTCT 877
Query 912 TGTGTTTGGAGATGCTTCATCCTTCCTTCTACCTTGGAAGCGAGTATTGAAGGTCACAGA 971
|||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 878 TGTGTTTGGAGATGCTTCATCCTTCCTTTTGCCTTGGAAGCGAGTATTGAAGGTCACAGA 937
Query 972 TGCTCAGGTTGAGATTGCTATTCGTGAAAATGCAAAGCAGCTGTATGCCGAACGGTTAAA 1031
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 938 TGCTCAGGTTGAGATTGCTATTCGTGAAAATGCAAAGCAGCTGTATGCCGAACGGTTAAA 997
Query 1032 ATTAGTTGGTAGAGATATTAACGTAGAAAACCTTGTGGACCTTAGAAAATCACAACTATC 1091
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 998 ATTAGTTGGTAGAGCTATTAACGTAGAAAACCTTGTGGACCTTAGAAAAGCACAACTATC 1057
Query 1092 ATTCAAGCTCTCTGATGAGCTTGCTGAAGACCTGTTTAGAGAGCATACGAGAAAAGTAGT 1151
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1058 ATTCAAGCTTTCTGATGAGCTTGCTGAAGACCTGTTTAGAGAGCATACGAGAAAGGTAGT 1117
Query 1152 CGTAGAGAACATTTCATCGGCACTCAGCATACTCAAATCCCGCACACGAGCAGCGAAGAG 1211
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1118 CGTAGAGAACATTTCATCGGCACTCAGCATACTAAAATCCCGCACACGAGCAGTGAAGAG 1177
Query 1212 TTTGGCATCTGTCGTGGAAGAGCTTGAAAAAGTACTGGAGTTTAACAACCTGCTAGTTTC 1271
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 1178 TTTGGCATCTGTCGTGGAAGAGCTTGAAAAAGTACTGGAGTTTAATAACCTGCTGGTTTC 1237
Query 1272 CTTGAAAAGTCATTCAGAGGCAGATCAATTTGCACGCGGGGTTGGCCCTATTTCTTTGAT 1331
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1238 CTTGAAAAGTCATTCAGAGGCAGATCAATTTGCACGCGGGGTTGGCCCTATTTCTTTGAT 1297
Query 1332 AGGTGATGAGTCTGATTTTGAGAGGAGAATGGATGATTTAAAGCTCCTTTATAGAGCATA 1391
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1298 AGGTGATGAGTCTGATTTTGAGAGGAGAATGGATGATTTGAAGCTCCTTTATAGAGCATA 1357
Query 1392 TGTTACAGATGCTTTATCTGGTGGGCGCTTAGAAGAAAATAAGCTCGTGGCAATGAGCCA 1451
|||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1358 TGTTACCGATGCTTTAGCTGGTGGGCGCTTAGAAGAAAATAAGCTCGTGGCAACGAGCCA 1417
Query 1452 ACTTAGAAACATACTCGGTCTGGGAAAACGAGAGGCTGAAGCTATTAGTGTTGATGTTAC 1511
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1418 ACTTAGAAACATACTCGGACTGGGAAAACGAGAAGCTGAAGCTATTAGTGTTGATGTTAC 1477
Query 1512 GTCCAAGTCTTACCGTAAAAGACTTGCTAACGCTGTTTCTAGTGGTGACCTTGAAGCACA 1571
||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1478 GTCCAAGGCTTACCGTAAAAGACTTGCTAACGCTGTCTCTAGTGGTGATCTTGAAGCACA 1537
Query 1572 AGACAGTAAAGCAAAATACCTTCAAAAGCTCTGCGAAGAGCTGCACTTTGATGCACAGAA 1631
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1538 AGACAGTAAAGCAAAATACCTTCAAAAGCTCTGCGAAGAGCTGCACTTTGATGCACAGAA 1597
Query 1632 GGCAGGCGCAATCCATGAAGAAATCTATCGGCAGAAGCTTCAACAGTGTGTTACTGATGG 1691
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1598 GGCAGGCGCAATCCATGAAGAAATCTATCGGCAGAAGCTTCAACAGTGTGTTACTGATGG 1657
Query 1692 AGAGCTGAGCGATGACAATGTTGCTGCTTTATTAAGGTTAAGAGTTATGTTGTGTATTCC 1751
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1658 AGAGCTGAGCGATGACAATGTTGCTGCTTTATTAAGGTTAAGAGTTATGCTGTGTATTCC 1717
Query 1752 CCAGCAAACTGTTGATACAGCTCATGCAGAAATCTGTGGAACCATATTTGAAAAGGTTGT 1811
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1718 CCAGCAAACTGTTGAGACAGCTCATGCAGAAATCTGTGGAACTATATTTGAAAAGGTTGT 1777
Query 1812 CAGGGATGCCATTTCTTCTGGAGTGGATGGTTATGATGCTGAAACTCGCAAATCAGTTAG 1871
||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1778 CAGGGATGCAATCTCTTCTGGAGTGGATGGCTATGATGCTGAAACTCGCAAATCAGTAAG 1837
Query 1872 AAAGGCTGCACATGGTCTTCGGTTATCCAGAGAGACTGCCATGTCTATTGCTAGCAAAGC 1931
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1838 AAAGGCTGCACATGGTCTTCGGTTATCCAGAGAGACTGCCATGTCTATTGCTAGCAAAGC 1897
Query 1932 TGTCCGTAGGGTTTTCACAAACTATATCAGACGAGCAAGAGCAGCCGAGAACCGTACTGA 1991
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1898 TGTCCGTAGGGTTTTCACAAACTATATCAGACGAGCAAGAGCAGCCGAGAACCGTACTGA 1957
Query 1992 TTCAGCAAAGGAGCTCAAGAAGATGATTGCTTTCAACACGTTGGTTGTGACTGAAATGGT 2051
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1958 GTCAGCAAAGGAGCTCAAGAAGATGATTGCTTTCAACACGTTAGTTGTGACTGAAATGGT 2017
Query 2052 GGCTGATATCAAGGGAGAATCTTCTGATAAGGCACCTGAGGAGGACCCTGTTCaagagaa 2111
|||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2018 GGCTGACATTAAGGGAGAATCTTCTGATAAGGCACCTGAGGAGGACCCTGTTGAAGAGAA 2077
Query 2112 agaagaagatgatgaagatgaagaaTGGGGATCCCTTGAATCGCTCAGAAAGACAAGACC 2171
||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2078 AGAAGAAGATGGTGAAGATGAGGAATGGGGATCCCTTGAATCGCTCAGAAAGACAAGACC 2137
Query 2172 CGACAAGGAACTCGCTGAGAAAATGGGAAAGCCTGGCCAGACTGAGATAACTCTCAAAGA 2231
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2138 CAACAAGGAACTCGCTGAGAAAATGGGAAAGCCTGGCCAGACTGAAATAACTCTCAAAGA 2197
Query 2232 TGACCTTCCCGACAGGGACAGAATAGATCTCTACAAAACATACTTGCTCTACTGTGTAAC 2291
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2198 TGACCTTCCCGACAGGGACAGAATAGATCTTTACAAAACATACTTGCTCTACTGTGTAAC 2257
Query 2292 TGGAGAGGTAACAAGAATCCCTTTTGGCGCCCAGATCACAACAAAGAGAGACGATTCAGA 2351
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2258 TGGAGAGGTAACAAGAATCCCTTTTGGCGCCCAGATCACAACAAAGAGAGACGATTCAGA 2317
Query 2352 GTACTTGCTTCTAAATCAGCTTGGTGGGATTCTCGGATTGAGTTCGAAAGAAATAGTCAA 2411
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2318 GTACTTGCTTCTGAATCAGCTTGGTGGGATTCTCGGATTGAGTTCGAAAGAAATAGTCAA 2377
Query 2412 CATTCACGTAGGTTTAGCCGAGCAGGCTTTTAGGCAACAAGCTGAAGTGATTTTAGCTGA 2471
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2378 CATTCACGTAGGTTTAGCTGAGCAGGCTTTTAGGCAACAAGCTGAAGTGATTTTAGCTGA 2437
Query 2472 TGGGCAATTGACAAAGGCTAGAGTAGAGCAGCTAGACGAGTTGCAAAAACAAGTTGGTTT 2531
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2438 TGGGCAATTGACAAAAGCTAGAGTAGAGCAGCTAGACGAGTTGCAAAAACAAGTTGGTTT 2497
Query 2532 GCCTCAGCCACAAGCCGAGAAGGTTATCAAGAATATAACCACCACAAAAATGGCAAACGC 2591
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2498 GCCTCAGCCACAAGCCGAGAAGGTTATCAAGAATATAACCACCACAAAAATGGCAAACGC 2557
Query 2592 GATAGAGACCGCTGTTAACCAAGGAAGACTGAACATAAAGCAGATACGGGAGCTCAAGGA 2651
|||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 2558 GATAGAAACTGCTGTTAACCAGGGAAGACTGAACATAAAGCAGATCCGGGAGCTCAAAGA 2617
Query 2652 GGCAAATGTCAGCCTGGACAGCATGATCGCTGTGAGTCTGAGAGAGAAATTATTCAAGAA 2711
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2618 GGCAAACGTCAGCCTGGACAGCATGATCGCTGTGAGTCTGAGAGAGAAATTATTCAAGAA 2677
Query 2712 GACAGTGAGTGACATCTTCTCATCAGGAACTGGTGAATTCGATGAAACCGAAGTCTACCA 2771
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 2678 GACAGTGAATGACATCTTCTCATCAGGAACTGGTGAATTCGATGAAATCGACGTCTACCA 2737
Query 2772 GACAATCCCATCCGATCTCAGTATTGATGTGGAAAAAGCCAAAAGAGTTGTCCATGATCT 2831
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2738 GACAATCCCATCCGATCTCAGCATTGATGTGGAAAAAGCCAAAAGAGTTGTCCATGATCT 2797
Query 2832 CGCTCAGAGTAGATTATCGAATTCGCTGGTCCAAGCCGTGGCATTACTCAGGCAGAGAAA 2891
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2798 CGCTCAGAGTAGATTATCGAATTCGCTGGTCCAAGCCGTGGCATTACTCAGGCAGAGAAA 2857
Query 2892 CTCTAAAGGAGTGGTCTTGTCGCTGAATGATTTGCTTGCATGTGACAAAGCTGTGCCGGC 2951
||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2858 CTCTAAAGGAGTGGTCTCCTCGCTGAATGATTTACTTGCATGTGACAAAGCTGTGCCGGC 2917
Query 2952 TGAGCCAATGTCATGGGAGGTCTCAGAGGAATTATCTGATCTATATGCTATTTATTCAAA 3011
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2918 AGAGCCGATGTCATGGGAGGTCTCAGAGGAATTATCCGATCTATATGCTATTTATTCAAA 2977
Query 3012 GAGTGATCCCAAACCCGCACCGGAAAAAGTTTTGAGGCTACAATATCTGCTGGGAATAGA 3071
||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2978 GAGTGATCCCAAACCCGCACCCGAAAAAGTCTCGAGGCTACAATATCTGTTGGGAATAGA 3037
Query 3072 TGATTCAACTGCAACTGCCCTCCGTGAAATGGAAGATGGAGCATTATCTTCTGCTGCAGA 3131
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3038 TGATTCAACTGCAACTGCCCTCCGTGAAATGGAAGATGGAGCATTATCCTCTGCTGCAGA 3097
Query 3132 AGAGGGCAATTTCGTCTTTTAAATCTTTGGAGAAATCACTTGAGTTATTATGTATT 3187
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || || |||
Sbjct 3098 AGAGGGCAATTTCGTCTTTTAAATCTTTGGAGAAATGACTTGAGTTTTT-TGAATT 3152
> Ahg919422 jgi|Araly1|919422|scaffold_100703.1
Length=2461
Score = 1491 bits (807), Expect = 0.0
Identities = 935/993 (94%), Gaps = 24/993 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1109 AGCTTGCTGAAGACCTGTTTAGAGAGCATACGAGAAAAGTAGTCGTAGAGAACATTTCAT 1168
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 949 AGCTTGCTGAAGACCTGTTTAGAGAGCATACGAGAAAAGTAGTCGTAGAGAACATTTCAT 1008
Query 1169 CGGCACTCAGCATACTCAAATCCCGCACACGAGCAGCGAAGAGTTTGGCATCTGTCGTGG 1228
|||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1009 CGGCACTCAGCATACTAAAATCCCGCACACTAGCAGC------TTTGGCATCTGTCGTGG 1062
Query 1229 AAGAGCTTGAAAAAGTACTGGAGTTTAACAACCTGCTAGTTTCCTTGAAAAGTCATTCAG 1288
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1063 AAGAGCTTGAAAAGGTACTGGAGTTTAACAACCTGCTGGTTTCCTTGAAAAGTCATTCAG 1122
Query 1289 AGGCAGATCAATTTGCACGCGGGGTTGGCCCTATTTCTTTGATAGGTGATGAGTCTGATT 1348
||||||||||||||||| || || || | | ||||||||||||||||
Sbjct 1123 AGGCAGATCAATTTGCATGC--GG--GG-----------T--T-GGTGATGAGTCTGATT 1164
Query 1349 TTGAGAGGAGAATGGATGATTTAAAGCTCCTTTATAGAGCATATGTTACAGATGCTTTAT 1408
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1165 TTGAGAGGAGAATGGATGATTTAAAGCTCCTTTATAGAGCATATGTCACAGATGCTTTAT 1224
Query 1409 CTGGTGGGCGCTTAGAAGAAAATAAGCTCGTGGCAATGAGCCAACTTAGAAACATACTCG 1468
||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1225 CTGGTGGGCGCATAGCAGAAAACAAGCTCGTGGCAATGAGCCAGCTTAGAAACATACTCG 1284
Query 1469 GTCTGGGAAAACGAGAGGCTGAAGCTATTAGTGTTGATGTTACGTCCAAGTCTTACCGTA 1528
| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1285 GACTGGGAAAACGAGAAGCTGAAGCTATTAGTGTTGATGTTACGTCCAAGGCTTACCGTA 1344
Query 1529 AAAGACTTGCTAACGCTGTTTCTAGTGGTGACCTTGAAGCACAAGACAGTAAAGCAAAAT 1588
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1345 AAAGACTTGCTAACGCTGTTTCTAATGGTGACCTTGAAGCACAAGACAGTAAAGCAAAAT 1404
Query 1589 ACCTTCAAAAGCTCTGCGAAGAGCTGCACTTTGATGCACAGAAGGCAGGCGCAATCCATG 1648
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1405 ACCTTCAAAAGCTCTGCGAAGAGCTGCACTTTGATGCACAGATGGCAGGCGCAATCCATG 1464
Query 1649 AAGAAATCTATCGGCAGAAGCTTCAACAGTGTGTTACTGATGGAGAGCTGAGCGATGACA 1708
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1465 AAGAAATCTATCGGCAGAAGCTTCAACAGTGTGTTATTGATGGAGAGCTGAGCGATGATA 1524
Query 1709 ATGTTGCTGCTTTATTAAGGTTAAGAGTTATGTTGTGTATTCCCCAGCAAACTGTTGATA 1768
|||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1525 ATGTTGCTGCTTTATTAAGGTTAAGAGTCATGCTCTGTATTCCCCAGCAAACTGTTGAGA 1584
Query 1769 CAGCTCATGCAGAAATCTGTGGAACCATATTTGAAAAGGTTGTCAGGGATGCCATTTCTT 1828
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 1585 CAGCTCATGCAGAAATCTGTGGAACCATATTTGAAAAGGTTGTCAGGGAGGCAATTTCTT 1644
Query 1829 CTGGAGTGGATGGTTATGATGCTGAAACTCGCAAATCAGTTAGAAAGGCTGCACATGGTC 1888
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1645 CTGGAGTGGATGGTTATGATGCTGAAACTCGCAAATCAGTAAGAAAGGCTGCACATGGTC 1704
Query 1889 TTCGGTTATCCAGAGAGACTGCCATGTCTATTGCTAGCAAAGCTGTCCGTAGGGTTTTCA 1948
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 1705 TTCGGTTATCCAGAGAGACTGCCATGTGTATTGCTAGCAAGGCTGTCCGTATGGTTTTCA 1764
Query 1949 CAAACTATATCAGACGAGCAAGAGCAGCCGAGAACCGTACTGATTCAGCAAAGGAGCTCA 2008
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1765 CAAACTATATCAGACGAGCAAGAGCAGCAGAGAACCGCACTGAGTCAGCAAAGGAGCTCA 1824
Query 2009 AGAAGATGATTGCTTTCAACACGTTGGTTGTGACTGAAATGGTGGCTGATATCAAGGGAG 2068
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| || |||||||
Sbjct 1825 AGAAGATGATTGCTTTCAACACGTTAGTTGTGACTGAAATGGTGACTGACATTAAGGGAG 1884
Query 2069 AATCTTCTGATAAGGCACCTGAGGAGGACCCTG 2101
|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1885 AATCTTCTGATAAGGCACCTGAGGAGGACCCTG 1917
Score = 171 bits (92), Expect = 4e-41
Identities = 100/104 (96%), Gaps = 0/104 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 879 GGCATTTATGAGGCTTGTATATGTTTCAGCTCTTGTGTTTGGAGATGCTTCATCCTTCCT 938
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 851 GGCATTTATGAGGCTTGTATATGTTTCAGCTCTTGTGTTTGGAGATGCTTCATCCTTCCT 910
Query 939 TCTACCTTGGAAGCGAGTATTGAAGGTCACAGATGCTCAGGTTG 982
| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 911 TTTGCCTTGGAAGCGAGTATTGAAGGTCACAGATGCCCAGCTTG 954
Score = 119 bits (64), Expect = 2e-25
Identities = 68/70 (97%), Gaps = 0/70 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 810 GATTGGTCGCAGGATTTTTAGGCAAAGGCTTGAGACTGGGGAGCGTGAAGGTGATGCAGA 869
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 737 GATTGGCCGCAGGATTTTTAGGCAAAGGCTTGAGACTGGGGAACGTGAAGGTGATGCAGA 796
Query 870 ACAGCGTCGG 879
||||||||||
Sbjct 797 ACAGCGTCGG 806
> Ahg919409 jgi|Araly1|919409|scaffold_100690.1
Length=493
Score = 353 bits (191), Expect = 4e-96
Identities = 291/336 (87%), Gaps = 19/336 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 879 GGCATTTATGAGGCTTGTATATGTTTCAGCTCTTGTGTTTGGAGATGCTTCATCCTTCCT 938
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 146 GGCATTTATGAGGCTTGTATATGTTTCAGCTCTTGTGTTTGGAGATGCTTCATCCTTCCT 205
Query 939 TCTACCTTGGAAGCGAGTATTGAAGGTCACAGATGCTCAGGTTGAGATTGCTATTCGTGA 998
| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || || | ||| | |
Sbjct 206 TTTGCCTTGGAAGCGAGTATTGAAGGTCACAGATGCCCAGCTT----TT--T-TTCATCA 258
Query 999 A---AATGCAAAGCAGC-TGTATGCCG-AACG-GT-TAAA-ATTAGTTGGTAGAGATATT 1050
| |||||| | | | | ||| | | | | |||| | | ||| || || ||||
Sbjct 259 ACTTAATGCATGGAAACTTACATG--GTTATGTCTCTAAACA-T-GTTCTTACAGCTATT 314
Query 1051 AACGTAGAAAACCTTGTGGACCTTAGAAAATCACAACTATCATTCAAGCTCTCTGATGAG 1110
|||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 315 AACGTAGAAAACCTAGTGGACCTTAAAAAAGCACAACTATCATTCAAGCTTTCTGATGAG 374
Query 1111 CTTGCTGAAGACCTGTTTAGAGAGCATACGAGAAAAGTAGTCGTAGAGAACATTTCATCG 1170
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 375 CTTGCTGAAGACCTGTTTAGAGAGCATACGAGAAGAGTAGTCGTAGAGAACATTTCATCG 434
Query 1171 GCACTCAGCATACTCAAATCCCGCACACGAGCAGCG 1206
|||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 435 GCACTCAGCATACTAAAATCCCGCACACTAGCAGCG 470
Score = 119 bits (64), Expect = 2e-25
Identities = 68/70 (97%), Gaps = 0/70 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 810 GATTGGTCGCAGGATTTTTAGGCAAAGGCTTGAGACTGGGGAGCGTGAAGGTGATGCAGA 869
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 32 GATTGGCCGCAGGATTTTTAGGCAAAGGCTTGAGACTGGGGAACGTGAAGGTGATGCAGA 91
Query 870 ACAGCGTCGG 879
||||||||||
Sbjct 92 ACAGCGTCGG 101
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 125095242451
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5