BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G07380.1
Length=2340
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg311800 jgi|Araly1|311800|fgenesh1_pm.C_scaffold_1000580 3747 0.0
> Ahg311800 jgi|Araly1|311800|fgenesh1_pm.C_scaffold_1000580
Length=2331
Score = 3747 bits (2029), Expect = 0.0
Identities = 2241/2343 (96%), Gaps = 15/2343 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGAGCTATCTCTAGTCAGATTATGGAACACTTGTTTTCCTAGTTTCTTCTACATTTCG 60
|||||||||||||||||||||||||||| ||| | | ||||||||||||| |||
Sbjct 1 ATGGAGCTATCTCTAGTCAGATTATGGAGCAC------T--T-GTTTCTTCTACATATCG 51
Query 61 ACTGTGCTTTTTCTGCTCACCGGTGGAGGAGTTTACTCTCACTCTGAATATTTGATTGGA 120
|| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 52 ACACTGCTTTTTCTGCTCATCGGTGGAGGAGTTTACTCTCACTCTGAATATTTGATTGGA 111
Query 121 TTGGGAAGCTATGACATTACTGGCCCGGCTGCTGATGTTAATATGATGGGTTATGCTAAC 180
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 112 CTGGGAAGCTATGACATTACTGGCCCGGCAGCTGATGTAAATATGATGGGTTATGCTAAC 171
Query 181 ATGGAGCAAGTAGCATCTGGTATTCACTTCAGGCTCCGTGCTAGGACTTTCATTGTCTCT 240
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||
Sbjct 172 ATGGAGCAAGTGGCATCTGGTATTCACTTCAGGCTCCGGGCTCGGACTTTCATCGTCTCT 231
Query 241 GAGCCCCAAGGGAAGCGGGTTGTGTTTGTTAACCTCGATGCTTGCATGGCTTCACAAATT 300
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 232 CAGCCTGAAGGGAAGCGGGTTGTGTTTGTTAACCTCGACGCTTGCATGGCTTCACAAATT 291
Query 301 GTAAAACTAAAAGTGATCGAGAGACTCAAGGCACGATATGGGGACT-TATATACTGAACA 359
|| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | | ||||||||| |
Sbjct 292 GTTACACTAAAAGTGATCGAGAGACTCAAGGCAAGATATGGGGA-TCTGTATACTGAAAA 350
Query 360 GAATGTTGGCATCAGTGGTATTCATACCCATGCTGGTCCAGGGGGGTATCTTCAGTATGT 419
||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 351 GAATGTTGGTATCAGTGGTATTCATACCCATGCCGGTCCAGGGGGGTATCTTCAGTATGT 410
Query 420 GGTGTATATCGTAACATCACTTGGATTTGTTCGTCAGTCGTTTGATGCCCTTGTCGATGG 479
| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 411 GATTTATATTGTAACATCACTTGGATTTGTTCGTCAGTCGTTTGATGCCCTTGTGGATGG 470
Query 480 AATTGAGAACAGTATCATACAAGCTCACGAAAATCTTCGTCCTGGATCAATTTTTCTCAA 539
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||
Sbjct 471 AATTGAGAACAGTATCATACAAGCTCACCAAAATCTTCGACCTGGATCAATTTTTATCAA 530
Query 540 TAATGGGGAACTCTTGGATGCTGGTGTAAACCGCAGTCCAAGTGCATATCTTAATAATCC 599
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 531 TAATGGTGAACTCTTGGATGCTGGTGTAAACCGCAGTCCAAGTGCATATCTTAATAATCC 590
Query 600 TTCAAAAGAAAGGAGTAAACACAAGTACAACGTTGATAAGGAAATGACTCTCTTAAAGTT 659
|||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 591 TTCAGGAGAAAGGAGTAAACACAAGTACGACGTTGATAAGGAAATGACTCTCTTAAAGTT 650
Query 660 TGTGGATGATCAATGGGGTCCAGTAGGTAGTTTCAATTGGTTTGCTACCCATGGAACTTC 719
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 651 TGTGGATGATCAGTGGGGTCCAGTGGGTAGTTTCAATTGGTTTGCTACCCATGGAACTTC 710
Query 720 CATGAGTC-GTACAAACTCTTTGATCAGTGGGGACAACAAGGGCGCTGCATCACGATTTA 778
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 711 CATGAGTCGGT-CAAACTCTTTGATCAGTGGGGACAACAAGGGTGCTGCATCACGATTTA 769
Query 779 TGGAGGATTGGTATGAACAGAATACTGCTGAAAGATCTTACTCTGAAGAGTTTATTTCAG 838
|||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 770 TGGAGGATTGGTTTGAACAGAATACTGTTGAAAGATCCTACTCTGAAGAGTTTATTTCAG 829
Query 839 ATGAGATACCTAGAAGAGTTTCAAGCCTAATCGAGAATCATCAGGACAGTCATCACGAGT 898
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 830 ATGAGATACCTAGAAGAGTTTCAAGCATAATCGAGAATCATCAGGACAACCATCAAGAGT 889
Query 899 TGCTAGAGCTTGCATCTTACTTTGAGTCACAACCTGGTAAGCCTGTAACTAGAATTTCAA 958
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 890 TGCTAGAGCTTGCATCTTACTTTGAGTCACAACCTGGTAAGCCTGCAACTAGAATTTCAA 949
Query 959 GTTCTGCAAGGCGGGTGAGGAGTGCTCTGAGGAAGGCGGATAAGCCTGGCTTCGTTTCTG 1018
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||
Sbjct 950 GTTCTGCAAGGCGAGTGAGGAGTGCTCTGAGGAAGGCAGATATGCCTGGCTTTGTTTCTG 1009
Query 1019 CTTTCTGTCAAACGAACTGTGGAGATGTTAGCCCAAATGTGCTTGGAGCCTTTTGCCTGG 1078
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1010 CTTTCTGTCAAACGAACTGTGGAGATGTTAGCCCAAATGTGCTTGGAGCCTTTTGCCTAG 1069
Query 1079 ACACTGGTCTTCCTTGTGATTTCAATCACAGTACATGTGGTGGGAAAAATGAGATGTGCT 1138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1070 ACACTGGTCTTCCTTGTGATTTCAATCACAGTACATGTGGTGGGAAAAATGAGATGTGCT 1129
Query 1139 ATGGGCGTGGACCAGGCTATCCTGATGAATTTGAAAGTACACGTATAATTGGTGAGAGAC 1198
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1130 ATGGGCGTGGACCAGGCTATCCTGATGAATTTGAGAGTACACGTATAATTGGTGAGAGAC 1189
Query 1199 AATTCAAGATGGCTTTGGAACTTTTCAACAAAGCATCTGAACAGCTACAAGGGAAGGTTG 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1190 AATTCAAGATGGCTTTGGAACTTTTCAACAAAGCATCTGAACAGCTACAAGGGAAGGTTG 1249
Query 1259 ATTACCGCCATGTTTATGTTGACTTTTCACAGCTCAATGTGACACTTCCTAAAAAAGATG 1318
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1250 ATTACCGCCATGTTTATGTTGACTTTTCACAGCTCAATGTGACACTTCCTAAAAAAGATG 1309
Query 1319 GGAAATCAGAAGTTGTAAAAACATGTCCTGCGGCAATGGGCTTTGCTTTCGCTGCTGGGA 1378
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1310 GGAAATCAGAAGTTGTAAAAACATGTCCTGCGGCAATGGGCTTTGCTTTCGCTGCTGGAA 1369
Query 1379 CCACAGATGGACCAGGAGCATTTGATTTTACACAAGGAGATGATAAGGGGAACCCTTTCT 1438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1370 CCACAGATGGACCAGGAGCATTTGATTTTACACAAGGAGATGATAAGGGGAACCCTTTCT 1429
Query 1439 GGAGATTGGTGAGAAATGTTCTTAAAACACCGGACAAGAAACAAATCGATTGTCACTATC 1498
|||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1430 GGAGATTGGTGAGAAACGTTCTTAAAACACCGAACAAGAAACAAATCGATTGTCACTATC 1489
Query 1499 CAAAACCTATCTTGCTTGACACTGGAGAAATGACAAAGCCATATGACTGGGCTCCGTCAA 1558
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1490 CAAAACCCATCTTGCTTGACACTGGAGAAATGACAAAGCCATATGACTGGGCTCCGTCAA 1549
Query 1559 TTCTTTCATTGCAAGTTCTACGTATTGGACAACTTTTCATTCTCAGCGTTCCTGGAGAAT 1618
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1550 TTCTTTCATTGCAAATTCTACGTATTGGACAACTTTTCATTCTTAGCGTTCCTGGAGAAT 1609
Query 1619 TTACAACTATGGCTGGAAGGCGTCTCCGCTATGCAGTGAAAACACAACTTAAAAACAGTG 1678
||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1610 TTACAACCATGGCTGGAAGGCGTCTCCGCGATGCAGTGAAGACACAACTTAAAAACAGTG 1669
Query 1679 GTAATAAAGATTTGAGCGGTGAGATTCACGTTGTGATAGCTGGATTGGCTAATGGTTACT 1738
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1670 GTAATAAAGATTTGAGCGGTGAGATTCACGTCGTGATAGCTGGATTAGCTAATGGTTACT 1729
Query 1739 CACAGTATGTGACTACTTTTGAGGAGTATCAAGTGCAGAGATACGAGGGTGCATCTACGT 1798
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1730 CACAGTATGTGACTACCTTTGAGGAGTATCAAGTGCAGAGATATGAGGGTGCATCTACGT 1789
Query 1799 TATATGGGCCACACACCCTCAGTGGCTACATTCAAGAGTTCAAGAAACTCTCCAAATCTC 1858
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1790 TATATGGCCCACACACCCTCAGTGGCTACATTCAAGAGTTCAAGAAACTCTCCAAATCTC 1849
Query 1859 TCGTCCTTGATATGCCTGTTCAACCGGGGCCTCAACCGCCGGATCTCCTTGACAAGCAAC 1918
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1850 TCGTCCTTGATATGCCTGTTCAACCGGGGCCTCAACCGCCGGATCTTCTTGACAAGCAAC 1909
Query 1919 TAAGCTTCCTCACACCAGTCATGATGGACACAACTCCT-AGCGGAGACAGTTTCGGGGAT 1977
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 1910 TTAGCTTCCTCACACCAGTCATGATGGACACAACTCCTGA-CGGAGACAGTTTCGGGGAT 1968
Query 1978 GTTATTTCGGATGTTCCTAAAAACTTGTCTTTGAAGAGAGGAAACGGCCAGGTGACCGTT 2037
|| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| |||
Sbjct 1969 GTGATTTCGGATGTTCCTAAAAACTTTTCTGTGAAGAGGGGAAACGACCAGGTGACTGTT 2028
Query 2038 GTATTCCGGTCAGCCTGCCCTAGAAACGATCTACTGACAGAAGGGACGTTTACACTGGTG 2097
|||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 2029 GTATTCCGGTCAGCTTGTCCTAGAAACGATCTACTGACAGAAGGGACGTTTGCTCTGGTG 2088
Query 2098 GAGAGACTAGAGCAGAAGGACAAGACTTGGACCCCGGTTTATGACGACGATGATCTATGT 2157
|||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2089 GAGAAACTAGAACAGAAGGACAAGACTTGGACCCCAGTTTATGACGACGATGATCTATGT 2148
Query 2158 CTGAGGTTCAAGTGGTCGAGGCATAAAAAGCTGAGCTCCCGGAGTCAGGCCACTGTGGAA 2217
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2149 CTGAGGTTCAAGTGGTCGAGGCCTAAAAAGCTGAGCTCCCGAAGTCAGGCCACTGTGGAA 2208
Query 2218 TGGAGAATTCCCGAGTCTGCATCACCAGGGGTTTATAGGATCACCCATTTTGGTGCTGCA 2277
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2209 TGGAGAATTCCCGAGTCTGCATCACCAGGGGTTTACAGGATCACCCATTTTGGTGCTGCA 2268
Query 2278 AAGAAGCTTTTTGGGTCAGTCCATCATTTCACAGGCTCTTCTAGTGCTTTCGTTGTAACA 2337
|||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 2269 AAGAAGCTCTTTGGGTCAGTCCACCATTTCACAGGCTCTTCTGGTGCTTTTGTTGTAACA 2328
Query 2338 TAA 2340
|||
Sbjct 2329 TAA 2331
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 88140826930
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5