BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G07470.1
Length=1538
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg470771 jgi|Araly1|470771|fgenesh2_kg.1__725__AT1G07480.2 2135 0.0
Ahg470774 jgi|Araly1|470774|fgenesh2_kg.1__728__AT1G07470.1 1971 0.0
> Ahg470771 jgi|Araly1|470771|fgenesh2_kg.1__725__AT1G07480.2
Length=1516
Score = 2135 bits (1156), Expect = 0.0
Identities = 1326/1406 (94%), Gaps = 19/1406 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 104 AAACCCTAGATTCCCGGAGGACGAAATTCGTTTTTTCGCCGGAACTAAATTAAGGAGATT 163
|||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 99 AAACTC-AGATTCCCGGAGGACGAAATTCGTTTTTTTGCCGGAACTAAATTAAGGAGATT 157
Query 164 TGAGAGGCT------ATGGGTACAACAACGACAACAAGCGCTGTGTATATCCATGTTATC 217
||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 158 TGAGAGGCTGAGAAGATGGGTACAACTACGACAACGAGCGCTGTGTATATCCATGTTATC 217
Query 218 GAGGATGTCGTCAACAAAGTTCGTGAGGAGTTCATTAACAACGGAGGTCCTGGCGAGAGT 277
|||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 218 GAGGATGTCGTCAACAAAGTCCGTGAGGAGTTTATTAACAACGGAGGTCCTGGCGAGAGC 277
Query 278 GTTCTCAGCGAGCTTCAAGGAATTTGGGAGACGAAGATGATGCAAGCCGGAGTCTTGAAT 337
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 278 GTTCTCAGCGAGCTTCAAGGAATTTGGGAGACGAAGATGATGCAAGCTGGAGTCTTGAAT 337
Query 338 GGACCAATAGAGAGGTCATCGGCTCAGAAGCCAACACCTGGTGGTCCACTGACTCATGAT 397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||
Sbjct 338 GGACCAATAGAGAGGTCATCGGCTCAGAAGCCAACACCTGGAGGTCCATTGACGCATGAT 397
Query 398 TTGAATGTTCCTTATGAAGGTACAGAGGAGTACGAGACTCCCACTGCTGAAATGCTCTTC 457
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 398 CTGAATGTTCCTTATGAAGGTACAGAGGAGTATGAGACTCCCACTGCTGAAATGCTCTTT 457
Query 458 CCTCCTACACCATTGCAGACTCCCCTTCCAACGCCGCTTCCCGGTACTGCTGATAACTCA 517
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 458 CCTCCGACACCATTGCAGACTCCCCTTCCAACGCCGCTTCCGGGTACTGCTGATAACTCT 517
Query 518 TCCATGTATAACATCCCTACCGGCTCAAGTGATTATCCCACTCCTGGAACTGAGAATGGA 577
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||
Sbjct 518 TCCATATATAACATCCCTACCGGCTCAAGTGATTATCCAACTCCTGGAAATGAGAATGGA 577
Query 578 GTCAACATTGATGTTAAAGCAAGACCTAGTCCTTATATGCCACCGCCTTCTCCGTGGACT 637
|||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |
Sbjct 578 GTCAACCTTGATGTTAAAGGAAGACCTAGTCCTTATATGCCACCTCCTTCCCCGTGGGCA 637
Query 638 AATCCTAGACTTGATGTCAATGTTGCTTATGTGGATGGCCGTGATGAGCCTGAGAGAGGA 697
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 638 AATCCTAGACTTGATGTCAATGTTGCTTATGTGGATGGCCGTGATGAGCCTGAGAGAGGA 697
Query 698 AACTCTAATCAGCAGTTTACGCAGGATTTATTTGTGCCATCTTCTGGGAAACGAAAACGT 757
|||||||||||||||||||||||||| ||||| | || ||| |||||||||||||||
Sbjct 698 AACTCTAATCAGCAGTTTACGCAGGACTTATTA-T-CC-TCT---GGGAAACGAAAACGT 751
Query 758 GATGATTCATCTGCACACTATCAAAATGGTGGATCTATACCTCAACAAGATGGTGCAAGC 817
|||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 752 GATGATTCTTCTGCACACTATCAAAATGGTGGATGTATACCTCAGCAGGATGGTGCAAGC 811
Query 818 GATGCTATCCCTGAGGCAAACTTTGAATGTGCTGCACTCCGTATAACCTATGTTGGCGAT 877
|||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 812 GATGCTATCCCTAAGGCAAACTTTGAATGTACTGCACTCCGGATAACCTATGTTGGCGAT 871
Query 878 AGAAAGATCCCACGAGATTTGAT-TGGCTCATCATCGAAGATTCCCCAAGTTGATGGGCC 936
||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 872 AGAAATATCCCACGAGATTTTATCTG-CTCATCATCGAAGATTCCTCAAGTTGATGGGCC 930
Query 937 AATGCCTGACCCGTATGATGAAATGTTGTCCACACCCAATATATACAGTTATCAAGGACC 996
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 931 AATGCCTGACCCGTATGATGAAATGTTGTCCACACCAAATATATACAGTTATCAAGGACC 990
Query 997 CAATGAAGAGTTTAATGAGGCCAGAACTCCTGCTCCAAACGAAATCCAAACGAGCACTCC 1056
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 991 CAATGAAGACTTTAATGAGGCCAGAACTCCTGCTCCAAACGAGATCCAAACGAGCACTCC 1050
Query 1057 TGTTGCTGTACCAAACGATATCATTGAAGATGATGAAGAGCTGTTGAACGAAGATGATGA 1116
||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1051 TGTTGCTGTACAAAACGATATCGTTGAAGATGATGAAGAGCTCTTGAACGAAGATGACGA 1110
Query 1117 TGATGACGAGTTGGACGACCTAGAAAGTGGCGAGGATATGAACACACAACACCTGGTTTT 1176
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1111 TGATGACGAGTTGGACGACCTAGAAAGTGGTGAGGATATGAACACGCAACATCTGGTTTT 1170
Query 1177 AGCTCAATTTGACAAGGTGACGCGCACAAAGAGCAGGTGGAAGTGCAGTCTGAAAGACGG 1236
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1171 AGCTCAATTTGACAAGGTGACTCGCACAAAGAGCAGGTGGAAGTGCAATCTGAAAGACGG 1230
Query 1237 GATCATGCATATAAACGATAAGGACATTCTCTTCAACAAAGCAACAGGCGAGTTCGACTT 1296
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1231 GATCATGCATATAAATGATAAGGACATTCTCTTCAACAAAGCAACAGGCGAGTTCGACTT 1290
Query 1297 CTGATCTTGACACTAGT--AATGCTTCTAGGAAAGTCAGAGTCCTTCAAATGTCGGATGT 1354
|||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1291 CTGATCTTGACACTAGCGCAATGCTTCTAGAAAAGTCACAGTCCTTCAAATGTCGGATGT 1350
Query 1355 CTTTCTTTGTACCTTATGATTTAGACCGACCTCCGAGTGAGAGACATGATTATTTATGGG 1414
|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1351 CTTTCTTTCTACCTTATGATTTAGACCGACCTTCGAGAGAGAGACATGATTATTTATGTC 1410
Query 1415 AATA-TGTACTCTGGTTGGCTTGTTGTACAAAAAGAACAGATTTTTCCGGCCGAAGAAGG 1473
|| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1411 AA-AGTGTACTCTGGTTGGCTTGTTGTACAAAAAGAACAGATTTTTCTGGCCGAAGAAGG 1469
Query 1474 CTTATCAACTTTGACTTGTTTCATGA 1499
| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1470 CGTATCAACTTTGACTTGTTTCATGA 1495
> Ahg470774 jgi|Araly1|470774|fgenesh2_kg.1__728__AT1G07470.1
Length=1453
Score = 1971 bits (1067), Expect = 0.0
Identities = 1343/1470 (91%), Gaps = 43/1470 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 38 tctctg-tct-tctgagttctgtctACGCTTCGT---C-GCCGATCCCGGCCAGACTCCG 91
|||||| ||| |||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||||||||||
Sbjct 8 TCTCTGATCTCTCTGTCTTCTGTCTACGCTTCGTCGCCGGCCGATCTCTCCCAGACTCCG 67
Query 92 TCTTACCGGC-AC-AAACCCTAGATTCCCGGAGGACGAAATTCGTTTTTTCGCCGGA-AC 148
||||||| | | ||| | |||||||||||||||| |||| | |||||||||||| |
Sbjct 68 TCTTACCTCCTCCGAAA-TC-AGATTCCCGGAGGACG-AATTTGGTTTTTCGCCGGAGAT 124
Query 149 TAAATTAAGGAGATTTGAGAGGCT------ATGGGTACAACAACGACAACAAGCGCTGTG 202
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||
Sbjct 125 TAAATTAAGGAGATTTGAGAGGCTGAGAAGATGGGTACAACTACGACAACGAGTGCTGTG 184
Query 203 TATATCCATGTTATCGAGGATGTCGTCAACAAAGTTCGTGAGGAGTTCATTAACAACGGA 262
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||
Sbjct 185 TATATTCATGTTATCGAGGATGTCGTCAACAAAGTCCGAGAGGAGTTTATTAACAACGGA 244
Query 263 GGTCCTGGCGAGAGTGTTCTCAGCGAGCTTCAAGGAATTTGGGAGACGAAGATGATGCAA 322
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 245 GGTCCTGGCGAGAGTGTTCTCAGCGAGCTTCAAGGAATTTGGGAGACGAAGATGATGCAA 304
Query 323 GCCGGAGTCTTGAATGGACCAATAGAGAGGTCATCGGCTCAGAAGCCAACACCTGGTGGT 382
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 305 GCTGGAGTCTTGAATGGACCAATAGAGAGGTCATCGGCTCAGAAGCCAACACCTGGAGGT 364
Query 383 CCACTGACTCATGATTTGAATGTTCCTTATGAAGGTACAGAGGAGTACGAGACTCCCACT 442
||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 365 CCATTGACTCATGATTTGAATGTTCCCTATGAAGGTACAGAGGAGTATGAGACTCCCACT 424
Query 443 GCTGAAATGCTCTTCCCTCCTACACCATTGCAGACTCCCCTTCCAACGCCGCTTCCCGGT 502
|||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 425 GCTGAAATGCTCTTTCCTCCGACACCATTGCAGACTCCCCTTCCAACGCCGCTTCCGGGT 484
Query 503 ACTGCTGATAACTCATCCATGTATAACATCCCTACCGGCTCAAGTGATTATCCCACTCCT 562
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 485 ACTGCTGATAACTCATCCATGTATAACATCCCTACCGGCTCAAGTGATTATACAACTCCT 544
Query 563 GGAACTGAGAATGGAGTCAACATTGATGTTAAAGCAAGACCTAGTCCTTATATGCCACCG 622
||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 545 GGAACTGAGAATGGAGTCAACCTTGATGTTAAAGGAAGACCCAGTCCTTATATGCCACCG 604
Query 623 CCTTCTCCGTGGACTAATCCTAGACTTGATGTCAATGTTGCTTATGTGGATGGCCGTGAT 682
|||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 605 CCTTCTCCGTGGGCAAATCCTAGACTTGATGTCAATGTTGCTTATGTGGATGGCCGTGAT 664
Query 683 GAGCCTGAGAGAGGAAACTCTAATCAGCAGTTTACGCAGGATTTATTTGTGCCATCTTCT 742
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 665 GAGCCTGAGAGAGGAAACTCTAACCAGCAGTTTACGCAGGATTTATTTGTGCCATCCTCT 724
Query 743 GGGAAACGAAAACGTGATGATTCATCTGCACACTATCAAAATGGTGGATCTATACCTCAA 802
||||||||||||||||| ||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 725 GGGAAACGAAAACGTGACGATTCTTCTGGACATTATCAAAATGGTGGATCTATACCTCAA 784
Query 803 CAAGATGGTGCAAGCGATGCTATCCCTGAGGCAAACTTTGAATGTGCTGCACTCCGTATA 862
|| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||| |||| | ||||||| |||
Sbjct 785 CAGGATGGTGCAAGCGATACTATTCCTAAGGCAAACTTTGAGTGTGATACACTCCGCATA 844
Query 863 ACCTATGTTGGCGATAGAAAGATCCCACGAGATTTGATT-GGCTCATCATCGAAGATTCC 921
|||| |||||||||||||||| |||||||||| || || |||||||||| ||||||||
Sbjct 845 ACCTCTGTTGGCGATAGAAAGGTCCCACGAGACTT-CTTCTGCTCATCATCCAAGATTCC 903
Query 922 CCAAGTTGATGGGCCAATGCCTGACCCGTATGATGAAATGTTGTCCACACCC-AATATAT 980
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||| |||||||
Sbjct 904 TCAAGTTGATGGGCCAATGCCTGACCCTTATGATGAAATGCTGTCCAC-CCCAAATATAT 962
Query 981 ACAGTTATCAAGGACCCAATGAAGAGTTTAATGAGGCCAGAACTCCTGCTCCAAACGAAA 1040
|||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 963 ACAGTTATCAAGGACCCAGTGAAGACTTTAACGAGGCCAGAACTCCTGCTCCAAACGACA 1022
Query 1041 TCCAAACGAGCACTCCTGTTGCTGTACCAAACGATATCATTGAAGATGATGAAGAGCTGT 1100
||||||| |||||||||||| |||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1023 TCCAAACAAGCACTCCTGTTACTGTACAAAACAATATCGTTGAAGATGATGAAGAGCTGT 1082
Query 1101 TGAACGAAGATGATGATGATGACGAGTTGGACGACCTAGAAAGTGGCGAGGATATGAACA 1160
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1083 TGAACGAAGATGATGATGATGACGAGTTGGACGACCTAGAAAGTGGCGAGGATATGAACA 1142
Query 1161 CACAACACCTGGTTTTAGCTCAATTTGACAAGGTGACGCGCACAAAGAGCAGGTGGAAGT 1220
| ||||| |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1143 CGCAACATCTGGTTCTAGCTCAATTTGATAAGGTGACTCGCACAAAGAGCAGGTGGAAGT 1202
Query 1221 GCAGTCTGAAAGACGGGATCATGCATATAAACGATAAGGACATTCTCTTCAACAAAGCAA 1280
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1203 GCAATCTGAAAGACGGGATCATGCATATAAACGATAAGGACATTCTCTTCAACAAAGCAA 1262
Query 1281 CAGGCGAGTTCGACTTCTGATCTTGACACTAGTAATGCTTCTAGGAAAGTCAGAGTCCTT 1340
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||| |||||||
Sbjct 1263 CAGGCGAGTTCGACTTCTGATCTTGACACTAGAAATGCTTTTAGAAAAGTCACAGTCCTT 1322
Query 1341 CAAATGT-CGGATGTCTTTCTTTGTACCTTATGATTTAGACCGACCTCCGAGTGAGAGAC 1399
||||||| | | ||||||||||| ||||||| | |||||| ||| | |||
Sbjct 1323 CAAATGTTCAG-TGTCTTTCTTTTTACCTTACGGTTTAGA--GAC-----A-TGA----- 1368
Query 1400 ATGATTATTTATGGGAATA-TGTACTCTGGTTGGCTTGTTGTACAAAAAGAACAGATTTT 1458
| | ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1369 -T--T-ATTTATGGGAA-AGTGTACTCTGGTTGGCTTGTTGTACAAAAAGAAAAGATTTT 1423
Query 1459 TCCGGCCGAAGAAGGCTTATCAACTTTGAC 1488
||| | |||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1424 TCCTGTCGAAGAAGGCGTATCAACTTTGAC 1453
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 57592450440
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5