BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G07705.2
Length=2316
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg919498 jgi|Araly1|919498|scaffold_100779.1 3157 0.0
> Ahg919498 jgi|Araly1|919498|scaffold_100779.1
Length=1888
Score = 3157 bits (1709), Expect = 0.0
Identities = 1825/1882 (97%), Gaps = 3/1882 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 216 GAGTTGATTAATCTCTGCAAATGTCAAGTTTACTTAATTCCTCAATAAACGGGTCTACCT 275
||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GAGTTGAATAATATCTGCAAATGTCAAGTTTACTTAATTCCTCAATAAACGGGTCTACCT 60
Query 276 CGAATTTGTCAGACGGTTCAGGGAGGACGTTTACTTCTTCTTTCTCCGGTCAGTCTGGGG 335
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CGAATTTGTCAGACGGTTCAGGGAGAACGTTTACTTCTTCTTTCTCCGGTCAGTCTGGGG 120
Query 336 CAGCGTCTCCAGTTTTTCATCATGCTGGATCTATTCAGGGCCTTCATAATATTCATGGAA 395
|||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CAGCTTCTCCAGCTTTCCATCATGCTGGATCTATTCAGGGCCTTCATAATATTCATGGAA 180
Query 396 ACTTTAATGTTCCCAACTTGGCGGGAAGTCTTGGATCGAGAAATTCAAGTCTAAATGGTG 455
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 181 ACTTTAATGTTCCCAACTTGGCGGGAAGTCTTGGATCAAGAAATTCAAGTCTAAACGGTG 240
Query 456 TTCCATCTGCTGGTGTCCAACAACAAAATGGAAGTATTTCGAATGGAAGATTTGCATCCA 515
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TTCCTTCTGCTGGTGTCCAACAACAAAATGGAAGTATTTCGAATGGAAGATTTGCATCCA 300
Query 516 GCAATATTCCGGTTGCACTCTCTCAGATGTCTCATGGTAGCTCCCATGGACACTCAGGAC 575
| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GTAATATTCCGGTTGCACTCTCTCAGATATCTCATGGTAGCTCCCATGGACACTCAGGAC 360
Query 576 TCACTAATAGGGGAGGATTGGGAGTTTCTCCAATATTGGGAAATGTAGGTTCTCGAATGA 635
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 361 TCACTAATAGGGGAGGATTGGGAGTTTCTCCAATTTTGGGAAATGCAGGTTCTCGAATGA 420
Query 636 CGAGTTCTATGGGGAATATGGTTGGTGGAGGCACAATGGGTAGGACTTTGAGCTCTGGTG 695
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 CAAGTTCTATGGGGAATATGGTTGGTGGAGGCACAATGGGTAGGACTTTGAGCTCTGGTG 480
Query 696 GAGGATTGTCGATTCCGAGTCTTGGTTCGCGGCTAAATTTGGCAGTAAATAGCGGATCCG 755
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GAGGATTATCGATTCCGAGTCTTGGTTCGCGGCTAAATCTGGCAGTAAATAGCGGATCCG 540
Query 756 GAAATATTGGACAAAATCGCATGATGGGTGGGGTCTTGCCACAAGGATCTCCGCAGGTTC 815
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GAAATATTGGACAAAATCGCATGATGGGTGGGGTCTTGCCACAAGGATCTCCGCAGGTTC 600
Query 816 TTTCGATGCTGGGAAATTCTTACCCTTCAGCTGGAGGACTTTCCCAAAATCATGTTCAAG 875
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TTTCGATGCTAGGAAATTCTTACCCTTCAGCTGGAGGACTTTCCCAAAATCATGTTCAAG 660
Query 876 CAATGAACAGTCTAAGCTCTATGGGTTTGCTGAATGATATGAACTCCAACGACACTTCTC 935
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 CAATGAACAGTCTAAGCTCTATGGGGTTGCTGAATGATATGAACTCCAACGACACTTCTC 720
Query 936 CGTTTGATATTAATAATGATTTTCCTCAGCTCACAAGCCGCCCCAGCTCTGCGGGCAGTC 995
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||
Sbjct 721 CGTTTGATATTAATAATGATTTTCCTCAGCTCACAAGCCGCCCCACCTCTGCCGGCGGTC 780
Query 996 AAGGACAATTGGGGTCTCGATTGAAACAAGGCCTTGGAATCAGCCCTATAGTTCAGCAAA 1055
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 AAGGACAATTGGGGTCTCGATTGAAACAAGGCCTTGGAATCAGCCCTATAGTTCAGCAAA 840
Query 1056 ACCAAGAGTTCAGCATCCAAAATGAAGATTTTCCAGCATTGCCAGGATACAAAGGTAGTA 1115
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 841 ACCAAGAGTTCAGCATCCAAAATGAAGATTTTCCAGCATTGCCAGGATATAAAGGTAGTA 900
Query 1116 GTGCTGATTATCCAATGGATTTGCATCATAAAGAACAACTCCATGAGAACTCAGTTTTAA 1175
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 ATGCTGATTATCCAATGGATTTGCATCATAAAGAACAACTCCATGAGAACTCAGTTTTAA 960
Query 1176 TGATGCAATCTCAACAATTATCTATGGGAAGGTCTGGTGGGTTTAACTTAGGTGGAGCAT 1235
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 961 TGATGCAATCTCAACAATTATCTATGGGAAGGTCTGGTGGGTTTAACTTAGGTGGACCAT 1020
Query 1236 ATACATCACACCGTCCTCAACAACAGCAACAACATGCTCAAGCTGTGAGTAGTAGTGGTG 1295
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 ATACATCACACCGTCCTCAACAACAGCAACAACATGCTCAAGCTGTGAGTAGTAGTGGTA 1080
Query 1296 TTTCCTTACATGGGTCTGACATCTTCTCATCTTCGCATCCGCCTTACCACTCACAGACTG 1355
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||
Sbjct 1081 TTTCCTTACATGGGTCTGACATCTTCTCATCTTCGCATCCGTCGTACCACTCGCAGACTG 1140
Query 1356 GTGGAGCTCCGGGTATTGGATTAAGATCTATGAATTCTGCAAATTCTATCACTGGGATGG 1415
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1141 GTGGACCTCCGGGTATTGGATTAAGATCTATGAATTCTGCAAATTCTGTCACTGGGATGG 1200
Query 1416 GT--T-ATGACCAGCAGCTCATCCAGCAATATCAGCACCAACAGAACTCAGCCCAGTATC 1472
|| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||
Sbjct 1201 GTACTTATGACCAGCAGCTCATCCAGCAATATCAGCAACAACAGAACACATCCCAGTATC 1260
Query 1473 GCTTGCAGCAGATGTCAGCTGCTAGCCAACCTTTCAGAGATGTAGGATTAAAATCAATGC 1532
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 1261 GCTTGCAGCAGATGTCAGCTGTTAGCCAACCTTTCAGAGATGGGGGATTAAAACCAATGC 1320
Query 1533 AATCGACACAGTCAAATCCTGATCGGTTTGGCTTACTCGGTTTGCTCAGTGTGATAAAGA 1592
| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 AGGCGACACAGTCAAATCCTGATCGGTTTGGCTTGCTTGGTTTGCTCAGTGTGATAAAGT 1380
Query 1593 TGAGCGACCCTGACTTGACTTCTTTGGCACTTGGTATTGATCTGACAACACTGGGGTTAA 1652
||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 TGAGCGACCCTGACTTGACGTCTTTGGCCCTTGGTATTGATCTGACAACACTGGGGTTAA 1440
Query 1653 ATTTGAACTCAACAGAAAATCTTCATAAGACTTTTGGCTCGCCTTGGTCCAATGAACCCT 1712
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 ATTTGAACTCAACAGAAAATCTTCATAAGACTTTTGGCTCGCCTTGGTCCAATGAACCCT 1500
Query 1713 CTAAAGTTGATCCAGAATTCAGTGTACCGCAGTGTTACTACGCAAAAAACCCTCCACCTC 1772
|||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1501 CTAAAGGTGATCCAGAATTCAGTGTACCGCAATGTTACTACGCAAAAAACCCTCCACCCC 1560
Query 1773 TACATCAAGGGCTCTTTGCAAAATTATTGGTAGAAACATTGTTTTACGTATTCTATAGCA 1832
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1561 TACACCAAGGGCTCTTTGCAAAATTATTGGTAGAAACATTGTTTTACATATTCTATAGCA 1620
Query 1833 TGCCGAAAGATGAGGCGCAACTCTATGCGGCTAATGAACTTTACAATAGGGGTTGGTTCT 1892
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 TGCCGAAAGATGAGGCGCAACTATATGCGGCAAATGAACTTTACAATAGGGGTTGGTTCT 1680
Query 1893 ACCACAAAGAACACAGGTTGTGGTTCATTAGAATCGGGGAACCTCTCGTGAAAACAAATG 1952
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 ACCACAAAGAACACAGGTTGTGGTTCATTAGAATCGGGGAACCTCTCGTGAAAACAAATG 1740
Query 1953 CGTATGAAAGAGGATCATATCACTGTTTTGATCCAAACTCATTTGAGATCGTTCAAAAGG 2012
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 TGTATGAAAGAGGATCATATCACTGTTTTGATCCAAACTCATTTGAGATCGTTCAAAAGG 1800
Query 2013 AAAATTTTGTTCTCTATTACGAGATGCTGGAAAAAAGACCATCCATTTCTCAAGATTCTC 2072
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 1801 AAAATTTTGTTCTCTATTACGAGATGCTGGAAAAAAGACCATCCCTATCTCAAGATTCTC 1860
Query 2073 AACATTGAGTGTAAACTATGCC 2094
||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 AACATTGAGTGTAAACTATGCC 1882
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 87226661050
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5