BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G07970.1
Length=2434
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg334084 jgi|Araly1|334084|fgenesh1_pg.C_scaffold_1000649 3430 0.0
> Ahg334084 jgi|Araly1|334084|fgenesh1_pg.C_scaffold_1000649
Length=2070
Score = 3430 bits (1857), Expect = 0.0
Identities = 2012/2085 (96%), Gaps = 18/2085 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 111 ATGGATTCTGATGTGAGGAGGAAGATTAACAACACTACTCAGGGTTCGTCCCCTTCTCCG 170
|||||||| |||| |||||| || |||||| | | ||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 1 ATGGATTCCGATGCGAGGAGTAAAATTAAC-TC-C-ACTCAAGGTTCGTCCCATTCTCCG 57
Query 171 AAGCCCTCCAAGTTCTCTGTGTACCGGAACCCTGCTCTCGCCGCCGCTTCCACCGCCAAC 230
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 58 AAGCCATCCAAGTTCTCTGTGTACCGGAACCCTGCTCTCGCCGCCGCTTCCACCGCCAAC 117
Query 231 AGCATCCGTCCTTCGAAATCCGTTCTTCTATTCATATTCTTGCTCTCTATCGCTTCCGCT 290
||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 118 AGCCTCCGTCCCTCGAAATCCGTTCTTCTATTCATATTCTTGCTCTCTACCGCTTCCGCT 177
Query 291 TTCTCTCTCATCTCCTTCATGGCCGGGGAGAAATGGTTGACCAATGCTTTAACATTCGGG 350
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 178 TTCTCTCTCATCTCCTTCATGGCCGGGGAGAAATGGTTGACCAATGCTTTAACATTCGGG 237
Query 351 AAAATATCCCAAGAGGCAGCTTATGTCACTGTAAAAGCGTGGCAGGGGCTGGTGACTTTG 410
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 238 AAAATATCCCAAGAGGCAGCTTATGTCACTGTAAAGGCGTGGCAGGGGCTGGTGACTTTG 297
Query 411 TTTTGTATTGGAGCAATGATGGCTTTGTCCAAAGGCATATCTTTGCACAGAGCAAAGTTT 470
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 298 TTTTGTATTGGAGCAATGATGGCTTTGTCCAAAGGCATATCTCTGCACAGAGCAAAGTTT 357
Query 471 GCTGCTCGAGGAGAAACTAAATCTTTCTCTAAAGAAACCAAAGATCAGTTTTCTTTATCA 530
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 358 GCTGCTCGAGGAGAAACTAAATCTTCCTCTAAAGAAACCAAAGATCAGTTTTCTCTATCA 417
Query 531 AATCGTCAGCTTGAACTTCTTGGGATAAAGAAAAAAGCTGACCAGAGTGTATCAGAATTT 590
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 418 AATCGTCAGCTTGAACTTCTTGGGATAAAGAAAAAAGCTGACCAGAATGTATCAGATTTT 477
Query 591 CCAAAGAGTCGTCCTGCATTGAAACCTGCACAGTCATTGGAGCCGCTTGTCCCAATACAC 650
||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 CCAAACAGTCGTCCTGCATCGAAACCTTCACAGTCATTGGAGCCGCTTGTCCCAATACAT 537
Query 651 CATCAAACTCTTACTGGTTCAGCTCATAAGTCTTCTGGTGGTGGTGATAAGCTGAATTCC 710
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 CATCTAACTCTTACTGGTTCAGCTCATAAGTCTTCTGGTGGTGGTGATAAGCTGAATTCC 597
Query 711 CGTA-ATGGAAGCCAGATTAGTTCATTTAGCACTCCCTCAAAACAAATGGGTTCACCGTC 769
|||| | |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 CGTACA-GGAAACCAGATTAGTTCGTTTAGCACTCCCTCAAAACAAATGGGTTCACCGTC 656
Query 770 TATGTATCTTGTCCCTTCTAGCTCACCAGTTTCTTCTAACCGT-CTTTCGTCGGGTCAGG 828
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | ||| || |||||||
Sbjct 657 TATGTATCTTGTCCCTTCTAGCTCACCAGTTTCTTCTAATCATGC-TTCTTCTGGTCAGG 715
Query 829 ATAAGGCTGTCTCTAGTCCTTGGTCTGGTAGACGAAGTTCTGCAAAAGACATAACTACCG 888
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 716 ATAAGGCTGTTTCTAGTCCTTGGTCTGGTAGACGAAGTTCTACAAAAGACATAGCTACCG 775
Query 889 AGGAGCAGCTTGAGCAGCTTTTGGCAGAAATAGATGAGAAAATCACTGAGTCGGCTGGGA 948
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 776 AGGAGCAGCTTGAGCAGCTTTTGGCTGAAATAGATGAGCCAATCACTGAGTCGGCTGGGA 835
Query 949 AGATGCGTACGCCTCCACCAACAGTTGGGAGTTTTGCCATGGCTAGCCCGAGTACAGTTG 1008
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 836 AGATGCGTACGCCTCCACCAACAGTTGGGAGTTTCGCCATGGCTAGCCCGAGTACAGTTG 895
Query 1009 GTGGTTCAACTGGTGCATCTGGGGCTACTAGGAGTACACCACTAAGACCTGTCAGGATGT 1068
|| |||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 896 GT-GTTCAACTGGTGCATCTGGGACTAC-A-GAGTACACCACTAAGACCTGTCAGGATGT 952
Query 1069 CTCCTGGCGCTCAGAAATTTACGACTCCCCCAAAGAAAGGAGAGGGTGATTTCCCCAACC 1128
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 953 CTCCTGGTGCTCAGAAATTTACGACTCCCCCAAAGAAAGGAGAGGGTGATTTCCCCAACC 1012
Query 1129 CAATGTCCTTAGAAAGG-GCTATCGAAGGTTTTATTCATCTAGGTGTCTATCCTCAGATA 1187
|||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1013 CAATGTCCTTAG-AAGGTGCTATCGAAGGTTTTATTCATCTAGGTGTCTATCCTCAGATA 1071
Query 1188 GAAGACTGGCGTGACCGACTAAGGCAATGGTGTTCCTCAGTGTTGCTCAAACCTCTGCTT 1247
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1072 GAAGACTGGCGTGACCGACTAAGGCAATGGTGTTCCTCCGTGTTGCTCAAACCTCTGCTT 1131
Query 1248 AACAAGGTTGAAACCAGTCATATTCAGGTAATGCAAACAGCATCAAAGCTTGGTGTTAAT 1307
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1132 AACAAGGTTGAAACCAGTCATATTCAGGTAATGCAAACGGCATCAAAGCTTGGTGTTAAT 1191
Query 1308 GTCACAGTTAGTCAAGTTGGAAGTGATTTGCCAACAAATGGAACCGCTACAACTGCCTTA 1367
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1192 GTCACAGTTAGTCAAGTTGGAAGTGATTTGCCAACAAATGGAACCGCTACAACTGCCTTA 1251
Query 1368 CCGGTTGATCGAACGAAGGGGTGGCAGCCATCTTACTCTCTCGATGAAGATGCTCTTCTT 1427
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1252 CCGGTTGATCGAACGAAGGGGTGGCAGCCATCTTACTCTCTCGATGAAGATGCTCTTCTT 1311
Query 1428 CACCAATTACGCGCTAATCTTGTACAGGCTATTGATGCTTCCATGCAAAAGCTGCGTACA 1487
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1312 CATCAATTACGCGCTAATCTTGTACAGGCTATTGATGCTTCCATGCAAAAGCTGCGTACA 1371
Query 1488 GAGAACCAGCAGTTTCAGCAACAGCAACAACAACAGCAACAGCAAGCGGCACTAATCCCT 1547
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | | |||||||||||
Sbjct 1372 GAGAACCAGCAGTTTCAGCAACAGCAACAACAACAGCAA--GC--G-G-CACTAATCCCT 1425
Query 1548 GTCATGCAGGAATGTGTTGATGCTATAAGTGAACATCGGAGGCTTCAGGGCTTAATGAAA 1607
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1426 GTCATGCAGGAATGTGTTGATGCTATAAGTGAACATCGGAGGCTTCAGGGCTTAATGAAA 1485
Query 1608 GGAGAGTGGGTTAAGGGCCTACTTCCGCGCAGCAGTATTCCAGCAGATTACACAGTGCAA 1667
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1486 GGAGAGTGGGTTAAGGGCCTACTTCCACGCAGCAGTATTCCAGCAGATTACACAGTGCAA 1545
Query 1668 AGAATCCGAGCACTCGCGGAAGGAACTTGTGTGAAGAACTATGAGTACAATGGAGGGGCA 1727
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||
Sbjct 1546 AGAATCCGAGCACTCGCGGAAGGAACTTGTGTGAAGAACTACGAATACAATGGAAGGGCA 1605
Query 1728 GATACTCGTGAGAAAAACAAGAAATGGAGCCTGGAGCCTCCAACCGATTCTCATCTGCTT 1787
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1606 GATACTCGTGAGAGAAACAAGAAATGGAGCCTGGAGCCTCCAACCGATTCTCATCTGCTT 1665
Query 1788 CTGTACTTGTTTTGTGCCTTCTTGGAACACCCAAAGTGGATGTTACATTTGGACCCTAGC 1847
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1666 CTGTACTTGTTTTGTGCCTTCTTGGAACACCCAAAGTGGATGTTGCATTTGGACCCTAGC 1725
Query 1848 TCTTATACAGGGACTCAGGCGAGCAAGAACCCTTTATTCTTAGGGGTTCTGCCTCCAAAA 1907
||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1726 TCTTACACAGGGACTCAGGCAAGCAAGAACCCTTTATTCTTAGGGGTTTTGCCTCCAAAA 1785
Query 1908 GAGAGATTCCCAGAGAAGTACATTGCTGTGGTATCGGGTGTACCTTCGACACTTCATCCT 1967
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1786 GAGAGATTCCCAGAGAAGTACATTGCTGTGGTATCGGGTGTACCTTCGACACTACATCCT 1845
Query 1968 GGTGCATGTGTGCTTGCAGTAGACAAGCAAAGCCCACCCACATTTGCCTTGTACTGGGAT 2027
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1846 GGTGCATGTGTGCTTGCGGTAGACAAGCAAAGCCCACCCACATTTGCCTTGTACTGGGAT 1905
Query 2028 AAGAAAGTGCAGTTTACTCTTCAGGGAAGAACAGCGCTATGGGACTCTATGTTGTTGATA 2087
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1906 AAGAAAGTGCAGTTTACTCTTCAGGGAAGAACAGCACTATGGGACTCTATGTTGTTGATA 1965
Query 2088 TGCCACAGAATCAAGGTGGGATACGGAGGTGTTGTTCGTGGGATGAATCTGGGTTCTTCA 2147
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1966 TGCCACAGAATCAAGGTGGGATACGGAGGTGTTGTTCGTGGGATGAATCTGGGTTCTTCA 2025
Query 2148 GCCCTTAACATCCTCCAAGTTGTTGATTCCGACACTGACGATTAA 2192
|| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 2026 GCACTTAACATCCTCCAAGTTGTTGATTCGGATACTGACGATTAA 2070
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 91721309960
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5