BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G08150.1
Length=2448
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg470876 jgi|Araly1|470876|fgenesh2_kg.1__830__AT1G08150.1 3814 0.0
> Ahg470876 jgi|Araly1|470876|fgenesh2_kg.1__830__AT1G08150.1
Length=2424
Score = 3814 bits (2065), Expect = 0.0
Identities = 2305/2423 (95%), Gaps = 8/2423 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 30 GGCATACAACGCAACCTTCTGGGGGGATTTCTCATATCATGGATATGGCTTTAGTGAAGA 89
|||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 6 GGCATATAACGCAACCTTCTGGTCGGATTTCTCATATCATGGATATGGCTATAATGAAGA 65
Query 90 CGGGTCCAAGTTCTGCGAACAAATACCGATTCTTGTGAACTCTTTTGGCGTGTGGGAGAA 149
|||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 66 CGGGACCAAGTTCTGCGAACAAATACCCATGCTTGTGAACTCTTTTGGCGTGTGGGAGAA 125
Query 150 GCTAGATTTACCTATACGCGGGATGAAGATATGGGACTACAGTCTTCCCCATCTCGAGAG 209
||||| ||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 126 GCTAGGTTTACCTGTTCTCGGGATGAAGATATGGGACTACAGTCTTCCCCTTCTCGAGAG 185
Query 210 CGTAATCGTCCTAGTTCTCTGTTTATGGCAGtttttttATTTATCCCTAAAGAAGATAGG 269
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||
Sbjct 186 CGTAATCGTCCTAGTACTCTGTTTATGGCAGTTTTTCTATTTCTCCCTAAAGATGATAGG 245
Query 270 CCTCCCTGTGCCAAAGATCACCTCCATGATGATTGCCGGGGCAGCTTTGAGCCAAACGAA 329
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 246 CCTCCCTGTGCCAAAGATCACCTCCATGATGATTGCCGGGGCAACTTTGAGCCAGACGAG 305
Query 330 TCTTTTGCCGAATGACTGGACGATCCAGCACATTTTATTCCCGGATGA-TACTAGGCCAA 388
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 306 TCTTTTGCCGAATGACTGGACGATCCAACACATTTTATTCCCGGATGATTA-TAGGCCAA 364
Query 389 AAGTGCCTGAGACGCTAGGTGGGTTCGCTTTTGTCTTTTATTGGTTCATCGAAGGTGTTA 448
|||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 365 AAGTCCCTGAGACGCTCGGTGGATTCGCTTTTGTGTTTTATTGGTTCCTCGAAGGTGTTA 424
Query 449 AAATGGATGTTGGGATGGTTAGGAAGACAGGTACGAAAGTGATTGTAACAGGAATTGCCA 508
||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 425 AAATGGATGTTGGGATGGTTAAGAAGACTGGTACGAAAGTGATTGTAACAGGAATTGTCA 484
Query 509 CTGTTATTCTCCCCATTATCGCGGCCAACATGGTGTTTGGTAAGCTAAGAGAGACCGGGG 568
||||| ||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 485 CTGTTCTTCTCCCCATTTTCGTGGCTAACATGGTGTTTGGTAAGCTAAGAGAGACCGGGG 544
Query 569 GGAAATACTTGACAGGAATGGAGTACAGAACAATTTTATTCATGCAGAGCATCTCGGCAT 628
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 545 GGAAATACTTGACAGGAATGGAGTACAGAACAATTTTATTCATGCAGAGCATCTCGGCGT 604
Query 629 TCACGGGTATCTCAAGGCTATTAAGGGATCTCCGGATCAACCACTCAGAGTTCGGCAGGA 688
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 605 TCACGGGTATCTCAAGGCTATTAAGGGATCTCAAGATCAACCACTCAGAGTTTGGCAGGA 664
Query 689 TCGTGATTTCGACCGCTATGGTGGCGGATGGAACGGGTTTTGGTGTTAATCTATTTGCCC 748
||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 665 TCGTGCTTTCCACCGCTATGGTGGCGGATGTAACGGGTTTTGCTGTTAATCTATTTGCCC 724
Query 749 TTGTGGCTTGGATGGACTGGAGGGTTTCTGCGCTGCAAGGCGTAGGAATTATCGGATATG 808
||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 725 TTGTGGCGTGGTTGGACTGGAGGGTTTCTGCGCTGCAAGGCGTAGGAATTATCGGATATG 784
Query 809 TCATATTCATGGTTTGGGTTGTGAGACCGGCCATGTTTTGGGTGATCA-AACGGACACCA 867
||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 785 TCATAGTCATGGTTTGGGTTGTGAGACCGGCGATGTTTTGGGTGATCAGAA-GGACACCA 843
Query 868 CAAGAGAGACCGGTGAAGGAATGCTTCATCTACATCATACTCATTTTAGCCTTCGGTGGT 927
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 844 CAAGAGAGACCGGTGAAGGAATGCTTCATCTACATCATCCTCATTTTAGCCTTCGGTGGT 903
Query 928 TACTACTTTTTGAAGGAAATTCACATGTTTCCGGCTGTTGGACCCTTCCTTTTGGGTTTG 987
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 904 TACTATTTTTTGAAGGAAATTCACATGTTTCCGGCTGTTGGACCCTTCGTTTTGGGTTTG 963
Query 988 TGTGTGCCTCACGGTCCTCCTCTAGGGTCTCAACTGGTAGAAAAGTTTGAAAGCTTTAAC 1047
||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 964 TGTGTGCCTCACGGTCCTCCTCTAGGGTCTCTACTGATAGAAAAGTTTGAAAGCTTTAAC 1023
Query 1048 ACTGGAATCCTTTTGCCACTTTTCTTGTTCTTCTCAATGCTGCAAATCGATGGACCTTGG 1107
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1024 ACTGGAATCCTTTTGCCACTTTTCTTGTTCTTCTCAATGATGCAAATCGATGGACCTTGG 1083
Query 1108 TTAGCTAACCAGATCGGTCAACTAAGGCATTTTGACGGTCAGTTGTATGAAGCCTTGACC 1167
||||||| ||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1084 ATAGCTAAGGAGATCGGTCAAATATGGCATTTTGAAGGTCAGTTGTATGAAGCCTTGACC 1143
Query 1168 ATCATCATCGTTGTCTTTGTCGCCAAGATTATCTTCTCAATGATTCCTGCATTGCTAGCC 1227
||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1144 ATCATCATCGTTGTCTTAGTCGCCAAGATTGTCTTCTCAACGATTCCTGCATTGCTAGCC 1203
Query 1228 AAAATGCCTCTGACCGACTCTTTCGTTATGGCACTCATCCTCAGCAACAAAGGAATTGTT 1287
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1204 AAAATGCCTCTAACCGACTCTTTCGTTATGGCACTCATCCTCAGCAACAAAGGAATTGTT 1263
Query 1288 GAGCTGTGTTATTTTCTGTATGGAGTTGAAAGCAATGTTCTTCATGTGAAGTCCTTCACG 1347
||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1264 GAGCTGTGTTATTTTATGTATGGCGTTGAAAGCAATGTTCTTCATGTGAAGTCCTTCTCG 1323
Query 1348 ATTATGGCAACGATGATTTTAGTGAGCTCTACGATATCACCAGTGTTGATACATTACCTA 1407
|| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1324 ATAATGGCATTGATGATTTTAGTGAGCTCTACGATATCACCAGTGTTGATACATTACCTA 1383
Query 1408 TATGATTCGTCAAAACGATTCATTAGTTTCCAGAAGCGGAATCTAATGAGCTTGAAGCTT 1467
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1384 TATGATTCGTCAAAACGATTCATTAGTTTCCAGAAGCGGAATCTAATGAGCCTGAAGCTT 1443
Query 1468 GGATCAGAGCTGAAGTTTCTAGTGTGCATTCACAAAGCAGACCACATCTCAGGGATGATC 1527
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1444 GGATCAGAGCTGAAGTTTCTAGTGTGCATTCACAAAGCAGACCACATCTCAGGGATGATC 1503
Query 1528 AACCTTCTAGCACAGTCTTTTCCTCTACATGAATCCACAATAAGTTGCTACGTGATTCAC 1587
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||
Sbjct 1504 AACCTTCTAGGACAGTCTTTTCCTCTACATGAATCCACAATCTCTTGCTACGTGCTTCAC 1563
Query 1588 CTCGTCGAGCTTGTGGGTTTAGACAATCCAGTCTTTATCTCCCACCAAATGCAAAAAGCC 1647
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 1564 CTCGTCGAGCTTGTGGGTTTAGACAATCCAGTCTTCATCTCCCACCAGATGCAAAAGGCC 1623
Query 1648 GAACCTGGAAACCGGTCTTATTCAAACAACGTCCTAATCGCTTTTGATAACTTCAAACAT 1707
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1624 GAGCCCGGAAACCGGTCTTATTCAAACAACGTCCTAATCGCTTTTGATAACTTCAAACAT 1683
Query 1708 TACTGGAAATCGATATCGCTGGAATTGTTCACATGCATCTCAAACCCTAGGTACATGCAT 1767
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||
Sbjct 1684 TACTGGAAATCGATATCGCTGGAATTGTTCACATCCATATCAAACCCTAAGTACATGCAC 1743
Query 1768 CAAGAGATTTACTCGCTCGCTCTCGACAAACAAGCTTCTTTTC-TCATGCTCCCTTTCCA 1826
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 1744 CAAGAGATTTACGCGCTCGCTCTCGACAAACAAGCTTC-TTTCATCATGCTCCCTTTCCA 1802
Query 1827 CATTATATGGTCCCTTGACCAGACAACGGTGGTCTCAGACGATGTCATGCGTAGGAACGC 1886
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1803 CATAATATGGTCCCTTGACCAGACAACGGTGGTCTCAGACGATGTCATGCGTAGGAACGC 1862
Query 1887 TAACTTAAATGTCTTGAGACAAGCACCTTGCTCCGTGGGGATCTTTGTCCATCGTCAAAA 1946
|||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1863 TAACTTGAATGTCTTGAGACAAGCACCTTGTTCCGTGGGGATATTTGTCCATCGCCAAAA 1922
Query 1947 GCTTTTATCTGCGCAAAAGAGCAGTCCGTCTTTTGAGGTCTGCGCAATTTTCGTGGGCGG 2006
||||| |||||||||||||||| ||||| | | |||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1923 CCTTTTCTCTGCGCAAAAGAGCAACCCGTCGTATCAGGTCTGCGCAATTTTTGTGGGCGG 1982
Query 2007 GAAAGACGACAGAGAAGCCTTGGCATTGGGAAGGCAAATGATGAGGAATCCGAATGTGAA 2066
||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1983 GAAAGACGACAGAGAAGCCTTGGCACTGGGGAGGCAAATGATGAGGAATCCGAATGTGAA 2042
Query 2067 CCTGACAGTGTTGAAGCTAATCCCAGCGAAAATGGATGGGATGACTACAGGGTGGGATCA 2126
||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 2043 CCTAACAGTGTTGAAGCTAGTCCCAGCGAAAATGGATGGGATGACCACTGGGTGGGATCA 2102
Query 2127 GATGCTGGACTCGGCAGAGGTTAAGGAGGTTCTGAGGAACAATAACAATACTGTTGGACA 2186
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2103 GATGTTGGACTCGGCAGAGGTTAAGGAGGTTCTGAGGAACAATAACAATACTGCTGGACA 2162
Query 2187 ACATAGTTTTGTGGAATACGTAGAGGAGACAGTTAACGACGGTTCCGACACATCAACACT 2246
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2163 ACATAGTTTTGTGGAATATGTAGAGGAGACAGTTAACGACGGTTCCGACACATCAACACT 2222
Query 2247 CCTTCTCTCGATTGCTAATTCTTTTGATTTATTCGTGGTGGGGAGGAGCGCCGGAGTAGG 2306
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2223 CCTTCTCTCGATTGCTAATTCTTTTGATTTATTCGTGGTGGGGAGGAGCGCCGGAGTAGG 2282
Query 2307 GACCGACGTGGTGAGTGCATTGAGTGAGTGGACGGAGTTTGATGAGTTAGGTGTGATTGG 2366
||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2283 GACAGACGTGGTGAGTGCACTGAGTGAGTGGACGGAGTTTGATGAGTTAGGTGTGATTGG 2342
Query 2367 AGATCTGTTGGTGTCT-CAAGATTTTCCCCGTAGAGGGTCGGTGTTGGTGGTGCAACAAC 2425
|||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2343 AGATTTGTTGGTGTCTTCA-GATTTCCCCCGTAGAGGTTCGGTGTTGGTGGTGCAACAAC 2401
Query 2426 AACAGAATGTAGCTTGTAGATGA 2448
|||||||||||||||||||||||
Sbjct 2402 AACAGAATGTAGCTTGTAGATGA 2424
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 92254573390
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5