BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G08190.1
Length=3371
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg919563 jgi|Araly1|919563|scaffold_100844.1 5055 0.0
> Ahg919563 jgi|Araly1|919563|scaffold_100844.1
Length=2976
Score = 5055 bits (2737), Expect = 0.0
Identities = 2904/2985 (97%), Gaps = 9/2985 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 158 ACTGCAATTGCACGGTGGTAATGGCTGCGGTTCCGCCTGAAAACGGCGTggacggagatg 217
||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ACTGCAATTGCACGGCGGTAATGGCTTCGGTTCCGCCTGAAAACGGCGTGGACGGAGATG 60
Query 218 acgaaagagaggaagaagaagaggacgaggaggaggaagaagaagaagaagaagaagaga 277
|||||||||||||||||||||| | |||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 61 ACGAAAGAGAGGAAGAAGAAGA--A-GAGGAGGAGG-AG--GAAGAAGAAGAAGAAGAGA 114
Query 278 acggagaTGAGGCTGAGGAGGAGCCACGTCTCAAATATCAGAGGATGGGTGGCAACGTTC 337
| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 115 ATGGAGATGAGGCTGAGGAGGAGCCACGCCTGAAATATCAGCGGATGGGTGGCAACGTGC 174
Query 338 CTGCGTTGCTATCTAACGATGCTGCTTCCTGCATCGCTGTTGCTGCGAGGATGATCGCGC 397
|| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 175 CTACGTTGCTATCTAACGACGCTGCTTCCTGCATCGCTGTTGCTGCAAGGATGATCGCGC 234
Query 398 TTGGTACGCACGACGGTACCGTGCGTATCCTCGATTTATTGGGGAATCAGGTTAAAGAAT 457
|||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 235 TTGGTACGCACGACGGAACCGTGCATATCCTCGATTTCTTGGGGAATCAGGTTAAAGAAT 294
Query 458 TTCGTGCCCACACTGCTCCGGTTAATGACATCAACTTTGACACTGAGGGAGAGTATATCG 517
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 295 TTCGTTCCCACACTGCTCCGGTTAATGACCTCAACTTTGACACAGAGGGAGAGTATATCG 354
Query 518 GAAGCTGTTCAGACGATGGGTCTGTTGTTATAAACAGCCTTTTCACTGATGATGAGAAGA 577
||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 355 GAAGCTGTTCAGATGATGGGTCTGTTGTTATAAATAGCCTTTTCACTGATGATGAGAAGA 414
Query 578 TGAAATTTGATTATCATCGCCCCATGAAGGCCATTTCCTTGGATCCAGATTATACGAAAA 637
|||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 415 TGAAATTTGATTATTATCGTCCCATGAAGGCCATTTCCTTGGATCCAGATTATACGAAAA 474
Query 638 AGCAATCTAAGAGATTTGTAGCTGGTGGCTTGGCTGGTCACTTGTATATGAACTCCAAGA 697
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 475 AGCAATCTAAGAGATTTGTAGCTGGTGGCTTGGCTGGTCACTTGTATATGAACTCCAAGA 534
Query 698 AGTGGTTCGGTAATAAAGATCAGGTGCTGCATTCTGGGGAAGGTCCAATTCATTCTGTGA 757
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 535 AGTGGTTCGGTAATAAAGACCAGGTGCTGCATTCTGGGGAAGGTCCAATCCATTCTGTGA 594
Query 758 AGTGGAGAGGAAGTCTCATCGCCTGGGCTAATGATGTTGGTGTTAAAGTTTATGATACAG 817
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 595 AATGGAGAGGAAGTCTCATCGCCTGGGCTAATGATGTTGGTGTTAAGGTGTATGATACAG 654
Query 818 CCAAAGATCAGCGTGTTACATTTATTGAAAAACCGCGAGGAAGCCCCAGGCCTGAGGCTT 877
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 655 CCAAAGATCAGCGTGTTACATTTATTGAAAAACCGCGAGGAAGCCCCAGGCCTGAGGCGT 714
Query 878 TACTACCCCACTTGGTTTGGCAGGATGACACTCTCCTTGTGATTGGTTGGGGAACATCAG 937
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 715 TACTTCCCCACTTGGTTTGGCAGGATGACACTCTTCTTGTGATTGGTTGGGGGACATCAG 774
Query 938 TTAAAATTGCGTCGATTAAATCAGACCAGCAACAAACTGGAACTTTTAGGCAGATTCAGA 997
|||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 775 TTAAAATTGCTTCGATTAAATCAGACCAGCAACAACCTGGAACTTTTAGGCAGATTCAGA 834
Query 998 TGTCTAGTCTAACCCAAGTAGATATTGTGGCATCTTTCCAAACCAGCTATTACATTTCAG 1057
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 835 TGTCTAGTCTAACCCAAGTAGATATTGTGGCATCTTTCCAAACCAGCTATTACATTTCAG 894
Query 1058 GGATTGCTCCCTTTGGTGATTCTCTGGTTATTCTTGCTTATATACCCATTGAAGGAGATG 1117
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 895 GGATTGCTCCCTTTGGTGATTCTCTAGTTATTCTTGCTTATATACCCATTGAAGGAGATG 954
Query 1118 GTGAGAAGGAATTTAGCAGCACCACTACTCTATCGCGTCAGGGAAATGCCCAGAGGCCTG 1177
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 955 GTGAGAAGGAATTTAGCAGCACCACTACTCTATCGCGTCAGGGAAATGCCCAGAGACCTG 1014
Query 1178 AAATACGCATTGTATCATGGAACAATGATGAACTCACAATGGATGCTCTTCCTGTACACG 1237
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1015 AAATTCGCATTGTATCATGGAACAATGATGAACTTACAATGGATGCTCTTCCTGTACACG 1074
Query 1238 GCTTTGAGCATTACAAGGCGAAAGACTATTCCCTTGCTCATGCTCCTTTCCCAGGTAGTA 1297
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1075 GCTTTGAGCATTACAAGGCGAAAGACTATTCCCTTGCTCATGCTCCTTTCCCAGGTAGTA 1134
Query 1298 GCTACGCTGGGGGACAGTGGGCAGCTGGTGATGAACCACTGTACTATATTGTTTCGCCAA 1357
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1135 GCTATGCTGGGGGACAGTGGGCAGCTGGTGATGAACCACTGTACTATATTGTTTCTCCAA 1194
Query 1358 AGGATGTTGTGATTGCCAAACCCAGGGATGCTGAAGATCACATAAACTGGCTTTTGCAAC 1417
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1195 AGGATGTTGTGATTGCCAAACCCAGGGATGCGGAAGATCACATTAACTGGCTTTTGCAAC 1254
Query 1418 ATGGATTCCACGAGAAAGCCCTAGCAGCTGTTGAGGCTAGTGAAGGACGAACCGAACTAA 1477
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255 ATGGATTCCACGAGAAAGCCCTAGCAGCTGTTGAGGCTAGTGAAGGACGAACCGAACTAA 1314
Query 1478 TTGATAAGGTGGGAGCTGGGTATCTTGATCATTTGATTGTGGAAAGAAAATATGCTGAAG 1537
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1315 TTGATAAGGTGGGAGCTGGGTATCTTGATCATTTGATTGTGGAAAGAAAATATGCTGAAG 1374
Query 1538 CGGCATCTTTATGCCCCAAATTGTTACGAGGATCTGCTTCAGCCTGGGAGAGGTGGGTTT 1597
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1375 CAGCATCTTTATGCCCCAAATTGTTACGAGGATCTGCTTCAGCCTGGGAGAGGTGGGTTT 1434
Query 1598 TCCATTTTGCTCAACTACGCCAGCTGCCTGTTCTTGTCCCATATATGCCTACGGATAACC 1657
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1435 TCCATTTTGCTCAACTACGCCAGCTTCCTGTTCTTGTCCCATATATGCCTACGGATAACC 1494
Query 1658 CAAGGCTTAAGGATACTGTGTATGAGGTTGCTCTAGTTGCACTAGCAACCAATCCCTCAT 1717
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1495 CAAGGCTTAAGGATACTGTGTATGAGGTTGCTCTTGTTGCACTGGCAACCAATCCCTCAT 1554
Query 1718 ACCACAAGGAGCTTTTGTCAGCGGTTAAATCTTGGCCACGTTCTGTATATTCTGCTTTGA 1777
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1555 ACCACAAGGAGCTTTTGTCAGCTGTTAAATCTTGGCCACGTTCAGTATATTCTGCTTTGA 1614
Query 1778 CTGTTATCTCAGCAATAGAGCCTCAACTGAACACATCTTCAATGACAGATGCCCTCAAAG 1837
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1615 CTGTTATCTCAGCAATAGAGCCTCAACTGAACACATCTTCAATGACAGATGCCCTCAAAG 1674
Query 1838 AGGCGCTGGCAGAGCTGTATGTAATTGATGGACAGTATCAGAAGGCCTTCTCCCTATATG 1897
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1675 AGGCGCTGGCAGAGCTGTATGTAATTGATGGACAGTATCAGAAGGCCTTCTCCCTATATG 1734
Query 1898 CTGATCTTCTCAAACCAGAAGTGTTTGACTTCATTGAGAAATACAGCTTGCATGAGGCGA 1957
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1735 CTGATCTTCTCAAACCAGAAGTGTTTGACTTCATTGAGAAATACAGTTTGCATGAGGCGA 1794
Query 1958 TTCGCGGAAAGGTGGTCCAGTTAATGTTGCTTGATTGCAAGCGTGCCACTGTCTTATTTA 2017
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1795 TTCGCGGAAAGGTGGTCCAGTTAATGTTGCTTGATTGCAAGCGTGCCACTGTTTTATTTA 1854
Query 2018 TCCAAAATAGGGATTTGATTCCTCCATCTGAAGTTGTTCCACAACTTCTGAAGGCTGGCA 2077
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 1855 TCCAAAATAGGGATTTGATTCCTCCATCTGAAGTTGTTCCACAACTTCTGAAAGCTGCCA 1914
Query 2078 AAAATCCACAAGTTCTGAAAGCTGGCAAAAAATGTGATTCAAGATATTACTTGTACTTAT 2137
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1915 AAAATCCACAACTTCTGAAAGCTGGCAAAAAATGTGATTCAAGATATTACTTGTACTTAT 1974
Query 2138 ATCTGCATGCATTATTTGAAGTTAGTCATGATACCGGGAAGGATTTTCATGATATGCAGG 2197
||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1975 ATCTGCATGCATTATTTGAAGCCAGTCATGATACTGGGAAGGATTTTCATGATATGCAGG 2034
Query 2198 TAGAACTCTATGCAGAATACGATACTAAGATGCTGCTTCCGTTCCTACGTAGCAGTCAAC 2257
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2035 TAGAACTCTATGCAGAATACGATACTAAGATGCTACTTCCGTTCCTACGTAGCAGTCAAC 2094
Query 2258 ATTACAAGTTAGAAAAGGCATATGAACTTTGTGTCAAGAAAGATTTTTTAAGAGAGCAAG 2317
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2095 ATTACAAGTTAGAAAAGGCATATGAGCTTTGTGTCAAGAAAGATTTTTTAAGAGAGCAAG 2154
Query 2318 TGTTTGTCCTGGGAAGGATGGGAAATGCAAAACAAGCTCTTGCAGTCATCATAAATAAAC 2377
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2155 TGTTTGTCCTGGGAAGGATGGGAAATGCAAAACAAGCTCTTGCAGTCATCATAAATAAAC 2214
Query 2378 TGGGAGATATAGAAGAGGCTGTGGAATTTGTGTCCATGCAGCACGATGATGATCTATGGG 2437
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2215 TGGGGGATATAGAAGAGGCTGTGGAATTTGTGTCCATGCAGCACGATGATGATCTATGGG 2274
Query 2438 AAGAGCTGATTAAACAATGTCTAAACAAGCCTGAGATGGTGGGCTTGCTGTTGGAGCACA 2497
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2275 AAGAGCTGATTAAACAATGTCTAAACAAGCCTGAGATGGTGGGCTTGCTGTTGGAGCACA 2334
Query 2498 CAGTTGGCAACCTCGACCCTCTTTACATTGTAAATATGGTCCCAAATGGCTTGGAAATAC 2557
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2335 CAGTTGGCAATCTCGACCCTCTTTACATTGTAAATATGGTCCCAAATGGCTTGGAAATAC 2394
Query 2558 CTCGATTAAGGGATCGATTGGTCAAAATCGTAACAGATTACAGAACTGAGACATCTCTTA 2617
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2395 CTCGATTAAGGGATCGATTGGTCAAAATCGTTACAGATTACAGAACTGAGACATCTCTTA 2454
Query 2618 GACACGGTTGCAATGACATTCTCAAGACGGATATTGTTAATCTTCTGGTCAAATGCTTCA 2677
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 2455 GACACGGTTGCAATGACATTCTCAAGACGGATATTGTTAATCTTCTCGTCAAGTGCTTCA 2514
Query 2678 ACGAGGCTAGGCGTGGGGTCTGCCTGAGCCATGAAGACGACGATTCCCGTGCGAAGAGAG 2737
||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2515 ACGAGGCCAGGCGCGGGGTCTGCCTAAGCCATGAAGACGACGATTCCCGTGCGAAGAGAG 2574
Query 2738 AAGACAATAATCGCTCATCATTCTCGCAGAGAATGGTAGTAGATAAATCTTTGAGCATAA 2797
||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2575 AAGACAATAATCGCTCA--AT-CTCGCAGAGAATGGTAGTAGATAAATCTTTGAGCATAA 2631
Query 2798 AGATGACAGAAGTGAAGTCGAAGACACGGGGGGACACACGGTGTTGTATGTGCTTCGACC 2857
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2632 AGATGACAGAGGTGAAGTCGAAGACACGGGGGGACACACGGTGTTGTATGTGCTTCGACC 2691
Query 2858 CGGTCTCGATAAGAGGGGACACTGTAGTGGTCTTCTTCTGCTGCCATGCTTACCACGAGA 2917
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2692 CGGTCTCGATAAGAGGGGACACCGTAGTGGTCTTCTTCTGCTGCCATGCTTACCACGAGA 2751
Query 2918 CGTGCCTCATGGATGCAGCCTTCAGTAACAACAATCACAAGACAACCAAAGGTTCTTCGG 2977
|||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2752 CGTGCCTCATGGATGCTGCCTTCAGTAACAGCAATAACAAGACAACGAAAGGTTCTTCGG 2811
Query 2978 GGTATGAATATAGCTACGATAACGGTGTGGATGAGGAGGAAGAGGATGAGGAAGAAGATG 3037
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2812 GGTATGAATACAGCTACGATAATGGTGTGGATGAGGAGGAAGAGGATGAGGAAGAAGATG 2871
Query 3038 AGGATGGTGATGGAGACAGACCTGGGCGGTCGCGTTTACGGTGCATATTATGTACTACTG 3097
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2872 AGGATGGTGACGGAGACAGACCTGGGCGGTCGCGTTTACGGTGCATATTATGTACTACTG 2931
Query 3098 CCGCCGCTGCGTCCGCTCGGTAGCGACCCCTTTTGTGCATGTGTT 3142
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2932 CCGCCGCTGCGTCCGCTCGGTAGCGACCCCTTTTGTGCATGTGTT 2976
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 127264524112
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5