BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G08600.3
Length=4853
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg470924 jgi|Araly1|470924|fgenesh2_kg.1__878__AT1G08600.1 7023 0.0
> Ahg470924 jgi|Araly1|470924|fgenesh2_kg.1__878__AT1G08600.1
Length=4614
Score = 7023 bits (3803), Expect = 0.0
Identities = 4247/4459 (95%), Gaps = 39/4459 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 391 GAGCAAAATGATGTACTGATGGAAGAAAACAACAATCAGGGTGAGCAAAAAGATGAGGAG 450
|||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 184 GAGCAAAAAGATGTACTGATGGAAGAAGACAACAATCAGGCTGAACAAAAAGATGAGGAG 243
Query 451 ATGCAAGATGCTTCTAGTAGATCTGAAAGTTCTGACTTCAATTCAGATGAAGATGAACAA 510
||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |
Sbjct 244 ATGCAAGATACTTTTAGTAGATCTGAAAGTTCTGATTTCAATTCAGACGAAGATGAAC-A 302
Query 511 ATT-CTGTCC-CGGCGTGATGATGAGTTGGATCTTGAGAAACCTTTGAGCGAGGAAGAAA 568
||| ||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 303 ATTCCTG-CCGGGGCGTGATGATGAGTTGGATTTTGAGAAACCTCTGAGCGAGGAAGAAA 361
Query 569 TAGATGAGTTAATTTCAGATCTTCTGGCAGTTGAGAGCAAGGCTGCAGAAGCTCAAGAAG 628
|||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 362 TAGAAGAGTTAATTTCAGATCTTCTGGGAGTTGAGAGCAAGGCTGCAGAAGCTCAAGAAG 421
Query 629 CACTCGAAAAGGAGTCTCTTTCTAAAGTAGAGAGTGAAGTTAGGGAGGAATTAGCACAAG 688
|||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 422 CACTTGAAAAGGAGTCTCTTTCTAAGGTAGAGAGTGAAGTTAGGGAGGAATTAGCACAAG 481
Query 689 CACTCCGTGGTGATGAGTTGGATGAAGCTGTTGCTGCTGAAATGATGACTTTTAAAGACG 748
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 482 CACTCCGTGGTGATGAGTTGGATAAAGCTGTTGCTGCTGAAATGGTGACTTTTAAAGACG 541
Query 749 AATGGGAGGCAACTCTTGATGAGCTTGAAACAGAAAGTGCAAC-CTTGTTGGAGCAACTT 807
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 542 AATGGGAGGCAAATCTTGATGAGCTTGAAACAGAAAGTGC-ACACTTGTTGGAGCAACTT 600
Query 808 GATGGTGCTGGAATCGAGCTTCCAAAATTGTACGAAATGATAGAAAGTCAAGCCCCTAAT 867
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GATGGTGCTGGAATCGAGCTTCCAAAATTGTACGAAATGATAGAAAGTCAAGCCCCTAAT 660
Query 868 GGTTGCTACACTGAAGCTTGGAAGCAAAGAGCCCATTGGGTTGGTACTCAGGTGACAAAA 927
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GGTTGCTATACTGAAGCTTGGAAACAAAGAGCCCACTGGGTTGGTACTCAGGTGACAAAA 720
Query 928 GAAACTGTGGAATCATTGGCTAACGCTGAGAGGTTTCTGCACACTCATCGGCCTGTCCGA 987
||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 721 GAAACTGGGGAATCATTAGCTAACGCTGAGAGGTTTCTTCAAACTCATCGGCCTGTCCGA 780
Query 988 AAACGACATGGAAAACTTTTGGAGGAGGGAGCTAGTGGTTTTCTGGAGAAAAAA-CTCGC 1046
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||
Sbjct 781 AAACGACATGGAAAACTTTTGGAGGAGGGAGCTAGTGGTTTTCTGGA-AAAAAAGTTAGC 839
Query 1047 TGATGGTGCTGTTAAAGAATCTCTAGCTGGAACATCTGAGCTTGACTGGTCGTCTCTAAA 1106
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 840 TGATGGTGATGTTAAAGAATCTCTAGCTGGAACATCTGAGCTTGAGTGGTCGTCTCTAAA 899
Query 1107 CAAAGTGTTTTCGGAAAAAAGGGATGAGTCTG-TTTCCTTTGGTAGTAAGCAGTGGGCTT 1165
|||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 900 CAAAGTGTTTTCGGAAAAAAGGGACGAGTC-GATTTCCTTTGGTAGTAAGCATTGGGCTT 958
Query 1166 CTGTTTACTTGGCAAGCACTCCACACCAAGCTGCAGCCATGGGATTAGAATTTCCAGGAG 1225
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 CTGTTTACTTGGCAAGCACTCCACACCAAGCTGCAGCCATGGGATTAGAATTTCCAGGAG 1018
Query 1226 TCAATGAGGTGGAGGAAATTGAAGAGATTGATGCAAGCTTAGCAGACCCATTTTTAGCTG 1285
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1019 TCAACGAGGTGGAGGAAATTGAAGAGATTGATGCAAGCTTGGCAGACCCATTTTTAGCTG 1078
Query 1286 ATGCAATTGACAACGAAAGAGAACTTGCCCTTACTGAAGAACAAAAGACAAATTATATAA 1345
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 ATGCAATTGACAACGAACGAGAACTTGCCCTTACTGAAGAACAAAAGACAAATTATATAA 1138
Query 1346 GGGTCAAAGAAGAGGATGATATAACTTGTGATCGTGTACTTCAACTTCGTTTGAAACGGA 1405
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 GGGTCAAAGAAGAGGATGATATAAATTGTGATCGTGAACTTCAACTTCGTTTGAAACGGA 1198
Query 1406 AAAGACGCAAGAAAAGATCTAAACAGGTTATTAGGTGTGCGGCAGAGAATATGGATGATG 1465
| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 1199 AGAGACGCAAGAAAAGATCTAAACAGGTTATCAGGTGTGCTGCAGAGAATATGGATGACG 1258
Query 1466 ATTCTGTGTATTTGGATGGGAATAATACTACCCCAAATTTTGCCAAAGATCAAGTGAAAA 1525
||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1259 ATTCTGTGTATTTGGATGGGAATTATATTGCCCCAAATTTGGCCAATGATCAAGTGAAAA 1318
Query 1526 GTCCGGAGACTAGCACTCAAGTTCATAATAGTGAAGTCAACATAGAGGAAAACGGGAATT 1585
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1319 GTCCGGAGACTAGCACTCAAGTTCATAATAATGAAGTCAACAAAGAGGGAAACGGGAATT 1378
Query 1586 TTTCTAATTCAGATGTAGATAAGATGACCCCCAGCACACATATTAATGTAGATGCCAAGA 1645
| |||||||||||||||||||||||| | ||||| || |||| ||||||||| ||| ||
Sbjct 1379 TGTCTAATTCAGATGTAGATAAGATGGTCTCCAGCCCAAATATAAATGTAGATACCATGA 1438
Query 1646 GAGATGATTCACAGAATCCAGCAAACAATTTTAGGTGTACTGCCTGTAATAAAGTAGCTG 1705
||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1439 GAGATGATTCACAGAATCCAGCAAACAGTTTTATGTGTACTGCCTGTAATAATGTAGCTG 1498
Query 1706 TGGAAGTGCATAGTCATCCCCTTTTAGAAGTAATAGTTTGCATGGATTGCAAACGTTCAA 1765
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 TGGAAGTGCATAGTCATCCCCTTTTAGAAGTAATAGTTTGCATGGATTGCAAACGTTCAA 1558
Query 1766 TTGAAGATAGAGTTTCTAAGGTTGATGACTCTTTGGAACGTCATTGTGAATGGTGTGGTC 1825
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 TTGAAGATAGAGTTTCTAAGGTTGATGACTCTTTGGAACGTCATTGTGAATGGTGTGGTC 1618
Query 1826 ATATTGCTGACTTAATAGATTGTAGGACATGCGAAAAACTTTTCTGTGCATCATGTATAA 1885
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 ATATTGCTGACTTAATAGATTGTAGGACATGCGAAAAACTTTTCTGTGCATCATGTATAA 1678
Query 1886 AGAGGAATATTGGTGAAGAATACATGTCTGAAGCTCAATCCTCTGGTTGGGATTGTTGTT 1945
||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1679 AGAGGAATATTGGTGAAGAATACTTGGCTGAAGCTCAATCCTCTGGCTGGGATTGTTGTT 1738
Query 1946 GTTGCTCTCCAATTCCCTTGCAAAGATTGACACTGGAACTGGAGAAAGCTATGAGAGATA 2005
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1739 GTTGCTCTCCAATTCCCTTGCAAAGATTGACACTGGAACTGGAGAAAGCCATGAGAGATA 1798
Query 2006 AAAAGTCAATAGAATTGAGCTCTGATTCGAGTTCTGATTCCAGCTCTGATAACAATTCTG 2065
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 AAAAGTCAATAGAATCGAGCTCTGATTCGAGTTCTGATTCCAGCTCTGATAACAATTCTG 1858
Query 2066 TTGATACAGATGCTGATGTCAATGTAACAATCAGCTCAAAGAAGAAATCGAAAAAGAAAA 2125
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 TTGATACAGATGCTGATGTCAATGTAACAATCAGCTCAAAGAAGAAATCGAAAAAGAAAA 1918
Query 2126 TTCGGCGGATAATCGATGACGCTGAACTAGGGAAAGATACGAGAACAAAGATTGCAATCG 2185
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1919 TTCGGCGGATAATCGATGACGCTGAACTAGGGAAAGATACGAGAACAAAAATTGCAATTG 1978
Query 2186 AAAAGGCACGACAGGAGCGCCTTAGGTCCTTGCAGTTTTCTGCCAGATACAAAACAATTA 2245
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 AAAAGGCACGACAGGAGCGCCTTAGGTCCTTGCAGTTTTCTGCCAGATACAAAACAATTA 2038
Query 2246 GCTCTATGGGAGACGTGAAATCTATTCCAGAAGGTGCGGAAGTTGAGGTTCTTGGTGATG 2305
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 GCTCTATGGGAGACGTGAAATCTATTCCAGAAGGTGCGGAAGTTGAGGTTCTTGGTGATG 2098
Query 2306 CTCACAGTGGTTACATAGTGAATGTGGTTAGGGAGATTGGTGAAGAAGCTGTGAGGGTTC 2365
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2099 CTCACAGTGGTTACATAGTGAATGTGGTTAGGGAGATTGGTGAAGAAGCTGTGAGAGTTC 2158
Query 2366 CTCGTAGCATATCTGCCAAACTAAAAGTCCATCAGGTAACAGGGATAAGATTTATGTGGG 2425
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 CTCGTAGCATATCTGCCAAACTAAAAGTCCATCAGGTAACAGGGATAAGATTTATGTGGG 2218
Query 2426 AAAATATTATTCAGTCTATCAGCAGAGTCAAGTCTGGTGATAAAGGTCTTGGTTGCATTC 2485
|||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2219 AAAATATTATACAGTCTATCAGCAGAGTGAAGTCTGGTGATAAAGGTCTTGGGTGCATTC 2278
Query 2486 TAGCACATACAATGGGCCTGGGCAAAACTTTTCAGGTTATAGCATTCCTGTACACCGCAA 2545
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 2279 TAGCACATACAATGGGCCTGGGCAAAACTTTTCAGGTTATAGCGTTCCTGTACACTGCAA 2338
Query 2546 TGAGATGTGTTGATTTAGGG-TTGAAAACTGCTCTTATTGTGACTCCTGTAAATGTGTTG 2604
|||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2339 TGAGATGTGTTGATTT-GGGATTGAAAACTGCTCTTATCGTGACTCCTGTAAATGTGTTG 2397
Query 2605 CACAATTGGCGAAGTGAGTTTGAGAAGTGGATGCCTTCAGAAGTGAAACCGCTTCGCATT 2664
|||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2398 CACAATTGGCGAAGTGAGTTTGTGAAGTGGGGGCCTTCAGAAGTGAAACCACTTCGCATC 2457
Query 2665 TTTATGCTTGGAGATGTTTCAAGGGAGAGAAGATTTGATTTGCTAACAAAGTGGCGAAAG 2724
|| ||| ||| ||| |||||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||
Sbjct 2458 TTCATGATTGAAGACGTTTCAAGGGAGAGGAGATTGGACTTGTTAACAAAGTGGCGAAAT 2517
Query 2725 AAGGGTGGAGTCTTTTTGATGGGATATACAAATTTTAGAAACCTGTCTCTTGGGAGGGGG 2784
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2518 AAGGGTGGAGTCTTTTTGATTGGATATACAAAATTTAGAAACCTGTCTCTTGGGACGGGG 2577
Query 2785 GTGAAGGACTTAAATGCGGCCAGAGGGATCTGTAATGCCTTGAGGGATGGACCTGATATA 2844
||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2578 GTGAAGGACTTAAGTGCTGCCAGAGAGATCTGTAAGGCCTTGAGGGATGGACCTGATATA 2637
Query 2845 CTTGTTTGCGACGAGGCTCACATCATTAAGAACACCAAGGCTGACACAACGCAAGCATTG 2904
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||
Sbjct 2638 CTTGTTTGCGACGAGGCTCACATCATTAAGAACACCAGGGCTGACACAACACAAGCATTG 2697
Query 2905 AAGCAAGTTAAATGCCAGAGAAGAATTGCCTTAACTGGCTCACCCCTTCAAAACAATCTC 2964
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2698 AAGCAAGTTAAATGCCAGAGAAGAATTGCCTTAACTGGCTCACCCCTTCAAAACAATCTT 2757
Query 2965 ATGGAGTATTATTGTATGGTTGATTTTGTGAGAGAAGGATTCTTGGGAAGTAGCCCTGAG 3024
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2758 ATGGAGTATTATTGTATGGTTGATTTTGTGAGAGAAGGATTCTTGGGAAGTAGCCCTGAG 2817
Query 3025 TTTAGAAACCGCTTCCAAAATCCAATAGAAAACGGACAGCATATGAATTCAACTGCGGAG 3084
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2818 TTTAGAAACCGATTCCAAAATCCAATAGAAAACGGACAGCATATGAATTCAACTGCGGAG 2877
Query 3085 GATGTAAAAATTATGAACCAGAGGTCACACATTCTGTATGAGCAATTGAAAGGTTTTGTG 3144
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2878 GATGTAAAAATTATGAACCAGAGGTCACACATTCTGTATGAGCAATTGAAAGGTTTTGTG 2937
Query 3145 CAAAGAATGGATATGAATGTGGTGAAAAAGGATCTGCCACCTAAAACAGTCTTCGTAATA 3204
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2938 CAACGAATGGATATGAATGTGGTGAAAAAGGATCTGCCACCTAAAACAGTCTTCGTAATA 2997
Query 3205 TCTGTCAAGCTATCTCCCTTGCAACGGATATTGTATCAGAGATTTCTTGAGCTTTATGGG 3264
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2998 TCTGTCAAGCTATCTCCCTTGCAACGGAAATTGTATAAGAGATTTCTTAAGCTTTATGGG 3057
Query 3265 TTCAGCGATGGAAGAACAGATGAAAGGATGAGAAAAAACTTTTTTGCTGCTTACCAGGTC 3324
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3058 TTCAGCGATGGAAGAACAGATGAAAGGATGAGAAAAAACTTTTTTGCTGCCTACCAGGTC 3117
Query 3325 TTGGCTCAGATTTTGAATCATCCAGGGATTCCGCAATTAAGAAGTGAAGATAGCAAGAAT 3384
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3118 TTGGCTCAGATTTTGAATCATCCAGGGATTCCGCAATTAAGAAGTGAAGATAGCAAGAAT 3177
Query 3385 GGTCGTCGTGGTAGCATTGTTGATATTCCAGATGACTGTTCAAGTGATGAAAATATAGAC 3444
|| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3178 GGGCGCCGTGGTAGCATTGTTGATATTCCAGATGACTGTTCAAGTGATGAAAATATAGAT 3237
Query 3445 TACAACATGGTTACAGGAGAGAAACAGAGAACTATGAATGATCTGCAGGATAAAGTTGAT 3504
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3238 TACAACATGGTTACAGGAGAAAAACAGAGAACTATGAATGATTTGCAGGATAAAGTTGAT 3297
Query 3505 GGATACCTCCAGAAGGATTGGTGGGTCGACCTACTTCaaaaaaaTAATTATAAGGTGTCG 3564
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3298 GGATACCTCCAGAAGGATTGGTGGGTCGACCTACTTCAAAAAAATAATTATAAGGTGTCG 3357
Query 3565 GACTTCAGTGGCAAAATGATTCTGCTATTGGATATTTTATCTATGAGTGCTGATGTGGGG 3624
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3358 GACTTTAGTGGCAAAATGATTCTGCTATTGGATATTTTATCCATGAGTGCTGATGTGGGG 3417
Query 3625 GATAAGGCGCTTGTGTTTAGCCAGAGTATCCCGACATTGGATCTCATAGAACTTTATCTT 3684
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3418 GATAAAGCGCTTGTGTTTAGCCAGAGTATCCCGACATTGGATCTCATAGAACTTTATCTT 3477
Query 3685 TCAAGAGTACCTCGGCATGGGAAACAAGGAAAGTTCTGGAAAAAGGGGAAAGACTGGTAT 3744
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3478 TCAAGAGTACCTCGGCATGGGAAACAAGGAAAGTTCTGGAAAAAGGGAAAAGACTGGTAT 3537
Query 3745 AGAATTGATGGAAAAACTGAAAGCTCAGAACGCCAGAAGTTGGTTGATAGGTTTAATGAG 3804
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3538 AGAATTGATGGAAAAACTGAAAGCTCAGAACGCCAGAAGTTGGTTGATAGGTTTAATGAG 3597
Query 3805 CCTGACAACAAAAGAGTGAAATGTACACTAATTTCAACCAGAGCGGGATCCCTTGGAATT 3864
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3598 CCTGACAACAAAAGGGTGAAATGTACACTAATTTCAACCAGAGCGGGATCCCTTGGAATT 3657
Query 3865 AACCTTTATGCTGCTAACCGTGTGATCATCGTCGATGGTTCATGGAATCCAACCTATGAT 3924
|| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3658 AATCTTTATGCTGCTAACCGTGTGATCATTGTTGATGGTTCATGGAATCCAACCTATGAT 3717
Query 3925 CTTCAAGCTATATTTCGAGCTTGGAGGTATGGCCAAAAGAAGCCCGTATTTGCGTACAGA 3984
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3718 CTTCAAGCTATATTTCGAGCTTGGAGGTATGGCCAAAAGAAGCCAGTATTTGCGTACAGA 3777
Query 3985 TTGATGGCACGTGGGACTATTGAAGAAAAAATATATAAACGTCAGGTAACCAAGGAAGGG 4044
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3778 TTGATGGCACGTGGGACTATTGAAGAAAAAATATATAAACGTCAGGTAACCAAGGAAGGG 3837
Query 4045 CTAGCTGCGAGAGTAGTGGATAGACAACAAGTGCACAGGACTATCTCCAAAGAAGAGATG 4104
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3838 CTAGCTGCGAGAGTAGTGGATAGACAACAAGTGCACAGGACTATCTCCAAAGAAGAGATG 3897
Query 4105 TTACATCTTTTTGAATTTGACGATGATGATGAAAAATCTGAAGCCGTAACTGAGATAAGC 4164
|| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||||
Sbjct 3898 TTGCATCTTTTTGAATTTGACGATGATGATGAGAAATCCGACGCGGTAACTGAGATAAGC 3957
Query 4165 AAGCAAAATGAAGCGGGACATAGCAATCTGGTGGAGCAAG-CAATCTTGTGGACAAAGAA 4223
|||||||||||||||| ||| |||||||||||||| || || | | ||| |||
Sbjct 3958 AAGCAAAATGAAGCGGCACAAAGCAATCTGGTGGAT-AATTCA--CA-GAA-ACA--GAA 4010
Query 4224 GGCCACTTTATCTCGTGTTGGTGGCGACAAATTGATGGAGAACTTACTACAGAGACACGG 4283
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 4011 GGCCACTTTATCTCGTGTTGGTTGCGACAAATTGATGGAGAACTTACTACAGAGACATGG 4070
Query 4284 CCCCAACTGGATTTCCAGTTTCCATGAGCACGAGACATTGCTACAAGAGAATGAAGAAGA 4343
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4071 CCCGAACTGGATTTCCAGTTTCCATGAGCACGAGACATTGCTACAAGAGAATGAAGAAGA 4130
Query 4344 AAGACTGACAAAGGAAGAAAAAGACATGGCCTGGGAAGTTTATAGGAGAGCACTTGAGTG 4403
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 4131 AAGACTGACAAAGGAAGAAAAAGACATGGCCTGGGAAGTTTACAGGAGAGCGCTTGAGTG 4190
Query 4404 GGAGGAAGTTCAACGGGTCCCATTCAGTGAATCTCCAGTGGTTCCAAAACCTTCTCCTTC 4463
||||||||||||||| |||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4191 GGAGGAAGTTCAACGTGTCCCACTGAGCGAATCTCCAGTGGTTCCAAAACCTTCTCCTTC 4250
Query 4464 CACACAAACAGAGCCCTTGCCCCAGCCAAAGGGGTTCAACAGGAGTCGTTTTGTAAACCG 4523
|| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 4251 CATACAAACAGAACCCTTACCCCAGCCAAAGGGGTTCAACAGAAGTCGTTTTGTGAACCG 4310
Query 4524 CAACTGCACTAGAATCGCGCACCAGCTTACACTCATAAGCCAAGGATTAAAAGTCGGCAG 4583
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||
Sbjct 4311 CAACTGCACTAGAACCGCGCACCAGCTTACACTCATAAGCCAAGGAAGAAAAGTTGGTAG 4370
Query 4584 CAGCACAGTCTGTGGGGAGTGTGGGCGCGTCATAAGGTGGGAAGATGTTATACCCGCATC 4643
|||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4371 CAGCACGGTCTGTGGGGAGTGTGGGCGCGTCTTAAGGTGGGAAGATGTTATACCCGCATC 4430
Query 4644 CAAACTTTCAGCGGTAATTGTAAACTAA-ATA-GAACATTGCAAAAATGTTGAGTTCATT 4701
||||||||||||||||| |||| || ||| ||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 4431 CAAACTTTCAGCGGTAAAC-TAAA-TAGTATATGAACATTGCAAAATTGGTGAGTTCATT 4488
Query 4702 TTTCCTTCTTTTAAATTATGAGACTGA-ACCAAAATTTATGGGAATAGTAACATTTGAAA 4760
||||||| ||| ||| | | |||| || ||| || | ||||||||||| |
Sbjct 4489 TTTCCTT-TTTAAAAAAAA-AT-CTGAGACTGAAA---AT---A---GTAACATTTGAGA 4536
Query 4761 CTCCCTTCAGATTAGATG-TGAGTTATAATGTAACTCAGGGCGTTTGGTAGGAGCATGTT 4819
||||||| |||||| || ||||||| | | ||| |||||||||||| |||| |||||||
Sbjct 4537 CTCCCTTTAGATTAT-TGATGAGTTAGATTATAAATCAGGGCGTTTGTTAGGGGCATGTT 4595
Query 4820 GAAATTTGTAATGACACCT 4838
||||||||||||| |||||
Sbjct 4596 GAAATTTGTAATGGCACCT 4614
Score = 191 bits (103), Expect = 5e-47
Identities = 168/197 (85%), Gaps = 13/197 (7%)
Strand=Plus/Plus
Query 254 TGAAGGGAAAAA-TTGAAAAGCTAGAGGGAAAGGAGGTTATTGTGGAGTCAAAAGAGGAT 312
|||| ||||||| |||| |||||||| |||||||| || ||| ||| |||||||||||
Sbjct 8 TGAA-GGAAAAAGATGAAGTGCTAGAGGAAAAGGAGGATACTGTCGAGGCAAAAGAGGAT 66
Query 313 GAGATGGATATAATAATA---GAAGAAA-ATAGGGAAGCAGAACAGGAGGTAATGGAGGT 368
|||||||||||||||||| ||||||| | | ||| || | || | || |||||
Sbjct 67 GAGATGGATATAATAATAGCTGAAGAAAGA-ATGGAGGC--CA-AGCTTG-AA--GAGGT 119
Query 369 GAAAGCAAGAGATGGAAGAGGGGAGCAAAATGATGTACTGATGGAAGAAAACAACAATCA 428
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 GAAAGCAAGAGATGAAAGAGGGGAGCAAAATGATGTACTGATGGAAGAAAACAACAATCA 179
Query 429 GGGTGAGCAAAAAGATG 445
|| ||||||||||||||
Sbjct 180 GGCTGAGCAAAAAGATG 196
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 183665847298
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5