BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G08610.1
Length=2082
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg470925 jgi|Araly1|470925|fgenesh2_kg.1__879__AT1G08610.1 2427 0.0
> Ahg470925 jgi|Araly1|470925|fgenesh2_kg.1__879__AT1G08610.1
Length=1668
Score = 2427 bits (1314), Expect = 0.0
Identities = 1573/1693 (93%), Gaps = 38/1693 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 272 ATGGCTTCGTCGAATTTGCTACTTGAGGTTCAGTTCTTGCATATTCCTAGTCTGTCTCAA 331
|||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||| |||||| |
Sbjct 1 ATGGCTTCTTCGAATTTGCTACTTGAGGTTCATTTCTTGCATCTTCCAAGTTTGTCTCCA 60
Query 332 AAGCAGGCGAATCCTTTATCTTGCAGAAAGTTTTCTTCTTTAGATTGGAAGCAAGAAATT 391
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 61 AAGCAGGTGAATCCTTTATCTTGCAGAAAGTTTTCTTCTTTAGATTGGAAACAAGAAATT 120
Query 392 GGGCTGAAAAAGGATGttttttttAGATGTCACGGCTTGTTAAGTAGTGTGTGCATTGAC 451
||| || |||| | ||| ||||| ||||||||| | | ||||||||||||||||
Sbjct 121 GGGTTG-AAAA--A------TTTGAGATGCCACGGCTTGATGACTAGTGTGTGCATTGAC 171
Query 452 AATGTA----A-----ATGATCATGCTGAGAGAAGCTCAGAGTTCCATCACTATGGTGTC 502
|||||| | ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 172 AATGTAGCTGATGTTGATGATCATGCTGAGAGAGGCTCAGAATTCCATCACTATGGTGTC 231
Query 503 GGTACTAACTTGAGAGCCAGAGTGAAACCTATGAAGCAATTTGGTTTATCATCTGATGGA 562
|||| ||||||||||||| | | ||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 232 GGTAATAACTTGAGAGCC--A--G--------GAAGCAATTAGGTTTATCATCTGATGGA 279
Query 563 CCAATTACAGAGAACGACGAAGAGACCAACAATGAGATCCTTCATAACCTGTGCAGCAAT 622
|||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 280 CCAATTACCGAGAACGACGAAGAGACAAACAATGAGATCCTTCATAACCTGTGCAGCAAC 339
Query 623 GGGAAGTTAACAGATGCGTGCAAACTTGTCGAGGTGATGGCACGACATAATCAGGTTCCT 682
|| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 340 GGCAAGTTAACAGATGCGTGTAAACTAGTCGAGGTTATGGCACGTCATAATCAGGTTCCT 399
Query 683 CATTTTCCTTCTTGCTCAAACTTAGTCCGTGGTCTAGCCAGAATTGATCAACTGGATAAA 742
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 400 CATTTTCCTTCTTGCTCAAACTTAGTCCGTGGTTTGGCCAGAATTGATCAACTGGATAAA 459
Query 743 GCAAT-GTGTATCTTGA-GAGTAATGGTAATGTCTGGTGGGGTTCCAGATACTATTACCT 800
||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 460 GCAATGGT-TATCTTGAGGA-TAATGGTAATGTCTGGTGGGGTTCCAGATACTATTACCT 517
Query 801 ATAACATGATCATCGGAAATCTTTGCAAGAAAGGGCATATAAGAACTGCTTTGGTCCTCT 860
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 518 ATAACATGATCATCGGAAATCTTTGCAAGAAAGGGCATATAAGATCTGCATTGGTCCTCT 577
Query 861 TAGAAGATATGAGTTTGAGTGGGAGCCCTCCTGATGTGATCACGTATAACACAGTGATTC 920
||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 578 TAGAAGACATGAGTTTGAGTGGGAGCCCTCCAGATGTGATCACGTATAATACAGTCATTC 637
Query 921 GGTGTATGTTTGATTATGGGAATGCTGAGCAAGCCATCAGGTTTTGGAAGGATCAACTGC 980
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 638 GGTGTATGTTTGATCATGGGAATGCTGAGCAAGCCATCAGGTTTTGGAAGGATCAACTGC 697
Query 981 AGAATGGTTGCCCTCCATTTATGATTACATACACGGTTTTGGTCGAACTCGTGTGCAGGT 1040
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 698 AGAATGGTTGCCCTCCATATATGATTACATACACGGTTTTGGTCGAACTTGTGTGCAGGT 757
Query 1041 ACTGTGGAAGCGCTCGAGCTATAGAAGTTTTAGAAGACATGGCAGTGGAAGGTTGCTATC 1100
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 758 ACTGTGGAAGCGCTCGAGCTATGGAAGTTTTAGAAGACATGGCAGTGGAAGGTTGTTATC 817
Query 1101 CTGACATTGTCACATATAATTCTCTGGTTAACTATAACTGCAGGCGAGGGAATTTGGAAG 1160
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 818 CTGACATTGTCACATATAATTCTCTGGTAAACTATAACTGCAGGCGAGGGAATTTGGAAG 877
Query 1161 AGGTGGCTTCGGTTATTCAGCATATCTTATCTCATGGATTGGAACTGAACACTGTAACTT 1220
||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 878 AGGTGGCTTTGGTCATTCAACATATCTTATCTCATGGATTGGAACTGAACACTGTAACTT 937
Query 1221 ACAACACTCTTCTACATTCCCTCTGTTCCCACGAGTACTGGGATGAAGTGGAGGAGATTC 1280
|||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 938 ACAACACTCTTCTACATTCCCTTTGTTCAAACGAGTACTGGGATGAAGTGGAGGAGATTC 997
Query 1281 TAAACATCATGTACCAGACGTCCTACTGTCCAACTGTTATTACTTACAACATCCTGATTA 1340
|| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 998 TACACATCATGTACCAGACGTCATACTGTCCAACAGTTATTACTTACAACATCCTGATCA 1057
Query 1341 ATGGTTTATGCAAAGCCAGGCTTTTGAGTCGTGCAATTGATTTCTTCTACCAAATGCTGG 1400
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1058 ATGGTTTATGCAAAGCCAGGCTTTTGAGTCGTGCAATCGATTTCTTCTACCAAATGCTGG 1117
Query 1401 AACAGAAGTGTTTGCCTGATATAGTCACTTACAACACAGTTCTCGGAGCCATGTCCAAAG 1460
|||| ||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| |||||||||||||| |
Sbjct 1118 AACAAAAGTGTTTGCCTGATATTGTTACTTACAACACACTTCTAGGAGCCATGTCCAAGG 1177
Query 1461 AGGGCATGGTAGATGATGCGATTGAGTTGCTTGGATTGCTGAAAAACAC-ATGTTGTCCG 1519
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||| |
Sbjct 1178 AGGGAATGGTAGATGATGCGATTGAGTTGCTTGGATTGCTGAAAAGCACGA-GTTGTCTG 1236
Query 1520 CCGGGCTTGATCACTTACAACTCTGTAATCGATGGATTGGCTAAAAAGGGCCTGATGAAG 1579
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 1237 CCTGGATTGATCACTTACAACTCTGTAATCGATGGATTGGCCAGAAAGGGCCTGATGAAG 1296
Query 1580 AAAGCATTGGAGCTGTACCATCAG-ATGCTGGATGCTGGAATCTTTCCGGATGATATAAC 1638
|||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 1297 AAAGCATTGGAGCTGTACCATC-GTATGCTGGATGCTGGAATCTCTCCTGATGATATAAC 1355
Query 1639 TCGTCGGTCTTTAATATATGGTTTCTGCCGGGCAAACCTAGTTGAAGAAGCTGGCCAAGT 1698
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1356 CCGCCGATCTTTAATATATGGTTTCTGCCGGGCAAACCTAGTTGAAGAAGCTAGCCAAGT 1415
Query 1699 TTTAAAGGAGACGAGCAATAGAGGGAATGGGATCAGAGGTAGCACTTACAGGTTGGTGAT 1758
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1416 TTTAAAAGAGACGAGCAATAGAGGGAATGGGATCAGAGGTAGCACTTACAGGTTGGTGAT 1475
Query 1759 CCAAGGGCTGTGCAAGAAGAAAGAGATAGAAATGGCGATAGAGGTTGTTGAGATAATGCT 1818
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1476 CCAAGGGCTATGCAAGAAGAAAGAGATGGAAATGGCGATAGAGGTTGTTGAGATAATGCT 1535
Query 1819 AACAGGTGGGTGTAAGCCAGATGAGACAATATACACCGCAATAGTTAAAGGCGTGGAAGA 1878
||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1536 GACAAGTGGATGCAAGCCAGATGAGACAATATACACCGCAATAGTTAAAGGCGTGGAAGA 1595
Query 1879 GATGGGAATGGGAAGCGAGGCTGTTCAGTTGCAGAAGAAACTGAAGCAATGGAAACTCTT 1938
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 1596 GATGGGAATGGGAAGCGAGGCTGTGGAGTTGCAGAAGAAGCTGACGCAATGGAAACTCTT 1655
Query 1939 GAAAGAAGTGTAG 1951
|| ||||||||||
Sbjct 1656 GAGAGAAGTGTAG 1668
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 78313543720
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5