BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G08620.1 Length=4288 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg334149 jgi|Araly1|334149|fgenesh1_pg.C_scaffold_1000714 5795 0.0 > Ahg334149 jgi|Araly1|334149|fgenesh1_pg.C_scaffold_1000714 Length=3630 Score = 5795 bits (3138), Expect = 0.0 Identities = 3477/3641 (95%), Gaps = 22/3641 (1%) Strand=Plus/Plus Query 305 ATGGGGACAGAGCTAATGAGAATCTGTGTGAAAGAAGATAGTGATGATTTGCCATCTGTT 364 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 ATGGGGACAGAGCTAATGAGAATCTGTGTGAAAGAAGATAGTGATGATTTGCCATCTGTT 60 Query 365 CCTCCTGGTTTTGAATCATATGCAACTTTTACCTTAAAAAGAGTAGTCCCTGCTACTACT 424 |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||| Sbjct 61 CCTCCTGGGTTTGAATCTTATGCTACTTTTACCTTAAAAAGAGTAGTCCC--C-GGTACT 117 Query 425 TCTGATAAAGCCAAGACTCCTGCAATTGAAAGTGTTTCTGCAACCGAACAAGCTAAGATG 484 |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 118 TCTGATCAAGCCAAGACTGCTGCAATTGAAAGTGTTTCTGCAACCGAACAAGCTAAGATG 177 Query 485 GAAGTTGAATCTGATGAAGCCAAAGCTGCTCGGGCTCTACGCCGTAGACCTTGGATTAAT 544 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| Sbjct 178 GAAGTTGAATCCGATGAAGCCAAAGCTGCTCGGGCTGTACGCCGTAGGCCTTGGATTAAT 237 Query 545 CATAGCGGATGTGATGATGATGGTGATTG-TGCTGCAAACAATGACAATGCTGCATCTCA 603 |||||||||||||||||||||| ||| || || |||||| || ||||||||||||||||| Sbjct 238 CATAGCGGATGTGATGATGATGATGA-TGATGGTGCAAAAAACGACAATGCTGCATCTCA 296 Query 604 AAATCCTGATCAAAATTGTGA-TGTGAAGCCAG-CTCTTCCAAAGGGTGTGGTCAGGGGA 661 |||||||||||||| |||| | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 297 AAATCCTGATCAAAGTTGT-ACTGCGAAGCC-GTCTCTTCCAAAGGGTGTGGTCAGGGGA 354 Query 662 TGTGAAGAATGTAAAGATTGTCAGAAGGTAACTGCGAGATGGCATCCAGATGAAGCTCGT 721 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 355 TGTGAAGAATGTAAAGATTGCCAGAAGGTAACTGCGACATGGCATCCAGATGAAGCTCGT 414 Query 722 AGGCCTGACCTTGAGGACGCCCCTGTATTCTACCCGAGCGAAGAGGAGTTTGAAGACACT 781 |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 415 AGGCCTGACCTTGAAGACGCCCCTGTATTCTACCCGACCGAAGAGGAGTTTGAAGACACT 474 Query 782 TTAAATTATATCGCTAAAATAAGACCGGAGGCTGAAAAGTATGGAATCTGTCGCATTGTT 841 || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 475 TTGAATTATATAGCTAAAATAAGACCGGAGGCTGAAAAGTATGGAATCTGTCGCATTGTT 534 Query 842 CCTCCTCCTTCCTGGAAACCGCCGTGCCCACTGAAAGAAAAGCAAGTATGGGAGGGTTCT 901 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 535 CCTCCTCCTTCCTGGAAACCGCCGTGCCCACTGAAAGAAAAGCAATTATGGGAGGGTTCT 594 Query 902 AAATTTACAACACGTGTCCAAAGAGTTGATAAACTTCAGAATCGGAGTTCAATGAAGAAG 961 |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 595 AAATTTACGACGCGTGTCCAAAGAGTTGATAAACTTCAGAATCGTAGTTCAATGAAGAAG 654 Query 962 ATTTCAAAGCTTCCTAATCAAATGAGAAAGAAGAAAAGAAAGTGCATGAAAATGGGAATG 1021 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 655 ATTTCAAAGCTTTCTAATCAAATGAGAAAGAAGAAAAGAAAGTGCATGAAAATGGGAATG 714 Query 1022 GATTCTGTCACTAATGGTATGGGCGATCCCTGTTCTGCAAGCACTGGAATGAATGAACTT 1081 ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| Sbjct 715 GATTCTGTCACTAATGGCGTGAGCGATCCCTGTTCTGTAAGCACTGGAATGAGTGAACTT 774 Query 1082 GAGACGTTTGGGTTTGAACCTGGTCCAGGGTTCACACTAAAAGACTTCCAAAAATATGCT 1141 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 775 GAGACGTTTGGGTTTGAACCTGGTCCAGGGTTTACACTAAAAGACTTCCAAAAATATGCT 834 Query 1142 GATGAGTTCAAGGCTCAGTACTTTAAAAAGAGTGAAACTTCTACAGACGATAAATGTAAA 1201 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 835 GATGAGTTCAAGGCTCAGTACTTTAAAAAGAGTGAAACTTCTACAGACGATAAATGTAAA 894 Query 1202 GTTGATAATTCAATAGACTGCTGGGAGCCAGCACTTGAGGATGTTGAAGGTGAATATTGG 1261 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 895 GTTGATAATTCAATAGACTGCTGGGAGCCAGCACTTGAGGATGTTGAAGGTGAATATTGG 954 Query 1262 CGGATAGTAGATAAAGCAACTGAAGAGATAGAGGTGCTATATGGTGCTGACCTTGAAACT 1321 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| Sbjct 955 CGTATAGTAGATAAAGCAACTGAAGAGATAGAGGTGCTTTATGGTGCTGATCTTGAAACT 1014 Query 1322 GGGGTATTTGGTAGCGGATTCCCCAAGATATCATCAAGTCACAATGCTTCTTCTTCAGAA 1381 || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1015 GGTGTATTTGGTAGCGGATTCCCCAAGACATCATCAAGTCACAATGCTTCTTCTTCCGAA 1074 Query 1382 GATAAATATGCAAAATCAGGCTGGAACTTAAATAACTTTCCAAGGCTTCCGGGATCCCTC 1441 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1075 GAAAAATATGCAAAATCAGGCTGGAACTTAAATAACTTTCCAAGGCTTCCGGGATCCCTC 1134 Query 1442 CTTAAGTACGAGGGCAGTGATATTTCCGGTGTCCTTGTGCCGTGGCTGTATATTGGGATG 1501 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1135 CTTAAGTATGAGGGCAGTGATATTTCCGGTGTCCTTGTGCCATGGCTGTATATTGGGATG 1194 Query 1502 TGCTTTTCTTCTTTCTGCTGGCATGTTGAAGATCACCACTTGTATTCGTTGAATTATATG 1561 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1195 TGCTTTTCTTCTTTCTGTTGGCATGTTGAAGATCACCACTTGTATTCGTTGAATTATATG 1254 Query 1562 CACTGGGGTGCACCGAAATTGTGGTATGGTGTTGGGGGGAAGGATGCTGTTAAACTCGAG 1621 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1255 CACTGGGGTGCACCAAAATTGTGGTATGGTGTTGGGGGGAAGGATGCTGTTAAACTCGAG 1314 Query 1622 GAGGCAATGAGGAAGCATTTGCCTGACCTTTTTGAAGAACAGCCTGACTTACTTCATAAG 1681 ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1315 GAGGCGATGAGAAAGCATTTGCCTGACCTTTTTGAAGAACAGCCTGACTTACTTCATAAG 1374 Query 1682 CTAGTTACACAACTCTCCCCGTCAAAACTGAAAACCGCAGGAGTACCTGTGCACCGTTGC 1741 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1375 CTAGTTACACAACTCTCCCCGTCAAAACTGAAAACCGCAGGAGTACCTGTGCACCGTTGC 1434 Query 1742 GTCCAGCATGCTGGAGAGTTTGTCTTGACTTTTCCTCGGGCATATCATGCTGGATTTAAT 1801 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1435 GTCCAGCATGCTGGAGAGTTTGTCTTGACTTTTCCTCGGGCATATCATGCTGGATTTAAT 1494 Query 1802 TCTGGTTTCAACTGTGCTGAAGCTGTGAATGTAGCACCCGTTGACTGGTTACCTCATGGG 1861 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| Sbjct 1495 TCTGGTTTCAATTGTGCTGAAGCTGTGAATGTAGCACCAGTTGACTGGTTGCCTCATGGG 1554 Query 1862 CAGATTGCCATAGAGTTATACTGTCAACAGGGTAGAAAAACGTCCATCTCGCATGATAAA 1921 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1555 CAGATTGCCATAGAGTTATACTGTCAACAGGGTAGAAAAACGTCCATCTCGCATGATAAA 1614 Query 1922 TTGTTGCTTGGGGCAGCAAGGGAAGTAGTGAAAGCCGACTGGGAGCTGAACTTACTAAGG 1981 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1615 TTGTTGCTTGGGGCAGCAAGAGAAGTAGTGAAAGCCGACTGGGAGCTGAACTTACTAAAG 1674 Query 1982 AAAAATACTGTAGATAACTTAAGGTGGAAAGCATTCAGTGCGAA-GGATGGAATTTTGGC 2040 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| Sbjct 1675 AAAGATACTGTAGATAACTTAAGGTGGAAAGCATTCAGTG-GAAAGGATGGAATTTTGGC 1733 Query 2041 AAAAACATTAAAGGCACGCATTGACATGGAACGTACGAGAAGAGAATTTCTGTGCAACTC 2100 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1734 AAAAACACTAAAGGCACGCATTGACATGGAACGTACAAGAAGAGAATTTCTGTGCAACTC 1793 Query 2101 TTCACTTGCATTGAAA-ATGCACAGTAATTTCGATGCTACCAACGAGAGAGAGTGCTGTA 2159 |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1794 TTCACTTGCATT-AAAGATGCACAGTAATTTCGATGCTACCAACGAGAGAGAGTGCTGTA 1852 Query 2160 TATGCTTCTTTGATTTGCACCTGTCTGCTGCTGGCTGTCGTTGTTCCCCGGAGAAGTATT 2219 |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||| Sbjct 1853 TATGCTTCTTTGATTTGCACCTGTCTGCTGCTGGTTGCCGTTGTTCCCCAGAGAAGTATT 1912 Query 2220 CATGTTTGACTCATGTGAAGGAGTTGTGTTCATGTCCATGGGTTACTAAATATTTTCTAT 2279 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1913 CATGTTTGACTCATGTGAAGCAGTTGTGTTCATGTCCATGGGTTACTAAATATTTTCTAT 1972 Query 2280 TTCGCTATGATATCGATGAACTGAATGTTCTTGTTGAGGCAGTGGAAGGAAAACTGAGTT 2339 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1973 TTCGCTATGATATCGATGAACTGAATGTTCTTGTTGAGGCAGTGGCAGGAAAACTGAGTT 2032 Query 2340 CTGTATATAGATGGGCGCGTCAAGATTTAGGATTGGCATTAAGTACAGACGTCTCAGGAA 2399 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| Sbjct 2033 CTGTATATAGATGGGCGCGTCAAGATTTAGGATTGGCATTAAGTGCACAGGTCTCAGGAA 2092 Query 2400 GCAAGATGGAGATAGATGAAGAAGGAAAAGTCCACAAGGACCCGACTCCACAAACAACTG 2459 ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| || ||||||| | ||| Sbjct 2093 GCAAGATGGAGATAGATGAGGAAGAAAAAGTCCACAAGGACCTGAGTCCACAAGTAGCTG 2152 Query 2460 CACTTTCAGGGAAGGATTTGCAGTTGAAAGTAACATCGAAAGAAG-T--AAGTAAAGAGT 2516 ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||| | ||||||||||| Sbjct 2153 CACTTTCAGGGAAAGATTTGCAGTTGAAAATAACATCGAGAGAAGATCTAAGTAAAGAGT 2212 Query 2517 TAGAAAAGACTAGTAAATTATCTCATGTTAATTTACTTCTGAAAGAAAAGGAGGAGCAAA 2576 |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 2213 TAGAAAAGACTAGTAAATTATCAGATATTAATTTACTTCTGAAAGACAAGGAGGAGCAAT 2272 Query 2577 TAACGTCAAGTCACTGTATGAAGCCTGTCAAAGAAGAAACTGTTTGTGATTCTTCTGATC 2636 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2273 TAACGTCAAGTCACTGTATGAAGCCTGTCAAAGAAGAAACTGTTTATGATTCTTCTGATC 2332 Query 2637 CAAACGTTTCAGCTTGCCAACCATCTGAAGGAGGCATAATCTGTATGACAGCTGTTAAGT 2696 |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||| Sbjct 2333 CAAACGTTTCAGGTTGCCAACCATCTGAAGAAGGCATAATCTCTGTGACAGCTGCTAAGT 2392 Query 2697 CCGCAAGTGGTAAAAAGAATTCACAGAGTCTACCCAATGATGTGATACTCCTCAGCGATG 2756 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 2393 CTGCAAGTGGTAAAAAGAATTCACAGAGTCTACCCAATGATGTGATACTCCTCAGTGATG 2452 Query 2757 ATGAGTATGACATACCTAGGAAACGAGGTTCTGTGAGAAGAGATGCAATTTCTTCTGGCA 2816 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2453 ATGAGCATGACATACCTAGGAAACGAGGTTCTGTGAGAAGAGATGCAATTTCTTCTGGCA 2512 Query 2817 AGAAATTAGAAATACGAGAGAGACCGACCCACGTTTTGGCGTTAGAAGCTTCTGCCAAAA 2876 || |||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||| Sbjct 2513 AGCAATTAGAAGTACGAGACAGACCAACCCACGTTTTAGCGTTAGAAGCTTCTGTTAAAA 2572 Query 2877 TTGCTGCTCCAATTTGCCAAAGGGAAGGAGATTCGCTGCGTGATACACGAAACACTATAT 2936 |||||||||||||||| || ||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2573 TTGCTGCTCCAATTTGTCATAGGAAAGGAGATTCACTGCGTGATACACGAACCACTATAT 2632 Query 2937 CATTGCCTACTAATGACCAAA-AAACAATGAGAAGGGATGTACCGAGTTCTACTTCGCAC 2995 ||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 2633 CATTGCCTACTAATGACCAAAGAAA-AATGAGTAGGGATGTACCGAGTTCTACATCGCAC 2691 Query 2996 GCGGAAGTTAATGCGGAGGCTACTGGGCTTACTCAAGATATATGTAACAGAATGG-CAAC 3054 ||||||||||| || |||||| |||||||| |||| ||||||||||| ||||||| || | Sbjct 2692 GCGGAAGTTAAGGCTGAGGCTGCTGGGCTTGCTCAGGATATATGTAATAGAATGGACA-C 2750 Query 3055 TAACAGCCACGGTGGTGGAAAACCTACTAGTTGTAAATCCAAAAACTCTGGAGGTTTGGC 3114 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 2751 TAACAGCCACGGTGGTGGAAAACCTACTAGTTGTAAATCCAAAAACTCTGGAGGTGTGGC 2810 Query 3115 TATAGTGGATGTTGTGGATGGGACAAGAAGTAGTTCAGGTACACCGTCTTGTTCGCAAAA 3174 ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2811 TATAGTGGATGTTGTTGATGGGACAAGAAGTAATTCAGGTACACCGTCTTGCTCGCAAAA 2870 Query 3175 TAATAGTCCGGATAGGTTCATCCGCCAAAAGGGTCCCCGCATTGCAAAGGTCGTGAGGAG 3234 ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 2871 TAATAGTCCTGATAAGTTCATCCGCCAAAAGGGTCCCCGTATTGCAAAGGTCGTGAGGAG 2930 Query 3235 AATCAATTGCAATGTAGAGCCTTTAAGTTATGGATGTGTGCTGTCTGGAAAATCATGGTG 3294 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2931 AATCAATTGCAATGTAGAGCCTTTAAGTTATGGATGTGTGCTTTCTGGAAAATCATGGTG 2990 Query 3295 CAGCCGGCGAGCAATTTTTCCTAAAGGATTTCGTAGCCGGGTTAAGTACATAAACATTTT 3354 || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| Sbjct 2991 CAACCGGCGAGCAATATTTCCTAAAGGATTTCGTAGCCGGGTTAGGTACATGAACATTTT 3050 Query 3355 GGATCCAACAAATATGTGCTTCTACATTTCAGAAATTCTGGATGCTGGACGCAACAGTCC 3414 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3051 GGATCCAACAAATATGTGCTTCTACATTTCAGAAATTCTGGATGCTGGACGCAACAGTCC 3110 Query 3415 ATTGTTCATGGTTTACTTGGAGAGTAATCCCAGTGAGGTGTTCGTTCATATGTCGCCTAC 3474 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||||| Sbjct 3111 ATTGTTCATGGTTTACTTGGAGAGTAATCCCGGTGAGGTTTTCGTTCATTTGTCACCTAC 3170 Query 3475 AAGATGCTGGGAGATGGTAAGAGAGAGAGTAAATCAAGAGATAACTAAGCAGCACAAAGC 3534 |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 3171 AAGATGCTGGGAGATGGTAAAAGATAGAGTAAATCAAGAGATAAGTAAGCAGCACAAAGC 3230 Query 3535 TGGAAAATCAGATCTTCCTCCTTTGCAACCCTCTGGGAGTCCCGACGGTTTTGAAATGTT 3594 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 3231 TGGAAAATCAGATCTTCCTCCTTTGCAACCCTCTGGGAGTCCTGACGGTTTTGAAATGTT 3290 Query 3595 TGGATATTCGTCACCCGCAATCGTACAGGCTATCGAAGCATTAGACGTGAATCGAGTTTG 3654 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3291 TGGATATTCGTCACCCGCAATCGTTCAGGCTATCGAAGCATTAGACGTGAATCGAGTTTG 3350 Query 3655 CACAGACTATTGGGATTCCAGGCCTTATTCCCGGCCACAAGTTCAGTTCCCTGCAAATCC 3714 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3351 CACAGACTATTGGGATTCCAGGCCTTATTCACGGCCACAAGTTCAGTTCCCTGCAAATCC 3410 Query 3715 TCTTCTCAGAGAAGCCAACACAAGTGGCAGATCGAATGTGGGAAATCTCCAGCTAAACCC 3774 |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||| ||||||||||| || Sbjct 3411 TCTTCTCAGAGAAGCCAACACAAGTGTCAGATCGGATGTGGCAAAACTCCAGCTAAATCC 3470 Query 3775 TGGACACCATAT-ATCGCCTACTGGAATAAATTCTATTCTTAAAGTTCTGTTCAAGAAAG 3833 |||||||||| | || ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 3471 TGGACACCAT-TCATTGCCTACTGGAATAAACTCTATTCTCAAAGTTCTGTTCAAGAAAG 3529 Query 3834 CTAGCATGGAGGAACTAAGCTCACTTCAAGAGGTTTTAAGTGAGACTAACTCAGATATGG 3893 ||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||| Sbjct 3530 CTAACCTGGAGGAACTAAGCTCACTTCAACAGGTTTTAAGTGAGACTAACTCAAATTTGG 3589 Query 3894 TGACCGAACTTGTGAAGGAAGAGATCCAGAACCGTCGCTGA 3934 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3590 TGACCGAAATTGTGAAGGAAGAGATCCAGAACCGTCGCTGA 3630 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 162163318553 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5