BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G08730.1
Length=4739
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg910579 jgi|Araly1|910579|Al_scaffold_0001_833 4726 0.0
> Ahg910579 jgi|Araly1|910579|Al_scaffold_0001_833
Length=7728
Score = 4726 bits (2559), Expect = 0.0
Identities = 2787/2900 (96%), Gaps = 4/2900 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1517 AGAAGCCTGGTGGAATTGTTGCTCTCCTCGATGAAGCTTGCATGTTTCCAAAGTCAACCC 1576
||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 4598 AGAAGCCTGGTGGAATTGTGGCACTCCTTGATGAAGCTTGCATGTTTCCGAAGTCGACCC 4657
Query 1577 ACGAAACATTTGCAAATAAGCTGTATCAGACTTTTAAGACACACAAGCGGTTCATCAAAC 1636
| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 4658 ATGAAACATTTGCAAACAAGCTTTATCAGACTTTCAAGACCCACAAGCGGTTCATCAAAC 4717
Query 1637 CAAAACTCTCTCGAACAGATTTCGCTGTTGCCCATTATGCTGGAGAAGTTCTATATCAGT 1696
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 4718 CAAAACTCTCTCGAACAGATTTCGCTGTTGCCCATTATGCTGGAGAAGTTCTGTATCAGT 4777
Query 1697 CTGAACTATTTCTGGATAAAAACAAGGATTATGTGATCCCTGAACACCAAGATTTGTTGG 1756
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4778 CTGAACTATTTCTGGATAAAAACAAGGATTATGTGATCCCTGAACACCAAGATTTGTTGG 4837
Query 1757 GGGCTTCCAAATGTCCCTTTGTTGTGGGTCTTTTCCCTCCACTCCCAGAAGAAACATCTA 1816
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 4838 GGGCTTCCAAATGTCCCTTTGTTGTGGGTCTTTTCCCTCCACTTCCGGAAGAAACATCTA 4897
Query 1817 AATCGTCAAAGTTTTCATCCATTGGTTCTCGCTTTAAGCTGCAACTCCAGCAACTGATGG 1876
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 4898 AATCGTCAAAGTTTTCATCCATTGGTTCTCGCTCTAAGATGCAACTCCAGCAACTGATGG 4957
Query 1877 AAACATTAAATTGCACCGAGCCTCATTACATCAGATGTGTGAAGCCTAACAATCTTCTAA 1936
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4958 AAACATTAAATTCCACCGAGCCTCATTACATCAGATGTGTGAAGCCTAACAATCTTCTAA 5017
Query 1937 AGCCTGCCATATTTGAGAATGTGAACATCATGCAGCAACTGCGATGTGGTGGTGTTTTAG 1996
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5018 AGCCTGCCATATTTGAGAATGTGAACATCATGCAGCAACTGCGATGTGGTGGTGTTTTAG 5077
Query 1997 AGGCGATCAGAATTAGTTGTGCAGGGTATCCAACTCGTAAACCTTTCTTTGAGTTCATAA 2056
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5078 AGGCGATCAGAATTAGTTGCGCAGGGTATCCAACTCGTAAACCTTTCTTTGAGTTCATAA 5137
Query 2057 ACCGTTTTGGACTTCTATCTCCTGCTGCTTTAGAAGGGAACTTCGATGAGAAAGTCGCAT 2116
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 5138 ACCGTTTTGGACTTCTATCTCCTGCTGCTTTAGAAGTGAACTTCGATGAGAAAGTCGCAT 5197
Query 2117 GTCAAAAGATCTTGGATAACATGGGACTCAAAGGATACCAGATTGGTAAAACAAAGGTCT 2176
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 5198 GTCAAAAGATCTTGGACAACATGGGACTCAAAGGATACCAGATTGGTAAAACTAAGGTAT 5257
Query 2177 TCTTGAGGGCTGGTCAGATGGCTGAACTCGACGCTAGAAGGGCTGAGGT-TCTAAGTAGT 2235
|||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 5258 TCTTAAGGGCGGGCCAGATGGCTGAACTCGACGCTAGAAGGGCTGAGGTGT-TAAGTAGT 5316
Query 2236 GCTGCaaaaaaaaTTCAGCGACGTATACGTACTCATCAAGCTCAGAAACGGTTCATTGTT 2295
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5317 GCTGCGAAAAAAATTCAGCGACGGATACGTACTCATCAAGCTCAGAAACGGTTCATTGTT 5376
Query 2296 CTGAGAAAAGCCACCATTTCTCTTCAAGCTATATGTAGAGGAAGACTTTCCTGCAAACAT 2355
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 5377 CTGAGAAAAGCCACCATTTCTCTTCAAGCTATATGTAGAGGAAGACTTTCCTGCAAGCTT 5436
Query 2356 TACGATAATTTGAGACGAGAAGCTGCTGCTGTGAAGATTCAGAAGAATGGTCGGAGACAT 2415
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 5437 TACGAAAATTTGAGACGAGAAGCTGCTGCTGTGAAGATTCAGAAGAATGGCCGGAGACAT 5496
Query 2416 TATTCTAGAAAATCATATAAAAAACTCCATGTAGCTTCTCTTGTTGTACAGACTGGTTTA 2475
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 5497 TATTCTAGAAAATCATATAAAAAGCTCCATGTAGCTTCTCTTGTTGTACAAACAGGTTTA 5556
Query 2476 AGAGCAATGGCTGCTCGTAAACAATTCAGATTCAGGAAGCAAACAAAGGCTGCCACAATT 2535
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5557 AGAGCAATGGCTGCTCATAAACAATTCAGATTCAGGAAGCAAACAAAGGCTGCCACAATT 5616
Query 2536 GTTCAGGCTCAGTGGCGTTGTCACAGAGCAATCTCGTACTACAAAAAGCTTAAAAATGGA 2595
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5617 GTTCAGGCTCAGTGGCGTTGTCACAGAGCAATCTCATACTACAAAAAGCTTAAAAATGGA 5676
Query 2596 GTGGTCCTATCTCAGACACGATGGAGAGGCAGACTTGCTAAGAGAGAACTTAGGAAGCTC 2655
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 5677 GTAATCCTATCTCAGACACGATGGAGAGGCAGACTTGCTAAGAGAGAACTTAGGAAACTC 5736
Query 2656 AAAATGGCTGCAAGGGAAACAGGAGCACTTAAAGAGGCAAAGGATATGCTTGAAAAGAAA 2715
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5737 AAAATGGCTGCAAGGGAAACAGGAGCACTTAAAGAGGCAAAGGATATGCTTGAAAAGAAA 5796
Query 2716 GTCGAGGAACTCACATACCGTGTCCAGTTGGAGAAACGTTCGAGGGGTGACTTAGAAGAA 2775
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 5797 GTCGAGGAACTCACATACCGTGTCCAGTTGGAGAAACGTTTGAGGGGTGACTTAGAAGAA 5856
Query 2776 GCAAAGACTCAGGAGATTTTGAAACTTAAGAGTTCATTCGAAGAAATGCGGAAGAAAGTT 2835
|||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5857 GCAAAGACTCAGGAGATTACGAAACTTCAGAGTTCATTCGAAGAAATGCGGAAGAAAGTT 5916
Query 2836 GATGAAACAAATGCGTTGCTTCTGAAGGAACGTGAAGCTGCAAAGAAAGCCGCTGAAGAA 2895
||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5917 GATGAAACAAATGCGTTGCTTGTGAAGGAACGCGAAGCTGCAAAGAAAGCCGCTGAAGAA 5976
Query 2896 GCTCCTCCTGTTATCAAAGAAACACAAATTTTAGTTGAAGATACCAAGAAGATTGAATTG 2955
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5977 GCTCCTCCTGTTATCAAAGAAACACAAATCTTAGTTGAAGATACCAAGAAGATTGAATTG 6036
Query 2956 ATGACGGAGGAACTGGAGAGTGTAAAGGTTACTCTAGAGA-ACGAAAAACAAAGGGCTGA 3014
||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||| | |||| ||||||||||||||
Sbjct 6037 ATGACAGAGGAACTGGATAGTGTAAAGGCTACTCTAGA-ATACGAGAAACAAAGGGCTGA 6095
Query 3015 TGATGCAGTGAGGAAATTCGAAGAAGCTCAAGAGTCTCTCGAAGACaaaaagaaaaaaCT 3074
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 6096 TGATGCAGTGAAGAAATTCGAAGAAGCTCAAGAGTCTCTCGAAGACAAAAAGAAGAAACT 6155
Query 3075 GGAAGAGACAGAGAAGAAAGGTCAGCAACTCCAAGAATCACTGACAAGGATGGAAGAAAA 3134
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 6156 GGAAGAGACGGAGAAGAAAGGTCAGCAACTCCAAGAATCCCTGACAAGGATGGAGGAAAA 6215
Query 3135 GTGCAGCAACTTGGAATCAGAGAATAAAGTCCTACGGCAGCAGGCTGTGTCCATGGCACC 3194
|||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 6216 GTGCAGCAACTTAGAATCAGAGAATAAAGTCTTACGGCAACAGGCTGTGTCCATGGCACC 6275
Query 3195 GAATAAATTTCTCTCTGGCCGCTCCCGGTCCATTTTACAGAGAGGTTCAGAGAGTGGTCA 3254
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 6276 AAATAAATTTCTCTCTGGCCGCTCCCGGTCCATTTTACAGAGAGGTTCTGAGAGTGGTCA 6335
Query 3255 TCTTGCAGTGGATGCGAGGTCAAACTTGGATCTGCATAGCCATTCGATTAACCATAGAGA 3314
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||
Sbjct 6336 TCTTGCAGTGGATGCGAGGTCAAGCTTGGATCTGCATAGCCATTCAATTAACCGTAGGGA 6395
Query 3315 TCCCTCAGAAGTGGAGGATAAACCACAGAAATCATTAAATGAGAAGCAGCAAGAAAATCA 3374
|| ||| |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 6396 TCTCTCTGAAGTGGATGACAAACCACAGAAATCATTAAACGAGAAACAGCAAGAAAATCA 6455
Query 3375 AGACCTACTTATCCGCTCCATTGTTCAACACTTGGGATTCCAGGGGAACCGACCTATCAC 3434
||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 6456 AGAACTACTTATCCGCTGCATTGTTCAACACTTGGGATTCCAGGGGAACCGACCTATTAC 6515
Query 3435 AGCATGTATCATTTACAAATGTTTACTGCAATGGAGGTCATTTGAAGTTGAACGAACCAG 3494
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6516 AGCATGTATCATTTACAAATGTCTACTGCAATGGAGGTCATTTGAAGTTGAACGAACCAG 6575
Query 3495 TGTCTTTGATCGCATTATTCAGACAATAGGCCATGCTATTGAGACTCAAGATAACAACAA 3554
||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6576 TGTGTTTGATCGCATAATTCAGACAATAGGCCATGCTATTGAGACTCAAGATAACAACAA 6635
Query 3555 TACATTGGCCTATTGGTTATCCAATACCTCGACACTCCTATTACTCCTCCAGCGCACACT 3614
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 6636 TACATTGGCCTATTGGTTATCCAACGCCTCGACACTCCTCTTACTCCTCCAGCGCACACT 6695
Query 3615 CAAAGCTAGTGGTGCAGCTGGGATGGCTCCGCAGCGCCGCCGTTCATCTTCTGCCACTCT 3674
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 6696 CAAAGCTAGTGGTGCAGCTGGGATGGCTCCGCAGCGCCGCCGTTCATCTTCTGCCACCCT 6755
Query 3675 ATTTGGAAGGATGAGTCAGAGCTTCCGCGGGGCACCCCCAGGTGTAAATCTTGCCATGAT 3734
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6756 ATTTGGAAGGATGAGTCAGAGCTTCCGCGGGGCACCCCCAGGTGTAAATCTTGCCATGAT 6815
Query 3735 AAACGGTGCTGCGGGAGGTGGAGCAGATACCTTTAGACAAGTTGAAGCAAAATATCCGGC 3794
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6816 AAACGGTGCTGCGGGAGGTGGAGCGGATACCTTTAGACAAGTTGAAGCAAAATATCCGGC 6875
Query 3795 TCTACTGTTTAAGCAGCAGCTCACAGCTTATGTTGAAAAGATATACGGAATGATTCGCGA 3854
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 6876 TCTACTGTTTAAGCAGCAGCTCACAGCTTATGTTGAAAAGATATACGGAATGATTCGGGA 6935
Query 3855 TAACTTGAAGAAGGAGATTTCTCCACTCCTTGGATTGTGCATTCAGGCACCAAGAACATC 3914
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 6936 TAACTTGAAGAAAGAGATTTCTCCACTCCTTGGATTGTGCATTCAGGCACCTAGAACATC 6995
Query 3915 GAGGGCTAGTTTAGTGAAAGGAGCATCTCGTTCCGTTGGCAACACTGCAGCTCAGCAGGC 3974
|| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 6996 AAGAGCGAGTTTAGTGAAAGGAGCATCTCGTTCCGTTGGCAACACTGCAGCTCAGCAAGC 7055
Query 3975 ACTGATCGCCCATTGGCAAGGAATTGTCAAGAGTCTTACAAATTTCCTCAATACTCTAAA 4034
|||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 7056 ACTGATCGCCCACTGGCAAGGAATTGTCAAGAGCCTTACAAATTTCCTCAATACTCTAAA 7115
Query 4035 ATCAAACAATGTTCCTTCATTTTTGGTGCGTAAGGTGTTTACGCAGATATTCTCATTCAT 4094
||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 7116 ATCAAACAATGTTCCTTCATTCTTGGTGCGTAAAGTGTTTACACAGATATTCTCATTCAT 7175
Query 4095 CAATGTTCAGCTGTTTAACAGCCTTTTATTGAGACGCGAGTGTTGTTCATTTAGTAATGG 4154
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 7176 CAATGTTCAGCTGTTTAACAGCCTTTTATTGAGACGCGAGTGTTGTTCATTTAGTAATGG 7235
Query 4155 GGAGTACGTCAAAGCGGGCTTGTCTGAATTGGAACACTGGTGTTTTAAGGCCACAAATGA 4214
|||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 7236 CGAGTACGTCAAAGCTGGCTTGTCTGAATTAGAACACTGGTGTTTTAAGGCAACAGATGA 7295
Query 4215 GTATGCGGGTTCTTCGTGGGATGAGCTTAAGCATATTAGACAGGCCATTGGGTTTCTGGT 4274
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 7296 GTATGCTGGTTCTTCGTGGGATGAGCTTAAGCATATCAGACAGGCCATTGGGTTTCTGGT 7355
Query 4275 TGTACATCAAAAACCAAAGAAAACTCTTGATGAGATCAGTCATGATCTTTGCCCGGTACT 4334
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 7356 TATACATCAAAAACCAAAGAAAACTCTTGATGAGATCAGTCATGATCTTTGCCCTGTGCT 7415
Query 4335 AAGCATACAACAGTTATACAGAATCAGTACCATGTACTGGGACGACAAATACGGCACCCA 4394
||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 7416 AAGCATACAACAGCTATACAGGATCAGTACGATGTACTGGGACGACAAATACGGCACTCA 7475
Query 4395 TAGCGTCTCTCCAGACGTAA 4414
|||||||| || |||||||
Sbjct 7476 CAGCGTCTCCCCGGACGTAA 7495
Score = 2113 bits (1144), Expect = 0.0
Identities = 1256/1311 (96%), Gaps = 4/1311 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 50 TAGGTTCTCATGTTTGGTTTGAAGACCCTGAAGTGGCTTGGATTGATGGTGAGGTTGAAA 109
||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3047 TAGGTTCTCATGTTTGGGTTGAAGACCCTCAAGTGGCTTGGATTGATGGCGAGGTTGAAA 3106
Query 110 AAATCAATGGACAAGAAGTTGTCATCCAAGCCACTACTGGAAAAAAGGTCACTGCAAAGT 169
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3107 AAATCAATGGACAAGAAGTTGTCATCCAAGCCACTATTGGAAAGAAGGTCACTGCAAAGT 3166
Query 170 TGTCAAAGATTTACCCTAAGGATGTGGAAGCTCCTGCTGGTGGTGTTGATGACATGACAA 229
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3167 TGTCAAAGATATACCCAAAGGATGTGGAAGCTCCTGCTGGTGGTGTTGATGACATGACAA 3226
Query 230 AACTCTCTTACTTGCATGAACCTGGTGTTCTTCAGAACTTGAAGATCAGATATGAACTTA 289
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3227 AGCTCTCTTACTTGCATGAACCTGGTGTTCTTCAGAACTTGAAGATCAGATATGAACTTA 3286
Query 290 ATGAGATCTATACATACACAGGAAACATCCTTATTGCGATTAATCCGTTTCAACGATTGC 349
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3287 ATGAGATCTATACATACACAGGAAACATCCTTATTGCCATTAACCCGTTTCAACGATTGC 3346
Query 350 CTCACATCTATGATGCCCATATGATGCAACAATACAAAGGAGCACCA-TTGGGAGAACTA 408
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||
Sbjct 3347 CTCACATCTATGATGCCCATATGATGCAACAATACAAAGGAGCACCACTTGG-AGAACTA 3405
Query 409 AGTCCTCATGTTTTTGCTGTTGCTGATGTTGCATACAGGGCCATGATTAATGAGGGAAAA 468
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3406 AGTCCTCATGTTTTTGCTGTTGCTGATGTTGCATACAGGGCCATGATTAATGAGGGAAAA 3465
Query 469 AGCAATTCAATTCTTGTAAGTGGTGAGAGCGGAGCTGGAAAAACTGAAACCACTAAGATG 528
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3466 AGCAATTCAATTCTTGTTAGTGGTGAGAGCGGAGCAGGAAAAACTGAAACCACTAAGATG 3525
Query 529 CTTATGAGATATCTTGCATACTTGGGAGGTCGTGCTGTTACAGAAGGACGGACTGTTGAA 588
|||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 3526 CTTATGAGGTACCTTGCATACTTGGGTGGTCGTGCAGTTACAGAAGGAAGGACAGTTGAA 3585
Query 589 CAACAAGTTCTTGAATCAAATCCCGTCCTTGAAGCCTTTGGGAACGCAAAAACTGTGAGG 648
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || || |||||||||||
Sbjct 3586 CAACAAGTTCTTGAATCAAATCCTGTCCTTGAGGCCTTTGGTAATGCCAAAACTGTGAGA 3645
Query 649 AATAACAATTCAAGTCGCTTCGGTAAATTTGTTGAAATCCAATTTGATAAGCAAGGAAGA 708
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3646 AATAACAACTCAAGTCGCTTCGGTAAATTTGTTGAAATCCAATTTGATAAGCAAGGAAGA 3705
Query 709 ATATCTGGAGCTGCTATACGGACCTATCT-TCTAGAGAGGTCTCGTGTGTGTCAAATCTC 767
|||||||||||||||||| | || ||||| | ||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 3706 ATATCTGGAGCTGCTATAAGAACTTATCTAT-TAGAGAGGTCTCGTGTGTGCCAAATTTC 3764
Query 768 TGATCCCGAACGAAATTACCATTGCTTCTATCTTCTTTGTGCCGCACCGCAGGAGGAAAT 827
|||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3765 TGATCCGGAGCGAAATTACCACTGCTTCTATCTTCTTTGTGCCGCACCGCAGGAGGAAAT 3824
Query 828 TGAAAAGTACAAGCTCGGTCATCCAAAGACTTTTCATTATCTGAACCAGTCCAAGTGCTT 887
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3825 TGAAAAGTACAAGCTCGGTCATCCAAAGACCTTTCATTATCTGAACCAGTCCAAGTGCTT 3884
Query 888 CGAGCTTGTTGGTATAAGCGATGCTCATGATTATCTTGCGACAAGAAGAGCTATGGATAT 947
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3885 TGAGCTTGTCGGTATAAGCGATGCTCATGATTATCTTGCGACAAGGAGAGCTATGGATAT 3944
Query 948 TGTTGGAATTAGCGAAAAGGAACAGGAAGCAATTTTCAGGGTGGTTGCAGCAATTCTTCA 1007
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 3945 TGTTGGAATTAGCGAAAAGGAACAGGAAGCAATTTTCAGAGTGGTTGCTGCAATTCTTCA 4004
Query 1008 CATTGGAAACATCGATTTTACTAAGGGAAAGGAAGTGGATTCATCAGTTCCCAAGGATGA 1067
||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4005 TATTGGCAACATCGAATTTACTAAGGGAGAGGAAGTGGATTCATCAGTTCCCAAGGATGA 4064
Query 1068 GAAGTCGAAATTTCATCTTAAAACAGCAGCAGAACTTCTCATGTGTGATTTAAAGGCACT 1127
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 4065 GAAGTCGAAATTTCATCTTAAAACAGCAGCAGAACTTCTTATGTGTGATTTAAAGGCACT 4124
Query 1128 TGAAGATGCATTATGTAAACGAGTTATGATCACACCCGAGGAAGTTATCAAGAGAAGTCT 1187
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4125 TGAAGATGCATTATGTAAACGTGTTATGATCACACCTGAGGAAGTTATCAAGAGAAGTCT 4184
Query 1188 TGATCCACAGAGTGCTGTAACCAGCAGAGACGGTCTCGCTAAGACAGTCTATTCTCGATT 1247
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 4185 AGATCCACAGAGTGCTGTAACCAGCAGGGACGGTCTCGCTAAGACAGTCTATTCTAGACT 4244
Query 1248 GTTCGATTGGTTGGTAGACAAGATTAATAAGTCGATTGGACAAGATGCCAATTCTAGATC 1307
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4245 GTTCGATTGGTTGGTAGACAAGATTAATAAGTCGATTGGACAAGATGCCAATTCTAGATC 4304
Query 1308 TCTAATTGGAGTTCTGGACATTTACGGATTTGAGAGCTTCAAAACTAACAG 1358
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4305 TCTAATTGGAGTTCTGGACATTTATGGATTTGAGAGCTTCAAAACTAACAG 4355
Score = 366 bits (198), Expect = 7e-100
Identities = 202/204 (99%), Gaps = 0/204 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 4414 ATAGCAAATATGAGGGTGCTAATGACAGAAGATTCGAACAATGCTGTTAGCAACTCATTC 4473
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 7525 ATAGCAAATATGAGGGTGCTAATGACAGAAGATTCGAACAATGCTGTTAGCAACTCATTC 7584
Query 4474 CTTTTGGATGACGACTCGAGCATCCCTTTCTCGGTTGATGATTTATCAAAGTCGATGGAG 4533
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 7585 CTTTTGGATGACGACTCCAGCATCCCTTTCTCGGTTGATGATTTATCAAAGTCGATGGAG 7644
Query 4534 AAATTTGAAATAGCGGATATCGAACCGCCACCTTTAATCCGGGAGAATTCTGGATTTAGC 4593
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 7645 AAATTTGAAATTGCGGATATCGAACCGCCACCTTTAATCCGGGAGAATTCTGGATTTAGC 7704
Query 4594 TTCTTATTGCCAGTCTCTGAGTGA 4617
||||||||||||||||||||||||
Sbjct 7705 TTCTTATTGCCAGTCTCTGAGTGA 7728
Score = 285 bits (154), Expect = 2e-75
Identities = 160/163 (98%), Gaps = 0/163 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1356 CAGTTTTGAACAGTTCTGTATTAATTTCACTAATGAGAAGTTGCAGCAACATTTTAATCA 1415
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 4395 CAGTTTTGAACAGTTCTGTATTAATTTCACTAATGAGAAGTTGCAGCAACATTTCAACCA 4454
Query 1416 GCACGTTTTCAAGATGGAACAGGAAGAGTACACAAAAGAAGCAATAGATTGGAGTTACAT 1475
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 4455 GCACGTTTTCAAGATGGAACAGGAAGAGTACACAAAAGAAGCAATAGATTGGAGCTACAT 4514
Query 1476 TGAATTTGTGGACAATCAAGATGTTCTCGATCTCATAGAAAAG 1518
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4515 TGAATTTGTGGACAATCAAGATGTTCTCGATCTCATAGAAAAG 4557
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 179327283976
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5