BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G08820.1
Length=1716
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg311931 jgi|Araly1|311931|fgenesh1_pm.C_scaffold_1000711 1762 0.0
> Ahg311931 jgi|Araly1|311931|fgenesh1_pm.C_scaffold_1000711
Length=1161
Score = 1762 bits (954), Expect = 0.0
Identities = 1111/1180 (94%), Gaps = 38/1180 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 298 ATGAATATGCCGCTGTTGGATATTCAACCACGAACGTTGCAGTTTGCAGTTGACCTGAAG 357
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAATATGCCGCTGTTGGATATTCAACCACGAACGTTGCAGTTTGCAGTTGACCTGAAG 60
Query 358 AAGCAAACTTCCTGCGTGGTACAGCTAACCAATACTACCCATCATTATGTTGCATTTAAG 417
||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AAGCAGAGTTCTTGCGTGGTACAGCTAACCAATACTACCCATCATTATGTTGCATTTAAG 120
Query 418 GTTAAAACCACATCACCAAAGAAGTACTGTGTTCGTCCAAATGTTGGTGTTGTTGCACCT 477
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GTTAAAACCACATCACCGAAGAAGTACTGTGTTCGTCCAAATGTTGGTGTTGTTGCACCA 180
Query 478 AAATCAACCTGTGAATTCACTGTCATTATGCAAGCTTTTAAAGAACCACCTCCAGATATG 537
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AAATCATCCTGTGAATTCACTGTCATTATGCAAGCTTTTAAAGAACCACCTCCAGATATG 240
Query 538 GTTTGCAAAGACAAATTCTTAATCCAGAGTACTGCTGTATCTGCGGAAACAACTGATGAA 597
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GTTTGCAAAGACAAATTCTTAATCCAGAGTACTGCTGTATCTGCGGAAACAACTGATGAA 300
Query 598 GACATCACAGCTAGCATGTTTTCGAAAGCCGAAGGCAAACACATAGAGGAGAACAAACTC 657
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GACATCACAGCTAGCATGTTTTCGAAAGCGGAAGGCAAACACATAGAGGAGAACAAACTC 360
Query 658 AGGGTCACGCTCGTACCGCCCTCTGACTCACCTGAACTATCTCCAATCAATACACCGAAG 717
|| ||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 AGAGTCACTCTTGTGCCGCCCTCTGACTCACCTGAACTATCTCCAATCAATACACCGAAG 420
Query 718 CAGGGAGCAGTATTTGAAGATTCCATCCTCAAGGATCGTTTATATAGCCAGTCAGAGACC 777
|||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 CAGGAAGCAGGATTTAAAGATTCCATCCTCAAGGATCGTTTATATAGCCAGTCAGAGACC 480
Query 778 CTAGCTCCGCCACAATATGAGGGTGAGATTGTAAAAGAGCCTAGGATGGTTGGACATGAT 837
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 CTAGCTCCGCCACAATATGAGGGTGAGATTGCAAAAGAGCCTAGGATGGTTGGACATGAT 540
Query 838 GAGTTAAAGGCAGCCGACAATGCAAAGGAGTTAAAGACACCAAAAATGGCCACAGTGGAT 897
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 541 GAGTTAAAGGCAGCCGACAATGCAAAGGAGTTAAATACACCAAAAATGGCCACCGTGGAT 600
Query 898 TTTGTGGAAGATCGATATACTGCTAATGACTTGAAGGCAACTAAAGATAGCTACGATTCA 957
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TTTATGGAAGATCGATATACTGCTAATGACTTGAAGGCAACTAAAGATAGCTACGATTCA 660
Query 958 TCGAGGATGGCAAAAGAAACTGGATTCGATCCAATTAGGTCTCATAAGGATGCGGATGAT 1017
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 661 TCGAGGATGGCAAAAGAAACTGGATTCGATCCAATTAGGTCTCATAAGGATGC--A-GAT 717
Query 1018 GGAAGGGCGATTAAGGCAACAACTAATTTGGACGCTCCCATGAAGAAGGCCATGGATCTA 1077
| | | | ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 G-A-------T---G-CAA-A--TAATTTGGACGCTCCCATGAAGAAGGCCATGGATCTA 762
Query 1078 CCTAGGGATCAAGGGTTTACTAATGGAATAGCT---GTTGACAGTG-AACC-A-----A- 1126
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| | |
Sbjct 763 CCTAGGGATCAAGGGTTTACTAATGGAATAGCTTCAGTTGACAGTGCAACCTATTCTGAT 822
Query 1127 -AG--ATA--T-C-TAAGGAGAGAGATGTTGTCCAGCTGCAGAAAACAGATGGCCAGAAT 1179
|| | | | | |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 823 GAGCCAAAGGTACCTAAGGAAAGAAATGTTGTCCAGCTGCAGAAAACAGATGGCCAGAAT 882
Query 1180 GTCAGAGGATTGGATGAACTTAAGTTGGTTAAAGACATTGAGGAGATGAAGCTGAAAGTG 1239
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 883 GCCAGAGGATTGGATGAACTTAAGTTGGTTAAAGACATTGAGGAGATGAAGCTGAAAGTG 942
Query 1240 GATGCTCTTGAATCCAAGTTAAAACAGGCTGATTCAACCATTTCGAAGCTAATGGAGGAG 1299
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 943 GATGCTGTTGAATCCAAGTTAAAACAGGCTGATTCAACCATTTCAAAGCTAATGGAGGAA 1002
Query 1300 CGATCTATAAGCTCCCAACATAGACAAAGCTTGCAACATGAGCTGGCGGAACTGAGAACG 1359
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1003 CGATCGATAAGCTCCCAACACAGACAAAGCTTGCAACATGAGCTGGCGGAACTGAGAACG 1062
Query 1360 AAGAAGATAGTGAAAGAAGTGCACAATGGGTTCCCTCTGCTGTATGTATGCGTTGTGGCA 1419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1063 AAGAAGATAGTGAAAGAAGTGCACAATGGGTTCCCTCTGCTGTATGTATGCGTTGTGGCA 1122
Query 1420 TTCATT-GCCTATGTTATCGGGCACTTTCTGCGCACTTGA 1458
||||| || |||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 1123 TTCATCAGC-TATGTTATCGGGTGCTGTCTGCGCACTTGA 1161
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 64372514050
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5