BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G09010.1
Length=3025
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg919647 jgi|Araly1|919647|scaffold_100928.1 4549 0.0
> Ahg919647 jgi|Araly1|919647|scaffold_100928.1
Length=2879
Score = 4549 bits (2463), Expect = 0.0
Identities = 2732/2865 (95%), Gaps = 6/2865 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 92 ACTAAAATGGCGGAGATCGGGAAGACGGTGTTAGATTTCGGCTGGATAGCGGCGAGATCC 151
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 16 ACTAAAATGGCGGAGATCGGGAAGACGGTGTTAGATTCCGGCTGGATAGCGGCGAGATCC 75
Query 152 ACGGAGGTCGATGTCAACGGCGTTCAGCTCACTACCACCAATCCTCCGGCCATCAGTTCC 211
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 76 ACGGAGGTCGATGTCGACGGCGTTCAGCTCACTACCACCAATCCTCCGGCTGTCAGCTCC 135
Query 212 GAATCTCGGTGGATGGAAGCCGCCGTACCTGGAACTGTATTGGGCACATTGGTGAAAAAC 271
|||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||
Sbjct 136 GAATCTCGGTGGATGGAAGCCGTCGTCCCTGGAACTGTTTTGGGCACTTTGGTCAAAAAC 195
Query 272 AAAGCAATTCCGGATCCTTTTTATGGACTTGAAAATGAAGCGATCACAGATATTGCCGAT 331
||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 196 AAAGCTATTCCGGATCCCTTCTATGGACTTGAAAATGAAGCTATCACAGATATTGCCGAT 255
Query 332 TCCGGAAGGGACTACTACACTTTCTGGTTCTTCACTAAATTCCAATGTCAAAGGTTATTG 391
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||| |||
Sbjct 256 TCCGGAAGGGACTATTACACTTTCTGGTTCTTCACCAATTTCCAATGTAAAAGGTTGTTG 315
Query 392 AATCAATACGTGCATTTGAA-TTTCCGTGCCATCAACTACTCTGCACAAGTGTTTGTAAA 450
||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||
Sbjct 316 AATCAATACGTGCATCTGAACTTT-CGTGCCATCAACTACTCTGCGGAAGTGTATGTAAA 374
Query 451 TGGCCACAAGACAGAGCTTCCCAAAGGGATGTTTCGCAGACATACACTTGACGTCACTGA 510
||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 375 TGGTCACAAGACAGTGCTTCCCAAAGGGATGTTTCGCAGACATACACTTGACGTCACTGA 434
Query 511 TATTCTCCATCCTGAGAGCAATTTACTTGCTCTTATTGTTCATCCCCCAGATCATCCTGG 570
|||||| | |||||||| |||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 435 TATTCTGCGTCCTGAGAACAATTTGCTTGCTGTTATTGTTAATCCCCCAGATCATCCTGG 494
Query 571 GACTATACCTCCCGAGGGAGGCCAAGGTGGTGATCATGAGATTGGAAAAGATGTAGCTGC 630
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 495 GACTATACCTCCCGAGGGAGGCCAAGGTGGTGATCACGAGATTGGAAAAGATGTAGCTGC 554
Query 631 ACAGTATGTGCAAGGTTGGGACTGGATTTGTCCAATAAGGGACCGGAATACTGGCATATG 690
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 555 ACAGTATGTGGAAGGTTGGGACTGGATTTGTCCAATAAGGGACCGGAATACCGGCATATG 614
Query 691 GGATGAAGTGTCAATATCTGTCACCGGGCCTGTAAGAATAATTGATCCCCATTTGGTCTC 750
|||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 615 GGATGAAGTGTCAATATCTGTCACTGGGCCAGTAAGAATAATTGATCCCCATTTGGTCTC 674
Query 751 AACCTTCTTTGACGATTACAAGAGAGCTTACTTGCATGTGACTGCTGAACTGGAAAACAA 810
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 675 AACCTTCTTTGACGATTACAAGAGAGCTTACTTGCATGTGACTGCTGAACTGGAAAACAA 734
Query 811 AAGCACATGGAATACTGAATGTTCTGTGAATATTCAAATAACAGCCGAACTCGAAAACGG 870
||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
Sbjct 735 AAGCACATGGAATGCTGACTGTTCTGTGAATATTCAAATAACAGCCGAACTTGAAAACAG 794
Query 871 TGTCTGTTTAGTAGAGCATCTTCAGACAGAGAATGTTTTGATCCCTGCTCAAGGACGTAT 930
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 795 TGTCTGTTTAGTAGAGCATCTTCAGACAGAGAATGTTTTGATCCCTGCTCAAGGACGTAT 854
Query 931 TCAGCACACATTTAAACCACTCTATTTCTATAAACCTGAATTGTGGTGGCCCAACGGGAT 990
|||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 855 TCAGCACACATTTAAACCGCTCTTTTTCTATAAACCTGAATTGTGGTGGCCCAACGGGAT 914
Query 991 GGGAAAGCAAAACCTTTATGACATCTTGATCACTGTTGTTGTGAATGAATTCGGAGAATC 1050
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||
Sbjct 915 GGGAAAGCAAAACCTTTATGACATCTTGATCACTGTTGATGTGAAAGAATTCGGGGAATC 974
Query 1051 TGATTCGTGGATGCAGCCATTTGGATTCCGAAAGATTGAGAGTGTTATTGATAGTGTTAC 1110
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 975 CGATTCGTGGATGCAGCCATTTGGATTCCGTAAGATTGAGAGTGATATTGATAGTGTCAC 1034
Query 1111 TGGTGGAAGGCTGTTCAAGATCAACGGAGAGCCGATCTTCATCCGTGGTGGCAATTGGAT 1170
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1035 TGGTGGAAGGCTGTTCAAGATCAATGGAGAGCCGATCTTCATCCGTGGTGGCAATTGGAT 1094
Query 1171 ACTATCAGATGGACTGTTACGTCTCTCTAAAGAACGTTACAGAACCGACATAAAATTCCA 1230
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1095 ACTATCAGATGGACTGTTACGCCTCTCTAAAGAACGTTACAGAACCGACATAAAGTTCCA 1154
Query 1231 TGCAGATATGAACATGAACATGATCCGTTGCTGGGGCGGTGGGTTGGCTGAAAGGCCAGA 1290
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1155 TGCAGATATGAACATGAACATGATCCGTTGCTGGGGCGGTGGGTTGGCTGAAAGGCCAGA 1214
Query 1291 GTTTTATCACTTTTGTGATATCTACGGCTTGTTGGTGTGGCAAGAGTTTTGGATCACTGG 1350
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1215 GTTTTATCACTTTTGTGATATCTACGGTTTGTTGGTCTGGCAAGAGTTTTGGATCACTGG 1274
Query 1351 CGATGTTGATGGAAGAGGTGTTCCAGTATCAAATCCGAATGGACCACTAGACCATGAATT 1410
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1275 AGATGTTGATGGAAGAGGTGTTCCAGTATCAAATCCGAACGGACCACTAGACCATGACTT 1334
Query 1411 ATTCCTCTTATGTGCTCGTGATACTGTCAAACTTCTGAGAAACCATCCAAGCCTGGCTCT 1470
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1335 ATTCCTCTTATGTGCTCGTGATACTGTCAAACTTTTGAGAAACCATCCAAGCCTAGCTCT 1394
Query 1471 TTGGGTGGGTGGAAATGAACAAGTTCCGCCAAAAGACATAAATGAGGCTCTAAAGCAAGA 1530
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1395 TTGGGTGGGTGGAAATGAACAAGTTCCGCCAAAAGACATAAATGAGGCTCTAAAGGAAGA 1454
Query 1531 CCTTAGGCTTCATTCTTATTTTGAAACCCAATTGTTATCAGACAAAGATTCAGATCCTAG 1590
|||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1455 CCTTAGGCTTCACTCTTATTTTGAAACCCAATTATTATCAGACAAGGATTCCGATCCTAG 1514
Query 1591 TGTTTATCTTGACGGTACTAGAGTTTATATTCAAGGATCTATGTGGGACGGCTTTGCAGA 1650
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1515 TGTTTATCTTGACGGTACTAGAGTTTATATTCAAGGATCTATGTGGGACGGTTTTGCAGA 1574
Query 1651 TGGAAAGGGGAACTTCACTGACGGCCCTTATGAGATTCAATACCCTGAAGAtttttttAA 1710
||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1575 TGGAAAGGGAAACTTCACTGATGGCCCTTATGAGATTCAATACCCTGAAGATTTTTTTAA 1634
Query 1711 AGACACATATTACAAGTATGGGTTCAATCCGGAGGTCGGCTCGGTTGGAATGCCAGTTGC 1770
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 1635 AGACACATATTACAAGTATGGGTTCAATCCGGAGGTTGGTTCGGTTGGAATGCCAGTTGC 1694
Query 1771 AGAGACGATAAGAGCGACAATGCCTCCAGAAGGTT-GGACGATTCCTCTGTTCAAAAAGG 1829
||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||
Sbjct 1695 AGATACAATAAGAGCGACAATGCCTCCAGAAGGTTGGGA-GATTCCTCTGTTTAAAAAGG 1753
Query 1830 GTTTGGACGGGTTTATTAAAGAAGTGCCAAATCGAATGTGGGATTATCACAAGTACATTC 1889
|||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1754 GTTTGGACGGGTTTGTTGAAGAAGTGCCAAATCGAATGTGGGATTATCACAAGTACATTC 1813
Query 1890 CATATTCTAATCCTGGAAAAGTGCATGACCAGATTCTGATGTACGGTACTCCAGAGAATC 1949
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1814 CATATTCTAAGCCTGGAAAAGTTCATGACCAGATTCTGATGTACGGTGCTCCAGAGAATC 1873
Query 1950 TCGATGACTTCTGCTTGAAGGCTCAACTGGTAAACTACATTCAGTACAGAGCTCTATTCG 2009
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1874 TCGATGACTTCTGCTTGAAGGCTCAACTGGTAAACTACATTCAGTACAGAGCTCTATTCG 1933
Query 2010 AGGGTTGGAGTTCGCAAATGTGGACGAAGTACACGGGTGTCTTGATCTGGAAGAACCAAA 2069
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1934 AGGGCTGGAGTTCACAAATGTGGACGAAGTACACGGGTGTCTTGATCTGGAAGAACCAAA 1993
Query 2070 ATCCATGGACTGGTCTCAGAGGTCAATTCTACGATCATCTTCTCGACCAAACAGCCAGTT 2129
||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1994 ATCCATGGACTGGTCTCAGAGGTCAGTTCTACGACCATCTTCTAGACCAAACAGCCAGTT 2053
Query 2130 TCTATGGCTGCCGTTCCGCTGCAGAGCCAGTCCATGTACAATTGAACCTGGCAAGTTACT 2189
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 2054 TCTACGGCTGCCGTTCCGCTGCAGAGCCAGTCCATGTCCAATTGAACCTGGCGAGTTACT 2113
Query 2190 TTGTTGAGGTTGTAAACACGACTTCTAAAGAGCTGTCGGATGTGGCAATAGAGGCATCAG 2249
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2114 TTGTTGAGGTTGTAAACACGACTTCTAAAGAGCTATCGGATGTGGCGATAGAGGCATCAG 2173
Query 2250 TATGGGACCTAGACGGGAACTGCCCATACTATAAAGTGTTTAAAATTGTCTCTGCCCCAC 2309
|||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| || |
Sbjct 2174 TATGGGACCTAGACGGGAACTGCCCATACTTTAAATTGTTTAAAATTGTCTCTGCACCGC 2233
Query 2310 CAAAGAAAGTTGTGAAAATATCGGAATTCAAGTATCCGAAAGCAGCAAACCCAAAGCATG 2369
|||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 2234 CAAAGAAAGTTGTGAAAATATCGGAATTCAAGTACCCAAAAGCAGAAAACCCAAAGCCTG 2293
Query 2370 TATATTTCCTTCTTCTCAAACTGTACACTGTCTCAGACAAAGCAGTTATATCCCGGAACT 2429
| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2294 TGTATTTTCTTCTTCTCAAACTGTACAATGTCTCAGACAAAGCAGTTATATCCCGGAACT 2353
Query 2430 TCTACTGGCTGCATCTGCCTGGAAAAAATTACACACTCTTGGAGCCGTACAGGAAGAAGC 2489
|||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2354 TCTACTGGCTTCATCTGCCTGGGAAAGATTACACACTCTTGGAGCCGTACAGGAAGAAGC 2413
Query 2490 AAATACCTCTCAAGATCACTTGCAATGCAGTTATGGTGGGTTCAAGATATGAGCTGGAGG 2549
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||
Sbjct 2414 AAATACCTCTCAAGATCACTTGCAATGCAGTTATGGTTGGTCCAAAATATGAGCTGGAGA 2473
Query 2550 TCAATGTTCATAACACATCTAGAGCTAACTTAGCCAAAAACGTTGTCCAGGAAGACGAAA 2609
||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2474 TCAATGTCCATAACACATCTAGAGCTGACTTAGCCAAAAACGTTGTCCAGGAAGACGGAA 2533
Query 2610 AACGTGATCTGGGGTTGCTCCAGAAACTCTTTAGTAGATGTGTTGTTTCTGCAGATAGCA 2669
||| ||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2534 AACACGATTTGGGGTTGCTCCAGAAGCTCTTCAGTAGATGTGTTGTTTCTGCAGATAGCA 2593
Query 2670 ACCGTGGTTTGAAAGTAGTGGAAATGAAGGGATCGGATTCAGGAGTTGCTTTCTTCCTTC 2729
||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2594 ACCGTGGTTTGAAAGTAATGGAAATGAAGGGATCTGATTCAGGAGTTGCTTTCTTCCTTC 2653
Query 2730 GTTTCTCAGTTCACAATGCAGAGACAGAGAAACAAGATACGAGGATTCTACCAGTACACT 2789
|||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||
Sbjct 2654 GTTTTTCAGTCCACAATGCAGAGACAGAGAAACAAGACACGAGAATTCTGCCAGTTCACT 2713
Query 2790 ACTCAGACAACTATTTCTCACTAGTTCCAGGTGAATCAATGTCTTTTAAGATCTCATTTG 2849
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2714 ACTCAGACAACTATTTCTCACTAGTTCCAGGTGAATCAATGTCTTTTAAGATCTCATTTG 2773
Query 2850 CAGCTCCTACAGGCATGAAGAAGTCTCCTCGTGTTATGCTTCAGGGCTGGAACTACCCTG 2909
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2774 CAGCTCCTACAGGCATGAAGAAGTCTCCTCGTGTTATGCTTCAGGGATGGAACTACCCTG 2833
Query 2910 ATAGGTTTAGTGTTTTTGGTTGAGACTA-TTCATGTTTCATGTTT 2953
| ||||||||||| |||||||||||| | || |||| || |||||
Sbjct 2834 ACAGGTTTAGTGTATTTGGTTGAGACAAGTT-ATGTATCGTGTTT 2877
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 114232644755
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5