BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G09300.1
Length=1626
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg471021 jgi|Araly1|471021|fgenesh2_kg.1__975__AT1G09300.1 2684 0.0
> Ahg471021 jgi|Araly1|471021|fgenesh2_kg.1__975__AT1G09300.1
Length=1608
Score = 2684 bits (1453), Expect = 0.0
Identities = 1557/1608 (97%), Gaps = 4/1608 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 8 ATACGAGGTCCAATTCGATCCTCTCAAGAGTCTGCGAGTCTGTGAGGGGGAAGAGATGCA 67
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 1 ATACGAGGTCCGATTCGATCCTCTCAAGAGTCTGCGAGTCTGTGAGAGGAAAGAGATGCA 60
Query 68 GTTTCTTGCGCGGAATCTAGTTCGGAGAGTATCGAGAACTCAGGTCGTTAGTCGAAATGC 127
| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 61 GGTACTTGCGCGGAATCTAGTTCGGAGAGTATCAAGAACTCAGGTCGTCAGTCGTAATGC 120
Query 128 ATATTCAACCCAAACGG-TCAGAGACATTGGTCAGCCAACTCCAGCATCTCATCCTCATT 186
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 121 GTATTCAACCCAAA-GGTTCAGAGACATTGGTCAGCCAACTCCAGCTTCTCATCCTCATT 179
Query 187 TAATGGCAGAAGGAGAGGTCACACCAGGAATAAGAATTGAGGAATACATTGGTAGAAGGA 246
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 TAATGGCAGAAGGAGAGGTCACACCAGGAATAAGAATTGAGGAATACATTGGTAGAAGGA 239
Query 247 AGAAACTTGTGGAGCTTCTCCCTGAGAATAGTTTAGCCATCATTTCGTCAGCCCCCGTGA 306
||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 240 AGAAACTTGTGGAGCTTCTTCCTGAGAACAGTTTAGCCATCATTTCTTCAGCCCCCGTGA 299
Query 307 AGATGATGACTGACGTTGTTCCATATACGTTCAGACAAGATGCTGATTATTTGTATCTAA 366
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 300 AGATGATGACTGACGTTGTTCCATATACGTTCCGACAAGAGGCTGATTATTTGTATCTAA 359
Query 367 CTGGCTGCCAGCAACCAGGTGGTGTGGCTGTTTTAAGTGATGAACGCGGTTTATGCATGT 426
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 360 CTGGCTGCCAGCAACCAGGTGGTGTGGCTATTTTAAGTGAAGAACGCGGTTTATGCATGT 419
Query 427 TCATGCCGGAATCAACTCCTAAGGATATTGCTTGGGAAGGAGAAGTTGCTGGAGTTGATG 486
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TCATGCCGGAATCAACTCCTAAGGATATTGCTTGGCAAGGAGAAGTTGCTGGAGTTGATG 479
Query 487 CAGCGTCCGAGGTCTTCAAGGCAGATCAAGCATATCCGATAAGCAAATTACCCGAGATTC 546
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 CAGCGTCCGAGGTCTTCAAGGCAGACCAAGCATATCCGATAAGCAAATTACCCGAGATTC 539
Query 547 TTTCAGACATGATAAGACATTCTTCAAAAGTGTTTCATAATGTTCAATCGGCCTCGCAAA 606
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TTTCAGACATGATAAGACATTCTTCAAAAGTGTTTCATAATGTTCAATCGGCCTCGCAAA 599
Query 607 GATACACAAACTTGGATGACTTTCAAAATTCAGCATCTCTTGGCAAAGTGAAAACTCTTT 666
||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 GATACACAAACTTGGATGAGTTTCAAAAGTCAGCATCTCTTGGCAAAGTGAAAACTCTTT 659
Query 667 CAAGTTTAACACATGAGCTGAGGTTAATTAAATCACCTGCAGAACTCAAATTGATGAGAG 726
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 CAAGTTTAACACATGAGCTGAGGTTAATTAAATCACCTGCAGAACTCAAATTGATGAGAG 719
Query 727 AGTCTGCATCAATTGCGTGCCAGGGTCTTCTGAAAACAATGTTACATTCAAAGGGGTTTC 786
| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 720 ATTCTGCATCTATTGCTTGCCAGGGTCTTCTGAAAACAATGCTACATTCAAAAGGGTTTC 779
Query 787 CTGATGAAGGCATCTTATCAGCCCAGGTTGAATATGAGTGCCGGGTAAGAGGTGCTCAGC 846
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 CTGATGAAGGCATCTTATCAGCCCAAGTTGAATATGAGTGCCGGGTAAGAGGTGCTCAGC 839
Query 847 GAATGGCGTTCAATCCTGTAGTCGGTGGTGGTTCAAATGCCAGTGTTATTCACTATTCAC 906
||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 840 GAATGGCATTTAATCCTGTAGTCGGTGGCGGTTCAAATGCTAGTGTTATTCACTATTCAC 899
Query 907 GAAATGATCAGCGTATTAAAGATGGTGATCTTGTCTTGATGGACATGGGTTGTGAGTTAC 966
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 GAAATGATCAGCGAATAAAAGATGGTGATCTTGTCTTGATGGACATGGGTTGTGAGTTAC 959
Query 967 ATGGTTATGTTAGTGATCTTACTCGGACATGGCCACCTTGCGGAAAATTCAGTTCTGTTC 1026
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 960 ATGGTTATGTTAGTGATCTTACTCGGACATGGCCACCTTGCGGAAAATTCAGTTCTCTTC 1019
Query 1027 AGGAAGAGCTATATGATCTTATACTTCAGACAAACAAAGAATGCATAAAACAATGCAAGC 1086
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 AGGAAGAGCTATATGATCTTATACTTCAGACAAACAAAGAATGCATAAAACAATGCAAGC 1079
Query 1087 CTGGTACAACCATCCGCCAACTAAACACATATTCGACCGAGTTGTTGTGTGATGGACTGA 1146
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 1080 CTGGTACAACCATCCGCCAACTAAATGCATATTCGACCGAGTTGCTGTGCGATGGACTGA 1139
Query 1147 TGAAGATGGGCATCCTGAAAAGTCGTAGACTGTATCACCAGCTGAATCCGACCTCCATAG 1206
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 TGAAGATGGGCATCCTGAAAAGTCGTAGACTGTATCACCAGCTGAATCCGACCTCCATAG 1199
Query 1207 GCCACTACCTTGGGATGGATGTGCATGATTCTTCTGCTGTGGGATATGACCGTCCTTTGC 1266
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1200 GTCACTACCTTGGGATGGATGTGCATGATTCTTCTGCTGTAGGATATGACCGTCCTTTGC 1259
Query 1267 AACCTGGTTTTGTGATTACGATTGAGCCAGGAGTCTATATTCCATCTTCATTTGACTGCC 1326
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 1260 AACCTGGTTTTGTGATTACGATTGAGCCAGGAGTCTACATTCCATCTTCATTCGACTGCC 1319
Query 1327 CTGAAAGATTCCAAGGGATTGGGATAAGGATCGAGGATGACGTACTGATCACTGAGACGG 1386
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 CTGAAAGATTCCAAGGGATTGGGATAAGGATCGAGGATGACGTACTGATCACTGAGACGG 1379
Query 1387 GCTACGAAGTGCTCACAGGGTCAATGCCTAAGGAGATCAAACACATAGAGACATTGTTGA 1446
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 GCTACGAAGTGCTCACAGGGTCAATGCCTAAGGAGATCAAACACATAGAGACATTGTTGA 1439
Query 1447 ATAATCACTGCCATGATAACTCTGCGCGAA-CTTCGCCAGTTTCTCTTTGCAAGGTTAAA 1505
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1440 ATAATCACTGCCATGATAACTCTGCGCGAAGCTTCGCCAGTTTCTCTTCGCAAGGTTAAA 1499
Query 1506 GGCTTGCATACGAACCGTAACCCAAGAAGATTGTTTTGAATTAAACATCATTGATAATAA 1565
|||| |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 GGCT-GCATACGAACTGTAACTCAAGACGATTGTTTTGAATTAAACATCATTGATAATAA 1558
Query 1566 TTCAAACGTAAACTCCTGTTCCTTGCGTTTGACTCATAGAATGTATCA 1613
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1559 TTCAAACGTAAACTCCTGTTCCTTGCGTTTGACTCATAGAATGTTTCA 1606
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 60944392000
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5