BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G09780.1
Length=1911
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg471079 jgi|Araly1|471079|fgenesh2_kg.1__1033__AT1G09780.1 2983 0.0
Ahg478159 jgi|Araly1|478159|fgenesh2_kg.3__860__AT3G08590.2 1500 0.0
> Ahg471079 jgi|Araly1|471079|fgenesh2_kg.1__1033__AT1G09780.1
Length=1795
Score = 2983 bits (1615), Expect = 0.0
Identities = 1739/1799 (97%), Gaps = 8/1799 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 TTTCTCTCAGATCTGCTTTGAG---ATTCTCCGATTGCATCTCAAAAAATCTCAGCTATG 60
||| ||||||||||||||| || ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1 TTT-TCTCAGATCTGCTTTCAGTTTATTCTTCGATTGCATCTC-AAAAATCTCAGCTATG 58
Query 61 GCTACCTCCTCCGCTTGGAAGCTCGATGACCACCCCAAGCTCCCCAAGGGTAAGACCATC 120
|||||||||||||| ||||||||||||||||| || || || |||||||| || ||||||
Sbjct 59 GCTACCTCCTCCGCCTGGAAGCTCGATGACCATCCTAAACTACCCAAGGGCAAAACCATC 118
Query 121 GCCGTAATCGTCTTAGATGGTTGGGGTGAATCTGCCCCTGATCAGTACAACTGTATCCAC 180
||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 119 GCCTTAATCGTCCTAGATGGTTGGGGTGAATCTGCTCCTGATCAGTACAACTGTATCCAC 178
Query 181 AACGCTCCAACTCCAGCCATGGATTCTCTTAAACATGGAGCTCCTGATACTTGGACTTTG 240
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 179 AACGCTCCTACTCCAGCCATGGATTCTCTTAAACATGGAGCTCCTGATACTTGGACGTTG 238
Query 241 ATCAAAGCTCACGGTACTGCTGTAGGACTTCCTAGTGAAGATGATATGGGAAACAGTGAG 300
|| || ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 239 ATTAAGGCTCACGGTACTGCTGTTGGACTTCCCAGTGAAGATGATATGGGAAACAGTGAG 298
Query 301 GTTGGTCATAATGCTCTTGGTGCTGGTCGTATCTTT-GCTCAAGGTGCTAAGCTTTGTGA 359
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 GTTGGTCATAATGCTCTTGGTGCTGGTCGTAT-TTTCGCTCAAGGTGCTAAGCTTTGTGA 357
Query 360 CCAAGCTCTTGCTTCTGGCAAAATCTTTGAAGGTGAAGGTTTTAAATACGTTTCTGAATC 419
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 358 CCAAGCTCTTGCTTCTGGCAAAATCTTTCAAGGTGAAGGTTTCAAATACGTTTCTGAATC 417
Query 420 TTTCGAGACGAATACTTTGCATCTTGTTGGACTTCTCAGTGACGGTGGAGTTCACTCTCG 479
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 418 TTTCGAGACAAATACTTTGCATCTTGTTGGACTTCTCAGTGACGGTGGAGTCCACTCTCG 477
Query 480 TCTCGATCAACTACAGTTGTTGATTAAAGGATCTGCTGAACGTGGTGCTAAGAGAATCAG 539
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 TCTCGATCAGCTACAGTTGTTGATTAAAGGATCTGCTGAACGTGGTGCTAAGAGAATCAG 537
Query 540 AGTCCATATTCTTACTGATGGTCGTGATGTTTTGGATGGTTCTAGTGTTGGATTTGTGGA 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 AGTCCATATTCTTACTGATGGTCGTGATGTTTTGGATGGTTCTAGTGTTGGATTTGTGGA 597
Query 600 AACCCTTGAAGCCGACCTCGTTGCATTACGTGAGAATGGTGTGGATGCTCAGATTGCATC 659
||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 AACTCTTGAAGCCGATCTCGTTACATTACGTGAGAATGGTGTGGATGCTCAGATTGCATC 657
Query 660 TGGTGGAGGACGTATGTATGTGACTTTGGACCGATATGAGAATGATTGGGAAGTTGTTAA 719
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 TGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACTTTGGACCGATATGAGAATGATTGGGAAGTTGTTAA 717
Query 720 AAGAGGTTGGGATGCTCAAGTTCTTGGAGAAGCTCCTCACAAATTCAAAAACGCTGTTGA 779
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 AAGAGGTTGGGATGCTCAAGTTCTTGGAGAAGCTCCTCACAAATTCAAAAACGCTGTTGA 777
Query 780 AGCTGTGAAGACTTTGAGGAAAGAGCCTGGTGCTAATGACCAGTATTTGCCCCCGTTTGT 839
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 778 AGCTGTGAAGACTTTGAGGAAAGAACCTGGTGCTAATGACCAGTATTTGCCTCCGTTTGT 837
Query 840 GATTGTTGATGAATCAGGGAAAGCAGTTGGTCCGATTGTGGACGGTGATGCTGTTGTTAC 899
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 838 GATTGTTGATGATTCAGGGAAAGCAGTTGGTCCGATTGTGGACGGTGATGCTGTTGTCAC 897
Query 900 CTTCAACTTCAGGGCTGATCGTATGGTTATGCATGCTAAGGCACTTGAGTACGAAGATTT 959
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 898 CTTCAACTTCAGGGCTGACCGTATGGTTATGCATGCTAAGGCACTTGAGTATGAAGATTT 957
Query 960 TGACAAATTTGACCGTGTGAGGTACCCAAAGATTCGTTATGCTGGTATGCTTCAGTATGA 1019
|||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 TGACAAATTTGATCGTGTGAGGTTCCCCAAGATTCGTTATGCTGGTATGCTTCAGTATGA 1017
Query 1020 TGGAGAGCTTAAGCTACCAAGCCGTTACCTTGTTTCTCCCCCGGAGATTGATAGAACATC 1079
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1018 TGGAGAGCTTAAGCTACCAAGCCGTTACCTCGTTTCTCCCCCGGAGATTGATAGAACTTC 1077
Query 1080 TGGTGAATATTTGACTCACAATGGCGTCAGTACTTTTGCTTGCAGTGAGACCGTCAAGTT 1139
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1078 TGGTGAATATTTGGCTCACAATGGCGTCAGTACTTTTGCTTGCAGTGAGACCGTCAAATT 1137
Query 1140 TGGGCATGTCACCTTCTTCTGGAATGGAAATCGATCTGGATATTTCAACGAGAAATTGGA 1199
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 TGGGCATGTCACCTTCTTCTGGAATGGAAACCGATCTGGATATTTCAACGAGAAATTGGA 1197
Query 1200 GGAGTATGTTGAAATCCCAAGTGACAGTGGAATATCATTCAATGTCCAGCCAAAGATGAA 1259
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1198 GGAGTATGTTGAAATCCCAAGTGACAGTGGAATATCATTCAATGTCCAACCAAAGATGAA 1257
Query 1260 AGCTCTGGAAATTGGTGAGAAGGCAAGGGATGCAATCCTTAGTGGCAAGTTTGATCAGGT 1319
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 AGCTCTAGAAATTGGTGAGAAGGCAAGGGATGCAATCCTTAGTGGCAAGTTTGATCAGGT 1317
Query 1320 GCGAGTTAACATTCCAAATGGAGATATGGTGGGTCATACAGGTGATATTGAAGCCACGGT 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 GCGAGTTAACATTCCAAATGGAGATATGGTGGGTCATACAGGTGATATTGAAGCCACGGT 1377
Query 1380 TGTTGCATGCGAGGCTGCTGATCTTGCTGTGAAGATGATTTTTGATGCAATCGAACAAGT 1439
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 TGTTGCATGCGAGGCTGCTGATCTTGCTGTGAAGATGATTTTTGATGCAATCGAACAAGT 1437
Query 1440 GAAAGGAATTTATGTTGTGACTGCTGATCACGGAAACGCAGAGGACATGGTGAAGAGGGA 1499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 GAAAGGAATTTATGTTGTGACTGCTGATCACGGAAACGCAGAGGACATGGTGAAGAGGGA 1497
Query 1500 TAAATCTGGCAAGCCTGCTTTGGATAAGGAAGGGAAGCTTCAGATTCTAACCTCTCACAC 1559
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 TAAATCTGGGAAGCCTGCTTTGGATAAGGAAGGGAAGCTTCAGATTCTAACCTCTCACAC 1557
Query 1560 ACTCAAGCCAGTGCCAATTGCTATTGGAGGTCCTGGTTTGGCTCAAGGAGTGAGATTCCG 1619
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||
Sbjct 1558 ACTCAAGCCAGTGCCGATTGCTATTGGAGGTCCTGGCTTGTCTAAAGGAGTGAGATTCCG 1617
Query 1620 TAAAGATCTGGAAACACCGGGGCTTGCAAATGTAGCTGCAACAGTGATGAACCTCCATGG 1679
||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 TAAAGATTTGGAAACACCAGGGCTTGCAAATGTAGCTGCAACAGTGATGAACCTCCATGG 1677
Query 1680 ATTTGTGGCTCCCTCTGACTATGAGCCCACCCTGATTGAAGTAGTGGAGTAGAAGAATTG 1739
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 ATTTGTGGCTCCCTCTGACTATGAGCCCACCCTAATTGAAGTAGTGGAGTAGAAGAATTG 1737
Query 1740 AGAGCCTTATCAGTTTTTGAAGAGAGGGCTGAAACTCTCTAGTTATCTTTTGTTGCTTT 1798
||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1738 AGAGCCTAATCAGTTTTT-AAGAGAGGGCTGAAACTCTCTAGTTATCTTTTGTTGCTTT 1795
> Ahg478159 jgi|Araly1|478159|fgenesh2_kg.3__860__AT3G08590.2
Length=2004
Score = 1500 bits (812), Expect = 0.0
Identities = 1378/1652 (83%), Gaps = 36/1652 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 88 GACCACCCCAAGCTCCCCAAGGGTAAGACCATCGCCGTAATCG-TCTTAGATGGTTGGGG 146
|||||||||||||| ||||| || || ||||||| |||| | |||| ||||| |||||
Sbjct 209 GACCACCCCAAGCTTCCCAAAGGCAAAACCATCGGTTTAATTGTTCTT-GATGGATGGGG 267
Query 147 TGAATCTGCCCCTGATCAGTACAACTGTATCCACAACGCTCCAACTCCAGCCATGGATTC 206
|||||||| |||||||| ||||| || ||||| || ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 268 TGAATCTGATCCTGATCAATACAATTGCATCCATAAAGCTCCAACTCCTGCCATGGATTC 327
Query 207 TCTTAAACATGG-AGCTCCTGATACTTGGACTTTGATCAAAGCTCACGGTACTGCTGTAG 265
|||||| | || || || || || |||| |||||||||| ||||||||||| || |
Sbjct 328 CCTTAAAAACGGAAG-ACCCGACACATGGAGGCTGATCAAAGCCCACGGTACTGCCGTTG 386
Query 266 GACTTCCTAGTGAAGATGATATGGGAAACAGTGAGGTTGGTCATAATGCTCTTGGTGCTG 325
| || || || ||||| || |||||||||||||| ||||| || |||||||| || ||||
Sbjct 387 GCCTCCCCAGCGAAGACGACATGGGAAACAGTGAAGTTGGCCACAATGCTCTCGGAGCTG 446
Query 326 GTCGTATCTT-TGCTCAAGGTGCTAAGCTTTG-TGACCAAGCTCTTGCTTCTGGCAAAAT 383
|||| || || |||||||||||||||| ||| ||| | |||||||||||||| |||||
Sbjct 447 GTCGAAT-TTACGCTCAAGGTGCTAAGC-TTGTTGATCTCGCTCTTGCTTCTGGGAAAAT 504
Query 384 CTTTGAAGGTGAAGGTTTTAAATACGTTTCTGAATCTTTCGAG-ACGAATACTTTGCATC 442
|| ||||| |||||| || |||||| | ||| ||||||| ||| | | ||| |||| |
Sbjct 505 CTATGAAGATGAAGGCTTCAAATACATCTCTCAATCTTTTGAGAAAG-GCACTGTGCACC 563
Query 443 TTGTTGGACTTCTCAGTGACGGTGGAGTTCACTCTCGTCTCGATCAACTACAGTTGTTGA 502
|| |||| ||||| || || |||||||||||||||||||| |||||| | |||||| ||
Sbjct 564 TTATTGGTCTTCTAAGCGATGGTGGAGTTCACTCTCGTCTGGATCAAGTCCAGTTGCTGC 623
Query 503 TTAAAGGATCTGCTGAACGTGGTGCTAAGAGAATCAGAGTCCATATTCTTACTGATGGTC 562
|||| || | ||| ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |
Sbjct 624 TTAAGGGTTTTGCAGAACGAGGTGCTAAGAGAATCCGCGTCCATATTCTTACTGATGGGC 683
Query 563 GTGATGTTTTGGATGGTTCTAGTGTTGGATTTGTGGAAACCCTTGAAGCCGACCTCGTTG 622
||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||
Sbjct 684 GTGATGTTTTGGATGGTTCTAGTGTCGGATTTGTTGAAACTCTTGAAGCTGACCTCGCTG 743
Query 623 CATTACGTGAGAATGGTGTGGATGCTCAGATTGCATCTGGTGGAGGACGTATGTATGTGA 682
| || ||| ||| ||||| || |||||| ||||||||||||| || ||||||||||| |
Sbjct 744 CTTTGCGTTCGAAAGGTGTTGACGCTCAGGTTGCATCTGGTGGTGGTCGTATGTATGTCA 803
Query 683 CTTTGGACCGATATGAGAATGATTGGGA-AGTTGTTAAAAGAGGTTGGGATGCTCAAGTT 741
| ||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 804 CAATGGACCGTTATGAGAATGATT-GGAGTGTTGTTAAACGAGGTTGGGATGCACAAGTA 862
Query 742 CTTGGAGAAGCTCCTCACAAATTCAAAAACGCTGTTGAAGCTGTGAAGACTTTGAGGAAA 801
|||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||| || ||||| |||||
Sbjct 863 CTTGGAGAAGCTCCCCACAAATTCAAAAGTGCTCTTGAAGCAGTTAAGACACTGAGGGCC 922
Query 802 GAGCCTGGTGCTAATGACCAGTATTTGCCCCCGTTTGTGATTGTTGATGAATCAG-GGAA 860
|| |||||||| |||||||||||||| || || ||||| |||||||||| || || ||||
Sbjct 923 GAACCTGGTGCCAATGACCAGTATTTACCTCCTTTTGTTATTGTTGATG-AT-AGTGGAA 980
Query 861 A-GCAGTTGGTCCGATTGTGGACGGTGATGCTGTTGTTACCTTCAACTTCAGGGCTGATC 919
| || || ||||| ||||| || ||||| || ||||| || ||||| ||| | |||||||
Sbjct 981 AGGCTGTGGGTCCAATTGTTGATGGTGACGCAGTTGTGACATTCAATTTCCGTGCTGATC 1040
Query 920 GTATGGTTATGCATGCTAAGGCACTTGAGTACGAAGATTTTGACAAATTTGA-C-CGTGT 977
| ||||| |||||||| ||||| ||||| || |||||||| || || ||||| | |||
Sbjct 1041 GAATGGTCATGCATGCAAAGGCCCTTGAATATGAAGATTTCGATAAGTTTGATCGCGTAC 1100
Query 978 GAGGTACCCAAAGATTCGTTATGCTGGTATGCTTCAGTATGATGGAGAGCTTAAGCTACC 1037
|| || ||| ||||| |||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1101 GA-GT-CCCTAAGATACGTTATGCAGGAATGCTCCAATATGATGGAGAGCTTAAGCTTCC 1158
Query 1038 AAGCCGTTACCTTGTTTCTCCC-CCGGAGATTGATAGAACATCTGGTGAATATTTGACTC 1096
||||| || |||||||| ||| || |||||||||||| |||||||||||| || | |
Sbjct 1159 TAGCCGCTATCTTGTTTC-CCCACCATTGATTGATAGAACTTCTGGTGAATATCTGGCAC 1217
Query 1097 ACAATGGCG-TCAGTACTTTTGCTTGCAGTGAGACCGTCAAGTTTGGGCATGTCACCTTC 1155
||||||||| || |||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1218 ACAATGGCGTTC-GTACTTTTGCTTGCAGTGAGACTGTAAAGTTTGGCCATGTAACCTTC 1276
Query 1156 TTCTGGAATGGAAATCGATCTGGATATTTCAACGAGAAA-TTGGAGGAGTATGTTGAAAT 1214
|| |||||||| || || |||||||||||||| || ||| || || ||||||||||| ||
Sbjct 1277 TTTTGGAATGGCAACCGCTCTGGATATTTCAATGA-AAAGTTAGAAGAGTATGTTGAGAT 1335
Query 1215 CCCAAGTGACAGTGGAATATCATTCAATGTCCAGCCAAAGATGAAAGCTCTGGAAATTGG 1274
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1336 TCCAAGTGATAGTGGAATATCATTCAATGTCCAGCCAAAGATGAAAGCTCTGGAAATTGC 1395
Query 1275 TGAGAAGGCAAGGGATGCAATCCTTAGTGGCAAGTTTGATCAGGTGCGAGTTAACATTCC 1334
|||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || ||| | ||
Sbjct 1396 CGAGAAGGCTAGGGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGGTGCGTGTCAACCTGCC 1455
Query 1335 AAATGGAGATATGGTGGGTCATACAGGTGATATTGAAGCCACGGTTGTTGCATGCGAGGC 1394
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| || || ||
Sbjct 1456 AAATGGAGATATGGTGGGTCATACTGGTGATATTGAAGCAACTGTTGTTGCCTGTGAAGC 1515
Query 1395 TGCTGATCTTGCTGTGAAGATGATTTTTGATGCAATCGAACAAGT-GAAAGGAATTTATG 1453
|||||||| |||||||| || || ||||||| || ||||| || | | ||| | || |
Sbjct 1516 TGCTGATCGTGCTGTGAGGACAATCCTTGATGCCATAGAACAGGTAGGAGGGA-TATACG 1574
Query 1454 TTGTGACTGCTGATCACGGAAACGCAGAGGACATGGTGAAGAGGGATAAATCTGGCAAGC 1513
|||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| || ||||| ||||| |||||||
Sbjct 1575 TTGTGACTGCAGATCACGGAAATGCCGAGGACATGGTTAAAAGGGACAAATCCGGCAAGC 1634
Query 1514 CTGCTTTGGATAAGGAAGGGAAGCTTCAGATTCTAACCTCTCACACACTCAAGCCAGTGC 1573
| ||| | |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || || |||||||
Sbjct 1635 CAGCTCTCGATAAGGAAGGGAACCTTCAGATTCTCACCTCTCACACCCTTAAACCAGTGC 1694
Query 1574 CAATTGCTATTGGAGGTCCTGGTTTGGCT-CAAGGAGTGAGATTCCGTAAAG-ATCTGGA 1631
||||||| || ||||||||||| ||| | || ||||| || ||| | | || || | ||
Sbjct 1695 CAATTGCCATAGGAGGTCCTGGCTTGTCAGCA-GGAGTTAGGTTCAG-ACAGGATATCGA 1752
Query 1632 AACACCGGGGCTTGCAAATGTAGCTGCAACAGTGATGAACCTCCATGGATTTGTGGCTCC 1691
||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||
Sbjct 1753 GACACCTGGGCTTGCGAATGTAGCTGCGACAGTGATGAACCTCCATGGCTTTGTAGC-CC 1811
Query 1692 CT--CTGACTATGAGCCCACCCTGATTGAAGT 1721
| | || |||||| | | |||||||||||
Sbjct 1812 CGGAC-GATTATGAGACAAGTCTGATTGAAGT 1842
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 71800111825
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5