BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G09890.1
Length=1899
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg334271 jgi|Araly1|334271|fgenesh1_pg.C_scaffold_1000836 3097 0.0
> Ahg334271 jgi|Araly1|334271|fgenesh1_pg.C_scaffold_1000836
Length=1902
Score = 3097 bits (1677), Expect = 0.0
Identities = 1826/1900 (96%), Gaps = 2/1900 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCGTATGTTAAGTTGCAGTTGCATGATAAGGGCAATCATGTGGTGATGGATAATGGCATT 60
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 4 TCGTCTGTTAAGTTGCAGTTGCATGATAAGGGCAATCATGTGGTGCTGGATAATGGCATT 63
Query 61 GCACGGGTTACATTATCTAAGCCTGATGGAATTGTTACCGGAATCGAGTATAATGGCATC 120
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 64 GCACGGGTTACGTTATCTAAGCCTGATGGAATTGTTACCGGAATCGAGTATAATGGCATC 123
Query 121 GATAACTTGCTCGAGGTTCTTAATGAAGAAGTCAACAGAGGGTATTGGGATCTCGTTTGG 180
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 124 GATAACTTGCTCGAGGTTCTTAATGAAGAAGTCAACAGAGGGTATTGGGACCTCGTTTGG 183
Query 181 GGAGGATCAGGAACAGCTGGCGGCTTTGATGTAATCAAAGGATCAAACTTTGAGGTCATA 240
|||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||
Sbjct 184 GGAGGATCAGGAACTGCTGGTGGATTTGATGTAATCAAAGGAACAAACTTTGAGGTAATA 243
Query 241 GTGAAGAATGAAGAACAGATTGAGCTTTCTTTCACAAGAAAATGGGATCCATCACAAGAA 300
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 244 ATGAAGAATGAAGAACAGATTGAGCTTTCTTTCACAAGAAAATGGGATCCATCACAAGAA 303
Query 301 GGCAAAGCAGTCCCTCTCAATATTGACAAAAGATTTGTTATGCTTAGTGGATCGTCGGGA 360
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 304 GGCAAAGCAGTCCCTCTGAATATTGACAAAAGATTTGTTATGCTTCGTGGATCGTCGGGA 363
Query 361 TTCTACACTTACGCTATCTACGAGCATTTAAAAGAATGGCCTGCTTTCTCACTTGCTGAA 420
|||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 364 TTCTACACTTACGCCATCTACGAGCACTTAAAGGAATGGCCTGCTTTCTCACTTGCCGAA 423
Query 421 ACCCGAATTGCCTTCAAGCTCAGAAAAGAGAAGTTTCATTACATGGCAGTAACGGATGAT 480
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 424 ACCCGAATTGCCTTCAAACTCAGAAAAGAGAAGTTTCATTACATGGCAGTAACGGATGAT 483
Query 481 AGGCAGAGATTCATGCCATTGCCTGATGACCGGTTACCGGACAGAGGCCAAGCTCTGGCT 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 484 AGGCAGAGATTCATGCCATTGCCTGATGACCGGTTACCGGACAGAGGCCAAGCTCTGGCT 543
Query 541 TACCCTGAAGCTGTTCTACTTGTTAATCCTTTAGAGTCTCAGTTCAAAGGAGAGGTTGAC 600
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 544 TACCCTGAAGCTGTTCTACTTGTTAATCCTGTAGAGCCTCAGTTCAAAGGAGAGGTTGAC 603
Query 601 GATAAGTACCAATATTCGTGTGAAAACAAAGACATTACTGTCCACGGATGGATATGCACA 660
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 604 GATAAGTACCAATATTCGTGTGAGAACAAAGACATTACTGTCCATGGATGGATATGCACA 663
Query 661 GAGCAGCCATCGGTTGGTTTCTGGCTCATAACTCCTAGCCATGAGTATCGAACCGGTGGA 720
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 664 GAGCAGCCATCAGTTGGTTTCTGGCTCATAACTCCTAGCCATGAGTATCGAACCGGTGGA 723
Query 721 CCTCAAAAACAGAACTTGACATCTCATGTTGGACCCACAGCTCTTGCTGTATTTATTAGT 780
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 724 CCCCAAAAACAGAACTTGACATCTCACGTTGGACCGACAGCTCTTGCTGTATTTATGAGT 783
Query 781 GCACACTACACAGGGGAAGATCTAGTGCCAAAGTTTAGTGAAGGAGAGGCATGGAAGAAG 840
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 784 GCACACTACACAGGGGAAGATCTAGTGCCCAAGTTTAGTGAAGGAGAGGCATGGAAGAAA 843
Query 841 GTGTTTGGACCTGTTTTCGTCTATTTAAACTCGTCTACTGATGATGATAATGACCCTCTT 900
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 844 GTGTTTGGACCGGTTTTCGTCTATTTAAACTCGTCTACTGATGATGATAATGACCCTCTT 903
Query 901 TGGCTGTGGCAAGATGCTAAATCTCAGATGAATGTGGAAGCAGAGAGCTGGCCTTACAGT 960
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 904 TGGCTCTGGCAAGATGCTAAATCTCAGATGAATGTGGAAGCAGAGAGCTGGCCTTACAGT 963
Query 961 TTTCCAGCTTCGGATGATTATGTGAAAACAGAACAACGTGGTAATGTTGTTGGCAGACTC 1020
||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 964 TTTCCAGCTTCGGATGATTATGTGAAAGCAGAGCAACGTGGTAATGTTGTTGGTAGACTC 1023
Query 1021 CTCGTTCAAGACAGGTATGTAGATAAAGATTTCATTGCAGCCAATAGAGGTTATGTTGGT 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1024 CTCGTTCAAGACAGGTATGTAGATAAAGATTTCATTGCAGCCAATAGAGGTTATGTTGGT 1083
Query 1081 TTGGCTGTGCCTGGAGCTGCTGGTTCATGGCAAAGAGAATGCAAGGAGTATCAATTTTGG 1140
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1084 TTGGCTGTGCCTGGAGCTGCTGGCTCATGGCAAAGAGAATGCAAGGAGTATCAATTTTGG 1143
Query 1141 ACAAGAACAGATGAAGAAGGAtttttttACATTAGTGGTATAAGGCCAGGCCAGTATAAT 1200
||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| |||||||||| || |||
Sbjct 1144 ACAAGAACAGATGAAGAAGGATTCTTTTACATAAGTGGAATACGGCCAGGCCAATACAAT 1203
Query 1201 CTCTATGCATGGATTCCTGGTTTTATTGGTGATTATAAGTACGATGATGTTATCA-CAAT 1259
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||| | |||| || |
Sbjct 1204 CTCTATGCATGGATTCCTGGTTTTATTGGCGACTATAAGTATGATGATATAATCATCA-T 1262
Query 1260 CACCTCAGGATGTTATATATATGTGGAAGATCTTGTTTATCAACCTCCAAGAAATGGAGC 1319
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1263 CACCTCAGGTTGTTATATATATGTGGAAGATCTTGTATATCAACCTCCAAGAAATGGAGC 1322
Query 1320 AACATTATGGGAAATTGGTTTTCCAGATCGATCTGCTGCAGAGTTTTATGTTCCCGATCC 1379
||| |||||||| || || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||
Sbjct 1323 AACGTTATGGGAGATAGGCTTTCCAGATCGATCTGCCGCGGAGTTTTATGTTCCCAATCC 1382
Query 1380 TAATCCAAAATATATCAACAACCTTTATCAAAATCACCCTGACAGATTCCGGCAATATGG 1439
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1383 GAATCCAAAATATATCAACAAACTTTATCAAAATCACCCTGACAGATTCCGACAATATGG 1442
Query 1440 TTTATGGGAAAGATATGCAGAACTTTATCCGGATAAAGACTTGGTATATGTAGTTGGCTC 1499
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1443 CTTATGGGAAAGATATGCAGAACTTTATCCAGATAAAGACTTGGTATACGTAGTTGGCTC 1502
Query 1500 TAGCGACTATAGAAAAGACTGGTTTTACGCTCAAGTCACTAGAAAAAAGGATAACAAAAC 1559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1503 TAGCGACTATAGAAAAGACTGGTTTTACGCTCAAGTCACTAGAAAAAAGGATAGCAAAAC 1562
Query 1560 ATATCAAGGAACAACATGGCAAATCAAATTCGAACTCAAAAACATTGATAAGAATCACTC 1619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1563 ATATCAAGGAACAACATGGCAAATCAAATTCGAACTCAAAAACATTGATAAGAATCACTC 1622
Query 1620 CTATACTTTACGAGTAGCCATAGCATCCGCTACTTTTTCTGAACTCCAAATACGTGTGAA 1679
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1623 CTATACTTTACGTGTAGCCATCGCATCCGCTACTTTTTCCGAACTCCAAATACGTGTGAA 1682
Query 1680 CAATGCGAATGCAAGCCCGATGTTCACGAGCGGATTGATCGGGAGAGACAACTCGATAGC 1739
| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1683 CGATGCGAATGCAAGCCCGTTGTTCACGAGCGGATTGATCGGGAGAGATAACTCGATAGC 1742
Query 1740 GAGACATGGAATACATGGATTGTACTGGTTGTTCAATGTGGAAGTGGCTGGTTCTAAGCT 1799
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1743 GAGACATGGAATACATGGATTGTACTGGTTGTTCAATGTGGAAGTGGCTGGATCTAAGCT 1802
Query 1800 TCTAGAAGGCGAGAATACATTGTTTCTCACACAGCCAAGGTCCACAAGTCCTTTCCAAGG 1859
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1803 TGTAGAAGGCGAGAATACATTGTTTCTCACACAGCCAAGGTTAACAAGTCCTTTCCAAGG 1862
Query 1860 GATCATGTATGATTACATCAGATTCGAAGCTCCCAGCTAA 1899
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1863 GATCATGTATGATTACATCCGATTCGAAGCTCCCAGCTAA 1902
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 71343028885
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5