BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G09910.1
Length=2234
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg919754 jgi|Araly1|919754|scaffold_101035.1 3417 0.0
> Ahg919754 jgi|Araly1|919754|scaffold_101035.1
Length=2069
Score = 3417 bits (1850), Expect = 0.0
Identities = 1997/2070 (96%), Gaps = 2/2070 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 71 ATCACTTGGGTCGAA-TACTGATGAAGAAACTGGCTGATCGGCTCCTTCATCGTTTTACT 129
||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 1 ATCGCTTGGGTC-AAGTACTGATGAAGAAACTGGCTGGTCGGCTCCTTCATCGTTTCACT 59
Query 130 AATCATGAAACCGCTTTAAACGCCGGCCACCACTGCTCAGAGGGGACAGATCAAGGTACA 189
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 60 AATCATGAAACCGCTTTCAACGCCGGCCACCACTGCTCACAAGGGACAGATCAAGGTACA 119
Query 190 AGTGGTCTTAGTCATAGGAAGGATCACAGGATGTCCTCTCATGGTGTCCACCTGCATGTC 249
|||||||||||| |||| ||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||| ||
Sbjct 120 AGTGGTCTTAGTAATAGAAAGGATCTCAATATGCCCTCTCAAGGTGTCCACCTGCATATC 179
Query 250 CATGATCGATATGTTGTGATGGACAATGGGATCCTCCAAGTTACACTGTCAAAGCCAGGT 309
||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 CATGACCGATATGTTGTGATGGACAATGGAATCCTCCAAGTTACACTGTCAAAGCCAGGG 239
Query 310 GGAATTATCACTGGGATAGAGTATAACGGTATTGACAATGTGCTCGAAGTTCGTAACAAG 369
|| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 GGTATTATCACTGGGATAAAGTATAACGGTATCGACAATGTGCTCGAAGTTCGTAACAAG 299
Query 370 GAGACTAACAGAGGGTACTGGGACCTGCACTGGAATGAACCTGGAGGCAAGGGAATATTT 429
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GAGACTAACAGAGGGTACTGGGACCTGCACTGGAATGAACCTGGAGGCAAGGGAATATTT 359
Query 430 GATGTCATCAGTGGAGTGACTTTCAGGGTCATAGTCGAGACCGAAGAACAGGTTGAGATC 489
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 360 GATGTCATCAGTGGAGTGACTTTCAGGGTCATAGTCGAGACTGAAGAACAGGTTGAGATC 419
Query 490 TCATTTCTAAGAACATGGGATCCATCCCTTGAGGGCAAGTACATTCCCTTGAATATCGAT 549
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TCATTTCTAAGAACATGGGATCCATCCCTTGAGGGCAAGTACATTCCCTTGAATATCGAT 479
Query 550 AAAAGGTTTATAATGCTCCGTGGCTCTTCTGGAGTGTACTCATACGGCATTTATGAACAT 609
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 AAAAGGTTTATAATGCTCCGTGGCTCTTCTGGAGTGTACTCATACGGCATTTATGAACAC 539
Query 610 CTTAAGGATTGGCCTGGCTTTGAACTTGGAGAAACTAGAATTGCCTTCAAGCTCAGAAAA 669
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 540 CTTAAGGATTGGCCTGGCTTTGAACTTGGAGAAACAAGAATTGCGTTCAAGCTCAGAAAA 599
Query 670 GACAAATTCCATTACATGGCTGTGGCAGATGACAGAAAAAGGATAATGCCTTTTCCAGAT 729
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 GACAAATTCCATTACATGGCTGTGGCAGATGACAGAAAAAGGATAATGCCTTTTCCAGAT 659
Query 730 GATCTATGCAAAGGAAGATGCCAAACTCTAGATTACCAGGAAGCTTCTCTGCTCACTGCT 789
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 660 GATCTATGCAAAGGAAGATGCCAAACTCTAGATTACCAGGAAGCTTCTCTACTCACTGCT 719
Query 790 CCTTGTGATCCACGCCTACAAGGCGAAGTAGATGATAAATACCAATATTCGTGTGAGAAT 849
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 720 CCATGTGATCCACGCCTGCAAGGCGAAGTAGATGACAAATACCAATACTCGTGTGAGAAT 779
Query 850 AAGGATCTGAGAGTACATGGATGGATATCCTTCGATCCACCAGTAGGATTTTGGCAAATT 909
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 780 AAGGATCTGAGAGTACATGGATGGATATCCTTCGATCCACCTGTAGGATTCTGGCAAATT 839
Query 910 ACGCCCAGTAATGAGTTCCGCTCAGGCGGACCACTCAAACAAAACCTGACTTCACATGTT 969
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 840 ACGCCCAGTAATGAGTTCCGCTCTGGTGGACCACTCAAACAAAACCTCACTTCACATGTT 899
Query 970 GGCCCAACCACTCTTGCAGTGTTTCACAGTACTCATTATGCTGGAAAAACCATGATGCCT 1029
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 900 GGCCCAACCACTCTTGCAGTGTTTCACAGTACTCATTATGCCGGAAAAACCATGATGCCT 959
Query 1030 CGTTTTGAACACGGTGAGCCTTGGAAGAAAGTCTATGGCCCTGTTTTCATTTACCTAAAT 1089
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 CGCTTTGAACACGGTGAGCCTTGGAAGAAAGTCTATGGCCCTGTTTTCATTTACCTAAAT 1019
Query 1090 TCCACAGCCAATGGAGATGATCCACTTTGCTTATGGGACGATGCTAAGATAAAGATGATG 1149
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 TCAACAGCCAATGGAGATGATCCACTTTGCTTATGGGACGATGCTAAGATAAAGATGATG 1079
Query 1150 GCTGAGGTTGAAAGGTGGCCTTATAGCTTTGTGGCATCTGACGACTATCCAAAGTCTGAA 1209
||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1080 GCTGAAGTTGAAAGTTGGCCTTATAGCTTTGTGGCATCTGACGACTTTCCAAAGTCTGAA 1139
Query 1210 GAACGTGGCACAGCCCGTGGTAGATTACTTATCCGTGACAGGTTCATAAACAATGATTTG 1269
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||
Sbjct 1140 GAACGTGGCACAGCCCGTGGTAGATTACTTATCCGCGACAGGTTCATAAGCAGTGATTTG 1199
Query 1270 ATTTCAGCAAGAGGTGCTTATGTTGGTTTGGCTCCGCCTGGTGATTCTGGTTCTTGGCAA 1329
||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 ATTTCAGCAGGAGGTGCTTATGTGGGTTTGGCTCCACCTGGTGATTCTGGTTCTTGGCAA 1259
Query 1330 ATTGAATGCAAGGGATACCAATTTTGGGCTATTGCGGATGAGGCTGGCTATTTCTCGATA 1389
||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1260 ATTGAATGCAAGGGATACCAATTTTGGGCGATAGCGGATGAGGCTGGCTATTTCTCAATA 1319
Query 1390 GGGAACGTGCGTCCTGGCGAGTATAATCTCTATGCTTGGGTCCCCAGTTTCATTGGAGAT 1449
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1320 GGGAACGTACGTCCTGGCGAGTATAATCTCTATGCTTGGGTCCCCGGTTTCATTGGAGAT 1379
Query 1450 TATCACAACGGCACAATTGTTAGAGTGACTTCAGGTTGCATGATTGAGATGGGTGATATC 1509
|||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 TATCACAACGTAACAATTGTTACAGTGACTTCAGGGTGCATGATTGAGATGGGTGATATC 1439
Query 1510 GTTTATGAACCTCCAAGAGATGGACCTACATTATGGGAAATCGGTATCCCTGACCGAAAA 1569
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 GTTTATGAACCTCCAAGAGATGGACCTACACTATGGGAAATCGGTATCCCTGACCGAAAA 1499
Query 1570 GCTTCTGAGTTCTTTATCCCAGATCCTGATCCCACTCTTGTAAACAGGGTGTTAGTCCAT 1629
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 GCTTCTGAGTTCTTTATCCCAGATCCTGATCTCACTCTTGTAAACAGGGTGTTAGTCCAT 1559
Query 1630 CACCAAGACAGGTTCAGGCAATATGGGTTATGGAAGAAATACACAGATATGTATCCAAAT 1689
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 1560 GACCAAGACAGGTTCAGGCAATATGGGTTATGGAAGAGATACACAGATTTGTATCCAAAT 1619
Query 1690 GATGACCTTGTTTACACTGTCGGTGTGAGTGATTACCGCAGAGACTGGTTCTTTGCTCAT 1749
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 GATGACCTTGTTTACACTGTCGGTGTAAGCGATTACCGCAGAGACTGGTTCTTTGCTCAT 1679
Query 1750 GTTCCCAGGAAGAAAGGAGATGTGCATGAAGGAACAACTTGGCAGATTATATTTAATCTT 1809
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1680 GTTCCCAGGAAGAAAGGAGATGTGCATGAAGGAACAACTTGGCAGATTAGGTTTAATCTT 1739
Query 1810 GAAAACATCGATCAAAAGGCCAATTACAAACTGCGAGTCGCCATAGCATCTGCAACCTTA 1869
|||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 GAAAACATTGATCAAAAGGCAAATTACAAACTGCAAGTCGCCATAGCATCTGCAACCTTA 1799
Query 1870 GCCGAGTTGCAGATTCGAATCAATGATGCGGAAGCAATCCGCCCTCTCTTCACAACCGGA 1929
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 GCCGAGTTGCAGATTCGAGTCAATAATGCGGAAGCAATCCGCCCTCTCTTCACAACCGGA 1859
Query 1930 CTCATTGGGAGAGACAACTCAATAGCGAGGCACGGGATCCACGGGGTTTACATGCTGTAT 1989
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 CTCATTGGGAGAGACAACTCAATAGCGAGGCACGGGATCCACGGGGTTTACATGCTGTAT 1919
Query 1990 GCGGTGAACATACCGGGTAACCGGCTTGTGCAAGGTGATAATACTATATTCCTGAAACAG 2049
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1920 GCGGTGAACATACCGGGTAACCGGCTTGTACAAGGTGATAACACTATATTCCTGAAACAG 1979
Query 2050 CCAAGATGCAATGGTCCCTTTCAAGGGATAATGTATGACTACATTCGTCTTGAAGGCCCT 2109
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 CCAAGATGCAATGGTCCCTTTCAAGGGATAATGTATGACTACATTCGTCTTGAAGGCCCT 2039
Query 2110 CCTTCTTAGCTTAGAATGATATGTGATATC 2139
||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 CCTTCTTAGCTTAGAATGATATGTGATATC 2069
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 84103260960
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5