BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G09930.1
Length=2205
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg334275 jgi|Araly1|334275|fgenesh1_pg.C_scaffold_1000840 3640 0.0
Ahg938157 jgi|Araly1|938157|scaffold_502348.1 211 2e-53
> Ahg334275 jgi|Araly1|334275|fgenesh1_pg.C_scaffold_1000840
Length=2205
Score = 3640 bits (1971), Expect = 0.0
Identities = 2128/2206 (96%), Gaps = 2/2206 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCTGCGATTGAATTACACAAGCCGGAGATCAACGCCGATGACGACGATGACGAATCC 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1 ATGGCTGCGATTGAATTACACAAGCCGGAGATCAACGCCGATGACGACGAAGACGAATCT 60
Query 61 CCGGTGGAGCAGGTTCGTCTCACTGTATCGAACCACGACGATCCTTCTCTACCAGTGTGG 120
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 61 CCGGTGGAGGAGGTTCGTCTCACTGTATCGAACCACGACGATCCTTCTTTACCCGTGTGG 120
Query 121 ACGTTTCGGATGTGGTTTTTAGGGCTTCTCTCTTGTATTCTCCTCTCGTTTCTCAACACT 180
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 ACATTTCGGATGTGGTTTTTAGGGCTTCTCTCTTGTATTCTCCTCTCGTTTCTCAACACT 180
Query 181 TTCTTCGGATACAGAACTCAGCCTCTGATGATCACTATGATCTCTGTTCAAGTTGTTACG 240
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 181 TTCTTCGGATACAGAACTCAGCCACTGATGATCACTATGATCTCTGTTCAAGTGGTTACG 240
Query 241 TTGCCTTTAGGGAAGCTTATGGCTAGGGTTTTGCCTGAGACCAAGTATAAGATTGGTTCG 300
|||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 241 TTGCCTTTAGGGAAGCTTATGGCTCGTGTTTTGCCTGAGACTAAGTATAAGATTGGTTCG 300
Query 301 TGGGAGTTTTCTTTTAATCCGGGTCCCTTTAACGTCAAGGAACATGTGTTGATCTCTATG 360
||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TGGGAGTTTTCGTTTAATCCTGGTCCCTTCAACGTCAAGGAACATGTGTTGATCTCTATG 360
Query 361 TTTGCTAATGCTGGTGCTGGATTTGGATCTGGTACTGCTTACGCTGTTGGTATTGTTGAT 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 361 TTTGCTAATGCTGGTGCTGGATTTGGATCTGGTACTGCTTATGCTGTTGGGATTGTTGAT 420
Query 421 ATCATCATGGCTTTTTATAAAAGGAAGATTAGTTTCTTGGCTAGTTGGATTCTTGTCATC 480
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 ATCATCATGGCTTTTTATAAGAGGAAGATTAGTTTCTTGGCTAGTTGGATTCTTGTCATC 480
Query 481 ACTACTCAGATTCTTGGGTATGGTTGGGCTGGTATCATGAGAAAGTTAGTTGTTGATCCT 540
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 481 ACTACTCAGATTCTTGGGTATGGTTGGGCTGGTATCATGAGAAAGTTAGTGGTTGATCCT 540
Query 541 GCACAGATGTGGTGGCCTACGAGTGTTCTTCAAGTCTCTCTGTTTCGTGCTCTTCATGAG 600
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GCACAGATGTGGTGGCCAACGAGTGTTCTTCAAGTCTCTCTGTTTCGTGCTCTTCATGAG 600
Query 601 AAGGACAATGCAAGAATGTC-ACGAGGAAAGTTCTTTGTGATTGCGTTTGTTTGTAGCTT 659
|||||| |||| |||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 AAGGACCATGCGAGAATGTCGA-GAGGGAAGTTCTTTGTGATTGCGTTTGTTTGTAGCTT 659
Query 660 CGCGTGGTACATATTCCCAGCTTATTTGTTCTTGACCTTATCATCAATATCTTGGGTTTG 719
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 660 CGCGTGGTACATATTCCCGGCTTACTTGTTCTTGACCTTGTCATCAATATCTTGGGTTTG 719
Query 720 TTGGGCATTCCCGAAGTCTATCACAGCTCAGCAGTTAGGATCTGGAATGTCAGGACTTGG 779
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TTGGGCATTCCCTAAGTCTATCACAGCTCAGCAGTTAGGCTCTGGAATGTCAGGACTTGG 779
Query 780 GATTGGTGCATTTGCTCTTGATTGGTCTGTTATAGCTTCTTACCTTGGAAGCCCTCTTGT 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 780 GATTGGTGCATTTGCTCTTGATTGGTCTGTTATAGCTTCATACCTTGGAAGCCCTCTTGT 839
Query 840 GACTCCTTTCTTTGCAATTGTCAATGTCCTTGTTGGTTACGTTTTGGTCATGTATATGGT 899
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 840 GACTCCTTTCTTTGCAATTGTCAATGTCCTTGTTGGTTACGTTTTAGTCATGTATATGGT 899
Query 900 TATACCAATATCATATTGGGGCATGAATGTGTATGAAGCAAACAAGTTTCCAATTTTCTC 959
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 900 TATACCAATATCATATTGGGGCATGAATGTGTATGAAGCACACAAGTTTCCAATTTTCTC 959
Query 960 CTCTGATCTGTTTGATAAGCAAGGGCAACTTTACAATATCTCCACCATTGTCAACAACAA 1019
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 960 GTCTGATCTGTTTGATAAGCAAGGGCAGCTTTACAATATATCCACCATTGTCAACAATAA 1019
Query 1020 GTTTGAATTGGACATGGAGAATTATCAACAACAAGGTCGGGTTTATCTCAGTACGTTCTT 1079
||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1020 GTTCGAATTGGACATGGAGAGTTATCAACAAGAAGGTCGGGTTTATCTCAGCACGTTCTT 1079
Query 1080 TGCTATCAGTTACGGGATTGGTTTCGCAGCAATCGTTTCCACACTGACTCATGTTGCTCT 1139
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 CGCTATCAGTTACGGGATTGGTTTCGCAGCAATAGTTTCCACACTGACTCATGTTGCTCT 1139
Query 1140 CTTCAATGGAAAGGGAATTTGGCAACAAGTACGAGCTTCAACTAAAGCTAAAATGGACAT 1199
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||
Sbjct 1140 CTTCAATGGAAAGGGAATATGGCAACAAGTACGAGCTTCAACCAAAGCTAAAGTGGACAT 1199
Query 1200 ACACACAAGGTTGATGAAGAAGTACAAAGACATACCAGGTTGGTGGTTTTACAGTCTGCT 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||
Sbjct 1200 ACACACAAGGTTGATGAAGAAGTACAAAGACATACCAAGCTGGTGGTTTTACGGTCTGCT 1259
Query 1260 TGCGATCTCATTGGTGCTATCTCTTGTCCTCTGCATTTTCATGAAAGACGAGATCCAAAT 1319
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 TGCGATCTCATTGGTACTATCTCTTGTTCTCTGCATTTTCATGAAAGACGAGATCCAAAT 1319
Query 1320 GCCTTGGTGGGGACTCCTTCTAGCATCATTCATGGCCCTTACATTCACTGTACCAGTCAG 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||
Sbjct 1320 GCCTTGGTGGGGACTCCTTCTAGCATCATTCATGGCCGTTACCTTCACTGTACCAGTCAG 1379
Query 1380 CATTATCACAGCTACTACTAATCAGACTCCAGGTCTGAACATTATCACAGAATATCTCAT 1439
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 CATTATCACAGCTACTACTAATCAGACCCCAGGTCTTAACATTATCACAGAATATCTCAT 1439
Query 1440 GGGTGTGTTGTTACCGGGGAGACCAATAGCTAACGTCTGCTTCAAAACTTATGGGTACAT 1499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 1440 GGGTGTGTTGTTACCGGGGAGACCAATAGCTAACGTCTGTTTTAAAACTTATGGGTACAT 1499
Query 1500 AAGCATGTCACAAGCTATATCATTCCTTAACGACTTCAAGCTAGGCCATTACATGAAGAT 1559
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 AAGTATGTCACAAGCTATATCATTCCTTAACGACTTCAAGCTAGGCCATTACATGAAGAT 1559
Query 1560 ACCACCAAGATCGATGTTCTTAGTCCAGTTCATAGGAACGGTGATAGCAGGAACAGTGAA 1619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 ACCACCAAGATCGATGTTCTTAGTCCAGTTCATAGGAACGGTGATAGCAGGAACAGTGAA 1619
Query 1620 TATATCAGTGGCATGGTACTTGCTGACATCAGTAGAAAACATCTGCCAGAAGGAGTTGCT 1679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1620 TATATCAGTGGCATGGTACTTGCTGACATCAGTAGAAAACATCTGCCAGAAAGAGTTGCT 1679
Query 1680 TCCTCCAAACAGTCCATGGACATGTCCAAGTGACAGAGTTTTCTTCGACGCATCAGTGAT 1739
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 TCCTCCAAACAGTCCATGGACATGTCCAAGTGACAGAGTCTTCTTCGACGCATCAGTGAT 1739
Query 1740 TTGGGGATTAGTAGGACCCAAGAGAATCTTTGGTCGGCTAGGAAACTACCCTGCACTAAA 1799
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1740 TTGGGGATTAGTAGGACCCAAGAGAATCTTTGGTCGGCTAGGAAACTACCCTGCATTAAA 1799
Query 1800 CTGGTTCTTCTTAGGTGGACTAATAGGACCGGTCCTCGTGTGGCTTCTCCAAAAAGCCTT 1859
|||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 CTGGTTCTTCTTAGGTGGACTAATAGGACCTCTCTTAGTGTGGCTTCTCCAAAAAGCCTT 1859
Query 1860 CCCAACGAAAACATGGATCTCGCAGATCAATCTCCCAGTTCTTTTAGGAGCAACAGCAGC 1919
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1860 CCCAACGAAAACATGGATCTCGCAGATCAATCTGCCAGTTCTTTTAGGAGCAACAGCTGC 1919
Query 1920 AATGCCGCCAGCGACAAGCGTGAACTTCAACTGCTGGATCATAGTAGGAGTGATATTCAA 1979
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1920 AATGCCGCCAGCGACAAGCGTGAACTTCAACTGCTGGATCATAGTTGGAGTGATATTCAA 1979
Query 1980 TTACTTTGTGTTCAAGTACTGCAAAAAGTGGTGGCAGAGGTATAACTACGTGCTATCGGC 2039
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 TTACTTTGTGTTCAAGCACTGCAAAAAGTGGTGGCAGAGGTATAACTACGTGCTATCGGC 2039
Query 2040 AGCTTTGGATGCGGGATTGGCGTTCATGGGAGTGTTGTTATACTTTAGTTTGACGATGAA 2099
||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 AGCATTGGACGCGGGATTGGCGTTCATGGGAGTGCTGTTATACTTTAGTTTGACGATGAA 2099
Query 2100 TGGAATATCGATAAATCATTGGTGGGGTGCTAAGGGTGAGAATTGTCCTCTTGCTTCTTG 2159
||||| ||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 TGGAAAATCGATAGAGCATTGGTGGGGTGCTATGGGTGAGAATTGTCCTCTTGCTTCTTG 2159
Query 2160 TCCTACTGCTCCTGGTGTTCTAGTTGATGGTTGTCCTGTTTTTTAA 2205
|||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2160 TCCTACTGCTCCTGGTATTCAAGTTGAAGGTTGTCCTGTTTTTTAA 2205
> Ahg938157 jgi|Araly1|938157|scaffold_502348.1
Length=349
Score = 211 bits (114), Expect = 2e-53
Identities = 201/239 (84%), Gaps = 22/239 (9%)
Strand=Plus/Plus
Query 1567 AGATCGATGTTCTTAGTCCAGTTCATAGGAACGGTGATAGCAGGAACAGTGAATATATCA 1626
|||||||||||||||||| ||||||| | | ||| |||| ||||||| ||| ||
Sbjct 106 AGATCGATGTTCTTAGTCTAGTTCAT----A--G-GAT---AGGAGCAGTGAACATACCA 155
Query 1627 GTGGCATGGTACTTGCTGACATCAGTAGAAAACATCTGCCAGAAGGAGTTGCTTCCTCCA 1686
||| ||||||||||||| | || | ||||||||| ||||| || || ||| ||
Sbjct 156 GTGACATGGTACTTGCT----T-AG--G-AAACATCTGTCAGAA--AG--ACTACCTGCA 203
Query 1687 AACAGTCCATGGACATGTCCAAGTGACAGAGTTTTCTTCGACGCATCAGTGATTTGGGGA 1746
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 204 AACAGTCCATGGACATGTCCAAGTGACAGAGTTTCCTTTAACGCATCAGTGATTTGGGGA 263
Query 1747 TTAGTAGGACCCAAGAGAATCTTTGGTCGGCTAGGAAACTACCCTGCACTAAACTGGTT 1805
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||| ||||||||
Sbjct 264 TTAGTAGGACCCAAGAGAATCTTTGGTCGTCTAGGAAACTACTCTGTACTTAACTGGTT 322
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 82998643855
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5