BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G10050.1
Length=3230
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg471118 jgi|Araly1|471118|fgenesh2_kg.1__1072__AT1G10050.1 5075 0.0
> Ahg471118 jgi|Araly1|471118|fgenesh2_kg.1__1072__AT1G10050.1
Length=3207
Score = 5075 bits (2748), Expect = 0.0
Identities = 3059/3212 (95%), Gaps = 10/3212 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCGGATCTTAACATTGTAATGAACGGTGACTTCTTTGCTGGGATTGAACCTTGGTAT 60
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1 ATGGCGGATCCTAACATTGTAATGAACGGTGACTTCTCTGCTGGGATTGAATCTTGGTAT 60
Query 61 CCCAACGGATGTGAAGCTTTTGTAGTTTCCTCTGACCCATTTAGCTCAGAGGTAATGTCT 120
|||||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 61 CCCAACGGTTGCGAAGCATTCGTAGTTTCCTCTGACCCATTTAGCTCAGAGGCAATGTCT 120
Query 121 GCTGATTCCTCGAGCGGTGGTTATGTCGTTGTAACTAATAGGAAAGAAACTTGGCAAGGA 180
||||| ||||||||| |||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 121 GCTGAATCCTCGAGCTGTGGCTATGCCGTTGTAACTAATCGGAAAGAAACTTGGCAAGGC 180
Query 181 CTTGAACAAGATATTACAAC-CAGGGTTGCTTCTGGAATGAACTATACTGTATCAACTTG 239
||||||||||| |||||||| | | ||| || ||||||| ||||||||||||||| ||||
Sbjct 181 CTTGAACAAGACATTACAACTC-GAGTTTCTCCTGGAATCAACTATACTGTATCAGCTTG 239
Query 240 TGTTGGTGTGTCTGGTCCTTTCAATGAATCAGCTGAGGTTCTTTCTACTGTGAGGCTTGA 299
|||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 240 TGTTGGTGTGTCTGGTCCTTTCCATGAATCACCCGAGGTTCTTGCTACTGTGAGGCTCGA 299
Query 300 GCATGAAGACTCTCCTACCGAGTATTTGTGT-ATCGGAAAAACATATGCCTCGAGAGACA 358
|||| ||||||| |||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GCATCAAGACTCGCCTACCGAGTATCTGT-TCATCGGAAAAACATATGCCTCGAGAGACA 358
Query 359 AGTGGGTTGATCTGGAAGGAACGTTTTCGATATCAAATATGCCTGATCGTGTTGTTCTCT 418
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |
Sbjct 359 AGTGGGTTGATCTGGAAGGAACGTTTTCGATATCGAATATACCTGACCGTGTTGTTCTGT 418
Query 419 ATCTGGAAGGTCCCGCTCCAGGGAAAGATCTCCTTATACGCTCTGTTACCGTTAGATCCT 478
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 419 ATCTGGAAGGTCCAGCTCCAGGGAAAGATCTCCTTATACGCTCTGTAACAGTTAGATCCT 478
Query 479 CCACTTCTAGTGACTTCCAGGAAACCGaaa-aaaaCACTGACGCTTCCAATGTCTTCCCT 537
||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||| || ||||||| |||||| |||
Sbjct 479 CCACTTCTACTGACTTCCAGGAAA-CTAAAGAAAACAAAGAAGCTTCCAGTGTCTTTCCT 537
Query 538 CTTGCTTTGAATATCATTAAGAACCATGACTTCTCTGATGGGTTGTATTCTTGGAATACC 597
| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 538 CCTGCTTTTAATATCATTAAGAACCATGACTTCTCTGATGGGTTGTTTTCTTGGAATGCC 597
Query 598 AACGGTTGTGATTCATTTGTTGTTAGTAGCAACGACTGTAATTTGGAATCAAATGCGGTT 657
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||| |||
Sbjct 598 AACAGTTGTGATTCATTTGTTGTTAGTAGCAACGACTGTAACTTAGAATCATATGCAGTT 657
Query 658 GTTAATAACCGAAGTGAAACCTGGCAAGGACTGGAGCAAGATATCACAGACA-ACGTTTC 716
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 658 GTTAATAACCGAAGTGACACCTGGCAAGGACTGGAGCAAGATATCACAGACAGA-GTTTC 716
Query 717 TCCTGGTTTTTCATATAAAGTCTCTGCTAGTGTTAGTGTATCAGGACCTGTTTTAGGGTC 776
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 717 TCCTGGTTATTCATATAAAGTCTCTGCTAGTGTTAGTGTATCGGGACCTGTTTTCGGGTC 776
Query 777 GGCGCAGGTCTTGGCCACTTTGAAGTTAGAGCACAAAAGCTCAGCAACGGAATTTCAACT 836
| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 777 GACGCAGGTCTTGGCCACTTTGAAGTTAGAGCACGAAAGTTCAGCAACGGAATTTCAACT 836
Query 837 AATTGGAAAAACTTATGCTTCGAAAGATATTTGGAAAACTCTGGAAGGCACTTTTGAAGT 896
|||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 837 AATTGGAAAAACTTGTGCTTCAAAAGATATTTGGAAAACTCTGGAAGGCACTTTTGTAGT 896
Query 897 GTCAGGAAGACCTGACCGTGTTGTATTCTTCTTGGAAGGGCCACCTCCTGGAATTGACCT 956
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 GTCAAAAAGACCTGACCGTGTTGTATTCTTCTTGGAAGGGCCACCTCCTGGAATTGACCT 956
Query 957 TCTTGTAAAGTCCGTCACCATCCATTGCGAAAGCGATAATCAGTTTGAGAGAAGCCGAGA 1016
|||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 TCTTATAAAGTCCATCACCATCCATTGCGAAAGTGATAATCAGTTTGAGAGAAGCCGAGA 1016
Query 1017 ATTCTGTTCAGCTCCTGAATCTGATAATCACATCTTCCTGAATTCAAGCTTTTCCGATGG 1076
|||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1017 ATTCTGCTCAGCTCCTGAATCTGATTATCACATCTTCCTGAATTCAAGCTTTTCAGATGG 1076
Query 1077 CCTCAATCATTGGTCTGGAAGAGGATGCAATCTTATGTTACATGAGTCTCTAGCTGATGG 1136
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 CCTCAATCATTGGTCTGGAAGAGGATGCAATCTTATGTTACATGAGTCTCTAGCTGATGG 1136
Query 1137 GAAGATACTACCGGATTCTGGAACCTGTTTTGCTTCTGCATCAGAGCGCACACATAAGTG 1196
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1137 GAAGATACTACCACATTCTGGAACCTGTTTTGCTTCTGCAACAGAGCGCACACATAAGTG 1196
Query 1197 GAGCGGAATCGAGCAGGATATAACAGAAAGAGTCCAGCGAAAACTCATTTATGAAGCATC 1256
||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 GAGTGGAATCGAGCAGGATATAACAGAAAGAATCCAGCGAAAACTCATTTATGAAGCATC 1256
Query 1257 TTCTGTTGTTCGACTATCACATAGCCATCACACCGTGCAGGCCACTTTGTATGTTCAATA 1316
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 TTCTGTTGTTCGACTATCACATAGCCATCACACCGTGCAGGCCACTTTGTATGTTCAATA 1316
Query 1317 CCTTGACCAACGCGAAGAGTATATAGGCATTTCCAGTGTTCAGGGAACACACGACGATTG 1376
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1317 CCTTGACCAACGTGAAGAGTATATAGGCATTTCCAGTGTTCAGGCCACACACGACGATTG 1376
Query 1377 GGTAGAGTTAAAAGGAAAGTTCCTCTTGAATGGATCTCCAGCTAGAGCAGTTGTTTACAT 1436
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 GGTACAGTTAAAAGGAAAGTTCCTCTTGAATGGATCTCCAGCTAGAGCAGTTGTTTACAT 1436
Query 1437 TGAAGGACCACCACCAGGGATTGATGTTTTTGTCGACCATTTTGCTGTAAAGCCTGCAGA 1496
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 TGAAGGACCACCACCAGGGATTGATGTTTTTGTCGATCATTTTGCTGTAAAGCCTGCAGA 1496
Query 1497 GAAAGAGACTCCTTCAGGACGACCATATATTGAGAGTCATGCTTTTGGGATGAACATTGT 1556
|||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 GAAAGACACTCCTACAAGACGACCATATATTGAGAGTCATGCTTTTGGGATGAACATTGT 1556
Query 1557 TTCGAATAGCCACCTAAGTGATGGAACAATCGAAGGTTGGTTCCCTCTTGGAGACTGCCA 1616
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1557 TTCGAATAGCCACCTAAGCGATGGAACAATCGAAGGTTGGTTCCCTCTTGGAAACTGCCA 1616
Query 1617 TTTAAAAGTTGGAGACGGCTCTCCTAGGATATTACCTCCCCTGGCGAGAGACTCACTTAG 1676
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1617 TTTAAAAGTTGGAGACGGCTCTCCTAGGATATTACCTCCGCTGGCTAGAGACTCACTTAG 1676
Query 1677 AAAAACACAAGGATATCTATCTGGAAGATATGTGCTTGCGACAAATCGAAGTGGAACATG 1736
|| |||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1677 AACAACACATGGATATCTATCTGGTAGATACGTGCTTGCGACAAACCGAAGTGGAACATG 1736
Query 1737 GATGGGTCCTGCTCAGACGATAACTGATAAAGTGAAGCTGTTTGTAACATACCAGGTCTC 1796
||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||
Sbjct 1737 GATGGGTCCTGCTCAGATGATAACTGATAAGGTGAAGCTTTTTCTGACATACCAGGTCTC 1796
Query 1797 CGCTTGGGTTAAAATTGGCTCAGGAGGACGTACCAGTCCACAGGACGTAAATATAGCACT 1856
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1797 AGCTTGGGTTAAAATTGGCTCAGGAGGACGTACCAGTCCACAGGACGTAAATATCGCACT 1856
Query 1857 CAGTGTTGATGGTAATTGGGTTAATGGAGGAAAAGTTGAGGTTGATGATGGTGACTGGCA 1916
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1857 CAGTGTTGATGGTAATTGGGTTAATGGAGGAAAAGTTGAGGTCGATGATGGTGACTGGCA 1916
Query 1917 TGAAGTTGTGGGTTCATTTAGAATTGAGAAGGAAGCGAAAGAAGTTATGCTTCATGTCCA 1976
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1917 TGAAGTTGTGGGTTCATTTAGAATCGAGAAGGAAGCGAAAGAAGTTATGCTTCATGTCCA 1976
Query 1977 GGGCCCGTCTCCTGGTGTTGATCTTATGGTTGCAGGTCTCCAGATCTTCGCTGTTGATCG 2036
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1977 GGGCCCGACTCCTGGTGTTGATCTTATGGTTGCAGGTCTCCAGATTTTCGCTGTTGATCG 2036
Query 2037 TAAGGCACGGTTGAGTTATCTCAGAGGACAAGCTGATGTGGTTCGTAAACGCAATGTTTG 2096
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2037 TAAGGCACGATTGAGTTATCTCAGAGGACAAGCTGATGTGGTTCGTAAACGCAATGTTAG 2096
Query 2097 CCTCAAGTTCTCAGGTTTAGATCCTAGCGAATTGTCTGGTGCAACGGTGAAGATCAGACA 2156
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2097 CCTCAAATTCTCAGGTTTAGATCCTAGCGAATTGTCTGGTGCAACGGTGAAGATCAGACA 2156
Query 2157 GACACGTAACAGTTTCCCACTCGGGTCATGCATCAGTCGGAGCAATATAGATAATGAAGA 2216
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2157 GACACGTAACAGTTTCCCACTCGGGTCATGCATTAGTCGGAGCAATATAGATAATGAAGA 2216
Query 2217 CTTTGTCGATTTCTTTCTTAACAATTTCGATTGGGCAGTGTTTGGTTATGAGCTGAAATG 2276
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2217 CTTTGTCGATTTCTTTCTTAACAATTTCGACTGGGCAGTGTTTGGTAATGAGCTGAAATG 2276
Query 2277 GTACTGGACAGAGCCAGAGCAAGGAAACTTCAATTACCGGGACGCAAACGAGATGATCGA 2336
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||
Sbjct 2277 GTACTGGACAGAGCCAGAGCAAGGAAACTTCAATTACCGGGATGCAGACGAGATGCTCGA 2336
Query 2337 ATTCTGTGAGAGATACAACATAAAAACCCGAGGCCATTGCATATTCTGGGAGGTAGAGTC 2396
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2337 ATTCTGTGAGAGATACAACATAAAAACCCGAGGCCATTGCATATTCTGGGAGGTAGAGTC 2396
Query 2397 CGCTATTCAACCGTGGGTCCAACAGCTGA-CAGGTTCCAAGCTGGAAGCAGCAGTTGAGA 2455
|||||||||||| |||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 2397 CGCTATTCAACCATGGGTCCAACAGCTGAGC-GGTTCCGAGCTGGAAGCAGCGGTTGAGA 2455
Query 2456 ACCGCGTAACAGATCTTCTTACCCGTTACAATGGGAAATTTAGACACTATGATGTGAACA 2515
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2456 ACCGCGTAACAGATCTTCTTACCCGTTACAACGGGAAATTTAGACACTACGATGTGAACA 2515
Query 2516 ATGAGATGCTCCACGGATCGTTCTATCGAGATCGACTAGACTCTGATGCAAGAGCAAACA 2575
||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 2516 ATGAGATGCTCCATGGATCGTTTTATCGAGATCGACTAGGCTCTGATTCAAGAGCAAACA 2575
Query 2576 TGTTCAAGACTGCACACGAGTTAGACCCATTAGCAACTCTGTTTCTGAATGAATACCACA 2635
||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2576 TGTTCAAGACTGCGCAGGAGTTAGACCCGTTAGCAACTCTGTTTCTAAATGAATACCACA 2635
Query 2636 TAGAAGACGGATTTGACTCGAGGTCATCACCCGAGAAGTACATAAAACTCGTACACAAGC 2695
|||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2636 TAGAAGACGGATTTGATTCGAGGTCATCCCCCGAGAAGTACATAAAACTCGTACACAAGC 2695
Query 2696 TGCaaaaaaaGGGTGCACCCGTGGGAGGAATCGGGATTCAAGGACATATAACCAGCCCCG 2755
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2696 TGCAAAAAAAGGGTGCACCCGTGGGAGGAATCGGGATTCAAGGACATATAACAAGCCCCG 2755
Query 2756 TCGGTCACATCGTTCGTTCTGCTTTAGACAAGCTAAGCACACTCGGATTACCGATCTGGT 2815
| ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2756 TTGGTCACATCGTCCGCTCCGCTTTAGACAAGCTAAGCACACTCGGTTTACCGATCTGGT 2815
Query 2816 TCACAGAACTTGATGTGTCCTCGACTAACGAACATATAAGAGGGGATGATCTAGAGGTGA 2875
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 2816 TCACAGAACTTGATGTGTCCTCGACTAACGAACATATAAGAGGAGATGATCTCGAGGTGA 2875
Query 2876 TGCTATGGGAAGCCTTTGCTCATCCGGCAGTTGAAGGAGTGATGCTTTGGGGATTCTGGG 2935
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2876 TGCTATGGGAAGCGTTTGCTCATCCGGCAGTTGAAGGAGTGATGCTTTGGGGATTCTGGG 2935
Query 2936 AGCTGTTTATGAGCAGAGAACACTCACATTTGGTGAATGCAGATGGTGAGGTTAACGAAG 2995
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2936 AGCTGTTTATGAGCAGAGAACACTCACATTTGGTGAATGCGGATGGTGAGGTTAACGAAG 2995
Query 2996 CTGGGAAGAGGTTTCTGGAGATCAAACGCGAGTGGTTGAGTTTTGTGGACGGAGAGATTG 3055
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2996 CTGGGAAGAGGTTTCTTGAGATCAAACGCGAGTGGTTGAGTTTTGTGGACGGAGTGATTG 3055
Query 3056 AGGATGGAGGAGGATTGGAGTTTAGAGGTTATCATGGGAGTTACACAGTGGAAGTTGTCA 3115
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3056 AGGATGAAGGAGGATTGGAGTTTAGAGGTTATCATGGGAGTTACACAGTGGAAGTTGTCA 3115
Query 3116 CATCAGAGAGTAAGTATGTGACGAACTTTGTTGTTGACAAAGGCAATTCTCCAGTTGATG 3175
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3116 CATCGGAGAGTAAGTATGTGACGAACTTTGTTGTTGACAAAGGCAATTCTCCAATTGATG 3175
Query 3176 TGATTATAGATCTTTAACGTTTCATAATACTA 3207
| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3176 TCATTATAGATCTTTAACGTTTCATTATACTA 3207
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 121898406319
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5