BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G10180.1
Length=2502
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg471133 jgi|Araly1|471133|fgenesh2_kg.1__1087__AT1G10180.1 4078 0.0
> Ahg471133 jgi|Araly1|471133|fgenesh2_kg.1__1087__AT1G10180.1
Length=2485
Score = 4078 bits (2208), Expect = 0.0
Identities = 2395/2486 (96%), Gaps = 9/2486 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3 TCTTGAGAGCAGAGAGAGTCCAAAGCATCACTATCGTGCTTCTTTCGGCAACCGTGTCTG 62
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TCTTGAGAGTAGAGAGAGTCCAAAGCATCACTATCGTGCTTCTTTCGGCAACCGTGTCTG 60
Query 63 AGACAGTGAGACTCCGAGGAAAACTGAAGGGGAAATAGATAGAGCGAGAGACATGGAGAG 122
|||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AGACAGTGAGACTCCGCGGAAGACTGAGGGGGAAATAGATAGAGCGAGAGACATGGAGAG 120
Query 123 CAGCGAGGAAGACGACGAGTACCCATTTATAGAAAGCATCACTCCTCAGTCAAAGATCGA 182
|||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CAGCGAGGAAGATGACGAGTACCCATTTATCGAAAGCATCACTCCTCAGTCAAAGATCGA 180
Query 183 TTCCGTTCACCAGTCTCTCACCGAAAAGGGGATTAGAAAGCTTTGCTGTGAGCTTATGGA 242
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TTCCGTTCACCAGTCTCTCACCGAAAAGGTGATTAGAAAGCTTTGCTGTGAGCTTATGGA 240
Query 243 TTTAAAGGATGCTGTGGAAAATATGTGCGGTGATATGCGTACCAAGTACCTTGCTTTCTT 302
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TTTAAAGGATGCTGTGGAAAATATGTGTGGTGATATGCGTACCAAGTACCTTGCTTTCTT 300
Query 303 AAGAATATCTGAAGAAGCGGTGGAGATGGAGCATGAGTTGGTTGAGCTACGGAAACATAT 362
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 AAGAATATCTGAAGAAGCGGTGGAGATGGAGCACGAGTTGGTTGAGCTACGGAAACATAT 360
Query 363 TTCTTCTCAGGGGATTCTTGTGCAGGATCTGATGGCTGGAGTTTGCCGTGAGATGGATGA 422
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TTCTTCTCAGGGGATTCTTGTGCAGGATCTGATGGCTGGAGTTTGCCGTGAGATGGATGA 420
Query 423 TTGGAATCGATTACCTGGTGATGTACATGACGCTGAAGTCGAAGAGGACCCCTTGCCTAA 482
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TTGGAATCGATCCCCTGGTGATGTACATGACGCTGAAGTCGAAGAGGACCCCTTGCCTAA 480
Query 483 TGAAGTAACCGATCCAAAGTCTGAGTTCCTGGAGAAAATTGACCTTCTTTTGGCTGAACA 542
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TGAAGTTACCGATCCAAAGTCTGAGTTCCTGGAGAAAATTGACCTTCTTTTGGCTGAACA 540
Query 543 TAAAGTGGATGAAGCACTGGAGGCAATGGATGCTGAGGAAAGAAGCAGTCCAGATCTTAA 602
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TAAAGTGGATGAAGCACTGGAGGTGATGGATGCTGAGGAAAGAAGCAGTCCAGATCTTAA 600
Query 603 AGGATCAGTCGAGATGTCTTCTTACAAGTCTGCCTTTATGGAAAGAAAGGCGGTTCTTGA 662
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 AGGATCAGTCGAGATGTCTTCTTACAAGTCTGCATTTATGGAAAGAAAGGCGGTTCTTGA 660
Query 663 GGATCAGCTCCTTAGGATCGCTAAACAACCCTCGATTTGTGTAGCTGAATTGAAGCATGC 722
|||||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GGATCAGCTCCTTAAGATAGCTAAGCAACCTTCGATTTGTGTAGCTGAATTGAAGCATGC 720
Query 723 ATTGATTGGGTTAATCAGACTTGGAAAAGGACCTTCAGCTCACCAATTGCTTCTAAAGTT 782
|||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 ATTGATTGGGTTGATCAGAATTGGAAAAGGACCTTCAGCTCACCAATTGCTTCTAAAGTT 780
Query 783 TTACGCCACAAGCCTCCGCAGAAGAATCGAGGCCTTTCTCCCTTCATGTTTGACTTGCCC 842
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 781 TTACGCCACAAGCCTCCGCAGAAGAATTGAGGCCTTTCTTCCTTCATGTTCCACTTGCCC 840
Query 843 AAACACGTTT-CCTGCTACTCTCTCTAAGCTTGTTTTCTCTAACATCTCAGTGGCTACAA 901
|||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 841 AAACAC-TTTCCCTGCCACTCTTTCTAAGCTTGTTTTCTCTAACATCTCAGTGGCTGCAA 899
Query 902 AAGAATCCGCAGCCATGTTTGGTGACGATGATAATCCCGCATATTCCAACAAAGTTGTTC 961
||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 AAGAATCAGCAGCGATGTTTGGTGATGATGATAATCCTGCATATTCCAACAAAGTTGTTC 959
Query 962 AATGGGCAGAGAGGGAAGTTGAATATTTGGTGCGGTTGGTTAAAGAAAACGCTTCTCCTT 1021
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 960 AATGGGCAGAGAGGGAAGTTGAATATTTGGTGCGGTTGGTTAAAGAAAACGCCTCTCCTT 1019
Query 1022 CCGAAACAGCTTCTGCATTGCGGGCAGCCAGTATATGTCTTCAAGATTGTCTTAACTATT 1081
| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 CTGAAACATCTTCTGCATTGCGTGCAGCCAGTATATGTCTTCAAGATTGTCTTAACTATT 1079
Query 1082 GCAAAGTGTTGGAACCACAAGGCTTATTTCTGTCTAAGCTATTTTTGGTGCTGTTCCGAC 1141
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1080 GCAAAGTGTTGGAACCACAAGGCTTATTTTTGTCTAAGCTATTTTTGGTGCTGTTCCGGC 1139
Query 1142 CTTATGTTGAAGAAGTGTTGGAGTTGAATTTTAGACGGGCTCGAAGGGTTATCTTTGACT 1201
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 CTTATGTTGAAGAAGTGTTGGAGTTGAATTTTAGACGGGCTCGAAGGGTTATCTTTGACT 1199
Query 1202 TGAATGAAACTGATGAGGGCTTGGAATCACCCTCTGACTTTGTGACAATATTATCTGAAT 1261
||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1200 TGACTGAAACTGATGAGGGCTTGGAATCATCCTCAGACTTTGTGATAATATTATCTGAAT 1259
Query 1262 TCGCTATCGCTTCAGATACTATGATGACTGATTGTAGCATTCGATTCATGCAAATTGTGC 1321
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1260 TCGCTATCGCTTCAGATACTATGATGACTGATTGTAGCATTCGATTCATGCTAATTGTGC 1319
Query 1322 AAGACATACTTGAGCAGTTAACACACCTAGTTGTGTTACACTTTGGTGAGAGTGTACTAA 1381
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1320 AAGACATACTTGAGCAGTTAACACACCTAGTTGTGTTACACTTTGGTGAGAGTGTGTTAA 1379
Query 1382 CGAGGATATTGCAACTATATGATAAATACATCGACTTTCTGATCAAAGCCTTGCCTGGCC 1441
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 CGAGGATACTGCAACTATATGATAAATACATCGACTTTCTGATCAAAGCCTTGCCTGGCC 1439
Query 1442 ATTCAGATGAGGATGGTCTACCTGAGCTCCAAGATAATACCGTACTCGCTAGAGCTGAGA 1501
||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 ATTCAGATGAGGATGGTCTCCCTGAGCTCCAAGATCATACCGTACTCGCTAGAGCTGAGA 1499
Query 1502 CAGATTCTGAGCAGCTTGCGCTTCTTGGAGCTGCGTTTACAATACTTGACGAACTTTTAC 1561
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 CAGATTCTGAGCAGCTTGCTCTTCTTGGAGCGGCGTTTACAATACTTGACGAACTTTTAC 1559
Query 1562 CAAGATCACTTGTTAAAGTCTGGAAACTCCAGATTGAAAATGGCGGAGGAGAAGGTGAGA 1621
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 CAAGATCACTTGTTAAAGTCTGGAAACTCCAGATTGAAAATGGCGGAGGAGAAGGTGAGA 1619
Query 1622 ATAGTGCCGCTCTAAACAGTAGTGCTGCACCGGAACTGAAAGAATGGAAACGCCATATGG 1681
|||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1620 GTAGTGCTGCGCTAAACAGTAGCGCTGCACCGGAACTGAAAGAATGGAAACGCCACATGG 1679
Query 1682 TTCAAGCATTTGACAAACTCAGAAACTACTTCTGTCTGCAGTTTGTCTTGAGCTTCATCT 1741
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 TTCAAGCATTTGACAAACTCAGAAACTACTTCTGTCTGCAGTTTGTCTTGAGCTTCATCT 1739
Query 1742 ACTCTAGGGAAGGACTAACGCGATTAGACGCACTCATTTATTTAACCGAAACACCAGATG 1801
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 ACTCTAGGGAAGGACTAACGCGACTAGACGCACTCATTTATTTAACCGAAACACCAGATG 1799
Query 1802 ACTTGCATCTGCCGTCTTTACCGTTTCAGGCATTGTTTTCTAAGCTACAACAGTTGGCCA 1861
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 ACTTGCATCTGCCGTCTTTACCATTTCAGGCATTGTTTTCTAAGCTACAACAGTTGGCCA 1859
Query 1862 TAATTGCTGGGGATGTTCTGCTTGGTAAAGAGAAGCTGCAAAAGATTCTACTAGCGAGAT 1921
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 TAATTGCGGGGGATGTTCTGCTTGGTAAAGAGAAGCTTCAAAAGATTCTACTAGCGAGAT 1919
Query 1922 TAACAGAGACGGTTATAATCTGGCTATCAAACGAGCAGGAGTTTTGGAGTGCATTCGAGG 1981
|||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 TAACTGAGACTGTTATAATCTGGCTATCAAACGAGCAGGAGTTTTGGAGTGCATTCGAGG 1979
Query 1982 ACGAGTCAAATCCACTTCAGCCATCTGGATTGCAACAGTTGATCCTCGACATGAACTTCA 2041
|||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 ACGAGTCAAATCCACTTCAGTCATCTGGGTTGCAACAGTTGATCCTCGACATGAACTTCA 2039
Query 2042 CAGTGGAGATAGCCAGGTTTGCAGGTTATCCATTTAAAGTAGTTCAGAACCATGCATCAG 2101
|||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 CAGTGGAGATAGCCCGGTTCGCAGGTTATCCATTTAAAGTAGTTCAGAACCATGCATCAG 2099
Query 2102 TGGTGATCAATCGAGCCATCAACATATTCTCGGAAAGAGGCATCAACCCACAAAGCTCAC 2161
| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 TAGTGATCAACCGAGCCATCAATATATTCTCCGAAAGAGGCATCAACCCACAAAGCTCAC 2159
Query 2162 TCCCGAAGACAGAGTGGTTCACAGAAGCCGCCAAGTCAGCTATCAACAGGCTACTCATGG 2221
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 TCCCGAAGACAGAGTGGTTCACAGAAGCCGCCAAGTCAGCTATCAACAGGCTACTCATGG 2219
Query 2222 GGTCTGAGGATGCTTCAGAACCGGAAGAATATGAGTGTgaagaagaagaagaagaCGATC 2281
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2220 GGTCTGAGGATGCTTCAGAACCGGAAGAGTATGAGTGTGAAGAAGAAGAAGAAGACGATG 2279
Query 2282 ATCACATCGTCCTCCCTGAGATGGATGACGACTCAGATTCCGAAGATACATCTTCACTCT 2341
|||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2280 ATCACATCGTGCTCCCTGAGATGGATGAAGACTCAGATTCCGAAGATACATCTTCACTTT 2339
Query 2342 CCACAGTGGACTCGTTCGAGTCATTTGCCTCTGCAAGCATGGCTGACCTAGAGAGTCCAT 2401
| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 2340 CGACAGTGGACTCGTTCGAGTCATTTGCTTCTGCAAGCATGGCTGACCTTGAGAGTCCCT 2399
Query 2402 CTTTCACCGATTCTGAGTCTTGACCACTTTCTTTGTAGTTTGTATCCTGTAGTCA---AG 2458
||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 2400 CTTTCACCGATTCAGAGTCTTGACCACTTTGTTTGTAGTTTGTATATTGTAGTCAGTCAG 2459
Query 2459 TC--TCTC--AAAACTCTCAAGTTAA 2480
|| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 2460 TCAGTCTCTCAAAACTCTCAAGTTAA 2485
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 94311446620
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5