BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G10910.1
Length=2213
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg919901 jgi|Araly1|919901|scaffold_101182.1 3280 0.0
> Ahg919901 jgi|Araly1|919901|scaffold_101182.1
Length=2041
Score = 3280 bits (1776), Expect = 0.0
Identities = 1940/2021 (96%), Gaps = 3/2021 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 31 ATGGAGACGCCA---CTTCTTGTGGGACTCGAACTACGTTGTCCTCCTCATCTCTTCAAC 87
|||||||||||| |||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 21 ATGGAGACGCCACTTCTTCTTCTGGGACTTGAACTTCGATGTCCTCCTCATCTCTTCAAC 80
Query 88 ACTCACTCTCGTCCCTCTTCATCTCTCTCCATTCCCGCCTTATCCTTACGAATCCTCACG 147
|||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 81 ACTCACTCTCGTCCCTCTTCCTCTCTCTCCCTTCCCACCTTATCCTTACGAATCCTCACT 140
Query 148 CCGACGGCGGCAACGACATCTTCCGCTGTTATTGAATTACCGGCGAACGTAGCAGAAGCT 207
|||||||||||||||||||| |||| ||| |||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 141 TCGACGGCGGCAACGACATCTACCGCCGTTGTTGAATCACCGGCGACCGTAGCAGAAGCT 200
Query 208 CCTCGTTCCAAACGCCATTCCAATTCATACCTGGCGAGAAAATCCGCCATTTCTGAAGTT 267
|||||||| ||||| |||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 201 CCTCGTTCTAAACGTCATTCCAATTCATATCTAACGAGGAAATCCGCCATTTCTGAAGTT 260
Query 268 CAACGCTCCTCGGATTTTCTCTCTTCTCTGCAGAGATTAGCAACAGTTTTGAAGGTACAA 327
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 261 CAACGCTCCTCTGATTTTCTCTCTTCTCTGCAGAGATTAGAAAGAGTTTTGAAGGTACAA 320
Query 328 GATTTGAATGTAATTTTGCGTGATTTTGGAATCTCTGGAAGATGGCAGGATCTTATACAG 387
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 321 GATTTGAATGTAATTTTGCGTGATTTTGGAATCTCTGGAAGATGGCAGGATCTTATACAG 380
Query 388 CTCTTTGAATGGATGCAACAACATGGAAAGATTAGTGTTTCAACTTACAGTAGCTGCATA 447
||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 381 CTCTTTGAATGGATGCAGCAACGTGGAAAAATTAGTGTTTCAACTTACAGTAGCTGCATA 440
Query 448 AAGTTTGTTGGGGCCAAAAATGTCTCCAAGGCTCTAGAAATATACCAAAGCATTCCAGAC 507
|||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||
Sbjct 441 AAGTTTGTGGGGGCAAAAAATGTCTCCAAGGCTCTAGATATATACCAAGGCATTCCAGAC 500
Query 508 GAGTCTACCAAAATCAATGTCTATATATGTAACTCCATTCTTAGTTGTCTGGTCAAGAAT 567
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 501 GAGTCAACCAAAATCAATGTCTATATATGTAACTCCATTCTTAGTTGTCTGGTCAAGAAT 560
Query 568 GGAAAGCTTGACAGCTGCATCAAATTGTTTGATCAGATGAAGCGCGATGGTCTGAAACCA 627
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 561 GGAAAGCTTGACAGCTGCATCAAATTGTTTGATCAGATGAAGCGCGGTGGTCTGAAACCA 620
Query 628 GATGTGGTTACATATAACACGTTGCTTGCAGGTTGCATTAAGGTAAAAAATGGATACCCT 687
|||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 621 GATGTGATTACGTATAACACGTTGCTTGCAGGTTGCATTAAGGTAAAAAATGGATACCCT 680
Query 688 AAGGCTATTGAACTCATTGGAGAGCTGCCTCATAATGGAATACAAATGGACAGTGTGATG 747
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 681 AAGGCTATTGAACTCATTGGAGAGCTGCCACATAATGGAATACAAATGGACAGTGTGATG 740
Query 748 TATGGGACTGTCTTGGCCATTTGTGCTTCAAATGGTCGAAGTGAAGAAGCTGAAAACTTT 807
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 741 TATGGGACTGTCTTGGCCATTTGTGCTTCAAATGGTCGATGTGAAGAAGCTGAAAACTTT 800
Query 808 ATCCAGCAGATGAAAGTTGAAGGTCATTCGCCCAACATATATCATTACAGCTCTTTACTC 867
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 801 ATCCAGCAGATGAAAGTTGAAGGTCATTCGCCCAACATATATCATTACAGCTCCTTGCTC 860
Query 868 AATTCATATTCTTGGAAAGGAGATTACAAGAAAGCTGATGAGCTGATGACCGAGATGAAA 927
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 861 AATTCGTATTCTTGGAAAGGAGATTACAAGAAAGCTGATGAGCTGATGACCGAGATGAAA 920
Query 928 TCAATAGGATTAGTGCCAAACAAGGTGATGATGACAACTTTACTTAAGGTTTATATCAAA 987
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 921 TCAATAGGATTAGTGCCAAACAAGGTGATGATGACAACTTTACTAAAGGTTTATATCAAA 980
Query 988 GGAGGGTTGTTTGATAGATCAAGAGAATTACTTTCTGAACTTGAATCTGCTGGGTACGCC 1047
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 981 GGAGGCTTGTTTGATAGATCAAGAGAATTACTTTCTGAACTTGAATCTGCAGGGTACGCC 1040
Query 1048 GAGAACGAGATGCCGTATTGTATGTTGATGGATGGTCTTTCAAAGGCGGGAAAGTTAGAA 1107
|||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1041 GAGAACGAGATGCCATACTGTATGTTGATGGATGGTCTTTCAAAGGCGGGGAAGTTAGAA 1100
Query 1108 GAAGCGAGGTCAATCTTTGATGATATGAAAGGGAAAGGTGTTAGATCTGATGGCTATGCC 1167
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 1101 GAAGCGAGATCAATCTTTGATGATATGAAAGGGAAAGGTGTTAAATCCGATGGCTATGCC 1160
Query 1168 AACAGCATCATGATATCTGCTTTATGTCGAAGTAAGCGTTTTAAGGAGGCAAAAGAACTG 1227
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1161 AACAGCATCATGATATCTGCTTTATGTCGAAGTAAGCGTTTTGAGGAGGCAAAAGAACTG 1220
Query 1228 TCAAGGGACTCTGAAACCACTTATGAAAAATGCGACTTGGTAATGTTAAACACAATGCTC 1287
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1221 TCAAGGGACTCTGAAACCACTTATGAAAAATGCGACTTGGTAATGTTAAACACAATGCTC 1280
Query 1288 TGTGCCTATTGCAGAGCAGGAGAGATGGAAAGTGTTATGCGAATGATGAAGAAAATGGAT 1347
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1281 TGTGCCTATTGCAGAGCAGGAGAGATGGAAAGTGTTATGCGGATGATGAAGAAAATGGAT 1340
Query 1348 GAGCAAGCCGTTAGTCCCGACTATAATACTTTCCATATCTTGATCAAATACTTCATCAAG 1407
|||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1341 GAGCGAGCCGTTATTCCCGATTATAATACTTTCCATATCTTGATCAAATATTTCATCAAG 1400
Query 1408 GAGAAATTGCACCTGCTTGCGTACCAAACCACACTGGACATGCACAGCAAAGGCCACAGG 1467
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1401 GAGAAATTGCACCTGCTTGCGTACCAAACCACACTTGACATGCACAGCAAAGGCCACAGG 1460
Query 1468 CTTGAGGAGGAACTTTGCTCGTCCTTGATATATCATCTCGGCAAGATTAGAGCTCAAGCG 1527
|||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1461 CTTGAGGAGGAACTTTGCTCATCCTTGATTTATCATCTCGGCAAGATTAGAGCTCCCTCG 1520
Query 1528 GAAGCATTCTCAGTCTACAATATGTTGCGATACAGCAAAAGAACTATCTGCAAAGAGCTG 1587
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1521 GAAGCATTCTCAGTCTACAATATGTTGCGATACAGCAAAAGAACTATCTGCAAAGAGCTC 1580
Query 1588 CATGAGAAAATTCTTCACATTCTAATCCAAGGGAATCTCCTAAAAGATGCATACATTGTA 1647
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1581 CATGAGAAAATTCTTCACATTCTAATCCATGGGAATCTCCTAAAAGACGCATACATTGTA 1640
Query 1648 GTGAAGGACAATGCGAAGATGATCTCACAGCCTACTTTAAAGAAATTTGGCAGAGCTTTT 1707
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1641 GTGAAGGACAATGCAAAGATGATCTCACAGCCTACTTTAAAGAAATTTGGCAGAGCTTTT 1700
Query 1708 ATGATCTCGGGTAATATTAATTTAGTGAATGATGTTCTGAAAGTATTGCATGGTTCTGGC 1767
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1701 ATGATCTCGGGTAATATTAATTTAGTGAATGATGTTCTGAAAGTCTTGCATGGTTCTGGC 1760
Query 1768 CACAAAATCGATCAGGTTCAGTTTGAGATTGCGATTTCTCGATACATTTCGCAGCCCGAT 1827
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1761 CACAAAATCGATCAGGTTCAGTTTGAGATTGCAATTTCTCGATACATTTCGCAGCCCGAT 1820
Query 1828 AAAAAGGAATTGCTTCTTCAACTTCTACAATGGATGCCTGGTCAAGGATATGTTGTTGAC 1887
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1821 AAAAAGGAATTACTTCTTCAACTTCTACAATGGATGCCTGGTCAAGGATACATTGTTGAC 1880
Query 1888 TCCTCCACAAGAAACCTCATTCTCAAGAACTCTCATATGTTTGGTCGGCTACTCATTGCA 1947
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1881 TCCTCCACAAGAAACCTCATTCTCAAGAACTCTCATATGTTTGGTCGGCTACTCATTGCA 1940
Query 1948 GAGATCTTGTCAAAGCATCATGTCGCTTCAAGACCGATGATAAAATCACGACCAGAGCAA 2007
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |
Sbjct 1941 GAGATCTTGTCAAAGCATCATGTCGCTTCAAGACCGCCCATAAAATCACGATCAGAGCCA 2000
Query 2008 AAATTTAGATGTAAATAAGAATGTAAATTTTCTGTTTCttt 2048
||||||||| ||| |||||||||||| ||||||| ||||||
Sbjct 2001 AAATTTAGAAGTACATAAGAATGTAATTTTTCTGGTTCTTT 2041
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 83303365815
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5