BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G10950.1
Length=2245
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg471233 jgi|Araly1|471233|fgenesh2_kg.1__1187__AT1G10950.1 3679 0.0
> Ahg471233 jgi|Araly1|471233|fgenesh2_kg.1__1187__AT1G10950.1
Length=2246
Score = 3679 bits (1992), Expect = 0.0
Identities = 2170/2254 (96%), Gaps = 19/2254 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TATTACCCAAAATCTCTACAAAGTGAAAACACTGAGCTGAGGATCTCGCTCTCT-CTCGA 59
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1 TATTACCCAAAATCTCTACAAAGTG-AAACACTGAGCTGAGGATCTCGCTCTCTCCTCGA 59
Query 60 TTGGTATCTCTCGCTCCGTCCTTCCTCAGATCTGATCGTCCGCCGGTTTTCACGATGCCG 119
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 TTGGTATCTCTCCCTCCGTCCTTCCTCAGATCTGATCGTCCGCCGGTTTTCACGATGCCG 119
Query 120 TCTTCCTCCTCCGCCGCCGTCCTCGTGTTCCTTCTTCTCGTTTCCCTTCTCACTCCTACG 179
|||||||||| |||||||| ||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 120 TCTTCCTCCT---CCGCCGTCGTCGTGTTTCTTCTTCTTGTTTTCCTTCTCACTCCTACG 176
Query 180 TTCGCATCCGATTCAGATCACAAGTATCAAGCCGAGGAGCAGGTCACCCTATGGGTAAAC 239
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||
Sbjct 177 TTCGCATCTGATTCAGATCACAAGTATCAAGCCGATGAGCAGGTTACCCTGTGGGTGAAC 236
Query 240 AAAGTTGGCCCATATAACAATCCACAAGAAACATACAACTATTACAGTCTTCCATTTTGC 299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 237 AAAGTTGGCCCATATAACAATCCACAAGAAACATACAACTATTACAGTCTTCCATTTTGC 296
Query 300 CGCCCATCTGGAAACAATGTTCACAAATGGGGTGGTCTTGGTGAAGTTCTAGGTGGAAAT 359
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 297 CGCCCATCTGGAAACAATGTTCACAAATGGGGTGGTCTTGGTGAAGTTCTTGGTGGAAAT 356
Query 360 GAGCTGATTGACAGTGAGATTGCGATAAAATTCATGAAGAATGTCGAGAGAAGTGTCATC 419
||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||| |||||||
Sbjct 357 GAGCTGATTGACAGTGAGATTGCGATAAAGTTCTTGAAGAATGTCGATAGAAATGTCATC 416
Query 420 TGTCCGCTTGAACTCGATGAAGCTAAGGTCAAGCATTTTAAAGATGCCATTGAATCTAGC 479
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 417 TGTCCGCTTGAACTCGATGAAGCTAAGGTCAAGCATTTCAAAGATGCAATTGAATCTAGC 476
Query 480 TACTGGTTCGAATTTTTTATGGATGATCTACCTTTGTGGGGCTTTGTGGGTGAGCTGCAT 539
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 477 TACTGGTTTGAATTTTTTATGGATGATCTACCTTTGTGGGGCTTTGTGGGTGAGCTGCAT 536
Query 540 CCTGACAAAAATAGTGAAAACGGCAAGCATGTTCTTTACACACATAAGAACATTGTTGTC 599
|| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 537 CCAGACAAAAATAGTGAAAACGGCAAGCATGTCCTCTACACACATAAGAACATTGTTGTC 596
Query 600 AAATACAACAAAGACCAGATCATTCATGTTAATCTCACTCAAGACAACCCAAGGCCATTG 659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 597 AAATACAACAAAGACCAGATCATTCATGTTAATCTCACTCAAGACAACCCAAGGCCATTG 656
Query 660 GAAGCAGGGaaaaaaaTGGACCTGACGTATTCTGTGCAATGGATTCCAACAAATGTCACA 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 657 GAAGCAGGGAAAAAAATGGACCTGACGTATTCTGTGCAATGGATTCCAACAAATGTCACA 716
Query 720 TTTGCTCGCCGCTTTGACGTATATCTGGATTATCCGTTCTTTGAACACCAGATCCACTGG 779
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 717 TTTGCTCGCCGCTTTGACGTCTATCTGGATTATCCGTTCTTTGAACACCAGATCCACTGG 776
Query 780 TTCTCCATCTTTAACTCGTTCATGATGGTTATTTTCCTCACCGGTTTGGTCTCAATGATA 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 777 TTCTCCATCTTTAACTCGTTCATGATGGTTATTTTCCTCACTGGTTTGGTCTCAATGATA 836
Query 840 TTGATGAGGACTCTCAGAAATGATTATGCGAAGTATGCTAGAGAAGATGATGATCTTGAG 899
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 837 TTGATGAGGACTCTAAGAAATGATTATGCAAAGTATGCTCGAGAAGATGATGATCTTGAG 896
Query 900 AGCTTGGAACGGGATGTAAGTGAAGAATCTGGTTGGAAACTTGTGCATGGAGATGTGTTC 959
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 897 AGCTTGGAACGGGATGTAAGTGAAGAATCTGGTTGGAAACTTGTACATGGAGATGTGTTC 956
Query 960 AGGCCAGCAAGTAGTCTAGTTCTGCTCTCAGCGGTAGTTGGTACAGGTGCACAGTTGGCG 1019
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 957 AGGCCAGCAAGTAGTCTAGTTCTACTCTCAGCTGTAGTTGGCACAGGTGCACAGTTGGCG 1016
Query 1020 TTGCTGGTTCTTCTTGTCATATTAATGGCCATCGTGGGAACTCTCTACGTTGGGAGAGGA 1079
|| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 TTACTGGTTCTTCTTGTCATATTAATGGCCATAGTGGGAACTCTCTACGTTGGGAGAGGA 1076
Query 1080 GCAATCGTCACAACTTTCATAGTGTGCTATGCTCTGACTTCTTTTGTCTCTGGTTATGTG 1139
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 1077 GCAATCGTCACAACTTTCATAGTTTGCTATGCTCTGACTTCCTTTGTCTCTGGTTACGTG 1136
Query 1140 AGCGGTGGAATGTACTCAAGAAGCGGGGGTAAACATTGGATCAAGTGCATGGTCCTCACG 1199
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 AGCGGTGGAATGTACTCAAGAAGCGGGGGTAAACATTGGATCAAGTGCATGGTCCTCACA 1196
Query 1200 GCTTCTCTCTTCCCCTTTTTGTGCTTCGGAATTGGCTTTCTCCTAAACACAATTGCCATA 1259
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 GCTTCTCTCTTTCCCTTTTTGTGCTTCGGAATTGGCTTTCTCCTAAACACAATTGCCATA 1256
Query 1260 TTCTATGGATCTCTTGCGGCTATTCCTTTTGGGACAATGGTGGTTGTGTTTGTAATTTGG 1319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 TTCTATGGATCTCTTGCGGCTATTCCTTTTGGGACAATGGTGGTTGTGTTTGTAATTTGG 1316
Query 1320 GGGTTCATTTCCTTCCCCTTAGCCCTCCTCGGAACGGTTGTTGGAAGAAATTGGAGCGGT 1379
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1317 GGGTTCATTTCCTTCCCCTTAGCCCTCCTCGGAACGGTTGTTGGAAGAAACTGGAGCGGT 1376
Query 1380 GCTCCTAACAATCCATGCCGTGTGAAGACTATTCCACGTCCAATCCCTGAGAAAAAATGG 1439
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1377 GCTCCTAACAATCCATGCCGTGTGAAGACCATTCCACGTCCAATTCCTGAGAAAAAATGG 1436
Query 1440 TACTTGACTCCATCAGTCGTCTCCCTGATGGGGGGTTTGCTACCCTTTGGAAGCATCTTC 1499
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 TACTTGACTCCATCAGTTGTCTCCCTGATGGGGGGTTTGCTACCCTTTGGAAGCATCTTC 1496
Query 1500 ATTGAGATGTACTTTGTCTTCACATCCTTCTGGAATTACAAGGTCTACTATGTGTATGGA 1559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 ATTGAGATGTACTTTGTCTTCACATCCTTCTGGAATTACAAGGTCTACTATGTGTATGGA 1556
Query 1560 TTCATGTTACTGGTTTTTGTGATTCTCGTCATAGTGACGGTGTGTGTGACAATCGTGGGT 1619
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 TTCATGTTACTAGTTTTTGTGATTCTCGTCATAGTGACGGTGTGTGTGACAATCGTGGGT 1616
Query 1620 ACATATTTCCTGCTGAATGCAGAGAACTATCACTGGCAGTGGACTTCATTTTTCTCTGCT 1679
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 ACATACTTCCTGCTGAATGCAGAGAACTATCACTGGCAATGGACTTCATTTTTCTCTGCT 1676
Query 1680 GCTTCGACGGCTGTCTATGTGTACTTATACTCCATCTATTACTACTACGTAAAGACCAAG 1739
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 GCTTCGACGGCTGTCTATGTCTACTTATACTCCATCTATTACTACTACGTAAAGACCAAG 1736
Query 1740 ATGTCCGGATTCTTCCAGACAAGCTTCTACTTTGGATACACCATGATGTTCTGTCTTGGC 1799
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1737 ATGTCCGGATTCTTCCAGACAAGCTTCTACTTTGGATACACCATGATGTTCTGTCTCGGC 1796
Query 1800 CTTGGAATCCTTTGCGGAGCTGTTGGCTACCTGGGATCAAATCTGTTTGTAAGGAGGATC 1859
|||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 CTTGGAATCCTTTGCGGAGCTGTTGGATACTTGGGATCAAATCTGTTTGTAAGGAGGATC 1856
Query 1860 TACAGAAACATCAAGTGCGACTAGAAGAGGTAAACGG-aaaaaaaGAGA-AAA-CAAATC 1916
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 1857 TACAGAAACATCAAGTGCGACTAGAAGAGGTAAACGGGAAAAAAAGAGAGAAAACAAATC 1916
Query 1917 CAATTAGAAGGAAGCT-CTTACGAGGTTATATATTATATTGAAGGAACATAATATATTCT 1975
|||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1917 CAATTAGAAGAAAGCTTCTTATGAGGTTATATATTATATTGAAGGAACATAATATATTCT 1976
Query 1976 TCAATGGGGGCTTTTTGTCTCTTCATCTTCTTCttt-tt-tt-ttttttttttttCTT-C 2031
||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| || || ||||||||||||||| |
Sbjct 1977 TCAATGGGGGCTTCTTGTCTCTTCATCTTCTTTTTTCTTCTTCTTTTTTTTTTTTCTTTC 2036
Query 2032 CCATTTTGGTAAGTGAATTGTTCTCTTTAGATTAGAATCGAGTGGGTGTACTATACTACT 2091
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2037 CCATTTTGGTAAGTGAATTGTTCTCCTTAGATTAGAATCGAGTGGGTGTACTATACTACT 2096
Query 2092 ACTACCTGTAATCTTTTTCCCTATCtttttttGGT-CGTATTTACTTCACT-TCACTTAG 2149
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||| |||| |||
Sbjct 2097 ACTACCTGTAATCTTTTTCCTTATCTTTTTTTGGTTCATATTTACTTCACCCTCACCTAG 2156
Query 2150 ATCATTGAATATGGTGTCATCTAGGAGCAATTGGATCATTTAATTATTGTCATGTGTTGG 2209
||||||||||||| |||| ||| | ||||||||||| | | |||||||||| ||||||
Sbjct 2157 ATCATTGAATATGTTGTCCTCTTGCAGCAATTGGATGA---A-TTATTGTCATATGTTGG 2212
Query 2210 GCCTTGGGAGTCGTTAACTCTCGTTCATGGTGTT 2243
| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2213 GACTTGGGAGACGTTAACTCTCGTTCATGGTGTT 2246
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 84522253655
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5