BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G11130.1
Length=2857
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg919920 jgi|Araly1|919920|scaffold_101201.1 3893 0.0
> Ahg919920 jgi|Araly1|919920|scaffold_101201.1
Length=2345
Score = 3893 bits (2108), Expect = 0.0
Identities = 2270/2349 (97%), Gaps = 8/2349 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 261 TCTTCAGT-G-G-CTGAAGTTATGAGCTTTACAAGATGGGAAGTGTTCTTTGGTCTCTCT 317
|||||||| | | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||
Sbjct 1 TCTTCAGTGGAGACTGAAGTTATGAGCTTTACAAGATGGCAAGTGTTCTTTGTTCTCTCT 60
Query 318 GTTTTAGCCTTGACAATGCCTTTCTCAGCTGGAGTTACTAATCTACGAGATGTTTCGGCG 377
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 61 GTTTTAGCCTTGACAATGCCGTTCTCAGCTGGAGTTACTAATCTACGAGATGTTTCTGCG 120
Query 378 ATTAATAACTTGTATATCACTTTGGGAGCACCATCTCTACATCATTGGCTTGCTTTTGGA 437
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 ATTAATAACTTGTACATCACTTTGGGAGCACCATCTCTACATCATTGGCTTGCTTTTGGA 180
Query 438 GGAGACCCTTGTGGAGAAAAGTGGCAAGGTGTGGTGTGTGACTCCTCAAACATCACAGAA 497
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GGAGACCCATGTGGAGAAAAGTGGCAAGGTGTGGTTTGTGACTCCTCAAACATCACAGAA 240
Query 498 ATAAGGATACCTGGCATGAAGGTAGGTGGAGGCTTAAGTGATACTCTGGCTGATTTTTCA 557
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 241 ATAAGGATACCTGGAATGAAAGTAGGTGGAGGCTTAAGTGATACTTTGGCTGATTTTTCA 300
Query 558 TCTATCCAAGTCATGGACTTCAGTAGCAATCATATTTCAGGGACAATTCCGCAGGCTTTG 617
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TCTATCCAAGTCATGGACTTCAGTAGCAATCATATTTCAGGGACAATTCCGCAGGCTTTG 360
Query 618 CCTTCTTCCATCCGAAACCTATCTCTCTCAAGCAATCGCTTCACTGGGAACATTCCCTTT 677
|||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CCTTCTTCCATCCGAAACTTATCTCTCTCCAGCAATCGTTTCACTGGGAACATTCCCTTT 420
Query 678 ACATTGTCCTTTCTATCCGATTTGTCTGAACTGTCATTGGGAAGCAATCTTCTATCAGGA 737
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||
Sbjct 421 ACATTGTCCTTTCTATCCGATTTGTCTGAACTGTCACTGGGAAACAATCTTCTATCAGGA 480
Query 738 GAGATACCAGATTACTTTCAGCAGCTATCAAAACTGACAAAACTGGACTTATCGTCTAAC 797
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 481 GAGATACCAGATTACTTTCAGCAGCTATCAAAACTGACAAAACTGGACTTATCATCTAAC 540
Query 798 ATACTGGAGGGGCATTTACCTTCTTCCATGGGAGACTTAGCTTCTCTTAAGATATTGTAT 857
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 541 ATACTGGACGGGCATTTACCTTCCTCCATGGGAGACTTAGCGTCTCTTAAGATATTGTAT 600
Query 858 TTGCAGGACAACAAGCTCACAGGAACACTTGATGTTATAGAGGATCTTTTCTTAACCGAT 917
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||
Sbjct 601 TTGCAGGACAACAAGCTCACAGGAACACTTGAGGTTATAAAGGATCTTTTCTTAACTGAA 660
Query 918 TTGAATGTAGAAAACAACTTATTCTCGGGACCTATACCGCCAAATCTATTGAAAATTCCA 977
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 661 TTGAATGTAGAAAACAACTTATTCTCAGGACCTATACCGCCAAATCTATTGAAAGTTCCG 720
Query 978 AACTTCAAAAAAGATGGAACTCCGTTCAATACATCGATTATAACACCACCGCCTCCGCCT 1037
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 721 AATTTCAAAAAAGATGGAACTCCGTTCAATACATCGATTATAACACCACCTCCTCCGCCT 780
Query 1038 GTGGTTGATCCTCCTCCCGCTACTCACCGTGCTCCTCCTGTTCCCCGTATCCCTCCTGTT 1097
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 GTGGTTGATCCTCCTCCCGCTACTCACCATGCTCCTCCTGTTCCCCGTATCCCTCCTGTT 840
Query 1098 TCTGGTGTTCCCCCAGCACCTTTTGCTCCTTTTGCTCCACTGCAACCACAACAACATCCA 1157
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||
Sbjct 841 TCCGGTGTTCCCCCTGCACCTTTTGCTCCTTTTGCTCCACTGCAA-C-C-ACAACATCCA 897
Query 1158 CCACCATCACCACCTCTGGTCTGGTCACCACCTTCTTCTGATAATGGAGGAGGAGATCCC 1217
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 898 CCACCATCACCACCTCTGGTTTGGTCGCCACCTTCTTCTGATAATGGAGGAGGGGATCCC 957
Query 1218 TGGAACTCTGTGTCAGGGCAACCTACCTTGCAAATATCACCTCCTTCAGGTTCAGGATCA 1277
|||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 TGGAACACTGGGTCAGGGCAACCTACCTTGCAAATATCACCTCCTTCAGGTTCAGGATCA 1017
Query 1278 GGAAAATTCTGGTCCACTCAAAGAATCATTCTAGTAGTTTCTTCAGTGGCCATAATTGTT 1337
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 GGAAAATTCTGGTCCACTCAAAGAATCATTCTAGTCGTTTCTTCAGTGGCCATAATTGTT 1077
Query 1338 CTTGTATCCGGTTTGTGTGTTACACTTTGGAGATGTTGCAGAAGTAAAATATATAACCGA 1397
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1078 CTCGTATCTGGTTTGTGTGTTACACTTTGGAGATGTTGCAGAAGTAAAATATCTAACCGA 1137
Query 1398 TATTACAGTGGAGCTCGTAAAGATTTACAACGACCATACTTCAATAAGCCTCCATCTCAA 1457
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1138 TATTACACTGGAGCTCGTAAAGATTTACAACGACCATACTTCAATAAACCTCCATCTCAA 1197
Query 1458 CCAACCCCCACTATGGGAAAAGTTTCTCGGGAGCCTATGGTTAAGCCTTTCGATGGATAT 1517
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 CCAACCCCCACTATGGGAAAAGTTTCTCGGGAGCCCATGGTTAAGCCTTTCGATGGATAT 1257
Query 1518 GGAGCTGGAGACAGGAAATATGGGTATCCAATGCCA-CAGCGGGCTGAAGAGAGCCGGAG 1576
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| ||||||||
Sbjct 1258 GGAGCTGGAGACAGGAAATATGGGTATCCTATGCCACCA-CGGGCTGAAGAAAGCCGGAG 1316
Query 1577 AGCAATGCCTCCTACTTCATATTATAATAAGGATGTTAATACACCTCAAAAGCCGCTGCA 1636
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1317 AGCAATGCCTCCTACTTCATATTATAATAAGGATGTTAATACACCTCAAAAGCCGTTGCA 1376
Query 1637 ACAACCACCGAGGCAGTTCCAGTCCAATGATACTGCTTCAAAGAGAGCGGCTCATTTCCC 1696
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1377 ACAACCACCGAGGCAGTTCCAGTCCAATGATTCTGCTTCAAAGAGAGCGGCTCATTTTCC 1436
Query 1697 CCCGGGCTTGAATTCCTCATCTTCTGCTACTGTTTTCACCATTGCTTCACTTCAGCAATA 1756
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 CCCGGGCTTGAATTCTTCATCTTCTGCTACCGTTTTCACCATTGCTTCACTTCAGCAATA 1496
Query 1757 CACAAATAATTTCTCAGAAGAGAATATAATCGGGGAAGGGTCGATTGGTAATGTCTACAG 1816
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1497 CACAAATAATTTCTCAGAAGAGAATATAATTGGGGAAGGGTCGATTGGGAATGTTTACAG 1556
Query 1817 AGCTGAGCTTCGTCATGGAAAGTTTCTTGCGGTGAAGAAGCTGAGCAATACCATCAACAG 1876
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 AGCTGAGCTTCGTCATGGAAAGTTTCTTGCGGTGAAGAAGCTGAGCAATACCATCAACAG 1616
Query 1877 AACACAGAGTGACGGCGAATTCCTCAATCTAGTCTCCAATGTGTTGAAGCTTAAACGCGG 1936
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 AACACAGAGTGACGGTGAATTCCTCAATCTAGTCTCCAATGTGTTGAAGCTTAAACGCGG 1676
Query 1937 TCATATATTGGAGCTTCTTGGTTACTGTAACGAGTTTGGTCAAAGGTTACTTGTGTATGA 1996
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 TCATATATTGGAGCTTCTTGGTTACTGTAACGAGTTTGGTCAAAGGTTACTTGTGTATGA 1736
Query 1997 GTACTGTCCTAATGGATCACTTCAAGATGCACTACATTTGGATCGCAAGTTGCACAAGAA 2056
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1737 GTACTGTCCTAACGGATCACTTCAAGATGCACTACATTTGGACCGCAAGTTGCACAAGAA 1796
Query 2057 GCTCACTTGGAATGTACGTATAAATATTGCATTAGGAGCTTCAAAGGCATTGCAGTTTCT 2116
||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1797 GCTCACTTGGAATGTGCGTATGAATGTTGCGTTAGGAGCTTCCAAGGCATTGCAGTTTCT 1856
Query 2117 TCATGAGGTATGTCAACCGCCGGTTGTTCACCAGAATTTCAAGTCTTCCAAGGTTCTTCT 2176
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 TCACGAGGTATGTCAACCGCCGGTTGTTCACCAGAATTTCAAGTCTTCCAAGGTTCTTCT 1916
Query 2177 TGATGGAAAGCTCTCAGTACGTGTTGCAGACAGCGGTTTGGCTTATATGTTACCACCACG 2236
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1917 TGATGGAAAGCTCTCAGTACGTGTTGCAGACAGCGGTTTGGCTTATATGTTACCACCGCG 1976
Query 2237 CCCAACGAGTCAGATGGCGGGTTATGCCGCTCCTGAGGTTGAGTATGGAAGCTACACTTG 2296
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1977 TCCAACGAGTCAGATGGCGGGTTATGCCGCTCCTGAGGTCGAGTATGGAAGCTACACTTG 2036
Query 2297 TCAGAGCGACGTATTTAGCCTTGGGGTTGTAATGTTAGAACTGCTCACTGGACGCAGACC 2356
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2037 TCAGAGCGACGTATTTAGCCTTGGGGTTGTAATGTTAGAACTGCTCACTGGACGCAGACC 2096
Query 2357 ATTTGACAGGACAAGGCCGAGGGGACATCAAACACTAGCTCAGTGGGCGATTCCTCGGCT 2416
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2097 ATTTGACAGGACAAGGCCGAGGGGACATCAGACACTAGCTCAGTGGGCGATTCCTCGGCT 2156
Query 2417 TCATGACATCGATGCGTTGACAAGAATGGTTGATCCGTCATTACACGGAGCGTATCCAAT 2476
||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2157 TCATGACATTGATGCGTTGACACGAATGGTTGATCCGTCATTACATGGAGCGTATCCAAT 2216
Query 2477 GAAATCATTGTCACGTTTTGCAGATATCATATCACGTTCACTGCAGATGGAACCAGGATT 2536
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2217 GAAATCATTGTCACGTTTTGCAGATATCATATCACGTTCACTGCAGATGGAACCAGGATT 2276
Query 2537 TAGACCGCCGATATCAGAAATAGTCCAAGATCTTCAACATATGATCTAAGATACACAACC 2596
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2277 TAGACCGCCGATATCAGAAATAGTCCAAGATCTTCAACATATGATCTAAGATATACAACC 2336
Query 2597 TTGGACTAA 2605
||| |||||
Sbjct 2337 TTGAACTAA 2345
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 107833483595
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5