BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G11290.1
Length=2430
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg471265 jgi|Araly1|471265|fgenesh2_kg.1__1219__AT1G11290.1 3751 0.0
Ahg949828 jgi|Araly1|949828|scaffold_801715.1 54.7 3e-06
> Ahg471265 jgi|Araly1|471265|fgenesh2_kg.1__1219__AT1G11290.1
Length=2430
Score = 3751 bits (2031), Expect = 0.0
Identities = 2307/2440 (95%), Gaps = 20/2440 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAGCTCACAATTGGTGCAGT-TCTCTACCGT-TCCTCAAAT-CC-CTAATCCCCCGTC 56
|||||||| ||||||||||| | |||| || || | ||||||| || | ||| ||||
Sbjct 1 ATGAGCTCTCAATTGGTGCA-TGTCTCCACAGTGT-CTCAAATCCCGCCAAT--TTCGTC 56
Query 57 TCGCCATCGTCACTTTCTCTCCGAGAGAAATTACATTCCGGCTAATGTCTATGAGCATCC 116
|||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 57 GAGCCATCGTCACTTTCTCTCCCAGAGAAATTATATTCCGGCTAATGTCTACGAGCATCC 116
Query 117 AGCGGCTCTTCTTCTTGAGAGATGTTCTTCTCTGAAAGAACTTCGTCAAATTCTTCCTCT 176
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||
Sbjct 117 AGCGGCTCTTCTTCTTGAGAGATGTTCTTCTCTGAAAGAGCTTCGTCACATTCTCCCTCT 176
Query 177 CGTCTTCAAAAATGGGCTTTATCAGGAGCAT-TTTTTCCAGACAAAGCTTGTCAGCTTGT 235
||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 177 CGTCTTCAAGAATGGTCTTTATCAGGAGCATCTTTTT-CAGACGAAGCTTGTCAGCTTGT 235
Query 236 TCTGTCGCTATGGCAGTGTCGACGAGGCTGCTCGTGTTTTCGAACCCATTGAT-AGTAAA 294
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||
Sbjct 236 TTTGTCGCTATGGCAGTGTCGACGAGGCTGCTCGTGTTTTTGAACCCATTGATAAG-AAA 294
Query 295 CTCAATGTTCTTTATCACACCATGCTTAAAGGGTTTGCTAAAGTTTCAGACTTGGATAAA 354
||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 295 CTCAATGTTCTTTATTACACGATGCTTAAAGGGTTTGCCAAAGTTTCAGACTTGGATAAA 354
Query 355 GCTTTGCAATTTTTTGTTCGGATGAGGTATGATGATGTAGAGCCTGTTGTGTATAACTTC 414
|||||| ||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 355 GCTTTGAAATTTTTCGTTCGGATGAGGGATGATGAGGTAGAGCCTGTTGTGTATAACTTC 414
Query 415 ACTTATCTCCTCAAAGTTTGTGGAGACGAAGCAGAGCTTAGGGTTGGAAAGGAAATTCAT 474
|| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 415 ACCTATCTCCTGAAAGTTTGCGGAGACGAAGCAGAGCTTAGGGTGGGAAAGGAAATTCAT 474
Query 475 GGGTTGTTGGTGAAGAGTGGGTTCTCGTTGGATTTGTTTGCCATGACTGGGCTTGAGAAT 534
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 475 GGGTTGTTGGTGAAGAGTGGGTTCTCGTTGGATTTGTTTGCCATGACTGGACTTGAGAAT 534
Query 535 ATGTATGCCAAGTGTAGGCAGGTAAATGAGGCCCGCAAGGTGTTTGATAGAATGCCTGAG 594
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 535 ATGTATGCCAAGTGTAGGCAGGTACATGAGGCCCGCAAGGTGTTTGATAGAATGCCTGAG 594
Query 595 AGAGATTTGGTTTCTTGGAATACAATTGTGGCTGGGTATTCACAGAATGGGATGGCGAGA 654
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 595 AGAGATTTGGTTTCGTGGAATACAATTGTGGCTGGGTATTCACAGAATGGGATGGCGAGG 654
Query 655 ATGGCTTTGGAAATGGTTAAGTC-AATGTGTGAGGAGAATCTGAAGCCTAGTTTTATCAC 713
|||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 655 ATGGCTTTGGAAATGGTTAA-TCTAATGTGTGAGGAGAATCTGAAGCCTAGTTTTATCAC 713
Query 714 TATTGTTTCTGTTTTGCCTGCTGTCTCTGCTTTGAGGTTGATTAGTGTTGGCAAGGAGAT 773
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||
Sbjct 714 TATTGTCTCTGTTTTGCCTGCTGTCTCTGCTTTGAGGTCGATTAGTATTGGCAAGGAGAT 773
Query 774 TCATGGGTATGCTATGCGGTCGGGATTTGATTCTCTTGTCAATATCT-CCACTGCTTTGG 832
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 774 TCATGGGTATGCTATGCGGGATGGATTTGATTCTCTTGTCAATAT-TGCCACTGCTTTGG 832
Query 833 TTGATATGTATGCGAAATGTGGATCTCTGGAAACTGCTCGGCAGCTCTTTGATGGGATGT 892
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 833 TTGATATGTATGCGAAATGTGGATCTCTGAAAACTGCTCGACTGCTCTTTGATGGGATGT 892
Query 893 TAGAAAGGAATGTTGTTTCATGGAATTCAATGATTGATGCCTATGTGCAGAATGAGAATC 952
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 893 TAGAAAGGAATGTTGTTTCATGGAATTCAATGATTGATGCGTATGTGCAGAATGAGAATC 952
Query 953 CTAAAGAGGCAATGTTAATTTTTCAAAAGATGTTGGACGAAGGAGTCAAACCCACTGATG 1012
|||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 953 CTAAAGAGGCAATGGTAATATTTCAGAAGATGTTGGACGAAGGAGTGAAACCCACTGATG 1012
Query 1013 TATCTGTCATGGGTGCTTTGCATGCTTGTGCTGACCT-GGGTGACCTTGAGAGAGGAAGA 1071
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1013 TATCTGTCATGGGTGCTTTGCATGCTTGTGCTGACCTAGGG-GACCTTGAGAGAGGAAGA 1071
Query 1072 TTCATTCATAAGTTATCTGTTGAATTGGGTCTTGATAGAAATGTTTCTGTAGTGAACTCT 1131
||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1072 TTCATCCATAAGTTATCGGTTGAGTTGGAACTTGATAGAAATGTTTCTGTAGTGAACTCT 1131
Query 1132 TTGATCTCCATGTATTGCAAGTGCAAGGAAGTTGATACTGCTGCTTCTATGTTTGGGAAA 1191
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1132 TTGATATCCATGTATTGCAAGTGCAAGGAAGTTGATACTGCTGCTTCTATATTTGGGAAA 1191
Query 1192 TTGCAGAGCAGAACCCTTGTCTCTTGGAATGCAATGATATTAGGATTTGCACAGAATGGA 1251
||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1192 TTGCAGAGCAGAACCATTGTATCATGGAATGCAATGATATTAGGATTTGCACAGAATGGA 1251
Query 1252 CGTCCCATCGATGCTTTGAATTACTTCAGCCAGATGC-GGTCTCGGACAGTGAAACCAGA 1310
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 1252 CGTCCGATCGAAGCTTTGAATTACTTCAGCCAGATGCAGG-CTCGGACAGTGAAACCAGA 1310
Query 1311 CACATTTACTTATGTGAGTGTGATAACTGCTATCGCAGAGCTGTCAATTACACATCATGC 1370
||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1311 CACGTTTACTTACGTGAGTGTGATAACTGCTATCGCAGAGCTTTCAATTACACATCATGC 1370
Query 1371 GAAGTGGATTCATGGGGTGGTTATGCGAAGTTGTCTGGATAAGAACGTGTTTGTCACAAC 1430
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1371 GAAGTGGATTCATGGGGTGGTTATGCGAAATTGTCTGGATAAGAATGTGTTTGTCACAAC 1430
Query 1431 GGCTCTAGTCGACATGTATGCGAAATGTGGTGCTATTATGATTGCAAGATTGATTTTTGA 1490
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1431 GGCTCTAGTCGACATGTATGCGAAATGTGGTGCTATCATGATTGCAAGATTGATTTTTGA 1490
Query 1491 CATGATGAGTGAGCGTCATGTGACAACATGGAATGCTATGATTGATGGATACGGGACACA 1550
|||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1491 TATGATGAGCGATCGTCATGTGACAACCTGGAATGCTATGATTGATGGATACGGGACGCA 1550
Query 1551 TGGATTTGGGAAAGCTGCTCTGGAGTTGTTTGAAGAAATGCAAAAAGGCACCATCAAACC 1610
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1551 TGGAATTGGGAAAGCTGCTCTGGAGTTGTTTGAAGAAATGCAAAAAGGAACCATCAAACC 1610
Query 1611 AAATGGTGTCACATTTCTTTCTGTCATCTCTGCTTGCAGCCACTCGGGTTTGGTGGAGGC 1670
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1611 AAATGGTGTCACATTTCTTTCTGTAATATCTGCTTGCAGCCACTCGGGTTTGGTGGAGGC 1670
Query 1671 AGGACTCAAGTGCTTCTATATGATGAAGGAAAACTACAGCATAGAACTGTCAATGGACCA 1730
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1671 AGGACTCAAGTGCTTCCATATGATGAAGGAAAACTACAGCATAGAACCATCGATGGACCA 1730
Query 1731 CTATGGAGCCATGGTCGATCTTTTAGGTCGAGCTGGACGGTTGAATGAAGCATGGGACTT 1790
||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1731 CTATGGAGCAATGGTCGATCTTCTAGGTCGGGCTGGGCGGTTGAATGAAGCATGGGACTT 1790
Query 1791 TATTATGCAGATGCCCGTTAAGCCGGCTGTAAATGTATATGGTGCCATGTTAGGTGCTTG 1850
| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1791 TGTTATGCAGATGCCCGTTAAGCCTGCTGTAAATGTATATGGTGCCATGTTAGGTGCTTG 1850
Query 1851 CCAGATTCATAAAAATGTGAATTTCGCTGAGAAAGCAGCAGAGAGATTGTTTGAGTTGAA 1910
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 CCAGATTCATAAAAATGTGAATTTCGCTGAGAAAGTAGCAGAGAGATTGTTTGAGTTGAA 1910
Query 1911 CCCGGATGATGGTGGGTATCATGTGCTTCTTGCAAACATATATCGTGCAGCTTCAATGTG 1970
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1911 CCCGGAAGATGGTGGGTATCATGTGCTTCTTGCAAACATATATCGTGCAGCTTCAATGTG 1970
Query 1971 GGAAAAAGTGGGACAAGTGAGAGTTTCAATGTTGAGACAGGGTCTGCGCAAAACTCCTGG 2030
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1971 GGAAAAAGTGGGACAAGTGAGAGTTTCAATGTTGAGACAGGGTCTGCGCAAAACTCCTGG 2030
Query 2031 CTGCAGTATGGTGGAGATAAAGAACGAGGTGCATAGCTTCTTCTCTGGAAGCACAGCCCA 2090
||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2031 CTGCAGTATGGTGGAGATAAAGAACGAAGTTCATAGCTTCTTTTCTGGAAGCACAGCCCA 2090
Query 2091 TCCCGATTCCAAGAAGATTTATGCGTTTCTTGAGAAGCTGATATGCCACATCAAAGAAGC 2150
|||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2091 TCCCAATTCCAAGAAGATTTATGCCTTTCTTGAGAAGCTGATATGCCAAATCAAAGAAGC 2150
Query 2151 TGGTTATGTTCCTGACACGAATTTAGTCCTCGGTGTGGAAAATGATGTTAAGGAGCAACT 2210
|||||||||||||||||| |||||| ||||||| | ||| |||||||||| ||||| |
Sbjct 2151 TGGTTATGTTCCTGACACAAATTTAATCCTCGGCCTAGAAGATGATGTTAAAGAGCAGTT 2210
Query 2211 GCTGAGTACCCACAGTGAGAAGCTGGCTATATCTTTTGGATTGCTGAATACAACTGCAGG 2270
||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||| | || ||||||||||| ||
Sbjct 2211 GCTAAGTAGCCACAGTGAGAAGCTGGCAATATCTTTTGGACTCCTCAATACAACTGCGGG 2270
Query 2271 TACAACTATTCACGTAAGAAAGAACCTGCGGGTTTGTGCTGACTGTCACAATGCTACAAA 2330
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2271 TACAACTATTCATGTAAGAAAGAACCTGCGGGTTTGTGCTGACTGTCACAATGCTACAAA 2330
Query 2331 GTACATTTCCCTTGTGACCGGACGGGAAATTGTAGTACGAGACATGCAACGGTTTCACCA 2390
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2331 GTACATTTCCCTTGTGACCGGACGGGAAATTATAGTACGAGACATGCAACGGTTTCACCA 2390
Query 2391 TTTCAAAAACGGTGCCTGTTCGTGCGGAGATTACTGGTGA 2430
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2391 CTTCAAGAACGGTGCCTGTTCGTGCGGAGATTACTGGTGA 2430
> Ahg949828 jgi|Araly1|949828|scaffold_801715.1
Length=1808
Score = 54.7 bits (29), Expect = 3e-06
Identities = 29/29 (100%), Gaps = 0/29 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 827 CTTTGGTTGATATGTATGCGAAATGTGGA 855
|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 488 CTTTGGTTGATATGTATGCGAAATGTGGA 516
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 91568948980
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5