BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G11660.1
Length=2617
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg919991 jgi|Araly1|919991|scaffold_101272.1 2527 0.0
> Ahg919991 jgi|Araly1|919991|scaffold_101272.1
Length=2365
Score = 2527 bits (1368), Expect = 0.0
Identities = 1454/1497 (97%), Gaps = 0/1497 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 103 TTGAGGTTTGTTAAAATGAGTGTAGTGGGATTTGATGTTGGGAATGAGAACTGTGTTATC 162
||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 8 TTGAGATTTCTTAAAATGAGTGTGGTGGGATTTGATGTTGGGAATGAGAACTGTGTTATC 67
Query 163 GCAGTTGCAAAGCAACGAGGGATCGACGTTTTGTTGAACGATGAATCGAACCGAGAAAAT 222
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 68 GCAGTTGCAAAGCAACGGGGGATCGATGTTTTGTTGAACGATGAATCGAACCGAGAAAAT 127
Query 223 CCTGCTATGGTTTCCTTTGGTGAGAAGCAGAGATTCATGGGTGCTGCTGCTGCTGCCTCT 282
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 128 CCTGCTATGGTTTCCTTTGGTGAGAAGCAGAGATTCATGGGTGCTGCTGCTGCTGCCTCT 187
Query 283 GCTACTATGCATCCCAAGTCAACCATTTCTCAGTTAAAGAGATTGATCGGTAGGAAATTC 342
||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 188 GCTACTATGCATCCCAAATCAACTATTTCGCAGTTAAAGAGATTGATCGGTAGGAAATTT 247
Query 343 AGGGAGCCTGATGTTCAGAATGATCTGAGGTTGTTTCCTTTTGAAACTTCTGAAGACTCT 402
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 248 AGGGAACCTGATGTTCAGAATGATCTGAGGTTGTTCCCTTTCGAAACTTCTGAAGACTCT 307
Query 403 GATGGTGGAATTCAAATTCGGCTTCGGTATATGGGTGAGATACAGAGCTTCAGTCCGGTG 462
||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 308 GATGGTGGAATTCAAATTCAGCTTCGGTACATGGGTGAGATTCAGAGCTTCAGTCCGGTG 367
Query 463 CAGATATTAGGCATGTTGCTTTCACATTTGAAGCAGATTGCAGAGAAGAGTCTCAAAACG 522
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 368 CAGATATTAGGCATGCTGCTTTCACATTTGAAGCAGATAGCAGAGAAGAGTCTCAAAACG 427
Query 523 CCTGTTTCAGACTGTGTCATTGGGATTCCATCCTACTTTACAAACTCACAAAGACTTGCC 582
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 428 CCTGTTTCAGACTGTGTCATTGGGATTCCATCCTACTTTACAAACTCACAAAGACTTGCC 487
Query 583 TATTTGGATGCTGCAGCCATTGCTGGCCTGAGGCCATTGAGATTGATGCATGATTCTACC 642
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 488 TATTTGGATGCTGCTGCCATTGCTGGCCTGAGGCCATTGAGACTGATGCACGATTCTACT 547
Query 643 GCCACTGCACTTGGATATGGTATATACAAGACAGATTTGGTAGCTAACTCGAGCCCTACT 702
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 548 GCCACTGCACTTGGATATGGTATATACAAGACAGATTTGGCAGCTAACTCGAGCCCTACT 607
Query 703 TACATTGTGTTTATCGATATCGGTCACTGTGATACACAAGTGTGTGTGGCATCGTTTGAG 762
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 608 TACATTGTGTTTATCGATATCGGTCACTGCGATACACAAGTGTGTGTGGCATCGTTTGAG 667
Query 763 TCTGGAAGCATGAGAGTCCGTTCTCATGCTTTTGATAGAAACTTGGGCGGGAGAGATTTT 822
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 668 TCTGGAAGCATGAGAGTCCGTTCTCATGCTTTTGATAGAAACTTGGGCGGGAGAGATTTT 727
Query 823 GATGAGGTTCTCTTCAACCACTTTGCCCTTGAATTTAAGGAGAAATACAACATAGATGTA 882
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 728 GATGAGGTTCTCTTCAACCACTTTGCCGTTGAATTTAAGGAGAAATACAACATAGATGTA 787
Query 883 TATACAAATACCAAGGCGTGTGTTAGGTTAAGGGCATCGTGTGAGAAAGTTAAAAAGGTC 942
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||
Sbjct 788 TATACAAATACCAAGGCGTGTGTTAGGTTAAGGGCATCATGTGAGAAACTTAAAAAGGTC 847
Query 943 TTGAGTGCAAATGCTGAGGCACAGCTGAATATTGAATGTCTGATGGAGGAGAAGGACGTG 1002
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 848 TTGAGTGCAAATGCTGAGGCACAGCTGAATATAGAATGTCTGATGGAGGAGAAGGACGTG 907
Query 1003 AGGAGCTTCATCAAGAGAGAAGAGTTTGAGCAGTTGTCAGCAGGCTTGTTGGAGAGATTA 1062
| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 908 AAGAGCTTCATCAAGAGAGAAGAGTTTGAGAAGTTGTCAGCAGGCTTGTTGGAGAGATTA 967
Query 1063 ATTGTACCGTGTCAAAAGGCTTTGGCTGACTCTGGTCTAAGTTTGGATCAAATCCACTCT 1122
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||
Sbjct 968 ATTGTACCGTGTAAAAAGGCTTTGGCTGACTCTGGTGTAAGTTTGGATCATATCCACTCT 1027
Query 1123 GTGGAGCTAGTTGGTTCAGGGTCCCGCATTCCAGCTATATCTAAGATGCTAAGCTCGTTG 1182
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1028 GTGGAGCTAGTTGGTTCCGGGTCCCGCATTCCAGCTATATCTAAGATGCTAAGCTCATTG 1087
Query 1183 TTTAAGAGGGAGCTAGGCAGGACTGTGAATGCAAGTGAGTGCGTAGCTCGAGGATGTGCG 1242
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1088 TTTAAGAGGGAGCTAGGCAGGACTGTGAATGCAAGTGAGTGCGTAGCTCGAGGATGTGCG 1147
Query 1243 CTTCAATGTGCAATGCTCAGTCCAGTTTTTCGAGTTAGAGATTATGAGGTTCAAGATTCT 1302
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1148 CTTCAATGTGCAATGCTCAGTCCAGTTTTTCGAGTTAGAGATTATGAGGTTCAAGATTCT 1207
Query 1303 TACCCTTTCGCAATCGGCTTTTCATCTGATAAAGGTCCCATAAACACACCATCGAATGAA 1362
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1208 TTCCCTTTCGCAATCGGCTTTTCATCTGATAAAGGTCCCATAAACACACCATCGAATGAA 1267
Query 1363 TTGCTCTTTCCGAAAGGCCAGATCTTCCCAAGTGTAAAGGTTCTTACTCTACATAGGGAA 1422
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||
Sbjct 1268 TTGCTATTTCCGAAAGGCCAGATCTTCCCAAGTGTAAAGGTTCTTAGTCTACACAGGGAA 1327
Query 1423 AACACTTTCCAGTTGGAAGCCTTTTATGCAAACCATAATGAACTATCACCAGATATACCA 1482
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1328 AACACTTTCCATTTGGAAGCCTTTTATGCAAACCATAATGAACTATCACCAGATTTACCA 1387
Query 1483 ACACAGATAAGCAGTTTTATGATTGGGCCTTTTCATATATCGCACGGAGAAGCGGCACGT 1542
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1388 ACTCAGATAAGCAGTTTTATGATTGGGCCTTTTCATATATCGCACGGAGAAGCAGCACGT 1447
Query 1543 GTCAAAGTAAGAGTTCAGCTAAATCTCCACGGGATTGTCACGATTGATTCAGCTACG 1599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1448 GTCAAAGTAAGAGTTCAGCTAAATCTCCACGGGATTGTCACCATTGATTCAGCTACG 1504
Score = 1327 bits (718), Expect = 0.0
Identities = 795/832 (96%), Gaps = 5/832 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1599 GCTAATAGAATATCATAAGGAGAATATAACTTCTGAAGAGATGATATCTGAAGAGAATCA 1658
||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1534 GCTAATAGAATATCACAAGGAGAATATAACTTCCGAAGAGATGATATCCGAAGAGAATCA 1593
Query 1659 TCAATCTTCTGCTATGAAGGATGGCTCTTTGGACCCTTCGTCAGGTTCTATTGGTAATGA 1718
|||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1594 TCAATCTTCTGCTATGAAAGATGGCACTTTGGACCCTTCGTCAGGTTCTACTGGTAATGA 1653
Query 1719 GCCTAAGGCTATCAAAAGAATGGAAATTCCAGTTGTTGCGAACGTGTCTGGTGCATTGAC 1778
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1654 GCCCAAAGCTATCAAAAGAATGGAAATTCCAGTTGTTGCGAACGTGTCTGGTGCATTGAC 1713
Query 1779 GAA-GGATGAGTTATCGGAGGCCAAACAGAGAGAGAACTCTTTAGTGGAGCAAGATCTGA 1837
|| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1714 -AAGGGATGAGTTATCTGAGGCCAAACAGAGAGAGAACTCTTTAGTGGAGCAAGATCTGA 1772
Query 1838 AGATGGAATCGACAAAGGATAAGAAAAATGCTCTTGAATCTTTTGTCTATGAGATGCGTG 1897
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1773 AGATGGAATCGACAAAGGATAAGAAAAATGCTCTCGAATCCTTTGTTTATGAGATGCGTG 1832
Query 1898 ATAAGATGTTAAATACATATCGGAACACTGCAACCGAGTCAGAACGGGAATGCATAGCTA 1957
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1833 ATAAGATGTTAAATACATATCGGAACACTGCAACCGAGTCAGAACGGGAATGCATAGCTA 1892
Query 1958 GAAATCTTCAGGAAACAGAGGAATGGCTATATGAAGATGGTGATGATGAATCTGAAAATG 2017
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1893 GAAATCTTCAGGAAACAGAGGATTGGCTATATGAAGATGGTGATGATGAATCTGAAAATG 1952
Query 2018 CGTACATCGAGAAGTTGAATGATGTCAAAAAGCTCATCGATCCTATTGAAAACCGGTTCA 2077
||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1953 CGTACATCGAGAAGTTGAACGATATCAAAAAGCTCATCGATCCTATTGAAAATCGGTTCA 2012
Query 2078 AAGATGGAGAAGAGCGAGTTCAAGCATCAAAAGATCTTCTGAAAACTATTGCAGATAACC 2137
||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2013 AAGATGGAGAAGAGCGACTTCAAGCATCAAAGGATCTTCTGAAAACTATTGCAGATAACC 2072
Query 2138 GAATGGCTGCAGAGTCTCTTCCTCCTCCAAGAAAGAATGCGGTTCTCGATGAATGCCATA 2197
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2073 GAATGGCTGCAGAGTCTCTTCCTCCTCCAAGAAAGAATGCGGTTCTCGATGAATGTCATA 2132
Query 2198 AAGCTGAGAGGTGGCTCCACGAGAAAACCACAGAACAGGAATCTTTACCCAAAGACGCTA 2257
||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2133 AAGCTGAGAGGTGGCTCCAAGAGAAAACCACAAAACAGGAATCTTTACCCAAAGATGCTA 2192
Query 2258 ATCCAGAGCTGCAATCTGCTGAAATCAGGAGAAAAGCTGATGCTCTAAACGCGACATGCA 2317
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 2193 ATCCAGAGCTGCAATCTGCTGAAATCAAGAGAAAAGCCGATGCTCTTAACGCGACATGCA 2252
Query 2318 AGTACATTGGGAAATCAAACTCTCCCCCCGCGAAACCGGAACATAACGGATCATACGGAA 2377
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| | ||||
Sbjct 2253 AGTACATTGGGAAATCAAACTCTCCTCCCGCGAAACCAGAACATAATGGATCGCATGGAA 2312
Query 2378 GTAGAAAATCAGATGATATGGAGCTTGATTGATTGTTCTTCTTTCTCTTATA 2429
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 2313 GTAGAAAATCAGATGATATGGAACTTGATTGATTGTTCTT-T--CTCTTATA 2361
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 98691824795
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5