BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G11710.1
Length=2646
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg471310 jgi|Araly1|471310|fgenesh2_kg.1__1264__AT1G11710.1 3238 0.0
> Ahg471310 jgi|Araly1|471310|fgenesh2_kg.1__1264__AT1G11710.1
Length=2499
Score = 3238 bits (1753), Expect = 0.0
Identities = 2029/2160 (94%), Gaps = 27/2160 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 9 CGCCGTCGCCGTCACCAGAGTTACTCATCGTGGTTTGTCAAACGCT-AG--CGAGGCTC- 64
||||||||||||| || || |||||||||||||||| ||||||||| || ||||| |
Sbjct 1 CGCCGTCGCCGTCGCCGGAATTACTCATCGTGGTTT-TCAAACGCTAAGATAGAGGC-CG 58
Query 65 ATGTATCGGACGATCATGCCTTCGAATTCTACGTTTAAAGACCTCTGTCTAGATTTAGGG 124
||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||
Sbjct 59 GTGTATTGGAAGATAATGCCTTCGAATTCTACGTTTAAAAACCTCTGTCTTGATTTAGGG 118
Query 125 GTTTTGCTTCTAGGGTTTATCGTTATCTGAGGTTTTT-CTGTGTACCGTATGTTCGGTCA 183
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||| |||
Sbjct 119 TTTTTGCTTCTAGGGTTTATCGTTATCTGA-GTTTTTCCT-TGTACCGTATGTTCGCTCA 176
Query 184 CGTTTTCTCCAGAAGAACGAGCTTCCTGGTACGTTGCTTTCACGTTGCTAAGAAATTCTC 243
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 177 CGTTTTCTCCAGAAGAACGAGCTTCCTGGTACGTTGCTTTCACGTCGCTAAGAAATTCTC 236
Query 244 GAATCCTGAGCCGGAAGATATTCTCTTTAGTGCTCTCTGTTTGAATTTAAGACAGAGAAG 303
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 237 GAATCCTGAGCCGGAAGACATTCTCTTTAGTGCTCTCTGTTTGAATTTAAAACAGAGAAG 296
Query 304 ATGGAACACTCTTCATCAATTCTCCTCGAGTCTCACAAATCCGTTGATAAGTCGAGTTCT 363
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 ATGGAACACTCTTCATCAATTCTCCTCAAGTCTCACAAATCCGTTGATAAGTCGAGTTCT 356
Query 364 TCG-CGAGTTTCGAAGCTCGCCGAAGTTAGCTCTAGAGTTCTACAATTGGGTTTTAAG-G 421
||| | |||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||| || |
Sbjct 357 TCGAC-AGTTTCGAAGCTCGCCGAAGCTAGCTTTAGAATTCTACAATTGGGTTTT-AGAG 414
Query 422 AGTAACACTGTGGCTAAGTCTGAGAATCGATTCGAAGCCTCTTGTGTGATGATTCATTTG 481
| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 415 AACAACACTGTGGCTAAGTCCGAGAATCGATTCGAAGCCTCTTGTGTGATGATTCATTTG 474
Query 482 CTGGTTGGTTCGAGAAGATTTGATGATGCTTTATCAATAATGGCGAATTTGATGTCTGTA 541
||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 475 CTGGTCGATTCGAGAAGATTTGATGATGCTTTATCAATAATGGTGAATTTGATGTCTGTA 534
Query 542 GAAGGTGAAAAGTTGAGTCCTTTACATGTTTTGTCGGGTTTGATTCGAAGTTACCAAGCT 601
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 535 GAAGGTGAAAAGTTGAGTCCTTTACATGTTTTGTCGGGTTTGATTCGAAGTTACCAAGCC 594
Query 602 TGTGGTTCGAGTCCTGATGTGTTTGATTCATTGGTTAGAGCTTGTACACAGAATGGTGAT 661
||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 595 TGTGGTTGGAGTCTTGATGTGTTTGATTCATTGGTTAGAGCTTGTACACAGAATGGTGAT 654
Query 662 GCGCAAGGAGCTTATGAAGTGATTGAGCAGACGAGAGCAGAAGGTTTTTGTGTTTCTGTT 721
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||
Sbjct 655 GCTCAAGGAGCTTATGAAGTGATTGAGCAGACGAGAACAGAGGGTTTTTGGGTTTCTGTT 714
Query 722 CATGCGTTGAATAATTTTATGGGTTGTTTATTGAATGTGAATGAGATTGATAGGTTTTGG 781
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 715 CATGCGTTGAATAATTTTATGGGTTGTTTGTTGAATTTGAATGAGATTGATTGGTTTTGG 774
Query 782 AAGGTTTACAAGGAAATGGATTCTTTAGGGTATGTTGAGAATGTGAATACATTTAATCTG 841
| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 775 ATGGTTTACAAGGAAATGGATTCTCTGGGGTATGTTGAGAATGTGAATACTTTTAATCTT 834
Query 842 GTTATATATTCGTTTTGTAAGGAGAGTAAGTTGTTTGAAGCGTTATCTGTGTTTTACCGG 901
||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 835 GTTATTTATTCGTTTTGTAAGGAGAATAAGTTGTTTGAAGCGTTATCTGTGTTTTACCGG 894
Query 902 ATGTTGAAATGTGGGGTTTGGCCTAATGTTGTTAGCTTTAATATGATGATTGATGGAGCT 961
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 895 ATGTTGAAATGTGGGGTTTGGCCTAATGTTGTTAGCTTTAATATGATGATTGATGGAGCT 954
Query 962 TGTAAGACGGGTGATATGAGATTTGCCTTGCAGCTTTTAGGGAAGATGGGAATGATGTCT 1021
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||
Sbjct 955 TGTAAGACGGGTGATATGAGATTTGCCTTGCAGCTCTTAGGGAAGATGGGAGTGATGTCG 1014
Query 1022 GGAAACTTTGTTTCACCTAATGCTGTGACGTACAATTCTGTTATCAACGGGTTTTGCAAG 1081
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 1015 GGAAACTTTGTCTCACCTAATGCTGTGACGTACAATTCGGTTATCAATGGGTTTTGCAAG 1074
Query 1082 GCCGGGAGATTGGATTTGGCGGAAAGAATCCGTGGTGACATGGTCAAATCAGGTGTTGAT 1141
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 1075 GCGGGGAGATTGGATTTGGCGGAAAGAATCCGTGGTGAAATGGTTAAATCAGGTGTTGAT 1134
Query 1142 TGCAATGAAAGAACCTATGGAGCTTTGGTGGATGCGTATGGTAGAGCTGGAAGCTCAGAT 1201
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1135 TGCAATGAAAGAACCTATGGAGCTTTAGTGGATGCGTATGGTAGAGCTGGAAGCTCAGAT 1194
Query 1202 GAAGCCTTAAGGTTGTGTGATGAGATGACGAGTAAGGGACTTGTGGTAAATACAGTTATC 1261
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1195 GAAGCCTTAAGGTTGTGTGATGAGATGACGAGTAAGGGACTTGTGGCCAATACTGTTATC 1254
Query 1262 TATAACTCTATTGTTTATTGGCTGTTTATGGAAGGTGACA-TAGAAGGAGCTATGTCTG- 1319
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||| ||
Sbjct 1255 TATAACTCTATTGTTTATTGGCTGTTTATGGAAGGTGACACT-GAAGGAGCAATGA-TGG 1312
Query 1320 TGTTGCGTGATATGAAT-AGTAAAAAT-ATGCAAATTGATCGATTTACTCAAGCCATTGT 1377
|||||||||| |||| | || ||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 1313 TGTTGCGTGAAATGA-TCAG-AAAAAGGATGCAAATTGATGGGTTTACTCAAGCCATTGT 1370
Query 1378 TGTCAGAGGTCTATGCAGAAACGGATATGTAAAGGAAGCTGTTGAGTTTCAGAGACAGAT 1437
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1371 TGTCAGAGGTCTATGCAGAAACGGATATGTAGCGGAAGCTGTTGAGTTTCATAGACAGAT 1430
Query 1438 TTCAGAGAAGAAGCTCGTGGAAGATATAGTTTGTCACAACACGCTTATGCACCATTTTGT 1497
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1431 TTCAGAGAAGAAACTCGTGGAAGATATAGTTTGTCACAACACGCTTATGCACCATTTTGT 1490
Query 1498 AAGGGATAAAAAGCTGGCGTGTGCTGATCAGATTCTAGGGAGTATGTTGGTTCAAGGTTT 1557
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1491 AAGGGATAAAAAGCTGGTGTGTGCTGATCAGATTCTAGGGAGTATGTTGGTTCACGGTTT 1550
Query 1558 GAG-TCTCGATGCGATTTCGTTTGGTACTTTGATTGATGGATACCTAAAGGAAGGTAAGT 1616
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1551 -AGGTCTCGATGCGATTTCGTTTGGTACTTTGATTGATGGATACCTAAAGGAAGGGAAGT 1609
Query 1617 TGGAAAGAGCTCTCGAGATATATGATGGTATGATCAAGATGAATAAAACATCGAATCTTG 1676
||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1610 TGGAAAGAGCTATCGATATATACGATGGTATGATCAAGATGAATAAAACGCCGAATCTTG 1669
Query 1677 TGATTTACAATTCAATTGTGAATGGATTAAGTAAAAGAGGAATGGCTGGTGCAGCTGAAG 1736
||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1670 TGATTTACAATTCAATTGTGAATGGATTAAGCAAGAGAGGAATGGCTGGTGCGGCTGAAG 1729
Query 1737 CAGTTGTGAACGCTATGGAAATCAAGGACATTGTAACTTACAACACGCTGTTGAACGAGT 1796
| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1730 CGGTTGTGAACGCTATGGAAAGCAAGGACACTGTAACTTACAACACGCTGTTGAACGAGT 1789
Query 1797 CTCTCAAAACCGGGAATGTCGAAGAAGCTGACGATATCTTATCTAAAATGCAGAAACAGG 1856
|||| |||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1790 CTCTGAAAATTGGGAATGTCGAAGAAGCTGACAAAATCTTATCTAGAATGCAGAAACAGG 1849
Query 1857 ACGGTGAGAAATCGGTTAGTCTTGTGACTTTCAACAT-TATGATCAATCACTTATGCAAG 1915
|| | ||||||||||||||||| ||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 1850 ACAGCGAGAAATCGGTTAGTCTGGTGACTTACAACATCT-TGATCAATCACTTATGCAAG 1908
Query 1916 TTTGGTTCTTATGAGAAAGCGAAGGAAGTTTTGAAGTTTATGGTTGAAAGAGGTGTTGTT 1975
||||||| ||| |||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1909 TTTGGTTGTTACGAGAAAGCGAAGGAGGTATTGAAGATTATGGTTGAAAGAGGTGTTGTC 1968
Query 1976 CCGGATTCTATAACATATGGAACTTTGATTACATCGTTTAGTAAGCATCGCAGTCAAGAA 2035
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1969 CCGGATTCTATAACATATGGAACTCTGATTACATCGTTTAGTAAGAATCGCGGTCAAGAG 2028
Query 2036 AAAGTCGTTGAGCTTCATGATTACT-TGATTCTTCAAGGAGTTACACCTCATGAACATAT 2094
|||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2029 GAAGTCGTTGAGCTTCATGATTA-TATGATTCTTCAAGGAGTTACACCTCATGAACATAT 2087
Query 2095 ATATCTATCTATAGTTCGTCCTCTTCTTGATAGAGAAAATGGAAGGCCTTAGTCAACAAA 2154
||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 2088 ATATCAATCTATAGTTCGTCCTCTTCTTGATGGAGAAAATGGAAGGCCATAGTCAAGAAA 2147
Score = 366 bits (198), Expect = 4e-100
Identities = 284/321 (88%), Gaps = 24/321 (7%)
Strand=Plus/Plus
Query 2183 AAGAAACTACTGAA-CTGTCCAGAGGGTTTGTTTTGGAGGTACGGTACGGATCAGATTCG 2241
|||||||||||||| | || | |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2142 AAGAAACTACTGAACCGGT-CGGAGGGTTTCTTTTGGAGGTACTGTACGGATCAGATTCG 2200
Query 2242 TATCCT-GTTCGTACACGTGGACCCTTGGACGATTCTTTGTAATCAACGGTCAGTGTTGG 2300
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2201 TAT-CTAGTTCGTACACGTGGACCCTTGGACGATTCTTTGTAATCAACGGTCAGTGTTGG 2259
Query 2301 AAA--CAGGATCGCTT--G---A-CGTGGACCTGTAAAGCGGGGATTGTCTGACACGTGG 2352
||| ||||||| ||| | | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2260 AAAAACAGGATCACTTAAGCTTAACGTGGACTTGTAAAGCGGGGATTGTCTGACACGTGG 2319
Query 2353 CGCTAATGCACCGGCCAAACAATTTGGTTGTCACGAGCTATTACGATACTTTCCACGTGA 2412
|||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||| | | ||||||
Sbjct 2320 CGCTAATGCATCGGCCAAACGATTTCGTTGTCACGAGCTATTA--A--C-----ACGTGA 2370
Query 2413 TTTGTTTAAGA-TTAGCCGTCCAGATTATGTAATGTTGGTAGACACCGTAAGGAATATAA 2471
|||| |||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2371 CTTGT--AAGAATTAACCGTCCAGATTATGTAATATTGGTAGACACCGTAAGGAATATTA 2428
Query 2472 TCTGAGAAGCAGACGAATATT 2492
|||||||||||||||||||||
Sbjct 2429 TCTGAGAAGCAGACGAATATT 2449
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 99796441900
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5