BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G11720.2
Length=3533
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg312200 jgi|Araly1|312200|fgenesh1_pm.C_scaffold_1000980 4530 0.0
> Ahg312200 jgi|Araly1|312200|fgenesh1_pm.C_scaffold_1000980
Length=3063
Score = 4530 bits (2453), Expect = 0.0
Identities = 2709/2829 (96%), Gaps = 31/2829 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 525 GATGATGATTTGTTAGAACA-AAAGTTAAAACTTGAAAGAGAGAATCTTCGTAGGAAGGA 583
||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 238 GATGATGCTTTGTTAGAA-AGAAAGTTAAAACTTGAAAGAGAGAATCTTCGTAGGAAGGA 296
Query 584 AATAGAAACGCTTGCAGCGGAAAATTTGGCGAGAGGTGATAGAATGTTTGTGTATCCCGT 643
||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 AATAGAAGCGCTTGCAGTAGAACATTTGGCGAGAGGTGATAGAATGTTTGTGTATCCCGT 356
Query 644 TATTGTGAAACCTGATGAAGACATAGAAGTGTTTCTCAACAGGAATCTGTCGACTCTGAA 703
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 357 TATTGTGAAACCCGATGAAGACATAGAAGTGTTTCTCAACAGGAATCTGTCAACTCTGAA 416
Query 704 TAACGAACCCGATGTTTTGATCATGGGGGCGTTTAACGAATGGAGATGGAAGTCTTTCAC 763
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 417 GAACGAACCAGATGTTTTGATCATGGGGGCGTTTAACGAATGGAGATGGAAGTCTTTCAC 476
Query 764 AAGGAGATTGGAAAAGACCTGGATCCATGAAGATTGGTTGTCATGTCTCCTTCATATCCC 823
||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 477 GAGGAGATTGGAAAAGACATGGATCCATGGAGATTGGTTGTCATGTCTCCTTCATATCCC 536
Query 824 CAAAGAAGCGTATAAGATGGACTTCGTGTTTTTCAATGGGCAAAGTGTATATGACAACAA 883
||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 537 CAAAGAAGCTTATAAGATGGACTTTGTGTTTTTCAATGGGCAAAGTGTATATGACAACAA 596
Query 884 TGACTCAAAAGATTTTTGTGTAGAGATAAAAGGTGGGATGGATAAAGTTGACTTTGAGAA 943
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 597 TGACTCAAAAGATTTCTGTGTAGAGATAAAAGGTGGGATGGATAAAGTTGACTTTGAGAA 656
Query 944 TTTTCTTCTAGAAGAGAAACTGCgagagcaagagaagttagccaaggaagaagctgagag 1003
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 657 TTTTCTTCTAAAAGAGAAATTGCGAGAGCAAGAGAAGTTAGCCAAGGAAGAAGCTGAGAG 716
Query 1004 ggagaggcaaaaagaagagaagagaagaatcgaagctcaaaaggCTGCAATTGAAGCTGA 1063
|||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 717 GGAGAGGCAAAAAGAAGAGAAGAGGAGAATTGAAGCTCAAAAGGCTGCAATTGAAGCTGA 776
Query 1064 TAGAGCACAAGCAAAGGCGGAGACTCAGAAGAGACGTGAATTGCTTCAACCGGCTATTAA 1123
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 TAGAGCACAAGCTAAGGCGGAGACTCAGAAGAGACGTGAATTGCTTCAACCGGCTATTAA 836
Query 1124 GAAAGCTGTAGTCTCGGCTGAGAATGTTTGGTACATTGAGCCGAGTGATTTCAAGGCTGA 1183
||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 GAAGGCTGTAATCTCGGCTGAGAATGTTTGGTACATTGAGCCGAGTGATTTCAAGGCTGA 896
Query 1184 AGATACAGTGAAGCTATATTACAATAAAAGGTCAGGTCCTCTGACTAATTCCAAAGAACT 1243
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 897 AGATACAGTGAAGCTATATTACAATAAAACGTCAGGTCCTCTGGCTAATTCCAAAGAACT 956
Query 1244 GTGGTTACATGGAGGGTTTAATAATTGGGTTGATGGATTATCTATCGTTGTAAAGCTTGT 1303
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 CTGGTTACATGGAGGGTTTAATAATTGGGTTGATGGATTATCTATCGTTGTAAAGCTTGT 1016
Query 1304 TAATGCTGAGTT--A--A--A-G-------GA-T-G---T--TGATCCAAAGAGCGGAAA 1342
| |||||||||| | | | | || | | | |||| |||||||||||||
Sbjct 1017 TGATGCTGAGTTAAAGGATGATGATCCAAAGAGTGGAAATGATGATTCAAAGAGCGGAAA 1076
Query 1343 TTGGTGGTTCGCTGAAGTTGTAGTGCCTGGCGGTGCACTAGTCATTGACTGGGTCTTTGC 1402
||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 TTGGTGGTTCGCTGAAGTTGTAGTGCCTGCCAGTGCTCTAGTCATTGACTGGGTCTTTGC 1136
Query 1403 TGATGGACCACCTAAAGGAGCGTTTCTGTATGACAATAATGGTTACCAAGACTTCCACGC 1462
||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1137 TGATGGACCGCCTAAAGGAGCGGTTCTGTATGACAATAATTTTTACCAAGACTTCCACGC 1196
Query 1463 ACTTGTTCCTC-AAAAACTTCCTGAAGAACTTTACTGGTTAGAGGAAGAAAATATGATTT 1521
||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 ACTTGTTCCTCGAAAAAC-TCCTGAAGAACTTTACTGGTTAGAGGAAGAAAATATGATTT 1255
Query 1522 TTAGAAAACTTCAGGAGGATAGGCGGTTAAAAGAGGAAGTTATGCGTGCCAAGATGGAAA 1581
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 TTAGAAAACTTCAGGAGGAGAGGCGGTTAAAAGAGGAAGTTATGCGTGCCAAGATGGAAA 1315
Query 1582 AAACAGCTCGCTTGAAAGCTGAAACTAAGGAAAGAACACTGAAAAAGTTTCTGCTATCCC 1641
| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1316 AGACAGCTCGCTTGAAAGCCGAAACTAAGGAAAGAACACTTAAAAAGTTTCTGCTATCCC 1375
Query 1642 AGAAAGACGTGGTTTACACCGAGCCTCTAGAGATTCAAGCAGGAAACCCTGTGACTGTAT 1701
||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1376 AGAAAGACGTGGTTTACACTGAGCCTGTAGAGATTCAAGCAGGAAACCCTGTGACTGTTT 1435
Query 1702 TGTACAATCCTGCAAACACGGTTTTGAATGGAAAACCTGAAGTTTGGTTTAGAGGCTCTT 1761
| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1436 TATACAATCCTGCAAACACGGTTTTGAATGGAAAGCCTGAAGTTTGGTTTAGAGGCTCTT 1495
Query 1762 TTAATCGTTGGACTCACCGCTTGGGCCCTTTGCCACCTCAGAAAATGGAAGCAACAGATG 1821
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1496 TTAATCGTTGGACTCACCGCTTGGGCCCTTTGCCACCTCAGAAAATGGAAGCAGCAGATG 1555
Query 1822 ATGAAAGCTCACATGTGAAGACTACGGCTAAGGTCCCATTGGATGCTTACATGATGGACT 1881
||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556 ATGGAAGCTCACACATGAAGACTACGGCTAAGGTCCCATTGGATGCTTACATGATGGACT 1615
Query 1882 TTGTGTTCTCTGAGAAAGAGGATGGCGGAATATTTGATAACAAAAATGGTCTGGATTACC 1941
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 TTGTGTTCTCTGAGAAAGAGGATGGCGGAATATTCGATAACAAAAATGGTCTGGATTACC 1675
Query 1942 ATTTACCAGTCGTGGGAGGTATTTCAAAGGAACCACCATTGCACATTGTTCATATTGCTG 2001
||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 ATTTACCGGTTGTGGGAGGTATTTCAAAGGAACCACCATTGCACATTGTTCATATTGCTG 1735
Query 2002 TTGAAATGGCACCCATCGCAAAGGTTGGTGGCCTAGGTGATGTTGTCACTAGTCTATCTC 2061
|||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1736 TTGAAATGGCACCCATCGCAAAGGTTGGAGGTCTAGGTGATGTCGTCACTAGTCTATCTC 1795
Query 2062 GCGCTGTTCAAGAATTAAACCATAATGTGGATAT-AGTTTTTCCAAAGTATGATTGCATA 2120
||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1796 GCGCTGTTCAAGAATTAAACCATAATGTGGACATCA-TTTTTCCAAAGTATGATTGCTTA 1854
Query 2121 AAGCACAATTTTGTGAAGGACTTGCAATTTAACAGAAGCTATCACTGGGGAGGAACTGAA 2180
|||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1855 AAGCACAACTTTGTGAAGGACTTGCAATTCAACAGAAGCTATCACTGGGGAGGAACCGAA 1914
Query 2181 ATAAAAGTTTGGCATGGAAAAGTAGAAGGCCTTTCGGTTTACTTCTTAGATCCACAAAAT 2240
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1915 ATAAAAGTTTGGCATGGAAAAGTAGAAGGCCTTTCTGTTTACTTCTTAGATCCACAAAAT 1974
Query 2241 GGATTGTTTCAGCGAGGATGTGTTTACGGTTGTGCAGATGATGCAGGAAGATTCGGTTTC 2300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1975 GGATTGTTTCAGCGAGGATGTGTTTACGGTTGTGCAGATGATGCAGGAAGATTCGGTTTC 2034
Query 2301 TTCTGTCATGCGGCTCTTGAATTTCTTCTCCAAGGAGGTTTCCATCCAGACATTCTTCAC 2360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2035 TTCTGTCATGCGGCTCTTGAATTTCTTCTCCAAGGAGGTTTCCATCCAGACATCCTTCAC 2094
Query 2361 TGTCATGACTGGTCTAGTGCTCCGGTTTCATGGTTATTCAAGGATCATTACAC-ACAGTA 2419
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | | ||
Sbjct 2095 TGTCACGACTGGTCTAGTGCTCCGGTTTCATGGTTATTCAAGGATCAATACACGA-ATTA 2153
Query 2420 CGGTTTAATTAAAACCCGTATTGTCTTCACAATTCATAATTTGGAATTTGGAGCGAATGC 2479
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2154 CGGTTTAATTAAAACCCGTGTTGTCTTCACAATTCATAATTTGGAATTTGGAGCAAATGC 2213
Query 2480 CATTGGTAAAGCAATGACATTTGCAGACAAAGCCACAACGGTTTCACCAACTTATGCTAA 2539
||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 2214 CATTGGTAAAGCAATGAAATTTGCAGACAAAGCTACAACGGTTTCGCCAACCTATGCTAA 2273
Query 2540 GGAAGTTGCTGGAAACTCTG-TAATCTCTGCACATTTATACAAATTTCACGGAATTATAA 2598
|||||||||||||||||| | |||||||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 2274 GGAAGTTGCTGGAAACTC-GCTAATCTCTCCTCATTTATACAAGTTTCACGGAATCATAA 2332
Query 2599 ACGGGATTGACCCAGATATATGGGATCCATATAACGATAACTTTATTCCCGTACCTTATA 2658
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2333 ACGGGATCGACCCAGATATATGGGATCCATATAACGATAACTTTATTCCCGTACCTTATA 2392
Query 2659 CTTCAGAGAACGTTGTAGAAGGCAAAAGAGCAGCCAAGGAAGAATTGCAAAACAGGCTTG 2718
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2393 CTTCAGAGAACGTTGTAGAAGGCAAAAGAGCAGCCAAGGAAGAATTGCAAAACAGGCTTG 2452
Query 2719 GACTAAAGAGTGCCGATTTTCCAGTAGTAGGAATTATTACGCGCTTAACACACCAGAAGG 2778
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2453 GACTAAAGAGTGCCGATCTTCCAGTAGTAGGAATTATTACGCGCTTAACACACCAGAAGG 2512
Query 2779 GAATACATTTGATCAAGCACGCTATTTGGCGTACCTTGGAACGGAATGGACAGGTTGTCT 2838
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2513 GAATACATTTGATCAAGCACGCTATTTGGCGTACCTTGGAACGGAATGGACAGGTTGTCT 2572
Query 2839 TATTAGGTTCAGCTCCAGATCCTCGGATCCAAAATGATTTTGTAAACTTGGCAAACCAAT 2898
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2573 TGTTAGGTTCAGCTCCAGATCCTCGGATCCAAAATGATTTTGTAAACTTGGCAAACCAAT 2632
Query 2899 TACATTCTTCTCATGGTGACCGGGCTCGGCTTGTTCTAACCTACGATGAACCTCTTTCCC 2958
| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2633 TGCATTCTTCTCATGGTGACCGAGCTCGGCTTGTTCTAACCTACGATGAACCTCTTTCCC 2692
Query 2959 ATTTGATTTATGCTGGGGCTGACTTTATTCTTGTACCGTCGATATTTGAGCCATGTGGAC 3018
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 2693 ATTTGATTTACGCTGGGGCTGACTTTATTCTTGTACCGTCAATATTTGAGCCGTGTGGAC 2752
Query 3019 TGACACAGCTCATAGCCATGAGATACGGCGCTGTTCCTGTTGTTAGAAAAACTGGAGGAC 3078
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2753 TGACACAGCTCATAGCCATGAGATACGGTGCTGTTCCTGTTGTTAGAAAAACTGGAGGAC 2812
Query 3079 TCTTTGATACGGTTTTTGATGTTGACCACGATAAAGAAAGGGCACAAGCTCAAGTTCTAG 3138
||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813 TCTTTGACACAGTATTTGATGTTGACCACGATAAAGAAAGGGCACAAGCTCAAGTTCTAG 2872
Query 3139 AACCTAATGGTTTCAGCTTCGACGGAGCTGATGCTCCTGGTGTTGATTATGCTCTCAATA 3198
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2873 AACCTAATGGCTTCAGCTTCGACGGGGCTGATGCTCCTGGTGTTGATTATGCTCTCAATA 2932
Query 3199 GGGCGATATCGGCGTGGTACGATGGTAGAGAGTGGTTTAACTCGCTGTGCAAGACGGTGA 3258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2933 GGGCGATATCGGCGTGGTACGATGGTAGAGAGTGGTTTAACTCGCTGTGCAAGACGGTGA 2992
Query 3259 TGGAGCAAGACTGGTCATGGAACCGTCCTGCACTTGAGTATCTTGAGCTCTATCACTCTG 3318
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2993 TGGAGCAAGACTGGTCATGGAACCGTCCTGCACTTGAATATCTTGAGCTTTATCACTCTG 3052
Query 3319 CACGCAAGT 3327
|||||||||
Sbjct 3053 CACGCAAGT 3061
Score = 379 bits (205), Expect = 7e-104
Identities = 230/242 (95%), Gaps = 2/242 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 252 ATGGCTGCTTCAGGACCAAAAAGCTCAGGTCCCAGAGGTTTTGGGCGACGAA-CAACAGT 310
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||
Sbjct 1 ATGGCTGCTTCAGGACCAAAAAGCTCAGGTCCCAGAGGTTTTGGACGAC-AACCAACAGT 59
Query 311 AGGAAGTGCTCAGAAAAGAACTCAGAAGAAGAATGGTGAAAAAGATAGTAATGCCACTTC 370
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 AGGAAGTGCTCAGAAAAGAACTCAGAAGAAGAATGGTGAAAAAGATAGTAATGCCACTTC 119
Query 371 TACAGCAACAAACGAGGTTTCAGGGATTAGTAAGTTGCCCGCAGCTAAAGTGGATGTACA 430
||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 120 TACAGCAACAAACGAGGTTTCAGGGGTTACTAAGTTGCCCGAAGCTAAAGCGGATGTACA 179
Query 431 GAAGCAAAGCTCTGTTGTTTTGAATGAGAGAAATGTGTTAGATAGGTCGGATATTGAGGA 490
||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 180 GAAACAAGGCTCTGTTGTTTTTAATGAGAGGAATGTGTTAGATAAGTCGGATATTGAGGA 239
Query 491 TG 492
||
Sbjct 240 TG 241
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 133429850938
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5