BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G11820.2
Length=1924
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg910941 jgi|Araly1|910941|Al_scaffold_0001_1195 2250 0.0
> Ahg910941 jgi|Araly1|910941|Al_scaffold_0001_1195
Length=1455
Score = 2250 bits (1218), Expect = 0.0
Identities = 1380/1456 (95%), Gaps = 19/1456 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 272 ATGGCTTTCACTAGCATGGTTTCCACCGTTCCTGttctcttcttcttcttcactcttctt 331
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCTTTCACTAGCATGGTTTCCACCGTTCCTGTTCTCTTCTTCTTCTTCACTCTTCTT 60
Query 332 TTGATTTCTGCGAATTCGTCGTCTTTATCTCACAACATTAAGGTTCAGGAACAAGACAAA 391
||| ||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 61 TTGGTTTTTGCGAATTCGTCGTCTTTATCTCACGATATTAAGGTCCAGGAACAAGACAAA 120
Query 392 GATCCCTTCGTTGGTTTCAACATCGGCACAGATGTCTCTAATCTTCTCTCGCCGACGGAA 451
||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 121 GATCCATTTGTTGGTTTCAACATCGGCACAGATGTCTCTAATCTACTCTCGCCGACAGAA 180
Query 452 TTAGTCAAATTTCTCCAAGCTCAGAAAGTAAATCACGTCCGATTATACGATGCTGATCCA 511
|||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TTAGTCAAATTTCTCCAAACTCAGAAAGTAAATCATGTCCGATTATACGATGCTGATCCA 240
Query 512 GAATTGCTCAAAGCATTAGCTAAAACCAAGGTACGAGTCATAATCAGTGTACCAAACAAT 571
||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GAATTACTCAAAGCATTGGCTAAAACCAAGATACGAGTCATAATCAGTGTACCAAACAAT 300
Query 572 CAGCTTCTCGCTATTGGATCATCCAACAGTACTGCTGCGTCATGGATTGGTAGAAATGTT 631
||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 301 CAGCTTCTCGCAATTGGATCTTCCAACAGTACCGCTGCGTCATGGATTGGTCGAAATGTT 360
Query 632 GTTGCTTATTACCCTGAAACATTAATCACAGCCATTTCTGTTGGAGATGAGGTTTTAACA 691
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GTTGCTTATTACCCTGAAACATTAATCACAGCCATTTCTGTTGGAGATGAGGTTTTAACA 420
Query 692 ACTGTGCCTTCTTCAGCTCCTTTGCTTTTACCTGCTATTGAGTCTTTATACAATGCTCTT 751
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 ACTGTACCTTCTTCAGCTCCTTTGCTTTTACCTGCAATTGAGTCTTTATACAATGCTCTT 480
Query 752 GTTGCTTCTAATCTCCACACTCAAATCAAGGTCTCTACGCCTCACGCAGCTTCCATCATG 811
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 481 GTTGCTTCCAATCTCCACACTCAAATCAAAGTCTCTACGCCTCACGCAGCTTCGATTATG 540
Query 812 CTCGATACTTTCCCGCCTTCTCAAGCTTACTTTAACCAGACTTGGCATTCGATTATGGTT 871
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CTCGATACGTTCCCGCCTTCTCAAGCTTACTTTAACCAGACTTGGCATTCGATTATGGTT 600
Query 872 CC-TCTGCTTCAGTTCTTGTCGAAAACAGGTTCTCCTTTGATGATGAATCTGTATCCTTA 930
|| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 CCGT-TGCTTCAGTTCTTGTCGAAAACGGGTTCTCCTTTGATGATGAATCTGTATCCTTA 659
Query 931 CTATGTTTATATGCAGAACAAAGGTGTGGTTCCGCTCGATAACTGTTTGTTTGAGCCATT 990
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 660 CTATGTTTATATGCAGAACAAAGGCGTGGTTCCGCTCGATAACTGTTTGTTCGAGCCTTT 719
Query 991 GACACCGTCTAAAGAAATGGTGGATCCGAACACTTTGTTGCATTACACGAATGTTCTTGA 1050
||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 720 GACACCGTCTAAAGAAATGGTTGATCCCAATACTTTGTTGCATTACACTAATGTGCTTGA 779
Query 1051 TGCTATGGTTGATGCTGCTTATGTCTCGATGAAAAACTTAAATGTGTCTGATGTGGCTGT 1110
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 780 TGCTATGGTTGATGCTGCTTATGTCTCGATGAAAAACTTGAATGTGTCTGATGTGGTTGT 839
Query 1111 GCTTGTGACTGAGAGTGGCTGGCCTTCGAAAGGTGACTCGAAAGAGCCTTATGCTACTAT 1170
||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 840 GCTTGTGACCGAGAGCGGCTGGCCTTCAAAAGGTGATTCGAAAGAGCCATATGCTACTAT 899
Query 1171 CGACAATGCTGATACGTACAACTCGAATTTGATCAAGCATGTGTTTGATAGAACTGGTAC 1230
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 CGACAATGCTGATACGTATAACTCGAATTTGATCAAGCATGTGTTTGATAGAACTGGTAC 959
Query 1231 TCCTTTGCACCCTGAGATGACTTCAAGTGTCTACATTTATGAGTTGTTTAATGAGGATTT 1290
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 960 TCCTTTGCACCCTGAGATGACTTCAAGTGTCTACATTTATGAGCTGTTTAACGAGGATTT 1019
Query 1291 GAGGGCTCCTCCGGTTAGTGAAGCTAGTTGGGGGTTATTCTATGGGAACTCTACACCGGT 1350
|||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1020 GAGGGCTCCTCCAGTTAGTGAAGCTAGCTGGGGGTTATTCTCCGGGAACTCTACACCGGT 1079
Query 1351 TTATTTGCTTCATGTATCTGGAAGTGGAACGTTCTTAGCGAATGATACAACAAACCAGAC 1410
|||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1080 TTATTTGCTTCATGTATCTGGAAGCGGAACATTCTTAGCGAACGATACAACAAACCAGAC 1139
Query 1411 TTACTGCATTGCTATGGATGGTGTGGATGCGAAGACGCTTCAAGCTGCATTGGATTGGGC 1470
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1140 GTACTGCATTGCTATGGATGGTGTGGATGCGAAGACGCTTCAGGCTGCATTGGATTGGGC 1199
Query 1471 TTGTGGACCTGGGAGATCTAACTGTAGTGAGATTCAACCTGGGGAGAGTTGTTACCAGCC 1530
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1200 TTGTGGACCTGGGAGATCTAATTGTAGTGAGATTCAACCTGGGGAGAGTTGTTATCAGCC 1259
Query 1531 GAATAATGTGAAGGGACATGCTTCGTTTGCTTTTAATAGTTATTACCAGAAGGAAGGAAG 1590
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1260 GAATAATGTGAAGGGACATGCTTCGTTTGCTTTTAATAGTTATTACCAGAATGAAGGAAG 1319
Query 1591 AGCTTCTGGTTCATGTGACTTCAAAGGTGTGGCTATGATCACTACTACTGACCCA-AG-T 1648
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 1320 AGCTTCTGGTTCATGTGACTTCAAAGGTGTGGCAATGATCACTACTACTGACCCAGAGAT 1379
Query 1649 -C--ATG-----G---A---A-GCTGCATTTTCCCGGGAAGCAAGAAGGTCGGAAATAGG 1693
| ||| | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 GCTTATGTTTCAGGTCATGGAAGCTGCATTTTCCCGGGAAGCAAGAAGGTCGGAAATAGG 1439
Query 1694 ACACAGACAGTGGTGA 1709
||||||||||||||||
Sbjct 1440 ACACAGACAGTGGTGA 1455
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 72295285010
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5