BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G12290.1
Length=2889
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg312255 jgi|Araly1|312255|fgenesh1_pm.C_scaffold_1001035 3618 0.0
> Ahg312255 jgi|Araly1|312255|fgenesh1_pm.C_scaffold_1001035
Length=5142
Score = 3618 bits (1959), Expect = 0.0
Identities = 2335/2517 (93%), Gaps = 23/2517 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 127 ATGGAAGATCTCAAGGCATTGA-GAGATGATCTGCTACGTAAGGTGCAGACAGCAGAAGA 185
|||||||||||||||||| | | ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGAAGATCTCAAGGCAGT-ACGAGCTGATCTGTTACGTAAGGTGCAGACAGCAGAAGA 59
Query 186 AGGAGGTCTACAAAGGCTTCATCAAATCAAGGTATGGCTTAAGAGAGTCAAGACTATCGA 245
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 GGGAGGTCTACAAAGGCTTCATCAAATCAAGGTATGGCTTAAGAGAGTCAAGACTATCGA 119
Query 246 ATCCCAATTCAATGATCTAG-ATAGTAGTAGAACTGTTGAACTTCAAAGGTTGTGTTGTT 304
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 120 ATCCCAATTCAATGATCT-GTATAGTAGTAGAACTGTTGAACTTCAAAGGTTGTGTTTTT 178
Query 305 GTGGTGTTGGCTCGAGAAACTTAAGATTGAGCTATGACTATGGAAGAAGGGTCTTCTTGA 364
||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 179 ATGGTGCTGGCTCGAGAAACTTAAGATTGAGGTATGACTATGGAAGAAGGGTCTTCTTGA 238
Query 365 TGTTGAATATAGTTGAAGACTTAAAATCTAAAGGGATTTTTGAAGAGGTGGCTCATCCAG 424
|||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 239 TGTTGAATATGGTTGAAGACTTAAAATCTAAAGGGGGTTTTGAAGAGGTGGCTCATCCAG 298
Query 425 CTACGAGAGCTGTGGGGGAGGAAAGGCCTCTACAACCAACGATTGTTGGTCAGGAAACAA 484
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
Sbjct 299 CTACGAGAGCTGTGGGGGAGGAAAGGCCTCTACAACCGACGATTGTTGGTCTGGAAACAA 358
Query 485 TTTTAGAAAAGGCATGGGACCACCTCATGGATGATGGAACTAAGATTATGGGTCTCTATG 544
|| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 TTCTCGAAAAGGCATGGAACCACCTCATGGATGATGGAACTAAGATTATGGGTCTCTATG 418
Query 545 GCATGGGTGGAGTAGGAAAAACAACCCTTCTCACTCAGATCAACAATAGGTTTTGTGACA 604
||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 GCATGGGTGGAGTAGGAAAAACAACTCTTCTCACTCGGATCAACAATAGGTTTTGTGACA 478
Query 605 CCGATGATGGCGTTGAAATTGTCATTTGGGTTGTGGTATCTGGTGATCTACAAATCCACA 664
| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 CTAATGATGGCGTTGAAATCGTCATTTGGGTTGTGGTGTCTGGTGATCTACAAATCCACA 538
Query 665 AGATACAAAAAGAGATTGGCGAAAAAATAGGATTT-ATAGGCGTGGAATGGAACCAGAAA 723
|||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 AGATACAAAAAGAGATTGGCGAGAAAATAGGATTTGA-AGGCGTGGAATGGAACCAGAAA 597
Query 724 AGTGAAAACCAAAAGGCAGTCGATATACTCAATTTTCTAAGCAAAAAGAGATTTGTGTTG 783
||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 598 AGTGAAAACCAGAAGGCAGTCGACATACTCAATTTTCTGAGCAAAAAGAGATTTGTGTTG 657
Query 784 CTTTTGGATGACATATGGAAGAGGGTGGAACTAACTGAGATTGGAATCCCGAATCCAACA 843
|||||||||||||| |||| ||| |||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 658 CTTTTGGATGACATTTGGAGGAGAGTGGAATTAACCGAGATTGGAATTCCGAATCCAACA 717
Query 844 AGTGAAAACGGATGCAAAATAGCATTCACCACTCGCTGTCAAAGTGTTTGTGCGAGCATG 903
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||
Sbjct 718 AGTGAGAACGGATGCAAAATAGCATTCACCACTCGCTCTCAAAGCGTATGTGCGAGCATG 777
Query 904 GGAGTTCATGATCCGATGGAAGTCCGGTGTTTAGGTGCAGATGATGCGTGGGATTTGTTC 963
|| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 GGGGTTCATGATCCGATGGAAGTCCGATGTTTAGGTACAGATGATGCGTGGGATTTGTTC 837
Query 964 AAGAAAAAA-GTTGGAGATATC-ACATTAAGCA-GCCACCCTGACATTCCCGAAATCGCA 1020
| ||||||| || ||| | | | ||| || | | ||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 838 A-GAAAAAAAGTAGGACA-ACCCACACTA-GAAAGCCACCCGGACATTCCCGAAATTGCA 894
Query 1021 AGAAAAGTTGCTCAAGCATGTTGTGGTTTGCCGCTAGCGCTAAACGTCATTGGAGAGACA 1080
||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 895 AGAAAAGTTGCTCGAGCATGTTGTGGCTTGCCACTAGCGCTAAACGTTATTGGAGAGACA 954
Query 1081 ATGGCATGTAAGAAGACAACGCAAGAATGGGATCGTGCAGTAGATGTCTCAACAACATAT 1140
|||||||| |||||||| || ||||||||||||| |||| |||| || | ||||||||||
Sbjct 955 ATGGCATGCAAGAAGACTACACAAGAATGGGATCATGCATTAGACGTTTTAACAACATAT 1014
Query 1141 GCTGCAAATTTTGGTGCTGTAAAGGAGAGGATTCTTCCTATTTTGAAGTACAGCTATGAT 1200
|||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1015 GCTGCAAATTTTGGTGCTGTGAAGGAGAAGATTCTTCCTATTTTGAAGTACAGCTATGAT 1074
Query 1201 AATCTGGAAAGTGAGAGTGTTAAAACTTGTTTCCTATATTGCTCTCTGTTTCCCGAAGAT 1260
||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||| |||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1075 AATCTAGAAAGTGACAGTGTCAAATCTTGTTTCCAATATTGTTCTCTGTTTCCTGAAGAC 1134
Query 1261 GATTTAATAGAAAAAGAGAGGCTGATAGATTATTGGATATGCGAGGGATTCATTGATGGA 1320
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1135 GCGTTAATAGAAAAAGAGAGGCTGATAGATTATTGGATATGCGAGGGATTCATTGATGGA 1194
Query 1321 GATGAAAATAAAAAAGGAGCGGTGGGTGAAGGCTATGAGATACTCGGTACTCTTGTTTGT 1380
||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 1195 TATGAAAATAAAAAAGGAGCTGTGGACCAAGGCTATGAGATACTTGGTACTCTTGTTCGT 1254
Query 1381 GCCTCTTTGTTGGTGGAGGGAGGAAAGTTCAACAATAAGTCATATGTGAAAATGCATGAT 1440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255 GCCTCTTTGTTGGTGGAGGGAGGAAAGTTCAACAATAAGTCATATGTGAAAATGCATGAT 1314
Query 1441 GTGGTACGTGAGATGGCCCTGTGGATAGCATCTGACCTAAGGAAGCATAAAGATAATTGT 1500
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||
Sbjct 1315 GTGGTTCGTGAGATGGCCCTGTGGATAGCATCTGACCTCAGGAAGCATATAGGTAATTGC 1374
Query 1501 ATTGTTCGAGCCGGTTTTAGGTTAAACGAAATACCAAAGG-TCAAGGATTGGAAAGTTGT 1559
||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||
Sbjct 1375 ATTGTACGAGCCGGTTTTGGGTTAAACGAAATACCAAGGGAT-AAGGATTGGAAAGTTGT 1433
Query 1560 GAGTAGGATGTCACTGGTGAATAACAGGATTAAAGAGATACATGGCAGTCCTGAGTGTCC 1619
||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1434 GAGAAGGATGTCATTGGTGAATAACAGGATTAAAGAGATACATGGCAGTCCCGAGTGTCC 1493
Query 1620 TAAACTTACAACTTTGTTCCTGCAGGATAACCGCCATCTGGTAAATATCTCCGGGGAATT 1679
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1494 TAAACTTACAACTTTGTTCCTTCAGGATAACCGCCATCTGGTAAATATCTCCGGGGAATT 1553
Query 1680 CTTCAGGTCTATGCCAAGGCTAGTTGTTTTGGATCTATCATGGAATGTCAATCTCAGTGG 1739
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1554 CTTCAGGTCTATGCCGAGGCTAGTTGTTTTGGATCTATCATGGAATATCAATCTCAGTGG 1613
Query 1740 GTTACCGGATCAAATATCAGAGTTGGTTTCATTACGATATCTTGACTTGTCATATTCGAG 1799
||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 1614 GTTGCCAGAGCAAATATCAGAGTTGGTTTCATTGCGATATCTTGACTTGTCAGATTCAAG 1673
Query 1800 CATAGGGAGATTGCCAGTTGGTTTATTAAAGTTGAAAAAGCTGATGCATCTGAATCTAGA 1859
||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1674 CATAGTGAGATTGCCAGTTGGTTTACGGAAGCTGAAAAAGCTGATGCATCTGAATCTAGA 1733
Query 1860 GTCAATGTTGTGCCTTGAGAGTGTTTCAGGGATTGATC--ATTTGTCGAATCT-GAAGAC 1916
||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| || ||||||
Sbjct 1734 GTCTATGTTGTGCCTTGAGAGTGTTTCAGGGAT--ATCGCATTTGTCGAA-CTTGAAGAC 1790
Query 1917 GGTGAGGCTACTAAATTTAAGAATGTGGCTAACTATAAGCTTACTGGAGGAGCTGGAACG 1976
|||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1791 TTTGAGGCTATTAAATTTCAGAATGTGGCTAACTATAAGCTTATTGGAGGAGCTGGAACG 1850
Query 1977 TTTGGAGAATTTAGAAGTTCTAACCATAGAGATCATATCAAGTTCAGCATTGGAACAACT 2036
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1851 TTTGGAGAATTTAGAAGTTCTAACCATAGAGATCACGTCAAGTCCAGCATTGGAACAACT 1910
Query 2037 GTTATGCTCTCACAGGTTGGTGAGATGTCTTCAAAAGGTATCTGTTAAATACCTCGACGA 2096
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| | |||||
Sbjct 1911 GTTATGCTCTCACAGGTTGGTGAGATGTCTTCAAAAGGTATCTATAAAATACATTGACGA 1970
Query 2097 AGAATCAGTCAGAATATTGACTTTGCCATCTATAGGTGATCTCCGGGAAGTCTTCATAGG 2156
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1971 AGAATCAGTCAGAATATTGACGTTGCCATCTATAGGTGATCTCCGTGAAGTCTTCATAGG 2030
Query 2157 GGGATGTGGAATGCGGGATATAATTATAGAAAGGAACACAAGTCTGACAAGCCCATGCTT 2216
||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 2031 GGGATGTGGGATACGGGATATAATTATAGAAGGGAACACAAGTGTGACAAGCACATGCTT 2090
Query 2217 TCCAAATCTATCCAAAGTTTTGATAACTGGTTGCAATGGTCTTAAGGATTTGACGTGGTT 2276
|| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2091 TCGAAATCTATCCAAAGTTCTGATAGCTGGTTGCAATGGTCTTAAAGATTTGACGTGGTT 2150
Query 2277 GTTGTTTGCTCCTAACCTCACTCATCTCAATGTTTGGAACTCACGCCAAATAGAAGAAAT 2336
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||| ||
Sbjct 2151 GTTGTTTGCTCCTAACCTCACTCATCTCAATGTTTGGAACTCAAGCGAAGTAGAAGAGAT 2210
Query 2337 AATAAGCCAAGAGAAAGCTTCCACAGCTGATATTGTTCCTTTTCGGAAACTAGAATATCT 2396
||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2211 AATAAGCCAAGAGAAAGCTTCAAGGGCTGATATAGTTCCTTTTCGGAAACTAGAATATCT 2270
Query 2397 GCACTTGTGGGATTTACCTGAACTGAAGAGCATATATTGGAATCCTTTGCCTTTTCCATG 2456
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||| || ||||||||
Sbjct 2271 ACACTTGTGGGATTTACCAGAACTGAAGAGCATATACTGGGGTCCTTTACCGTTTCCATG 2330
Query 2457 TCTGAATCAGATCAATGTACAAAATAAGTGTCGAAAGCTGACAAAGCTTCCATTGGATTC 2516
||||||||||||||| |||||||| || |||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2331 TCTGAATCAGATCAACGTACAAAACAATTGTCAAAAGCTGAGAAAGCTTCCATTGGATTC 2390
Query 2517 TCAAAGTTGCATTGTGGCGGGTGAAGAACTTGTCATACAATATGGAGATGAAGAATGGAA 2576
| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2391 TAAAAGTTGCATTG---CGGGTGAAGAACTCGTCATACAATACGGAGATGAAGAATGGAA 2447
Query 2577 GGAAAGGGTCGAGTGGGAGGACAAAGCCACAAGACTCCGTTTCTTACCGTCATGCAA 2633
|||| || || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || || |||||
Sbjct 2448 AGAAAAAGTTGAATGGGAGGATAAAGCCACAAGACTCCGGTTCTTGCCATCCTGCAA 2504
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 109052371435
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5