BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G12360.1
Length=2557
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg471384 jgi|Araly1|471384|fgenesh2_kg.1__1338__AT1G12360.1 3999 0.0
> Ahg471384 jgi|Araly1|471384|fgenesh2_kg.1__1338__AT1G12360.1
Length=2518
Score = 3999 bits (2165), Expect = 0.0
Identities = 2436/2560 (95%), Gaps = 45/2560 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GAAGGTTCGAAGCTTGGTTTACCGATTCAAACCACCGGTTCGGGTCAACACGGCTTTCGA 60
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1 GAAGGTTCGAAGCTTGGTTTACCGATTCAAACCGCCGGTTCGGGTCAACACGGTTTTCGA 60
Query 61 TAGAGATAAATTTAATTTTAATTAAAAAAGGTGTTTGGAGAGAGACAACCaaaaaaaaaa 120
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| | ||||
Sbjct 61 TAGAGATAAATTTAATTTTAATTAAAAAA-CTG-TTGGAGAGAG----------AGAAAA 108
Query 121 aaaaaaaaGAG-TTTCTTCATCGGTCTTCGTCTCGTCGTTTGATTAGTTCTCTACA-TTT 178
|||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 109 AAAAAAGAGAGCTTTCTTCATCGGTCTTCGTCTCGTCGTTTGATTAGTTCTCTACATTTT 168
Query 179 GTTTTTGATTAGTTCGCGATTCATTTCTATCTTGTCTCCGGTCAATATTTTTCTTCGATC 238
||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| || || || |||
Sbjct 169 ATTTTTGATTAGTTCGCGATTCATTTCTCTTTTGTCTCCGGTCAATCTTCTTGTTTGAT- 227
Query 239 CGTCGATCGGATATTTTGACTGGAGATTTAAGAAGTCTGAAATTGTTAGATCGCAGCTAT 298
| | | || | | | | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 228 C-T-G-TC-G--A---T--C-GGAGATTTAAGAAGTCTGAAATTGATAGATCGCAGCTAT 275
Query 299 GTCGTACTCTGACTCCGATTCGTCGTCTCATGGTGGCGAGTACAAGAATTTCCGACAGAT 358
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 276 GTCGTACTCCGACTCCGATTCGTCGTCTCATGGTGGCGACTACAAGAATTTCCGACAGAT 335
Query 359 TACGCGTGAACGACTCTTGTATGAGATGCTTAGATCTGCAAAGACAGGGAGCTCAAAATC 418
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 336 TACGCGTGAACGACTCTTGTATGAGATGCTTAGATCTGCAAAGACTGGGAGCTCAAAATC 395
Query 419 CACCTGGAAGGTACTAATCATGGACAAACTTACTGTCAAGATAATGTCGTACGCCTGCAA 478
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 396 CACCTGGAAGGTACTAATCATGGACAAACTTACTGTCAAGATAATGTCGTACGCCTGCAA 455
Query 479 AATGGCTGATATCACACAAGAAGGAGTTTCATTGGTTGAAGACATATTTAGACGAAGACA 538
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 456 AATGGCTGATATCACACAAGAAGGAGTTTCATTGGTTGAGGACATATTTAGACGAAGACA 515
Query 539 ACCACTTCCTTCAATGGATGCAATATACTTCATCCAGCCAACTAAAGAGAATGTCATCAT 598
||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 516 ACCTCTACCTTCAATGGATGCGATATACTTCATCCAGCCAACTAAAGAGAATGTCATCAT 575
Query 599 GTTCTTGTCAGACATGTCTGGGAAATCACCCTTGTACAAGAAGGCATTCGTTTTCTTCAG 658
||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 576 GTTCTTGTCGGACATGTCTGGAAAATCACCCTTGTACAAGAAGGCATTTGTTTTCTTCAG 635
Query 659 TTCACCGGTTTCCAAGGAACTGGTTGGTCACATCAAGAAAGATTCGAGTGTATTACCTCG 718
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 636 TTCACCGGTTTCCAAGGAACTGGTTGGTCACATCAAGAAAGATTCCAGTGTATTACCTCG 695
Query 719 GATTGGAGCATTGAGAGAGATGAATTTGGAGTTTTTTGCCATTGATAGCCAGGGTTTCAT 778
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 696 GATTGGAGGATTGAGAGAGATGAATTTGGAGTTTTTTGCCATTGATAGCCAGGGTTTCAT 755
Query 779 AACCGATCATGAGCGAGCTTTAGAGGATCTTTTTGGTGATGAGGAAACTTCTCGAAAAGG 838
|| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 756 CACTGATCATGAGAGAGCTTTAGAGGATCTTTTCGGTGACGAGGAAACTTCTCGAAAAGG 815
Query 839 CGATGCGTGCTTGAATGTGATGGCTTCTCGAATTGCTACAGTCTTTGCTTCGTTGCGGGA 898
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||
Sbjct 816 CGATGCGTGCTTGAACGTGATGGCTTCTCGAATTGCCACAGTCTTTGCTTCACTACGGGA 875
Query 899 ATTCCCAGCAGTACGATACCGAGCTGCAAAGTCACTTGATGCATCGACAATGACAACTTT 958
||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 876 ATTTCCAGCAGTACGGTACCGAGCTGCAAAGTCACTTGATGCATCGACAATGACAACTTT 935
Query 959 GCGCGATTTAATTCCAACAAAGCTTGCAGCTGGAATCTGGAATTGTCTGGCAAAACATAA 1018
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 936 GCGCGATTTAATTCCCACAAAGCTTGCAGCTGGAATCTGGAATTGTCTGGCAAAACATAA 995
Query 1019 GCAGTCGATTGAAAATTTTCCTCAAACTGAAACATGCGAGCTACTCATCCTTGACAGATC 1078
|| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 996 ACAATCGATTGAAAATTTTCCTCAGACTGAAACTTGCGAGCTACTCATTCTTGACAGATC 1055
Query 1079 CATAGACCAGATTGCCCCTGTTATACATGAGTGGACATATGATGCTATGTGCCATGATTT 1138
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1056 CATTGACCAGATTGCCCCTGTTATACATGAGTGGACATATGATGCTATGTGCCATGATTT 1115
Query 1139 ACTGAACATGGAAGGAAACAAATATGTACATGTGATTCCAAGCAAATCAGGCGGACAACC 1198
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1116 ACTGAACATGGAAGGGAACAAATATGTACATGTGATTCCAAGCAAATCAGGCGGACAACC 1175
Query 1199 AGAGAAGAAAGATGTGCTCTTAGAGGAACATGATCCTATTTGGCTAGAGCTTCGACATGC 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1176 AGAGAAGAAAGATGTGCTCTTAGAGGAACATGATCCTATTTGGCTAGAGCTTCGACATGC 1235
Query 1259 ACATATAGCAGATGCTAGTGAAAGATTGCATGACAAGATGACCAATTTCTTATCGAAAAA 1318
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1236 ACATATAGCAGATGCTAGTGAAAGATTGCATGACAAGATGACTAACTTCTTATCGAAAAA 1295
Query 1319 CAAAGCTGCTCAGCTTCAGGGTAAGAGAGATGGAGCTGAGCTTTCTACAAGAGATTTGCA 1378
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1296 CAAAGCTGCTCAGCTTCAGGGTAAGAGAGATGGAGCTGAGCTTTCTACAAGAGATTTGCA 1355
Query 1379 GAAGATGGTTCAAGCATTGCCACAGTACAGTGAACAAATTGACAAGCTCTCTCTCCACGT 1438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1356 GAAGATGGTTCAAGCATTGCCACAGTACAGTGAACAAATTGACAAGCTCTCTCTCCATGT 1415
Query 1439 AGAGATTGCTAGAAAACTCAACGACCTTATCAGAGAGCAAGGACTTCGGGAGCTTGGACA 1498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1416 AGAGATTGCTAGAAAACTCAACGACCTTATCAGAGAGCAAGGACTTCGGGAGCTTGGACA 1475
Query 1499 ACTTGAACAAGACCTTGTTTTTGGTGATGCTGGAATGAAGGATGTGATTAAATATTTGAG 1558
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1476 ACTTGAACAAGACCTTGTTTTTGGTGATGCTGGAATGAAGGATGTGATTAAATATTTGAG 1535
Query 1559 TACTCAAGAGGAGGCAAGCCGTGAAGGTAAGTTACGCCTGTTGATGATCCTCGCAACAAT 1618
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1536 TACTCAAGAGGAGGCAAGCCGTGAAGGTAAGTTACGCCTGATGATGATCCTCGCAACAAT 1595
Query 1619 TTACCCTGAAAAGTTTGAAGGTGAAAAAGGTCAAAATCTAATGAAGTTGGCCAAACTCTC 1678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1596 TTACCCTGAAAAGTTTGAAGGTGAAAAAGGTCAAAATCTAATGAAGTTGGCAAAACTCTC 1655
Query 1679 ATCTGATGACATGACCGCTGTAAATAATATGAGCTTACTTGGTTCAGCCGTCGATGCTAA 1738
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1656 ATCTGATGACATGACCGCTGTAAATAATATGAGCTTACTTGGTTCAGCCGTCGATGCTAA 1715
Query 1739 AAAGAATACCCCGGGAGGTTTCACTTTGAAATTTGACCTTCACAAGAAAAAACGAGCTGT 1798
|||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1716 AAAGAATACCCCGGGAGGTTTCTCTTTGAAGTTTGACCTTCACAAGAAAAAACGAGGTGT 1775
Query 1799 CAGGAAAGAGCGCCAAGAGGAAGCAGCATGGCAGTTATCTCGTTTTTACCCCATGATTGA 1858
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1776 CAGGAAAGAGCGCCAAGAGGAAGCAGCATGGCAGTTATCTCGTTTTTACCCCATGATTGA 1835
Query 1859 GGAACTCATCGAAAAACTTAGCAAAGGAGAATTGCCAAAAGAGGATTTCCCATGTATGAA 1918
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1836 GGAACTCATTGAAAAACTTAGCAAAGGAGAATTGCCAAAAGAGGATTTCCCGTGTATGAA 1895
Query 1919 CGACCCAAGCCCAAGTTTCCACGGATCAACCTCACTTTCATCAGCAGCAAGTAGTAGTCA 1978
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1896 CGACCCAAGCCCAAGTTTCCACGGATCAACTTCACTGTCATCAGCAGCAACTAGTAGTCA 1955
Query 1979 AGGTCAAGCTGCTCAGTCCATGAGATCAAGACGCACACCAACATGGGCTAAACCTCGAGG 2038
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1956 AGGTCAAGCTGCTCAGTCCATGAGATCAAGACGCACCCCAACATGGGCTAAACCTCGAGG 2015
Query 2039 TTCAGATGATGGATATTCAAGTGATTCGGTATTGAGACATGCGTCAAGCGATTTCAGGAA 2098
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2016 TTCAGATGATGGATATTCAAGTGATTCGGTACTGAGACATGCATCAAGCGATTTCAGGAA 2075
Query 2099 GATGGGACAGCGAATATTTGTGTTCATCGTCGGTGGAGCGACTAGATCAGAGTTAAAAGT 2158
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2076 GATGGGACAGCGAATATTTGTGTTCATCGTTGGTGGAGCGACAAGATCAGAGTTAAAAGT 2135
Query 2159 ATGCCACAAACTATCCACAAAACTCAAAAGAGAAGTAATCCTCGGTTCCACGAGCCTGGA 2218
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2136 ATGCCATAAACTATCCACAAAACTCAAAAGAGAAGTAATCCTCGGGTCCACGAGCCTGGA 2195
Query 2219 CGATCCTCCACAGTTCATAACGAAATTGAAGCTTTTGACTGCAAATGATGATTTATCTTT 2278
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||| |
Sbjct 2196 CGATCCTCCACAGTTCATAACGAAATTGAAGCTTCTGACTGCAAATGAT--TT-ATCTAT 2252
Query 2279 AGACGATCTCCAAATATGAGAATCCAGATCTCAAATCAAATCCCTGTCTTTGTTCTCTTT 2338
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2253 AGACGATCTCCAAATATGAGAATCCAGATCTCAAATCAAATCCCTGTCTTTGTTCTCTTA 2312
Query 2339 TGTCTCTCAAACTAATTTGTAACCAAGTGAACAAAAAATCGTCAGATTATGAGATCATGA 2398
| || | ||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 2313 TCTC-C-CAATCTAATTTGTAACCAAGTGAACAAAAC-TCATCAGATTATGAGATCATGA 2369
Query 2399 TTGTAAGTGTACCCAAATTGTTTGTCCG-ATAAATATGTAAAGCAACTCATAAAGTTGAC 2457
|||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2370 TTGTAAGTGTACCCTTATTGTTTG-CCGGATAAATATGTAAAGCAACTCATAAAGTTGAC 2428
Query 2458 TTCTAGATCTTTGGCTATTTTCTTGTTACATTCGATTGTGTAAATTACCTAAACCCTTCT 2517
||||||||||||||||||| || | || | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2429 TTCTAGATCTTTGGCTATT-----GT--C-TT-G-TTGTGTAAATTACCTAAACCCTTCT 2478
Query 2518 TTGCTTTTTCAGAATCTTCTCTTATATAAGTTTTTCAATT 2557
|| |||||||||||||||||||| | || || ||||||||
Sbjct 2479 TTACTTTTTCAGAATCTTCTCTTTTGTACGTCTTTCAATT 2518
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 96406410095
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5