BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G12360.1 Length=2557 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg471384 jgi|Araly1|471384|fgenesh2_kg.1__1338__AT1G12360.1 3999 0.0 > Ahg471384 jgi|Araly1|471384|fgenesh2_kg.1__1338__AT1G12360.1 Length=2518 Score = 3999 bits (2165), Expect = 0.0 Identities = 2436/2560 (95%), Gaps = 45/2560 (2%) Strand=Plus/Plus Query 1 GAAGGTTCGAAGCTTGGTTTACCGATTCAAACCACCGGTTCGGGTCAACACGGCTTTCGA 60 ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1 GAAGGTTCGAAGCTTGGTTTACCGATTCAAACCGCCGGTTCGGGTCAACACGGTTTTCGA 60 Query 61 TAGAGATAAATTTAATTTTAATTAAAAAAGGTGTTTGGAGAGAGACAACCaaaaaaaaaa 120 ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| | |||| Sbjct 61 TAGAGATAAATTTAATTTTAATTAAAAAA-CTG-TTGGAGAGAG----------AGAAAA 108 Query 121 aaaaaaaaGAG-TTTCTTCATCGGTCTTCGTCTCGTCGTTTGATTAGTTCTCTACA-TTT 178 |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 109 AAAAAAGAGAGCTTTCTTCATCGGTCTTCGTCTCGTCGTTTGATTAGTTCTCTACATTTT 168 Query 179 GTTTTTGATTAGTTCGCGATTCATTTCTATCTTGTCTCCGGTCAATATTTTTCTTCGATC 238 ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| || || || ||| Sbjct 169 ATTTTTGATTAGTTCGCGATTCATTTCTCTTTTGTCTCCGGTCAATCTTCTTGTTTGAT- 227 Query 239 CGTCGATCGGATATTTTGACTGGAGATTTAAGAAGTCTGAAATTGTTAGATCGCAGCTAT 298 | | | || | | | | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 228 C-T-G-TC-G--A---T--C-GGAGATTTAAGAAGTCTGAAATTGATAGATCGCAGCTAT 275 Query 299 GTCGTACTCTGACTCCGATTCGTCGTCTCATGGTGGCGAGTACAAGAATTTCCGACAGAT 358 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 276 GTCGTACTCCGACTCCGATTCGTCGTCTCATGGTGGCGACTACAAGAATTTCCGACAGAT 335 Query 359 TACGCGTGAACGACTCTTGTATGAGATGCTTAGATCTGCAAAGACAGGGAGCTCAAAATC 418 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 336 TACGCGTGAACGACTCTTGTATGAGATGCTTAGATCTGCAAAGACTGGGAGCTCAAAATC 395 Query 419 CACCTGGAAGGTACTAATCATGGACAAACTTACTGTCAAGATAATGTCGTACGCCTGCAA 478 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 396 CACCTGGAAGGTACTAATCATGGACAAACTTACTGTCAAGATAATGTCGTACGCCTGCAA 455 Query 479 AATGGCTGATATCACACAAGAAGGAGTTTCATTGGTTGAAGACATATTTAGACGAAGACA 538 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 456 AATGGCTGATATCACACAAGAAGGAGTTTCATTGGTTGAGGACATATTTAGACGAAGACA 515 Query 539 ACCACTTCCTTCAATGGATGCAATATACTTCATCCAGCCAACTAAAGAGAATGTCATCAT 598 ||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 516 ACCTCTACCTTCAATGGATGCGATATACTTCATCCAGCCAACTAAAGAGAATGTCATCAT 575 Query 599 GTTCTTGTCAGACATGTCTGGGAAATCACCCTTGTACAAGAAGGCATTCGTTTTCTTCAG 658 ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 576 GTTCTTGTCGGACATGTCTGGAAAATCACCCTTGTACAAGAAGGCATTTGTTTTCTTCAG 635 Query 659 TTCACCGGTTTCCAAGGAACTGGTTGGTCACATCAAGAAAGATTCGAGTGTATTACCTCG 718 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 636 TTCACCGGTTTCCAAGGAACTGGTTGGTCACATCAAGAAAGATTCCAGTGTATTACCTCG 695 Query 719 GATTGGAGCATTGAGAGAGATGAATTTGGAGTTTTTTGCCATTGATAGCCAGGGTTTCAT 778 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 696 GATTGGAGGATTGAGAGAGATGAATTTGGAGTTTTTTGCCATTGATAGCCAGGGTTTCAT 755 Query 779 AACCGATCATGAGCGAGCTTTAGAGGATCTTTTTGGTGATGAGGAAACTTCTCGAAAAGG 838 || ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 756 CACTGATCATGAGAGAGCTTTAGAGGATCTTTTCGGTGACGAGGAAACTTCTCGAAAAGG 815 Query 839 CGATGCGTGCTTGAATGTGATGGCTTCTCGAATTGCTACAGTCTTTGCTTCGTTGCGGGA 898 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| Sbjct 816 CGATGCGTGCTTGAACGTGATGGCTTCTCGAATTGCCACAGTCTTTGCTTCACTACGGGA 875 Query 899 ATTCCCAGCAGTACGATACCGAGCTGCAAAGTCACTTGATGCATCGACAATGACAACTTT 958 ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 876 ATTTCCAGCAGTACGGTACCGAGCTGCAAAGTCACTTGATGCATCGACAATGACAACTTT 935 Query 959 GCGCGATTTAATTCCAACAAAGCTTGCAGCTGGAATCTGGAATTGTCTGGCAAAACATAA 1018 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 936 GCGCGATTTAATTCCCACAAAGCTTGCAGCTGGAATCTGGAATTGTCTGGCAAAACATAA 995 Query 1019 GCAGTCGATTGAAAATTTTCCTCAAACTGAAACATGCGAGCTACTCATCCTTGACAGATC 1078 || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 996 ACAATCGATTGAAAATTTTCCTCAGACTGAAACTTGCGAGCTACTCATTCTTGACAGATC 1055 Query 1079 CATAGACCAGATTGCCCCTGTTATACATGAGTGGACATATGATGCTATGTGCCATGATTT 1138 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1056 CATTGACCAGATTGCCCCTGTTATACATGAGTGGACATATGATGCTATGTGCCATGATTT 1115 Query 1139 ACTGAACATGGAAGGAAACAAATATGTACATGTGATTCCAAGCAAATCAGGCGGACAACC 1198 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1116 ACTGAACATGGAAGGGAACAAATATGTACATGTGATTCCAAGCAAATCAGGCGGACAACC 1175 Query 1199 AGAGAAGAAAGATGTGCTCTTAGAGGAACATGATCCTATTTGGCTAGAGCTTCGACATGC 1258 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1176 AGAGAAGAAAGATGTGCTCTTAGAGGAACATGATCCTATTTGGCTAGAGCTTCGACATGC 1235 Query 1259 ACATATAGCAGATGCTAGTGAAAGATTGCATGACAAGATGACCAATTTCTTATCGAAAAA 1318 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| Sbjct 1236 ACATATAGCAGATGCTAGTGAAAGATTGCATGACAAGATGACTAACTTCTTATCGAAAAA 1295 Query 1319 CAAAGCTGCTCAGCTTCAGGGTAAGAGAGATGGAGCTGAGCTTTCTACAAGAGATTTGCA 1378 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1296 CAAAGCTGCTCAGCTTCAGGGTAAGAGAGATGGAGCTGAGCTTTCTACAAGAGATTTGCA 1355 Query 1379 GAAGATGGTTCAAGCATTGCCACAGTACAGTGAACAAATTGACAAGCTCTCTCTCCACGT 1438 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1356 GAAGATGGTTCAAGCATTGCCACAGTACAGTGAACAAATTGACAAGCTCTCTCTCCATGT 1415 Query 1439 AGAGATTGCTAGAAAACTCAACGACCTTATCAGAGAGCAAGGACTTCGGGAGCTTGGACA 1498 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1416 AGAGATTGCTAGAAAACTCAACGACCTTATCAGAGAGCAAGGACTTCGGGAGCTTGGACA 1475 Query 1499 ACTTGAACAAGACCTTGTTTTTGGTGATGCTGGAATGAAGGATGTGATTAAATATTTGAG 1558 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1476 ACTTGAACAAGACCTTGTTTTTGGTGATGCTGGAATGAAGGATGTGATTAAATATTTGAG 1535 Query 1559 TACTCAAGAGGAGGCAAGCCGTGAAGGTAAGTTACGCCTGTTGATGATCCTCGCAACAAT 1618 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1536 TACTCAAGAGGAGGCAAGCCGTGAAGGTAAGTTACGCCTGATGATGATCCTCGCAACAAT 1595 Query 1619 TTACCCTGAAAAGTTTGAAGGTGAAAAAGGTCAAAATCTAATGAAGTTGGCCAAACTCTC 1678 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1596 TTACCCTGAAAAGTTTGAAGGTGAAAAAGGTCAAAATCTAATGAAGTTGGCAAAACTCTC 1655 Query 1679 ATCTGATGACATGACCGCTGTAAATAATATGAGCTTACTTGGTTCAGCCGTCGATGCTAA 1738 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1656 ATCTGATGACATGACCGCTGTAAATAATATGAGCTTACTTGGTTCAGCCGTCGATGCTAA 1715 Query 1739 AAAGAATACCCCGGGAGGTTTCACTTTGAAATTTGACCTTCACAAGAAAAAACGAGCTGT 1798 |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1716 AAAGAATACCCCGGGAGGTTTCTCTTTGAAGTTTGACCTTCACAAGAAAAAACGAGGTGT 1775 Query 1799 CAGGAAAGAGCGCCAAGAGGAAGCAGCATGGCAGTTATCTCGTTTTTACCCCATGATTGA 1858 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1776 CAGGAAAGAGCGCCAAGAGGAAGCAGCATGGCAGTTATCTCGTTTTTACCCCATGATTGA 1835 Query 1859 GGAACTCATCGAAAAACTTAGCAAAGGAGAATTGCCAAAAGAGGATTTCCCATGTATGAA 1918 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1836 GGAACTCATTGAAAAACTTAGCAAAGGAGAATTGCCAAAAGAGGATTTCCCGTGTATGAA 1895 Query 1919 CGACCCAAGCCCAAGTTTCCACGGATCAACCTCACTTTCATCAGCAGCAAGTAGTAGTCA 1978 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1896 CGACCCAAGCCCAAGTTTCCACGGATCAACTTCACTGTCATCAGCAGCAACTAGTAGTCA 1955 Query 1979 AGGTCAAGCTGCTCAGTCCATGAGATCAAGACGCACACCAACATGGGCTAAACCTCGAGG 2038 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1956 AGGTCAAGCTGCTCAGTCCATGAGATCAAGACGCACCCCAACATGGGCTAAACCTCGAGG 2015 Query 2039 TTCAGATGATGGATATTCAAGTGATTCGGTATTGAGACATGCGTCAAGCGATTTCAGGAA 2098 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2016 TTCAGATGATGGATATTCAAGTGATTCGGTACTGAGACATGCATCAAGCGATTTCAGGAA 2075 Query 2099 GATGGGACAGCGAATATTTGTGTTCATCGTCGGTGGAGCGACTAGATCAGAGTTAAAAGT 2158 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2076 GATGGGACAGCGAATATTTGTGTTCATCGTTGGTGGAGCGACAAGATCAGAGTTAAAAGT 2135 Query 2159 ATGCCACAAACTATCCACAAAACTCAAAAGAGAAGTAATCCTCGGTTCCACGAGCCTGGA 2218 |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2136 ATGCCATAAACTATCCACAAAACTCAAAAGAGAAGTAATCCTCGGGTCCACGAGCCTGGA 2195 Query 2219 CGATCCTCCACAGTTCATAACGAAATTGAAGCTTTTGACTGCAAATGATGATTTATCTTT 2278 |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||| | Sbjct 2196 CGATCCTCCACAGTTCATAACGAAATTGAAGCTTCTGACTGCAAATGAT--TT-ATCTAT 2252 Query 2279 AGACGATCTCCAAATATGAGAATCCAGATCTCAAATCAAATCCCTGTCTTTGTTCTCTTT 2338 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2253 AGACGATCTCCAAATATGAGAATCCAGATCTCAAATCAAATCCCTGTCTTTGTTCTCTTA 2312 Query 2339 TGTCTCTCAAACTAATTTGTAACCAAGTGAACAAAAAATCGTCAGATTATGAGATCATGA 2398 | || | ||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| Sbjct 2313 TCTC-C-CAATCTAATTTGTAACCAAGTGAACAAAAC-TCATCAGATTATGAGATCATGA 2369 Query 2399 TTGTAAGTGTACCCAAATTGTTTGTCCG-ATAAATATGTAAAGCAACTCATAAAGTTGAC 2457 |||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2370 TTGTAAGTGTACCCTTATTGTTTG-CCGGATAAATATGTAAAGCAACTCATAAAGTTGAC 2428 Query 2458 TTCTAGATCTTTGGCTATTTTCTTGTTACATTCGATTGTGTAAATTACCTAAACCCTTCT 2517 ||||||||||||||||||| || | || | ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2429 TTCTAGATCTTTGGCTATT-----GT--C-TT-G-TTGTGTAAATTACCTAAACCCTTCT 2478 Query 2518 TTGCTTTTTCAGAATCTTCTCTTATATAAGTTTTTCAATT 2557 || |||||||||||||||||||| | || || |||||||| Sbjct 2479 TTACTTTTTCAGAATCTTCTCTTTTGTACGTCTTTCAATT 2518 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 96406410095 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5