BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G12420.1
Length=1858
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg471392 jgi|Araly1|471392|fgenesh2_kg.1__1346__AT1G12420.1 2723 0.0
Ahg922676 jgi|Araly1|922676|scaffold_103957.1 521 6e-147
> Ahg471392 jgi|Araly1|471392|fgenesh2_kg.1__1346__AT1G12420.1
Length=1805
Score = 2723 bits (1474), Expect = 0.0
Identities = 1731/1847 (94%), Gaps = 50/1847 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TGGAAGGATTATGTGAAAGCGTGCTTTGTCTATCATTCTagagagagagagagagagaaa 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |
Sbjct 1 TGGAAGGATTATGTGAAAGCGTGCTTTGTCTATCA-TCT----AGAGAGAGAGAGAG--A 53
Query 61 aaaaGTAACAGTTTCTCAGACCAATAAAAACGGCACCGTTCATTTAGACAGAAACGCTGG 120
|||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 54 AAAAGTAACAGTTTTTCGGAGCAATAAAAACGGCACCGTTCATTTAGAGAGAAACGCTGG 113
Query 121 TGAAGAGAGATTTTAGATGTGTTAATTTTGCTGGAATTCTTTagaagaagaagaagaaga 180
|| | | ||||||| | | | || | | || |||||| ||||||||
Sbjct 114 TG-A-ATAGATTTT--A---G---A---TG-T-G------TT---AGAAGACGAAGAAGA 149
Query 181 aACAGAGGTTGAAAACGACGGCGTATTAGTTTGTATCAGAGATGGCGATGAAGGGTTATT 240
| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 150 ACCAGAGGTTGAAAACGACGGCGTATTAGTTTGTATTAGAGATGGCGATGAAGGGTTATT 209
Query 241 TGGATGAGTATGAAAAGCTTGTTATTAGGATGAACACTCCAAGGGTCGTTATCGACAATG 300
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 210 TGGATGAGTATGAAAAGCTTGTTATTAGGATGAACACTCCGAGGGTCGTTATCGACAATG 269
Query 301 GTGTTTGTTCTTCAGCGACAATCGTCAAGGTTGATAGTTCAAGAAGAAATGGGATATTGT 360
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 270 GTGTTTGTTCTTCAGCGACAATCGTCAAGGTTGATAGTTCAAGAAGAAATGGGATACTGT 329
Query 361 TAGAAGCTGTACAAATTCTCACAGATTTGAATCTCTCCATTAAAAAAGCTTACATTTCTT 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 330 TAGAAGCTGTACAAATTCTCACAGATTTGAATCTCTCCATTAAAAAAGCTTACATTTCTT 389
Query 421 CTGATGGAACATGGAACATGGATGTTTTTCATGTCACTGACTTAAACGGAAACAAATTGA 480
||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 390 CTGATGGAAGATGGAACATGGATGTTTTTCATGTGACTGACTTAAACGGAAACAAATTGA 449
Query 481 ATGACCAGAGCGTCTTGAGATACATTGAACAGTCGATCGAGACGGTTTACTATGGAGAAA 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 450 ATGACCAGAGCGTCTTGAGATACATTGAACAGTCGATTGAGACGGTTTACTATGGAGAAA 509
Query 541 ACATTGAAGTAAACGGTTTAACAGCTTTGGAGTTAACCGGAACAGACCGAATCGGTTTAC 600
|||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 510 ACATTGAAGTAAACTGTTTAACAGCTTTAGAGTTAACCGGAACAGACCGAATCGGTTTAC 569
Query 601 TATCTGAGATGTTTGCGGTTCTCTCTGATCTCAACTGTGATGTGGTTGACGCTAAGCTAT 660
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 570 TGTCTGAGATGTTTGCGGTTCTCTCTGATCTCAACTGTGATGTGGTTGACGCTAAGCTAT 629
Query 661 GGACACATAACGGTAGAGTTGCTTCTGTGATCTATCTCAAAGATTGTATCTCAGGAGCTC 720
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||| |||||||
Sbjct 630 GGACACATAATGGTAGAGTTGCTTCTGTGATCTATCTCAGAGATGGTAGCTCTGGAGCTC 689
Query 721 CGATTCTCGATTCTCACCGGATATCAAAGATCGAAGGACGGTTAAAGAACGTTTTGAATG 780
||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 690 CGATTCTTGATTCTCAACGGATATCAAAGATCGAGGGACGGTTAAAGAACGTTTTGAATG 749
Query 781 GCGATAACGATGTTAACTCTGCTGCAAAGACTTGTGTTACTGTGGATTCGATGATGCATA 840
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
Sbjct 750 GTGATAACGATGTTAACTCTGCTGCAAAGACTTGTGTTTCTGTGGATTCGATGATGCACA 809
Query 841 TCGAACGTAGACTTCATCAGCTTATGTTTGAAGATAGAGACTACGAGAGGAGATCTAAGA 900
| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || |
Sbjct 810 TAGAACGTAGACTTCATCAGCTAATGTTTGAAGATAGAGACTATGAGAGGAGATCCAATA 869
Query 901 AACATGAGAGATCTCCAATGGTGGTTGTGACGGTTCAGAATTGGGCTGAGAGGGGTTACT 960
|||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 870 AACAGGAGAGATCTCCAACGGTGGTTGTGACGGTTCAGAATTGGGCTGAGAGGAGTTACT 929
Query 961 CTGTCGTTAATGTTCATTGTCGGGACCGGACCAAGCTTCTATTCGATGTGGTTTGTACGT 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 930 CTGTCGTTAATGTTCATTGTCGGGACCGGACCAAGCTTCTATTCGATGTGGTTTGTACGT 989
Query 1021 TAACCGATATGGAATATGCTGTGTTTCATGCTACTATCAACACAGCTGAAGACCAAGCTC 1080
||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 990 TAACCGATATGGAATATGCCGTGTTCCACGCTACTATCAACACGGCTGAAGACCAAGCTC 1049
Query 1081 ACTTGGAATTCTATATCCGGCATAAGGATGGATCACCGATAAGTTCGGAAGCAGAGAGGC 1140
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1050 ACTTGGAATTCTATATCCGGCATAAAGATGGATCACCGATAAGTTCGGAGGCAGAGAGGC 1109
Query 1141 AACGAGTGATTCAATGCTTAGAGGCTGCAGTTGAAAGAAGAGCACTAGAGGGAGTGAGAT 1200
||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1110 AACGAGTGATTTTATGCTTAGAAGCTGCAGTCGAAAGAAGAGCACTAGAGGGAGTGAGAT 1169
Query 1201 TAGAGCTGAGGCATCCGGACAAACAAGGTTTACTAGCGGAAGTAACGCGGACATTCAGAG 1260
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 1170 TAGAGCTGAGGCATCCGGACAAACAAGGCTTACTAGCTGAAGTAACTCGGACATTCAGAG 1229
Query 1261 AAAACGGTCTGAATGTTACAAGAACAGAGATATCAACGAGTAGCGACATGGCTACAAACA 1320
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1230 AAAACGGTCTGAATGTTACAAGAACAGAGATATCAACGAGTAGCGAGATGGCTACAAACA 1289
Query 1321 TATTCTATGTAACTGATGCAAATGGAGACGAACCGGACTTCAAATTGATTGAATCGGTTA 1380
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1290 TATTCTATGTAACTGATGCAAATGGAGACGAACCAGACTTCAAATTGATTGAATCGGTTA 1349
Query 1381 GGGAGAAAATCGGTTTGGAGTGTTTGAGAGTGAAGGAGATGCCAACAATGTATCATAAGA 1440
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||
Sbjct 1350 GGGAGAAAATCGGTTTGGAGTGTTTAAGAGTGAAGGAAATGCCAACAATGAATCATAAGA 1409
Query 1441 AGGGAGATGGAGAAGAACAACAACAAACCAAAGCAGTGTTGGTTTCACTTGGAAGTTTGG 1500
|||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1410 AGGGAGATGGAGAAGAACAACAG-A--CCAAAGCAGTGTTGGTTTCACTTGGGAGTTTGG 1466
Query 1501 TTTGGAGAAATCTATTCAACTTTGGTCTTATCAAATCATGTTCTTAAATCTTTCAAATCT 1560
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1467 TTTGGAGAAATCTATTCAACTTTGGTCTTATCAAATCATGTTCTTAAATCATTCAAATCT 1526
Query 1561 TGGGTTGACCGAACCACCGGTTCGATGAAATTCATCCTTTGAGAGGCACGCGGATTTTGT 1620
| |||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1527 TTGGTTAACCGAACCAC-G-----ATGAAATTCATCCTTTGAGAGGCACGCGGACTTTGT 1580
Query 1621 TTAAGAAGTCTGCTTGCCTTGGAAAGGATAAACCTTTTGATTCG-TGTGGTTTGATAGGT 1679
||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||| || || ||||||| | |||||
Sbjct 1581 TTAAGAAGTCTGCGTGCCTTAGAAAGGATAAACTTTTTTAT-CGGTGTGGTTGG-TAGGT 1638
Query 1680 TAAATTTTAAGTTAGGTGATGGTTTGGTCATGTCATGTTATTGTAAATATAGAAAAAGAG 1739
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1639 TAAATTTTAAGTTAGGTGATGGTTTGGTCATGTCATGTTATTGTAAATAGAGAAAAAGAG 1698
Query 1740 GAGAGGGATGATTAGAAATTCAGAAATTGCTTACtttttttt-t------ATTGTGGGGT 1792
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 1699 GAGAGGGATGATTAGAAATTCAGAAATTGCTTACTTTTTTTTCTTTTTTTATTGTGGGGT 1758
Query 1793 TTTAGATGAAAGAAGAGGTTGTACAAAAGTTTCTAAGATTAATTATT 1839
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1759 TTTAGATGATAGAAGAGGTTGTACAAAAGTTTCTAAGATTAATTATT 1805
> Ahg922676 jgi|Araly1|922676|scaffold_103957.1
Length=382
Score = 521 bits (282), Expect = 6e-147
Identities = 349/382 (91%), Gaps = 1/382 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 589 GAATCGGTTTACTATCTGAGATGTTTGCGGTTCTCTCTGATCTCAACTGTGATGTGGTTG 648
|||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||| ||||
Sbjct 1 GAATCGCTTTACTATCTGAGATGTTTGCCGTCCTCTCTGATCTAAATTGTGATGTTGTTG 60
Query 649 ACGCTAAGCTATGGACACATAACGGTAGAGTTGCTTCTGTGATCTATCTCAAAGATTGTA 708
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||
Sbjct 61 ACGCTAAGCTATGGACACATAATGGTAGAGTTGCTTATGTGATCTATCTCATAGATGGTA 120
Query 709 TCTCAGGAGCTCCGATTCTCGATTCTCACCGGATATCAAAGATCGAAGGACGGTTAAAGA 768
|||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||
Sbjct 121 GCTCAGGAGCTCCGATTCTTGATTCTCAGCGGATATCCAAGATCGAAGGATGGTTAAAGA 180
Query 769 ACGTTTTGAATGGCGATAACGATGTTAACTCTGCTGCAAAGACTTGTGTTACTGTGGATT 828
|||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 181 ACGTTTTGAATGTTGATAACGATGTTAACTCCGCTGCAAAGACTTGTGTTTCTATGGATT 240
Query 829 CGATGATGCATATCGAACGTAGACTTCATCAGCTTATGTTTGAAGATAGAGACTACGAGA 888
| |||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CAATGATGCACATAGAACATAGACTTCATCAGCTTATGTTTGAAGATAGAGACTACGAGA 300
Query 889 GGAGATCTAAGAAACATGAGAGATCTCCAATGGTGGTTGTGAC-GGTTCAGAATTGGGCT 947
||||||| | |||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 301 GGAGATCCGATAAACCGGAGAGATCTGCAATGGTGGTTGTGATTGGTTCAGAATTGGGCT 360
Query 948 GAGAGGGGTTACTCTGTCGTTA 969
|||| |||||||||||||||||
Sbjct 361 GAGATGGGTTACTCTGTCGTTA 382
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 69781328840
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5