BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G12470.1
Length=3236
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg334537 jgi|Araly1|334537|fgenesh1_pg.C_scaffold_1001102 3766 0.0
> Ahg334537 jgi|Araly1|334537|fgenesh1_pg.C_scaffold_1001102
Length=3021
Score = 3766 bits (2039), Expect = 0.0
Identities = 2209/2292 (96%), Gaps = 7/2292 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 759 TGAACTACATTTCTTTATAAAGCAACGAAGAGCGGTGCATTTTGCATGG-TTATCAGGGA 817
||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |
Sbjct 732 TGAGCTACATTTCTATATAAAGCAACGAAGAGCGGTGCATTTTGCATGGCTT-TCAGGAA 790
Query 818 CAGGAATTTATCATGGTGGCCTAAATTTTGGAGCTCAGCACAGTTATCCAAATGGCGATG 877
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 791 CAGGAATTTATCATGGTGGCCTAAATTTTGGAGCTCAGCACAGTTATCCAAATGGTGATG 850
Query 878 AGAACTTTGTGGAGAACAAAGCACTCTTGGACTACTCAAAACTGAGTGATGGAACTGAAG 937
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 851 AGAACTTTGTGGAGAACAAAGCACTCTTGGACTACTCAAAACTGAGTGATGGCACTGAAG 910
Query 938 CAGTCAAGCCTGGTTCGATGGCACTCTCTGAGTATCATTTCTTGCTTCTTATTGGGAATA 997
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 911 CAGTCAAGCCTGGTTCGATGGCACTCTCTGAATATCATTTCTTGCTTCTTATTGGGAATA 970
Query 998 AGGTTAAGGTTGTCAATCGGATAAGTGAACAAATCATTGAAGAGCTCCAGTTTGATATCA 1057
||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 971 AGGTTAAGGTTGTGAATCGCATAAGTGAACAAATCATTGAAGAGCTCCAGTTTGATATAA 1030
Query 1058 CCTCAGATTCAGTT-TCAAGGGGCATAATTGGACTTTGCAGTGATGCCTCTGCTAACGTT 1116
| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1031 CGTCAGATTCAGTTAT-GAGGGGCATAATTGGACTTTGCAGTGATGCCTCTGCTGGCGTT 1089
Query 1117 TTCTATGCATATGATCAAAATTCGATATTCCAGGTTTCTGTGATTGACGAAGGACGAGAT 1176
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1090 TTCTATGCATATGATCAAAATTCGATATTCCAGGTTTCTGTGATTGACGAAGGCCGAGAT 1149
Query 1177 ATGTGGAAGGTTTACCTGGACTTGAAAGTCTATGCTGCAGCTTTAGCAAACTGTCGTGAC 1236
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1150 ATGTGGAAGGTTTACCTGGACTTGAAAGTCTATGCTGCAGCTTTAGCAAACTGTCGTGAC 1209
Query 1237 CCTCTCCAGAGAGACCAAGTTTATTTAGTTCAGGCAGAATCTGCATTCACCGACAAGGAA 1296
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||
Sbjct 1210 CCTCTCCAGAGAGACCAAGTTTATTTAGTTCAGGCAGAAGCTGCATTCACCAATAAGGAA 1269
Query 1297 TATCTGCGAGCAGCATCATTCTACGCCAAAATCAATTATGTAATATCTTTTGAGGAGGTC 1356
|||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1270 TATCTGCGAGCAGCATCATTCTACGCGAAAGTCAATTATGTAATATCTTTTGAGGAGGTC 1329
Query 1357 ACTTTGAAGTTTATTAGTATCAACGAACCGGAAGCTTTGAGGACGTTCTTGTTGCATAAG 1416
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || || |||||||||||||||
Sbjct 1330 ACTTTGAAGTTTATTAGTATAAACGAACCAGAAGCTTTAAGAACATTCTTGTTGCATAAG 1389
Query 1417 CTTGATAATCTTTCAAAGGATGATAAATGCCAAATAACGATGATATCAACATGGGCAACT 1476
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1390 CTTGATAATCTTTCAAAGGAGGATAAATGCCAAATTACCATGATATCAACATGGGCAACT 1449
Query 1477 GAGCTATATCTGGACAAGATAAATCGGCTGCTTTTGGAAGATGACACTGCTATAGAAAAT 1536
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1450 GAGCTGTATCTGGACAAGATAAATCGGCTGCTTTTGGAAGATGACACTGCTATAGAAAAT 1509
Query 1537 CGTGACTCGGAGTATCACTCAGTCATTCAAGAATTCCGTGCTTTCATGAGCGATTGCAAG 1596
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1510 CGCGACTCGGAGTATCACTCAGTCATTCAAGAATTCCGTGCTTTCATGAGCGATTGCAAG 1569
Query 1597 GATGAATTGGACGAGGCAACCACAGTGAAAATTCTGGAGAGTTATGGTCGGGTTGAGGAA 1656
|||| |||||| |||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1570 GATGTATTGGATGAGGCAACCACAATGAAACTTCTGGAAAGTTATGGTCGGGTTGAGGAA 1629
Query 1657 TTGGTATATTTTGCAAACTTGAAGGAGCAGTATGAAATTGTAGTTCTCCATTATATTCAG 1716
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1630 TTGGTATATTTTGCAAACTTGAAGGAGCAGTATGAAATTGTAGTTCACCATTATATTCAG 1689
Query 1717 CAAGGGGAAGCAAAGAAAGCATTGGAAGTGCTCCAAAAATCTTCAGTTTCAGTTGAACTC 1776
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1690 CAAGGTGAAGCAAAGAAAGCATTGGAAGTGCTCCAAAAATCTTCAGTTTCAGTTGAACTT 1749
Query 1777 CAGTATCAATTTGCGCCAGAACTTATTATGCTTGACGCATATGAAACCGTGGAATCATGG 1836
|||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1750 CAGTATAAATTTGCTCCAGAACTTATTATGCTTGACGCATATGAAACCGTGGAAGCATGG 1809
Query 1837 ATGGCCAACAAAAATCTTAATCCAAGGAGATTAATTACTGCAATGATGCGTTACTCGAGC 1896
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1810 ATGGCCAACAAAAATCTTAATCCAAGGAGATTAATTACTGCAATGATGCGTTACTCTAGC 1869
Query 1897 GGACCTCATGCAAAGAACGAGACACATGAGGTCATCAAATATCTTGAGTTTTGCGTCCAC 1956
| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1870 GAACCTCATGCAAAGAACGAGACACATGAAGTCATCAAATATCTTGAGTTTTGCGTCCAC 1929
Query 1957 CGTCTGCATAACGAGGATCCAGGGATTCACAGTTTACTTCTCTCATTATATGCCAAGCAG 2016
||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1930 CGTCTGCATAACGAGGATCCAGGGATTCACAATCTGCTTCTCTCATTATATGCCAAGCAG 1989
Query 2017 GAAGATGACGGTGCCCTCCTCCGTTTTCTGCAATGCAAATTTGGGAAAGGACGAGAGAAT 2076
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1990 GAAGATGACAGTGCCCTCCTCCGTTTTCTGCAATGCAAATTTGGGAAAGGACGGGAGAAC 2049
Query 2077 GGTCCCGAATTTTTCTATGATCCCAAATATGCATTGCGCCTATGTCTCAAGGAAAGGAGA 2136
||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2050 GGTCCCGAATTTTTCTACGATCCCAAATATGCGTTGCGCCTATGTCTCAAGGAAAAGAGA 2109
Query 2137 ACCCGTGCCTGTGTCCATATATACAGCATGATGTCTATGCATGAAGAGGCAGTAGCCCTT 2196
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2110 ACCCGTGCCTGTGTCCATATATACAGCATGATGTCTATGCATGAAGAGGCAGTAGCCCTT 2169
Query 2197 GCTCTTCAGATTGATCCGGAACTTGCTATGGCTGAGGCTGATAAGGTCGAAGATGATGAA 2256
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2170 GCTCTTCAGATTGATCCAGAACTTGCTATGGCTGAGGCTGATAAGGTTGAAGATGATGAA 2229
Query 2257 GACTTGAGAAAGAAGCTGTGGCTGATGGTTGCAAAGCATGTCGTCAAGCAGGAAAAGGGA 2316
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2230 GACTTGAGAAAGAAGCTGTGGCTGATGGTTGCAAAGCATGTTGTCAAGCAGGAAAAGGGA 2289
Query 2317 GCTAAAAGGGAAAACATACGAAAAGCTATTGCCTTTCTCAAGGAAACTGATGGCCTTCTA 2376
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2290 GCTAAAAGGGAAAACATAAGGAAAGCTATTGCCTTTCTCAAGGAAACTGATGGCCTTCTA 2349
Query 2377 AAGATTGAAGATATTTTGCCTTTCTTTCCGGACTTTGCCTTAATTGATGACTTCAAGGAA 2436
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2350 AAGATTGAAGATATTTTGCCTTTCTTTCCGGACTTTGCCTTAATTGATGACTTCAAGGAA 2409
Query 2437 GCGATTTGCTCATCTCTCGAGGATTACAACAAGCAAATAGAACAACTGAAAGAGGAGATG 2496
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2410 GCGATTTGCTCATCTCTCGAGGATTACAACAAGCAAATAGAACAATTGAAAGAGGAGATG 2469
Query 2497 AATGATGCCACACGTGGTGCAGATAACATTAGAAATGATATTAGTGCGCTAACTCAAAGA 2556
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2470 AATGATGCCACACGTGGTGCAGATAACATTAGAAATGATATTAGTGCGCTAACTCAAAGA 2529
Query 2557 TATGCCGTTATTGACCGCGACGAGGAATGTGGGGTTTGTAAACGTAAAATCTTGATGATG 2616
||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2530 TATGCTGTAATTGACCGCGACGAGGAATGCGGGGTTTGTAAACGTAAAATCTTGATGATG 2589
Query 2617 AGCGGTGATTTCAGAATGGCCCAGGGATATTCTTCAGCGGGACCATTGGCTCCTTTTTAT 2676
| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2590 ACCGGGGATTTCAGAATGGCCCAGGGACATTCTTCAGCGGGACCATTGGCTCCTTTTTAT 2649
Query 2677 GTCTTTCCTTGTGGGCACTCTTTCCATGCACAGTGCCTGATCACACACGTCACAAGCTGT 2736
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2650 GTCTTTCCTTGTGGGCACTCTTTCCATGCACAGTGCCTGATCACACACGTCACAAGCTGT 2709
Query 2737 GCACACGAAGAGCAAGCCGAGCATATACTCGATCTGCAGAAGCAACTGACATTGCTTGGA 2796
||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 2710 GCACATGAAGAACAAGCCGAGCACATACTCGATCTGCAGAAGCAGCTCACATTGCTTGGT 2769
Query 2797 AGCGAAACCCGGAGGGATATAAATGGTAACCGATCTGATGAACCCATAACAAGCACAACA 2856
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2770 AGCGAAACCCGGAGGGATATAAATGGTAATCGATCTGATGAACCCATAACTAGCACAACT 2829
Query 2857 ACTGCAGACAAGCTTCGATCAGAGCTAGATGATGCTATTGCCAGCGAATGCCCGTTCTGT 2916
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2830 ACTGCAGACAAGCTTCGATCAGAGCTAGATGATGCTATTGCCAGCGAATGCCCGTTCTGT 2889
Query 2917 GGAGAATTAATGATCAATGAGATCACTCTGCCTTTTATTAAACCTGAGGATTCACAGTAT 2976
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 2890 GGAGAATTAATGATCAATGAGATCACTCTGCCTTTTATTAAACCAGAGGATTCACAGCAT 2949
Query 2977 TCTACTTCATGGGACCTCCGATCAG-A--GACCAACTTAGCAAACCAGAGGACCATTTCT 3033
||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2950 TCTACTTCATGGGACCTCCGACCAGCACAGACCAACTTAGCAAACCAGAGGACCATTTCT 3009
Query 3034 TTGCCTGTTTGA 3045
||||||||||||
Sbjct 3010 TTGCCTGTTTGA 3021
Score = 1112 bits (602), Expect = 0.0
Identities = 652/677 (96%), Gaps = 0/677 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 79 ATGGATCAAGGAAGGCAAGTGTTTTCAGTAGATCTTCTCGAGAGATATGCGACAAAGAAT 138
||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1 ATGGATCAAGGAAGGCAAGCGTTTTCAGTTGATCTTCTCGAGAGATATGCCACAAAGAAT 60
Query 139 CGTGGCATGATTACATGTATGGCTGCTGGGAATGATGTAATTGTTCTTGGAACAAGTAAA 198
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CGTGGCATGATTACATGTATGGCTGCTGGGAATGATGTAATTGTTCTTGGAACAAGTAAA 120
Query 199 GGATGGATTATCCGGTATGATTTCGGAGTTGGGAGTTCTAATGATATTGATCTCGCTGTT 258
|||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 121 GGATGGATTATCCGCCATGATTTCGGAGTTGGGGGTTCTTCTGATATTGATCTCGCTGTT 180
Query 259 GGTCGAACTGGGGAGCAATCAATTCACAAGGTTTTTGTTGATCCTGGTGGTAGTCATTGC 318
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GGTCGGACTGGGGAGCAATCGATTCACAAGGTTTTTGTTGATCCTGGTGGTAGTCATTGC 240
Query 319 ATTGCTACAGTCACTGGTGTTGGAGGAGCTGAAACTTTTTATACTCATGCAAAGTGGCTT 378
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 241 ATTGCTACAGTGACTGGTGTTGGAGGAGCTGAAACTTTTTATACTCATGCAAAGTGGCCT 300
Query 379 AAGCCGCGTGTGTTGAGCCGTTTGAAAGGTTTGCTCGTTAATGCCGTGGCTTGGAATAGA 438
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| || |||||||||||||||
Sbjct 301 AAGCCGCGTGTGTTGAGCCGTTTGAAAGGTTTGGTGGTTAACGCTGTGGCTTGGAATAGA 360
Query 439 CAGCAGATAACTGAAGTTTCTACTAAGGAGATCATTCTGGGCACTCAGGATGGGCAGCTG 498
|| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CAACAGATAACAGAAGTTTCTACTAAGGAGATCATTGTGGGCACTCAGGATGGGCAGCTG 420
Query 499 TTTGAGATGGCCGTGGATGAGAAGGATAAGAGAGAGAAGTACATCAAGTTTTTGTTTGAA 558
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TTTGAGATGGCCGTGGATGAGAAGGACAAGAGAGAGAAGTACATCAAGTTTTTGTTTGAA 480
Query 559 TTAGAAGAACTTCCTGAAGCCTTCAAGGCTTTGCAGATGGAAACGGCCAACATAAGCAGT 618
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 CTAGAAGAACTTCCCGAAGCCTTCAAGGCTTTGCAGATGGAAACGGCCAACATAAGCAGT 540
Query 619 GGGATGAGGTACTATGTGATGGCTGTAACCCCTACTCGACTCTACTCGTTTACAGGGATT 678
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GGGATGAGGTACTATGTGATGGCTGTAACACCTACTCGACTCTACTCGTTTACAGGGATT 600
Query 679 GGAACATTAGAATCTGTTTTTGCTAGTTATAAAGAACGAGCAGTTCATTTTATGGAACTT 738
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 601 GGAACATTAGAATCTGTTTTTGCTAGTTATAAAGAACGTGCAGTCCATTTTATGGAACTT 660
Query 739 CCTGGTGAAATACCAAA 755
|||||||||||||||||
Sbjct 661 CCTGGTGAAATACCAAA 677
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 122126751757
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5