BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G12700.1
Length=2480
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg471420 jgi|Araly1|471420|fgenesh2_kg.1__1374__AT1G12700.1 2567 0.0
> Ahg471420 jgi|Araly1|471420|fgenesh2_kg.1__1374__AT1G12700.1
Length=2002
Score = 2567 bits (1390), Expect = 0.0
Identities = 1555/1635 (95%), Gaps = 10/1635 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 249 GTATTAGCAATGGGA-ATGTCTGTTTCAGAGAGAGATTGAGAAGTGGTATTGTTGATATT 307
|||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 74 GTATTAGCGATGGGAGA-GTCTGTTTCAGAGAGAGATTGAGAAGTGGGATTGTTGATATT 132
Query 308 AAGAAAGATGATGCTATTGCTCTGTTCCAAGAAATGATTAGGTCTCGTCCTCTTCCTAGT 367
||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 133 AAGGAAGATGATGCTATTGATCTGTTTCAAGAAATGATTAAGTCTCGTCCTCTTCCTAGT 192
Query 368 CTTGTTGATTTCAGTAGATTCTTTAGTGCCATTGCCAGAACAAAACAGTTCAATCTCGTG 427
|||||||||||||||| ||| ||||||| |||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 193 CTTGTTGATTTCAGTAAATTGTTTAGTGGTGTTGCAAGCACAAAACAGTTCAATCTCGTT 252
Query 428 TTAGATTTCTGCAAGCAA-CTGGAATTGAATGGGATTGCTCATAACATCTACACTTTGAA 486
||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 253 TTAGATTTCTGCAAG-AAGATGGAATTGAATGGGATTGCTCATAATATCTACACTTTGAA 311
Query 487 TATCATGATCAACTGCTTTTGCCGGTGTTGTAAAACTTGTTTTGCTTATTCTGTTTTGGG 546
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 312 TATCATGATCAATTGCTTTTGCCGGTGTTGTAAAACTTGTTTTGGTTATTCTGTTTTGGG 371
Query 547 AAAAGTAATGAAGCTTGGGTATGAGCCTGACACAACCACGTTTAACACTCTGATCAAAGG 606
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 372 AAAAGTTATGAAGCTTGGGTATGAGCCTGACACAACAACGTTTAACACTCTGATCAATGG 431
Query 607 ACTCTTTCTTGAGGGTAAAGTGTCTGAAGCTGTGGTTTTAGTCGATAGGATGGTGGAAAA 666
||||| ||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 432 ACTCTGTCTCGAGAGTAAAGTTTCTGAAGCTGTGGTTTTAGTCGCTAGGATGGTGGAAAA 491
Query 667 CGGATGTCAACCTGATGTGGTTACTTATAATTCGATTGTAAATGGGATATGTAGATCAGG 726
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 492 CGGATGTCAACCCGATGTGGTTACTTATAATTCGATTGTGAATGGGATATGTAAATCAGG 551
Query 727 AGATACTTCTTTGGCCTTGGATTTGCTCAGAAAGATGGAAGAAAGAAATGTTAAGGCTGA 786
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 552 AGATACTTCTTTAGCCTTGGATTTGCTCAGAAAGATGGATGAAAGAAATGTTAAGGCTGA 611
Query 787 TGTGTTTACTTACAGTACAATCATTGATAGTCTTTGTAGAGATGGTTGCATAGACGCTGC 846
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 612 TGTGTTTACTTACAGTACAATCATTGATAGTCTTTGTAGAGATGGTTGCATAGACGTTGC 671
Query 847 AATTAGCCTTTTCAAGGAAATGGAGACGAAAGGGATTAAATCTAGTGTTGTTACGTATAA 906
|||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 672 AATTAGCCTTTTCAAGGAAATGGAAACGAAAGGTATCAAATCTAGTGTTGTTACGTATAA 731
Query 907 TTCTCTTGTGAGAGGTCTTTGTAAAGCCGGTAAATGGAATGATGG-G-GCACTGTTGTTG 964
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||
Sbjct 732 TTCTCTTGTGGGAGGTCTTTGTAAAGCCGGTAAATGGAATGATGGTGTGCA--GTTGTTG 789
Query 965 AAGGATATGGTGAGTAGGGAAATCGTCCCTAATGTCATCACTTTCAATGTATT-ACTTGA 1023
||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 790 AAGGATATGACGAGTAGGAAAATCATCCCTAATGTCATCACTTTCAATGTATTGA-TTGA 848
Query 1024 TGTTTTTGTCAAAGAAGGGAAGCTTCAGGAGGCTAATGAATTGTACAAAGAGATGATCAC 1083
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 849 TGTTTTTGTTAAAGAAGGGAAGCTTCAGGAGGCTAACGAATTGTACAAAGAGATGATCAC 908
Query 1084 AAGAGGTATATCACCTAATATTATTACTTATAATACCTTGATGGATGGGTATTGTATGCA 1143
|||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 909 AAGAGGTATATCACCTAACACTATTACTTATAATTCCTTGATGGATGGGTATTGTATGCA 968
Query 1144 GAACCGTCTTAGTGAGGCCAACAATATGTTGGATCTTATGGTTAGGAATAAGTGCAGTCC 1203
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 969 GAACCGTCTTAGCGAGGCCAACAATATGTTGGATCTTATGGTTAGGAATAATTGCAGTCC 1028
Query 1204 TGATATCGTGACTTTTACAAGTCTCATCAAAGGATATTGTATGGTGAAAAGAGTTGACGA 1263
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 1029 TGATATCGTGACTTTTACAAGTCTCATTAAAGGATATTGTAAGGTGAAAAGGGTTGACGA 1088
Query 1264 TGGTATGAAGGTCTTCCGCAATATTTCTAAGAGAGGCTTGGTTGCCAATGCAGTTACTTA 1323
|||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 1089 AGGTATGAAACTCTTCCGCAAGATTTCTAAGAGAGGCTTGGTTGCCAATACAGTTACCTA 1148
Query 1324 TAGCATTCTTGTCCAAGGGTTTTGTCAATCCGGGAAAATAAAGCTCGCAGAGGAACTTTT 1383
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||| |||||||||||
Sbjct 1149 TAGCATTCTTGTCCAAGGGTTTTGTCAATCCGGGAAACTAGAGATCGCGGAGGAACTTTT 1208
Query 1384 CCAAGAAATGGTTTCACACGGTGTTCTTCCTGATGTTATGACGTATGGTATTTTGCTTGA 1443
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1209 CCAAGAAATGGTTTCACTCGGTGTTCTTCCTGATGCTATGACATATGGTATTTTGCTTGA 1268
Query 1444 TGGCTTGTGTGACAATGGGAAGCTTGAAAAGGCATTGGAAATTTTTGAGGATTTACAAAA 1503
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1269 TGGCTTGTGTGACAATGGGAAGCTTGAAAAGGCATTGGAAATTTTTGAGGATTTGCAAAA 1328
Query 1504 GAGTAAGATGGATCTTGGTATTGTTATGTATACAACCATCATCGAGGGGATGTGCAAGGG 1563
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1329 AAGTAAGATGGATCTTGATATTGTTATGTATACAATCATCATCGAGGGGATGTGCAAGGG 1388
Query 1564 TGGAAAAGTGGAAGATGCCTGGAATTTATTCTGTAGCCTACCTTGTAAAGGAGTGAAGCC 1623
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1389 TGGAAAAGTGGAAGATGCCTGGAATTTATTCTGTAGCCTACCTTGTAAAGGAGTGAAGCC 1448
Query 1624 TAATGTTATGACATACACCGTGATGATTTCAGGATTATGTAAGAAAGGGTCACTGTCTGA 1683
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1449 TAATGTTATGACATACACCGTGATGATTTCAGGATTATGTAAGAAAGGGTCACTATCTGA 1508
Query 1684 AGCAAACATCTTGCTTAGAAAAATGGAGGAAGATGGGAATGCGCCAAATGATTGTACATA 1743
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1509 AGCAAACATCTTGCTTAGAAAAATGGAGGAAGATGGGAATGCGCCAAATGATTGTACATA 1568
Query 1744 CAACACACTAATCCGGGCACATCTCCGAGATGGTGACTTAACTGCATCAGCTAAACTTAT 1803
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1569 CAACACACTAATCCGGGCACATCTCCGAGATGGTGACTTAACTGCATCAGCTAAACTTAT 1628
Query 1804 TGAAGAAATGAAGAGTTGTGGGTTCTCAGCAGATGCTTCCAGTATTAAGATGGTTATCGA 1863
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1629 TGAAGAAATGAAGAGTTGTGGGTTCTCAGCAGATGCTTCCAGTATTAAGATGGTTATTGA 1688
Query 1864 TATGTTATTGAGTGC 1878
|||||||| ||||||
Sbjct 1689 TATGTTATCGAGTGC 1703
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 93473461230
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5