BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G12930.1
Length=3341
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg471447 jgi|Araly1|471447|fgenesh2_kg.1__1401__AT1G12930.1 5422 0.0
> Ahg471447 jgi|Araly1|471447|fgenesh2_kg.1__1401__AT1G12930.1
Length=3319
Score = 5422 bits (2936), Expect = 0.0
Identities = 3200/3324 (96%), Gaps = 31/3324 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 27 gaagaagaagaagaagaaaaaaaatagagt-g--gaagaagagagaaagagaagagagtg 83
|||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1 GAAGAAGAAGAAGAAGAAAAAAAATAGAGTGGAAGAAGAAGAGAGAAAGAGAGGAGAGTG 60
Query 84 gaatgcaac-aaa-agaaattgagtgagaatggagttacagagaaAAGTAGCAGAAGCAA 141
||||||||| ||| | |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GAATGCAACAAAATAAAAATAGAGTG-GAATGGAGTTACAGAGAAAAGTAGCAGAAGCAA 119
Query 142 TCCATGTCTTGAATCACGATCCTGAATCTTCCAATAGAGTTGCTGCTAACCAATGGCTTG 201
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 120 TTCATGTCTTGAATCACGATCCTGAATCTTCCAATAGAGTTGCTGCTAATCAATGGCTTG 179
Query 202 TTCAATTCCAGCTTACTCCTGCTGCTTGGGACGTCTCCACTTCTCTCCTCACTTCTCCGA 261
|||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 TTCAATTCCAGCTTACTCCTTCTGCTTGGGATGTCTCCACTTCTCTCCTCACTTCTCCGA 239
Query 262 TTGTTTCTCTTTTCGACCTCCAATTCTTCGCCGCTCAAATTCTCCGCCGAAAGATTCAGA 321
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 240 TTGTTTCTCTATTCGACCTCCAATTCTTCGCTGCTCAGATTCTCCGTCGAAAGATTCAGA 299
Query 322 ACGAAGCATCGAATCTTCAATCTACAGCTAAAGATGCTCTTCTCAATGCCCTTCTTCTTG 381
|||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 300 ACGAAGCATCGAATCTTCAATCAACTGCTAAAGATGCTCTTCTTAATGCCCTTCTTCTTG 359
Query 382 CTGCTAAGAGATATAGCTCCGGTGTTCCTCAGCTATTGACGCAGATATGTTTAGCTCTCT 441
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 CTGCTAAGAGATATAGCTCCGGTGTTCCTCAGCTTTTGACGCAGATATGTTTAGCTCTCT 419
Query 442 CTGCGCTTCTTCTTCACTCGGATCCTTATTCAAAGCCCTTTGATAAGTTAATGTTCGCAC 501
||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 420 CTGCGCTTCTTCTTCACGCGGATCCTTATTCTAAGCCCTTTGATAAGTTAATGTTTGCAC 479
Query 502 TCCAGAATCTTCAGGCTCATGATGATGGTAATGTCGTCTTGCTTGAGCTTCTCACTGTGC 561
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 TCCAGAATCTTCAGGCTCATGATGATGGTAATGTTGTCTTGCTTGAGCTTCTCACTGTGC 539
Query 562 TTCCTGAAGAAATATCTGATACTCGCCATTTTTCTCATCACTCTGATCTTCGTCAGGAGC 621
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TTCCTGAAGAAATATCTGATACTCGCCATGTTTCTCATCACTCTGATCTTCGTCAGGAGC 599
Query 622 TTCTCTCGCATACTTCCATGGTTCTTGATTTCTTACTCCAGCAGTCTGAGAACCAATTTG 681
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 600 TTCTCTCGCATACTTCCATGGTTCTTGATTTCTTACTCCAGCAGTCTGAGAAGCAA-TTC 658
Query 682 T-CTCTCCTCTTTACCCGCATGATAACAATCGCAAAATACTTCGTTGCTTACTGAGTTGG 740
| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 TCCTCTCCTCTTTACCCTCATGACAACAATCGCAAAATACTTCGTTGCTTACTGAGTTGG 718
Query 741 GTCCGTGCTGGATGTTTCTCCGAGATTCCACAAGGCGCAGTGCCTTCTCACCCCCTTCTT 800
|| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 719 GTTCGTGCTGGATGTTTCTCTGAGATTCCACAAGGCGCAGTGCCTTCCCACCCCCTTCTT 778
Query 801 AACTATGTATTTAATGCCCTGCAGGGTACTACTTTTGATCTTGCCATTGAGGTGCTTGTT 860
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 779 AACTATGTATTTAATGCCCTGCAGGGGACTACTTTTGATCTCGCCATTGAGGTACTTGTC 838
Query 861 GAACTTGTGACTCGGCATGAGGATCTTCCTCAGGTTTTATTGTACAAAGTACAGTTTCTC 920
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 GAACTTGTGACTCGGCATGAGGATCTTCCTCAGGTTTTATTGTACAAAGTACAGTTTCTC 898
Query 921 AGAGATACACTTCTAAAACCAGCTCTTATAAATGCTGATCTAAAAATTATCTCTGGCCTG 980
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 899 AGAGATACACTTCTAAAACCAGCTCTTATAAATGCTGATCTACAAATCATCTCTGGCCTG 958
Query 981 GCATGCTTGATGTCTGAAATCGGACAAGCTGCACCATGCTTGATAGTTGAAGCTAGTTCT 1040
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 959 GCATGCTTGATGTCTGAAATCGGACAAGCTGCACCATGCTTGATTGTTGAAGCAAGTTCT 1018
Query 1041 GAAGCGCTTATTTTGACTGATGCGATTTTGAGCTGTGTGACATTTCCAAGTGAAGACTGG 1100
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 GAAGCGCTTATTTTGACTGATGCAATTTTGAGCTGTGTGACATTTCCAAGTGAAGACTGG 1078
Query 1101 GAGATTGCAGACTCTACTGTACAGTTTTGGTCAACTTTTGCGACATATATACTTAGCCTA 1160
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 GAGATTGCAGACTCAACTGTACAATTTTGGTCAACTTTTGCGACATATATACTTAGCCTA 1138
Query 1161 GGTGGAAACAGACAGAA-TGACAGAACTCGTGTGAAAGATACATTTCTACCAGTTTTCTC 1219
|||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 GGTGGAAACAGACA-AAGTGACAGAAATCGTGTGAAAGATACATTTCTACCAGTTTTCTC 1197
Query 1220 AGCTTTAGTTGATGCCCTTGTGCTGCGTGCTCAGGTTGATGAGTTTACCTCCAGTGATGA 1279
||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 AGCTTTAGTTGATGCTCTTGTGCTACGTGCTCAGGTTGATGAGTTTACCTCCAGTGATGA 1257
Query 1280 GAGTCCGGGGCTTGACCTTCCTGATGGCCTGTTGCATTTTAGAAATAATCTTCTTGAGCT 1339
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 GAGTCCAGGGCTTGACCTTCCTGATGGCCTGTTGCATTTTAGAAATAATCTTCTTGAGCT 1317
Query 1340 CTTGGTAGATATTTGTCAGCTACTTCATCCTACAACATTTGTGAGTAAGTTATTTTTTGG 1399
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 CTTGGTAGATATTTGTCAGCTACTCCATCCTACAACATTTGTGAGTAAGTTATTTTTTGG 1377
Query 1400 TGGTGTGCCTTCTTCAAGTGTTTCGATGCCCTTGAGGGAGATTGAGGCGAAGTTGTTTGC 1459
||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 TGGTGTGCCTTCTTCAAATATTTCGATGCCCTTGAGGGAGATTGAGGCGAAGTTGTTTGC 1437
Query 1460 TCTTACTGCGGTTTCTGAAATTATTTTGCAAGAGGGAGAGGCCTTTGATTTTGCATTGAT 1519
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1438 TCTTACTGCGGTTTCTGAAATTATTTTGCAAGAGGGAGAGGCCTTTGATTTTTCATTGAT 1497
Query 1520 CATGCAATTGGTTTCTGCATTTTCCGTTAGGCCGTCCAGCGAGCTCAAGGGGTTTATATC 1579
|||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 CATGCAATTGGTTTCTGCTTTTTCCGTTAGACCATCCAGCGAGCTCAAGGGGTTTATATG 1557
Query 1580 TGTTGTATACAGATCACTGGCAGATGTTGTTGGCTCCTATTCAAGATGGATCTCTGTTTT 1639
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 TGTTGTATACAGATCACTGGCAGATGTTGTTGGCTCCTATTCAAGATGGATCTCTGTTTT 1617
Query 1640 TCCAAGTAACGCCAGACCGTTGCTATTATTTCTCGCAGGAGGGATTTCCGAACCTATTTG 1699
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1618 TCCAAGTAACGCCAGACCCTTGCTATTATTTCTCGCAGGAGGGATTTCTGAACCTATTTG 1677
Query 1700 TTCACATGCTTGTGCTTCTGCTCTGCGTAAAATTTGTGAGGATGCTCCTGCTGTAATCCA 1759
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 TTCGCATGCTTGTGCTTCTGCTCTGCGTAAAATTTGTGAAGATGCTCCTGCTGTAATCCA 1737
Query 1760 GGAAACATCGAATTTAGATATCTTAATGTGGATAGGAGAGTGTTTGGAGCAGTGGGATTT 1819
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1738 GGAAACATCAAATTTAGATATCTTAATGTGGATAGGAGAGTGTTTGGAGCAGTGGAATTT 1797
Query 1820 GACCTTGGAAGATGAAGAAGAAGTCATTACCGCTATCACTGTGATCCTTGGCTCTGTTGC 1879
| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 GGCCTTGGAAGATGAGGAAGAAGTCATTACCGCTATCACTGTGATCCTTGGCTCTGTTGC 1857
Query 1880 TAATAAAGAGCTACAAAATAAATTATTAACTCAATTGCTTTCGTCAAGTTATGGAGTTCT 1939
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1858 TAACAAAGAGCTACAAAATAAATTATTAACTCAATTGCTTTCTTCAAGTTATGGAGTTCT 1917
Query 1940 TTCGAAACTTGTAGATGAAGACGCTGAGTCTTCTGGTAGACAAAGTCCAGCCACTTATAC 1999
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1918 TTCGAAACTTGTAGATGAAGACGCTGAGTCTTCTGGTAGACAAAGTCCAGCCACGTATAC 1977
Query 2000 ACGAATGCTGAGCTCTGTTACAAGAGGTCTTTACAGGATAGGAACTGTATTCAGTCACCT 2059
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1978 ACGAATGCTGAGCTCTGTTACAAGAGGTCTTTACAGGATAGGAACTGTATTCAGTCACCT 2037
Query 2060 TGCAACGTCTCTGCCATCTGTTCCTGTGGCAGATGGTCCAATCCTTTCTTTGTTGACTGT 2119
||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2038 TGCAACGTCTCTGTCATCTGTCCCTGTGGCTGATGGTCCAATCCTTTCTTTGTTGACTGT 2097
Query 2120 TTTCTGGCCCATTTTGGAGAAGCTATTTAGGTCTGAACACATGGAGAGTGGTAGTTTAGC 2179
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2098 TTTCTGGCCCATTTTGGAGAAGCTATTTAGGTCTGAACACATGGAGAGTGGTAGTTTAGC 2157
Query 2180 TGCAGCAGCATGCCGTGCTCTTTCAGTGGCAGTTCAGTCGTCAGGTGAGCACTTTATGCT 2239
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2158 TGCAGCAGCATGCCGTGCCCTTTCAGTGGCAGTTCAGTCGTCAGGTGAGCACTTTATGCT 2217
Query 2240 GTTACTACCTAGTGTACTGGATTGTCTATCGAGAAACTTTCTGTCATTCCAAAGCCAAGA 2299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2218 ACTACTACCTAGTGTACTGGATTGTCTATCGAGAAACTTTCTGTCATTCCAAAGCCAAGA 2277
Query 2300 ATGTTACATAAGAACAGCCTGTGTAATCGCCGAAGAATTTTGTCATAAGGAGGAATATGG 2359
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2278 ATGTTACATAAGAACAGCCTGTGTAATCGCCGAAGAATTTTGTCATAAGGAGGAATACGG 2337
Query 2360 GTCCTTATTTATCACTACGTTTGAAAGATTTACTCAAGCATCATCACTGATGGGCATAAA 2419
|||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2338 GTCCTTGTTTATCACTACGTTTGAGAGATTTACTCAAGCATCATCACTGATGGGCATAAA 2397
Query 2420 TTCTTCATATATATGCGACCAAGAACCCGATTTGGTGGAAGCGTATGTGAATTTCGCATC 2479
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2398 TTCGTCATATATATGCGACCAAGAACCCGATTTGGTGGAAGCGTATGTGAATTTCGCATC 2457
Query 2480 AGCACTTATCCGTAGTTGTCATAAGGAGTTGTTGGGTACTTCTGGAACACTTCTTGAAAT 2539
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2458 AGCACTTATCCGTGGTTGTCATAAGGAGTTGTTGGGTACTTCTGGAACACTTCTGGAAAT 2517
Query 2540 TTCTTTCCACAAAGCGGCTATATGTTGTACAGCTATGCACAGAGGCGCTGCTTTAGCTGC 2599
||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| || |||||||||||
Sbjct 2518 TTCTTTCCACAAAGCAGCTATCTGTTGTACAGCTATGCACCGAGGTGCAGCTTTAGCTGC 2577
Query 2600 AATGTCATACTTATCAGGTTTCTTGGAGGTTTCACTTTCTTCCATGATCGAAACCGTGAA 2659
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2578 AATGTCATACTTGTCAGGTTTCTTGGAGGTTTCACTTTCATCCATGATCGAAACCGTGAA 2637
Query 2660 TAGCATATCAGATGGATCATTCAGCGTGGTCTCTGTCCAGGTCGTATCTCACTGTGGAGA 2719
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2638 TAGCATATCAGAGGGATCATTCAGCGTGGTCTCTGTCCAGGTCGTATCTCACTGTGGAGA 2697
Query 2720 GGGACTTTTGTCTAATCTGGTCTATGCTCTACTTGGAGTTGCAGCTATGTCAAGGGTCCA 2779
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2698 GGGACTTTTGTCTAATCTGGTCTATGCTCTACTTGGAGTTGCAGCTATGTCAAGGGTCCA 2757
Query 2780 TAAGTGTTCAACGATACTGCAACAATTAGCTGCAATCTGCAGTTTATGTGAGAGGACTTC 2839
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2758 CAAGTGTTCAACGATACTGCAACAATTAGCTGCAATCTGCAGTTTATGTGAGAGGACTTC 2817
Query 2840 ATGGAAAGGAATGTTGTGTTGGAAATCTCTCCAAGGATGGCTAAACTCAGCGGTTTGGGC 2899
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2818 ATGGAAAGGAATGTTGTGTTGGAAATCTCTCCAAGGATGGCTAAACTCAGCGGTTTGGGC 2877
Query 2900 ACTTCCGAGCGAGTATCTAAAGCAAGGAGAAGCAGAAAGCATAGTGAGGGAATGGTCAGA 2959
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2878 ACTTCCGAGTGAGTATCTAAAGCAAGGAGAAGCAGAAAGCATAGTGAGGGAATGGTCAGA 2937
Query 2960 AGCTCTAGGAGGTGCAGGGATCGATTATCTTGAGAACAAAAGCTGCAATTTTGGAAGCAA 3019
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2938 AGCTCTAGGAGGTGCAGGGATCGATTACCTTGAGAACAAAAGCTGCAATTTTGGAAGCAA 2997
Query 3020 TAACA---GTTCAGGAGGA---CATATGCAAGGGAAACACGGTCGAACATTGAAGCGATT 3073
||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2998 TAACAACAGTTCAGGAGGAGGACATATGCAAGGGAAACACGGTCGAACATTGAAGCGATT 3057
Query 3074 AGTGAGAGATTTTGCGGATTCTCATCGAAACGATCCAAATCCAAACATCATATGAAT-AA 3132
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3058 AGTGAGAGATTTTGCGGATTCTCATCGAAACGATCCAAATCCAAACATCATATGAATCAA 3117
Query 3133 --A-TCAATCGATAAACtttttttttttGTA--ATGTTTATTTTATTTTGTTGCCTTAAT 3187
| |||||| || |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3118 CCAATCAATCCATCAACTTTTTTTCTTTGTTTTATGTTCATTTTATTTTGTTGCCTTAAT 3177
Query 3188 AATGAGGGCAATGATCCATCATCTTCTTC------ATTTCTGTCGA-TGCTCTGTTTCTA 3240
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | | |||||||||||
Sbjct 3178 AATGAGGGCAATGATCCATCATCTTCTTCTTCTTCATTTCTGTC-ACTTCTCTGTTTCTA 3236
Query 3241 ATGTACAGTAGGAGAGGAAAAGAAACCTCATGAAGAATCTTGAGCCATTTCTTTTAGATT 3300
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3237 ATGTACAGTAGGAGGGGAAA-GAAACCTCATGAAGAATCTTAAGCCATTTCTTTTAGATT 3295
Query 3301 CATCTGATGAGAAGGATAATAATA 3324
|||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3296 CATCTGATGAGAAGAATAATAATA 3319
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 126122796922
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5