BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G13130.1
Length=1786
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg471466 jgi|Araly1|471466|fgenesh2_kg.1__1420__AT1G13130.1 2669 0.0
Ahg913545 jgi|Araly1|913545|Al_scaffold_0001_3799 505 5e-142
> Ahg471466 jgi|Araly1|471466|fgenesh2_kg.1__1420__AT1G13130.1
Length=1685
Score = 2669 bits (1445), Expect = 0.0
Identities = 1606/1686 (95%), Gaps = 2/1686 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CAAGAAATGACATCAAAAGAGCCAAAACACATGTTTTTCATTTTCCCATTCTTCTGTTTC 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CAAGAAATGACATCAAAAGAGCCAAAACACATGTTTTGCGTTTTCCCATTCTTCTGTTTC 60
Query 61 TTCTTCTCCTTCATTGCACAAAACACCGTCCCAAACATGTCTTATCCTCTCTCCACAAGC 120
|||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TTCTTCTCATTCATTGCACAACACACCGTCCCAAACATGGCTTATCCTCTCTCCACAAGC 120
Query 121 TCCCGTTGGATCGTCGACGAGAACGGTCTACGGGTAAAGCTCGTGTGTGCGAACTGGCCA 180
||||||||||||||||||||||| |||| || ||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 121 TCCCGTTGGATCGTCGACGAGAATGGTCAACTGGTGAAGCTTATGTGTGCGAACTGGCCA 180
Query 181 TCACACCTCCAGCCCGTTGTAGCGGAAGGGCTGAGCAAACAACCAGTGGACGCAGTGGCC 240
|| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||
Sbjct 181 TCGCACCTCCAACCAGTTGTAGCGGAAGGGCTGAGCAAGCAACCAGCGGACGCAGTGGCC 240
Query 241 AAGAAGATAGTGGAAATGGGTTTCAATTGTGTTAGGTTAACTTGGCCGTTGGATTTGATG 300
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 AAGAAAATAGTAGAAATGGGTTTCAATTGTGTTAGGTTAACTTGGCCGTTGGATTTGATG 300
Query 301 ACTAATGAGACATTGGCTAATAATGTCACAGTAAGACAATCTTTTCAAAGCCTTGGTCTT 360
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 ACTAATGAGACATTAGCTAATAATGTCACAGTGAGACAATCTTTTCAAAGCCTTGGTCTT 360
Query 361 AATGATGACATTGTTGGCTTCCAAACTAACAACCCCTCCATTATTGATCTCCCCCTCATT 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 361 AATGATGACATTGTTGGCTTCCAAACTAACAACCCTTCCATTATTGATCTCTCCCTCATT 420
Query 421 GAAGCTTACAAGACGGTAGTTACTACATTAGGAAACAACGATGTGATGGTGATATTAGAC 480
|||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 421 GAAGCTTATAAGATGGTAGTTACTACATTAGGAAACAACGACGTGATGGTGATATTAGAC 480
Query 481 AACCACCTAACTAAACCAGGGTGGTGCTGCGCCAACGACGATGGTAACGGTTTCTTCGGT 540
||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 AACCACCTAACCAAACCAGGGTGGTGTTGCGCCAACGACGATGGTAACGGTTTCTTCGGT 540
Query 541 GACCAGTTCTTCGATCCTACCGTATGGGTTGCCGCTTTAAAGAAAATGGCTGCGACCTTC 600
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 541 GACCAGTTTTTCGATCCTACCGTATGGGTTGCCGCTTTAAAGAAAATGGCGGCGACTTTC 600
Query 601 AACGGTGTCTCTAATGTTGTTGGCATGAGTCTAAGGAATGAACTTAGAGGGCCTAAACAA 660
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GACGGTGTCTCTAATGTCGTTGGCATGAGTCTAAGGAATGAACTTAGAGGGCCTAAACAA 660
Query 661 AACGTTAACGATTGGTTCAAGTATATGCAACAAGGAGCGGAAGCAGTTCATTCAGCAAAC 720
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 661 AACGTTAACGATTGGTTCAAGTATATGCAACAAGGAGCGGAAGCAGTTCATTCATCAAAC 720
Query 721 AACAAGGTACTTGTAATCCTCTCCGGTCTCAGCTTCGACGCTGATCTCTCCTTTGTTAGG 780
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 721 AAGAAGGTACTTGTAATCCTCTCCGGTCTCAGCTTCGACGCCGATCTCTCCTTCGTTAGG 780
Query 781 TCTCGACCCGTAAAGCTATCCTTCACCGGAAAACTCGTCTTCGAGCTCCATTGGTATTCT 840
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 TCTCGACCCGTAAACCTATCCTTCACCGGAAAACTTGTCTTCGAGCTCCATTGGTATTCT 840
Query 841 TTCAGTGACGGAAACTCGTGGGCTGCCAATAACCCTAACGATATATGTGGTCGAGTTCTA 900
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 841 TTCAGTGACGGAAACTCGTGGGCGGCCAATAACCCTAACGATATATGTGGTCGGGTTCTA 900
Query 901 AACCGGATTGGAAACGGTGGCGGTTATCTCCTTAACCAAGGCTTTCCGTTGTTCCTAAGC 960
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 901 AACCGGATTGGAAACGGTGGCGGTTATCTCCTTAACCAAGGCTTTCCGTTGTTCCTCAGC 960
Query 961 GAATTCGGTATAGATGAAAGAGGAGTAAACACCAATGATAACCGGTATTTTGGGTGTTTA 1020
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||
Sbjct 961 GAATTCGGTATAGATGAAAGAGGAGTAAACACCAATGATAACCGGTATTTCGGGTGTGTA 1020
Query 1021 ACCGGTTGGGCCGCGGAAAATGACGTTGATTGGTCGCTATGGGCTCTTACTGGAAGCTAT 1080
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 1021 ACCGGTTGGGCCGCGGAAAATGACGTCGATTGGTCGCTTTGGGCCCTTACTGGAAGCTAT 1080
Query 1081 TACTTAAGACAAGGCAAAGTCGGTATGAATGAGTATTACGGTGTGTTGGATTCGGATTGG 1140
||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 TACTTAAGACAAGGCGTGGTCGGGATGATTGAGTATTATGGTGTGTTGGATTCGGATTGG 1140
Query 1141 ATAAGTGTTCGGAATTCGAGTTTCTTGCAAAAGATCTCTTTTCTTCAATCTCCGCTTCAA 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 ATAAGTGTTCGGAATTCGAGTTTCTTGCAAAAGATCTCTTTTCTTCAATCTCCGCTTCAA 1200
Query 1201 GGACCGGGCCCTCGAACTGATGCTTACAATCTGGTTTTTCATCCCTTAACCGGACTCTGC 1260
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 GGACCGGGACCTCGAACTGATGCTTACAATCTGGTTTTCCATCCCTTAACCGGACTCTGC 1260
Query 1261 ATAGTACGATCTCTTGATGACCCAAAAATGCTTACTCTTGGTCCATGCAATAGCTCCGAA 1320
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1261 ATAGTACGATCTCTTGATGACCCAAAAATGCTTACTCTTGGTCCATGCAATAGCTCTGAA 1320
Query 1321 CCATGGAGCTATACTAAGAAAGC-CTTAAGAATCAAAGACCAGCAATTGTGTTTACAGAG 1379
||||||||||| || || ||||| || |||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1321 CCATGGAGCTACACAAAAAAAGCACT-AAGAATTAAAGACCAGCATTTGTGTTTACAGAG 1379
Query 1380 CAACGGACCAAAAAACCCGGTTACGATGACTCGGACTAGTTGTTCGACATCCGGATCAAA 1439
||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1380 CAACGGACCAAAAAACCCGGTTACGATGACTAGGACGAGTTGTTCGACATCTGGATCAAA 1439
Query 1440 ATGGCAGACCATCTCGGCCTCAAGGATGCACTTGGCTTCGACAACAAGTAACAAGACTTC 1499
||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 ATGGCAGACCATCTCGGCCTCTAGAATGCACTTATCTTCGACAACAAGTAACAAGACTTC 1499
Query 1500 TCTTTGCCTTGACGTGGACACAGCGAACAATGTCGTGGCTAATGCTTGCAAGTGTCTGAG 1559
||||||||||||||| |||||||| |||||| |||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1500 TCTTTGCCTTGACGTAGACACAGCCAACAATATCGTTGCTAATGCTTGCAAATGTCTGAG 1559
Query 1560 CAAAGACAAATCGTGTGAGCCAATGAGCCAATGGTTTAAGATTATCAAAGCCACAAGGCC 1619
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1560 CAAAGACAGCTCGTGTGAGCCAATGAGCCAATGGTTTAAGATTATTAAAGCTACAAGGCC 1619
Query 1620 ATTGAAGAGCTCGAGATTGTATAAAGAGATCTCGTCTATGCTGTAAAGCTTTTTGACTTG 1679
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1620 ATTGAAGAGCTCGAGATTGCATAAAGAGATCTCGTCTATGTTGTAAAGCTTTTTGACTTG 1679
Query 1680 CTATAA 1685
||||||
Sbjct 1680 CTATAA 1685
> Ahg913545 jgi|Araly1|913545|Al_scaffold_0001_3799
Length=1263
Score = 505 bits (273), Expect = 5e-142
Identities = 353/392 (90%), Gaps = 4/392 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 457 AACGATGTGATGGTGATATTAGACAACCACCTAACTAAACCAGGGTGGTGCTGCGCCAAC 516
|||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 400 AACGATGTGATGGTGATATTAGACAACCACTTAACCAAACCAGGGTGGTGCTGTGCCGAC 459
Query 517 GACGATGGTAACGGTTTCTT-CGGTGACCAGTTCTTCGATCCTACCGTATGGGTTGCCGC 575
|||| ||||| | ||| || ||||||| ||||||| ||||| ||||| |||| |||||
Sbjct 460 AACGACGGTAATGATTT-TTCCGGTGACAAGTTCTTTGATCCCACCGTTTGGGCCGCCGC 518
Query 576 TTTAAAG-AAAATGGCTGCGACCTTCAACGGTGTCTCTAATGTTGTTGGCATGAGTCTAA 634
||| || |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 519 TTT-GAGTAAAATGACTGCGACCTTCGACGGTGTCTCTAATGTTGTTGGCATGAGTCTAA 577
Query 635 GGAATGAACTTAGAGGGCCTAAACAAAACGTTAACGATTGGTTCAAGTATATGCAACAAG 694
|||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 578 GGAATGAACTTACAGGGCCTAAACAAAACGTGAACGATTGGTTCAAGTATATGCAACAAG 637
Query 695 GAGCGGAAGCAGTTCATTCAGCAAACAACAAGGTACTTGTAATCCTCTCCGGTCTCAGCT 754
|||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 638 GAGCGGAAGCAGTTCACTCAGCAAACAAGAACGTACTTGTAATCCTGTCCGGTCTCACCT 697
Query 755 TCGACGCTGATCTCTCCTTTGTTAGGTCTCGACCCGTAAAGCTATCCTTCACCGGAAAAC 814
| ||| | || |||||||| ||||||| || ||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 698 TTGACACCGACCTCTCCTTCGTTAGGTGTCTACCTGTAAACCTATCCTTCACCGGAAAAC 757
Query 815 TCGTCTTCGAGCTCCATTGGTATTCTTTCAGT 846
||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 758 TCGTCTTTGAGCTGCATTGGTATTCTTTCAGT 789
Score = 335 bits (181), Expect = 7e-91
Identities = 204/215 (95%), Gaps = 1/215 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 214 AGC-AAACAACCAGTGGACGCAGTGGCCAAGAAGATAGTGGAAATGGGTTTCAATTGTGT 272
||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 96 AGCTAAGCAACCGGTGGACGCAGTGGCCAAGAAGATAGTGGAAATGAGTTTCAATTGTGT 155
Query 273 TAGGTTAACTTGGCCGTTGGATTTGATGACTAATGAGACATTGGCTAATAATGTCACAGT 332
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 156 TAGGTTAACTTGGCCGTCAGATTTGATGACTAATGAGACATTGGCTTATAATGTCACAGT 215
Query 333 AAGACAATCTTTTCAAAGCCTTGGTCTTAATGATGACATTGTTGGCTTCCAAACTAACAA 392
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 216 GAGACAATCTTTTCAAAGCTTTGGTCTTAATGATGACATTGTTGGCTTCAAAACTAACAA 275
Query 393 CCCCTCCATTATTGATCTCCCCCTCATTGAAGCTT 427
||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 276 CCCCTCCATTATTGATCTCTCCCTCATTGAAGCTT 310
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 67038831200
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5