BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G13190.1
Length=2179
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg471472 jgi|Araly1|471472|fgenesh2_kg.1__1426__AT1G13190.1 3120 0.0
> Ahg471472 jgi|Araly1|471472|fgenesh2_kg.1__1426__AT1G13190.1
Length=2157
Score = 3120 bits (1689), Expect = 0.0
Identities = 2028/2182 (93%), Gaps = 62/2182 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 13 TCTATCGGATAAGAAAG-AGAACATCCCGAGTCTCGACGAATACGA--CTCTCTTCCTCC 69
||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1 TCTATCGGATAAGAAAGAAGAACATCTCGAGTCTCGACGAATACGACTCTCTCTTCCTCC 60
Query 70 GATCTCATCAAAAACTCTTTCGCTAAAGCTCTGTTTCTGGGCGTTCAAACAATTCCGGAG 129
||||||||| | |||||||||| | |||||||| | | | | ||||||||||
Sbjct 61 GATCTCATC-ACAACTCTTTCGTTGAAGCTCTG-AT-T---C--T-----AATTCCGGAG 107
Query 130 TTTGTCGGATTCTCAACTTCCGTATACGGAGAAGGTCGAGCAACAAGT---A-GTCAAAT 185
|||| ||| ||||||| | | ||| ||| | | | ||| |||| | | | | |
Sbjct 108 CTTGTGGGAATCTCAAC-GGAGAAGGCGGCGAA-G-C-AACAAGAAGTCAAATGGCCAGT 163
Query 186 TTGTATAAATTCAATGACTGAAGAAAACGATTATGGAGGTAATCAGAAGATACTTCATCA 245
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 164 TTGTATAAATTCAATGACTGAAGAAAACGACTATGGAGGTAATCAGAAGATACTACATCA 223
Query 246 AGGAAGTGGAACTATACCTGCTCTAGCGGATGAAGAACTGATGGGAGACGATGATGAGTA 305
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 224 AGGAAGTGGAACTATACCTGCGCTAGCGGATGAAGAACTTATGGGAGACGATGATGAGTA 283
Query 306 TGATGATTTGTATAGCGATGTTAATGTTGGTGAGAGTTTCTTCCAAGCTCATAATCAGCC 365
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 284 CGATGATCTGTATAGCGATGTTAATGTTGGTGAGAGTTTCTTCCAAGCTCATAATCAGCC 343
Query 366 TCAACCACCAGCTCAGGTC---AATACGAGTAATGCAAGTCTTCAAGCTCAGAATAGTCA 422
||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 344 TCAACCACCAGCTCAGGTCGGTGGTACGGGTAATGCAAGTCTTCAAGCTCAGACTAGTCA 403
Query 423 TGTTGCTGCTGAACCGAGGATGGGAATTGTATCTGGAGGTACAGTTGAAGGGAAGTATCG 482
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 404 TGTTGCTGCTGAACCGAGAATGGGAATTGTATCTGGAGGTACGGTTGAAGGGAAGTATCG 463
Query 483 AAATGATGGGGGGCATAATGGAATCAGTGGACCAGACACAAGATCAGATGTTTATCCACA 542
||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 464 AAACGATGGGGGGCATAATGGAACCAGTGGACCAGACACAAGATCAGATGTTTATCCACA 523
Query 543 AGCATCTTCTTTTGGAGCAAAAGGGTTGAATATTGATATCCAATCCAACAAAATCGCTCA 602
||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 524 AGCTTCTTCTTTTGGAGGAAAAGGGTTGAATATTGATATCCAATCCAACAAAATCGGGCA 583
Query 603 ACAAGGATCAACGA-CTGTTGTGTTAAACAATCATGGTTTTTCGGGGAATGCGGTAAATG 661
|||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 584 ACAAGGATCAAC-ATCTGTTGTGTTAAACAACCATGGTTTTTCAGGGAATGCTGTAAATG 642
Query 662 TGCCTGAGATGCCTGTCCATAACTCCTATGGTGCTCCTCCTCAAGGTGCTCAGCAGATTC 721
|||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 643 TGCCTGAGCTGCCTGTGCATAACCCCTATGGTGCTCCGCCTCAAGGTGCTCAGCAGATTC 702
Query 722 CTGTTAGCCAGATGAGTGTGAATCCAAATGTTATGATGAACAAAAGCCCTACGCAGTCAT 781
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 703 CTGTTAGCCAGATGAGTGTGAATCCAAATGTAATGATGAACAAAAGCCCTACGCAGCCAT 762
Query 782 TTGTTGTGGACAATGGAAACACCATGCTTTTTGTTGGAGAGTTACACTGGTGGACGACGG 841
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 763 TCGTTGTGGACAATGGAAACACCATGCTTTTTGTTGGAGAGTTACACTGGTGGACGACGG 822
Query 842 ATGCAGAGATTGAGAGTGTTCTTTCTCAGTATGGAAGAGTCAAAGAGATCAAGTTTTTCG 901
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 823 ATGCAGAGATTGAGAGTGTTCTTTCTCAGTATGGAAGAGTCAAAGAGATCAAGTTTTTCG 882
Query 902 ATGAGAGAGTTAGTGGCAAGTCTAAAGGGTATTGTCAGGTTGAATTCTATGATTCAGCTG 961
| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 883 ACGAGAGAGTTAGTGGCAAATCTAAAGGGTATTGTCAGGTTGAATTCTACGATTCAGCTG 942
Query 962 CTGCAGCCGCTTGCAAAGAAGGAATGAATGGTTTCATTTTCAATGGTAAAGCATGTGTTG 1021
|||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 943 CTGCAGCCTCTTGCAAAGAAGGAATGAATGGTTACATTTTCAACGGTAAAGCATGTGTTG 1002
Query 1022 TAGCCTTTGCCTCTCCTGAAACACTGAAGCAGATGGGAGCTAATTTCACAGGGAGGAACC 1081
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1003 TAGCCTTTGCTTCTCCTGAAACACTGAAGCAGATGGGAGCTAATTTCACAGGGAGGAACC 1062
Query 1082 AAGGACAAAACCAAATTCAAAATAGAAGGCCTCTGAATGAAGGAATGGGAAGAGGTaaca 1141
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1063 AAGGACAAAACCAAATTCAAAACAGAAGGCCTCTGAATGAAGGAATGGGAAGAGGT---A 1119
Query 1142 acaacaacaacaacaTGAATACACAAAATGGAGATGGTGGAAGAAATTACGGTAGAGG-G 1200
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1120 ACAACAACAACAACATGAATACGCAAAATGGAGAAGGTGGAAGAAATTATGGTAGAGGTG 1179
Query 1201 GGATTTGCGCGTGGTGGCCAAGGAATGGGCAACCGTGGAGGTGCTTGGGGTGGTGCAATG 1260
|| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||
Sbjct 1180 GG-TTTGCACGTGGTGGCCAAGGAATGAGCAACCGTGGAGGTCCTTGGGGTGGTGGAATG 1238
Query 1261 AGAGGTAGAGGGGTAAACAACATGGCTAGTGGTTCTGGTGCTGGACCGTATGGGCCTGGA 1320
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||
Sbjct 1239 AGAGGTAGAGGGCCAAACAACATGGCTAGTGGTTCTGCTACTGGGCCGTATGGGCCTGGA 1298
Query 1321 CTAGCGGGTCCTGCATTTGGTGGTATGATGCATCCACAGGGTATGATGGGAGCTGGTGGG 1380
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1299 CTAGCTGGTCCTGCATTTGGTGGTATGATGCATCCACAGGGTATGATGGGAGCTGGTGGG 1358
Query 1381 TTTGATCCAACGTTCATGGGTCGGGGTGCTGGTTATGGAGGGTATTCAGGTATTGCCTAC 1440
||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1359 TTTGATCCAACATTCATGGGTCGGGGTGGTGGTTATGGAGGGTATTCAGGTATTGCCTAC 1418
Query 1441 CCTGGGATGCCTCATTCTTATCCAGGTGTTAATGCAATGGGAATGGTTGGGATTGCTCCT 1500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1419 CCTGGGATGCCTCATTCTTATCCAGGTGTTAATGCAATGGGAATGGTTGGGATTGCTCCT 1478
Query 1501 CATGTCAATCCAGCCTTTTTTGGCACGGGAATGGGAACAATGGGTAGCTCAGGGATGAAT 1560
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1479 CATGTCAATCCAGCCTTTTTTGGCACGGGAATGGGAACAATGGGTAGCTCGGGGATGAAT 1538
Query 1561 GGAGTTCATGCAGCAGCGATGTGGAGTGAGGCTAATGGAGGTGGTGGTGAAGAGGGTGGT 1620
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1539 GGAGTTCATGCAGCAGCGATGTGGAGCGAAGCTAATGGAGGTGGTGGTGAAGAGGGTGGT 1598
Query 1621 TCTGAATATGGTGGGTATGAAGATGAAACCCAAGAGAAAGAAGAAAAGCCATCACGAGAT 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1599 TCTGAATATGGTGGGTATGAAGATGAAACCCAAGAGAAAGAAGAAAAGCCATCACGAGAT 1658
Query 1681 AAAGAACGGGCTACCACAGAACGTGACTGGTCTGAGAACAGTGGTGACAGAAGACACAAG 1740
||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1659 AAAGAACGGGCTACCGCGGAACGTGACTGGTCCGAGAACAGTGGTGACAGAAGACACAAG 1718
Query 1741 AGTCACCGTGAAGAGAAAGATAGTCACCGTGAGTATAAGCAGCAGAGAGACCGTGATTCT 1800
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1719 AGTCACCGTGAAGAAAAAGATAGTCACCGTGAGTATAAGCAGCAGAGAGACCGTGATTCT 1778
Query 1801 GATGAGTTTGATAGAGGACAATCTAGCTTGAAATCTCGAAGCAGATCAAGAATGTCCGAA 1860
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1779 GATGAGTTCGATAGAGGACAATCTAGCTTGAAATCTCGAAGCAGATCAAGAATGTCAGAA 1838
Query 1861 GATGATCATAGATCCAGGTCAAGAGATGCAGACTATGGAAAGAGGAGACGAGGTGACTGA 1920
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1839 GATGATCATAGGTCCAGGTCAAGAGATGCAGACTATGGAAAGAGGAGACGAGGTGACTGA 1898
Query 1921 GAAAGAACCTCCCATGTTCTTCGTCTCT-T-T------A-------GATGCCATTTT-AA 1964
||||||||||| ||||||||||||||| | | | |||| |||||| ||
Sbjct 1899 GAAAGAACCTCTAATGTTCTTCGTCTCTCTCTTGCTGCATCTAAACGATGACATTTTTAA 1958
Query 1965 GTTACTCT-C-TACTATATCTATCTCTTTA-T----ATCATCAAAATATTGGATACAATG 2017
|||||||| | ||||| ||||||||||||| | || |||||| ||||||||||||||
Sbjct 1959 GTTACTCTTCCTACTAAATCTATCTCTTTAGTCTTTATTATCAAA-TATTGGATACAATG 2017
Query 2018 TTTCTCTATACTTTATTTACTGATAGTCAGTCTTTGGAGACTAGCATATATATATGTAAA 2077
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||
Sbjct 2018 TTTCTCTATACTTTATTTACTGGTAGTCAGTCTTTGGAGACGAGCATATAT-T-TGTAAA 2075
Query 2078 CTATGTTTTGTTTTATTGATGGTTCTA--TTTGTTATTGTCAATCATTACAGCTTCTAGA 2135
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||| |||
Sbjct 2076 CTATGTTTTGTTTTATTGATGGTTCTACATTTGTTATTGTGAATCATTATAGCTTCAAGA 2135
Query 2136 ATGTCGTTTGGTTAAGATGAAA 2157
||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2136 ATGTCGTTTGGTTAAGAGGAAA 2157
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 82008297485
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5