BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G13410.1
Length=1814
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg920221 jgi|Araly1|920221|scaffold_101502.1 2272 0.0
> Ahg920221 jgi|Araly1|920221|scaffold_101502.1
Length=1458
Score = 2272 bits (1230), Expect = 0.0
Identities = 1368/1433 (95%), Gaps = 15/1433 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 249 TCACGAGTTA-CTACAGAATGATTACGTCGCTCCGAGACTCGTCGCTGCTTGTTGCCGAA 307
|||||||||| | ||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 5 TCACGAGTTAGC-GCAGAATGATTATGTGGCTCCGAGAATCGTCGCTGCTTGTTGTGGAA 63
Query 308 TCACGAGAATTGA-TTACGCACGCCAAGTGTTCGACAGAATCTCTCAACCAAATGTTTCT 366
||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 64 TCACGAGAATT-AGTTATGCACGCCAAGTGTTCGACAGAATCTCTCAACCAAATGTTTCT 122
Query 367 GTTTGGAATGCTATGTTTAATGGGAGTGATAGCATCGGCGAATAAGGTGTTTTGTGAGAT 426
|||||||| |||||||| ||| | | | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 123 GTTTGGAACGCTATGTTCAAT----G-G-T---ATCGGCGAATAAGGTGTTTTGTGAGAT 173
Query 427 GGTTGAGAAAAATGTAGTTCTTTGGACTTCGATGATCAATGGGTATCTTTTGAATAAGGA 486
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 174 GGTTGAGAAAAATGTAGTTATTTGGACTTCGATGATCAATGGGTATCTTTTGAATAAGGA 233
Query 487 CTTAGTCTCTGCTCGACGCTATTTTGATTTGTCGCCTGAGAGAGATATTGTGTTGTGGAA 546
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 234 CTTAGTCTCTGCTCGACGATATTTTGATTTGTCGCCTGAGAGAGATATTGTGTTGTGGAA 293
Query 547 CACTATGATATCTGGTTATATTGAAATGGGGAATATGTTAGAGGCTAGGAGTCTTTTTGA 606
||||||| || |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 294 CACTATGGTAGCTGGTTATATTGAAATGGGGAATATGATGGAGGCTAGGAGTCTTTTTGA 353
Query 607 TCAAATGCCTTGTAGGGATGTCATGTCGTGGAATACGGTTTTAGAGGGTTATGCAAATAT 666
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 354 TCAAATGCCTTGTAGGGATGTCATGTCGTGGAATACGGTTTTAGAGGGTTATGCAAATAT 413
Query 667 TGGAGATATGGAAGCATGTGAAAGGGTTTTTGATGATATGCCAGAGAGAAATGTGTTCTC 726
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||
Sbjct 414 TGGAGATATGGAAGCATGTGAAAGGGTTTTTGATGAAATGCTGGAGAGAAATGTGTTCTC 473
Query 727 TTGGAATGGTTTGATCAAGGGATATGCTCAAAATGGGCGGGTTTCTGAAGTGTTGGGTTC 786
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 474 TTGGAATGGTTTGATCAAGGGATATGCTCAAAATGGGCGGGTTTCTGAAGTGTTGGGTTC 533
Query 787 TTTTAAGAGAATGGTAGATGAAGGGAGTGTTGTTCCTAACGATGCAACAATGACTTTAGT 846
||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 534 TTTTAAGAGAATGGTAGATGAAGGGAGTGTTTTTCCAAACGATGCAACATTGACTTTAGT 593
Query 847 TTTATCCGCTTGTGCAAAGTTAGGAGCTTTTGATTTCGGGAAATGGGTACATAAGTATGG 906
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 594 CTTATCCGCTTGTGCAAAGTTAGGAGCTTTTGATTTCGGGAAATGGGTACATAAGTATGG 653
Query 907 AGAAACTCTTGGTTACAATAAGGTAGATGTTAATGTTAAGAATGCTTTGATTGATATGTA 966
||||| |||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 654 AGAAAATCTTGGGTATAATAAGGTAGATGTTAACGTTAAGAATGCTTTGATTGATATGTA 713
Query 967 TGGAAAATGCGGAGCTATAGAGATAGCTATGGAAGTCTTCAAAGGCATAAAGAGAAGAGA 1026
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 714 TGGAAAATGCGGAGCTATAGAGATAGCTATGGAAGTTTTCAAAGGAATAAAGAGAAGAGA 773
Query 1027 TTTGATAAGTTGGAATACCATGATCAACGGTTTAGCTGCACATGGACATGGAACTGAGGC 1086
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 774 TTTGATAAGTTGGAATACCATGATCAACGGTTTAGCTGCACATGGACATGGAACTGAGGC 833
Query 1087 CTTAAATTTATTCCATGAGATGAAAAATTCCGGAATTAGTCCGGACAAGGTAACATTCGT 1146
|||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 834 CTTAGATTTATTCCATGAGATGAAAAATTGCGGAATTAGTCCTGACAAGGTAACATTCGT 893
Query 1147 CGGTGTTTTATGTGCCTGTAAACACATGGGTTTGGTTGAAGATGGCTTGGCTTATTTCAA 1206
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 894 CGGTGTTTTATGTGCCTGTAAACACATGGGTTTGGTTGAAGATGGCTTGGCTTATTTCAA 953
Query 1207 TTCCATGTTTACTGATTTCTCAATAATGCCTGAGATTGAGCATTGCGGTTGTGTAGTGGA 1266
|||||||||||||||||||||||| | |||| |||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 954 TTCCATGTTTACTGATTTCTCAATCACGCCTCAGATCGAGCATTGCGGTTGTGTAGTGGA 1013
Query 1267 TTTACTATCACGGGCTGGATTTTTAACACAAGCTGTTGAGTTTATAAACAAAATGCCGGT 1326
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1014 TTTGCTATCACGGGCTGGATTTTTAACACAAGCTGTTGAGTTCATAAACAAAATGCCGGT 1073
Query 1327 AAAAGCGGATGCTGTTATATGGGCTACTCTTCTTGGAGCTTCAAAGGTTTATAAGAAGGT 1386
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1074 AAAAGCGGATGCTGTTATATGGGCTACTCTACTTGGAGCTTCAAAGGTTTATAAGAAGGT 1133
Query 1387 GGACATTGGCGAAGTTGCGCTTGAAGAGTTGATCAAGCTTGAACCAAGAAACCCGGCTAA 1446
||||| ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1134 GGACACTGGCGAACTTGCTCTTAAAGAGTTGATCAAGCTTGAACCAAGAAACCCGGCTAA 1193
Query 1447 TTTCGTTATGCTCTCAAACATATATGGAGATGCAGGAAGATTTGATGATGCTGCAAGGCT 1506
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1194 TTTCGTGATGCTCTCAAACATCTATGGAGATGCAGGAAGATTTGATGATGCTGCAAGGCT 1253
Query 1507 AAAAGTTGCTATGAGAGACACAGGGTTTAAGAAAGAAGCAGGTG-TTAGCTGGATTGAGA 1565
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||
Sbjct 1254 AAAAGTTGCTATGAGAGACACCGGGTTTAAGAAAGAAGCAGG-GATTAGCTGGATCGAGA 1312
Query 1566 CCGATGATGGTTTAGTGAAGTTTTATTCTTCGGGAGAGAAGCATCCTCGAACAGAGGAAT 1625
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1313 CCGATGATGGTTTAGTGAAGTTTTATTCTTCGGGAGAGAAGCATCCTCGAACAGAGGAAT 1372
Query 1626 TACAGAGGATCTTGAGAGAACTGAAGAGCTTCAACATCCTTCGTGACGAAGAA 1678
|||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 1373 TACAGAGGATCTTGGGAGAGCTGAAGAGCTTCAACATCCTTCTTGATGAAGAA 1425
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 68105358060
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5