BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G13770.1
Length=1510
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg920262 jgi|Araly1|920262|scaffold_101543.1 2196 0.0
> Ahg920262 jgi|Araly1|920262|scaffold_101543.1
Length=1363
Score = 2196 bits (1189), Expect = 0.0
Identities = 1296/1349 (96%), Gaps = 2/1349 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3 GTAAGAAGCCAAAATTCGCCATGAGAGAAGAACAAGTCTCTGATTGCGGATCGATTACT- 61
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 1 GTAAGAAGCCAAAATTCGCCATGAGAGAAGAAGAAGTCTCTGATTGCGGATCAATTA-TA 59
Query 62 CTTGAAGAATGGAATGGTTCTTCTTCCACTAAGCTATTCAAAACAGCAACCATCACTGCC 121
|||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 CTTGAAGAATGGAATGGTTCTTCTTCTACTAAGTTATTCAAAACAGCAACCATCACTGCC 119
Query 122 TCCTCTTCTCTCTCTATCCAAAGGTCTGCTAATCGCTTTAATCATGTGTGGAGACGAGTT 181
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 120 TCCTCTTCTCTCTCCATCCAAAGGTCTGCTAATCGCTTCAATCATGTATGGAGACGAGTT 179
Query 182 CTTCAAGCATTTGTACCAGAGGGCTTTCCTGGCAGTGTAACTCCAGATTATGTAGGGTTT 241
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 180 CTTCAAGCATTTGTACCAGAGGGCTTTCCTGGTAGTGTAACTCCGGATTATGTAGGGTTT 239
Query 242 CAGTTATGGGACACATTACAGGGCCTCTCAACTTATACAAAGATGATGCTTTCCACTCAG 301
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 CAGTTATGGGACACATTACAGGGGCTCTCAACTTATATAAAGATGATGCTTTCCACTCAG 299
Query 302 GCTCTTTTGAGTGCAATTGGCGTTGGTGAGAAATCCGCAACTGTTATAGGTGCTACATTT 361
|||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 300 GCTCTTTTGAGTGCAATTGGGGTCGGTGAGAAATCTGCAACAGTTATAGGTGCTACATTT 359
Query 362 CAGTGGTTTCTGAGGGATTTTACTGGGATGCTTGGAGGTATATTGTTCACATTTTATCAG 421
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 360 CAGTGGTTTTTGAGGGATTTTACTGGGATGCTTGGAGGCATATTGTTCACATTCTATCAG 419
Query 422 GGTTCCAACCTGGATAGCAATGCAAAAATGTGGCGCCTAGTTGCTGACCTTATGAATGAT 481
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 420 GGTTCTAACCTGGATAGCAATGCAAAAATGTGGCGCCTAGTTGCTGACCTTATGAACGAT 479
Query 482 ATTGGAATGCTAATGGACCTTCTTTCTCCTTTGTTTCCATCTGCCTTTATCGTTGTGGTT 541
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 ATCGGAATGCTAATGGACCTTCTTTCTCCTTTGTTTCCATCTGCCTTTATCGTTGTGGTT 539
Query 542 TGCTTAGGGAGCCTATCAAGATCATTTACTGGTGTTGCAAGTGGAGCAACCAGAGCAGCT 601
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TGCTTAGGGAGCCTATCAAGATCATTTACTGGTGTTGCAAGTGGAGCAACCAGAGCAGCT 599
Query 602 CTAACACAGCACTTTGCTCTTCAAGACAATGCAGCGGATATATCTGCTAAGGAAGGAAGC 661
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 CTAACACAGCACTTTGCTCTTCAAGACAATGCTGCGGATATATCTGCTAAGGAAGGAAGC 659
Query 662 CAAGAGACTATGGCAACTATGATGGGTATGTCATTGGGAATGTTGCTAGCTCGGTTTACC 721
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 CAAGAGACTATGGCAACTATGATGGGGATGTCATTGGGAATGTTGCTAGCTCGGTTTACC 719
Query 722 TCTGGAAACCCTATGGCTATTTGGCTTTCGTTTCTCTCTCTCACCGTGTTTCATATGTAT 781
|||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TCTGGAAACCCTATGGGTATTTGGTTTTCGTTTCTCTCTCTCACCGTGTTTCATATGTAT 779
Query 782 GCAAACTATAGAGCTGTCCGGTGTCTTGTATTGAATTCATTAAACTTTGAGAGGAGTTCA 841
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 780 GCAAACTATAGAGCTGTCCGGTGTCTTGTATTGAATTCATTAAACTTCGAGAGGAGTTCG 839
Query 842 ATTCTTCTAACACATTTCATTCAAACTGGCCAAGTTCTCTCTCCCGAACAGGTTTCTTCA 901
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 840 ATTCTTCTAACACATTTCATGCAAACTGGCCAAGTTCTCTCCCCCGAACAGGTTTCTTCA 899
Query 902 ATGGAGGGTGTATTGCCCTTGTGGGCCACTTCATTGAGGTCAACGAATTCAAAGCCATTG 961
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | ||
Sbjct 900 ATGGAGGGTGTATTGCCCATGTGGGCCACTTCATTGAGGTCAACTAATTTAAAGCTACTG 959
Query 962 CATAAGAGAGTGCAGTTAGGTGTGAGAGTTTCCTCTCTCCCTCGTCTAGATATGTTGCAG 1021
|||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 960 CATAAGAGAGTGCACTTAGGTGTAAGAGTTTCTTCTCTCCCTCGTCTAGAAATGATGCAG 1019
Query 1022 CTGCTAAATGGTGTTGGAGCTTCTTCATACAAGAATGCTAAGTATTTATTGGCTCACATA 1081
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 1020 CTGCTAAATGGTGTTGGAGCTTCTTCATACAAGAATGCTAAGTACTTATTGGCTCACAGA 1079
Query 1082 AAGGGAAATGTTAGTGTGATCTTGCACAAAGATTCAAAACCTGCAGATGTGTTGAAATCA 1141
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 AAGGGAAATGTTAGTGTGATCTTGCACAAAGATTCATCGGCTGCAGATGTGTTGAAATCA 1139
Query 1142 TATATTCATGCCATTGTTTTGGCAAACCTTATGGAAAAGAGCACATCTTTTTATTCAGAA 1201
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 1140 TATATTCATGCCATTGTTTTGGCAAACCTTATGGAAAAAAGCACATCTTTCTATTCAGAA 1199
Query 1202 GGAGAAGCTTGGATTGATAAACACTATGACGAATTGCTCCACAAGCTGAGATCAGGAGGT 1261
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 GGAGAAGCTTGGATTGATAAACACTACGACGAATTTCTCCACAAGCTGAGATCAGGAGGT 1259
Query 1262 TGGAAAACAGAGCGTCTTCTTTCGCCTTCCATTACTTGGAGAGCTAATTGGATATCTCAC 1321
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1260 TGGAAAACAGAGCGTCTTCTTTCGCCTTCCATTACTTGGAGAGCAAATTGGATATCTCAC 1319
Query 1322 ACTTCCGCTGCTAAGTTCGACTGAGCTTT 1350
||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1320 ACTTCCGCTGCTAAGATCGACTGAGCTTT 1348
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 56525923580
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5