BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G13900.1
Length=2346
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg920273 jgi|Araly1|920273|scaffold_101554.1 3145 0.0
> Ahg920273 jgi|Araly1|920273|scaffold_101554.1
Length=2015
Score = 3145 bits (1703), Expect = 0.0
Identities = 1899/1996 (95%), Gaps = 3/1996 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 6 TTCTTACGTTCCTCCGTCGCCATGATCGTTAATTTCTC--T-TTCTTCCTCCTTCTCTTC 62
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Sbjct 1 TTCTTACGTTCCTCCGTCGCCATGATCGCTAATTTCTCTTTCTTCTTCCTCCTCCTCTTC 60
Query 63 GTCTCCGTCTTCGTTTCCTCTGCTGATTCTAAAGCGACCATTTCAATTTCCCCTAATGCT 122
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Sbjct 61 GTCTCCGTCTTCGTTTTCTCTGCTAATGCCAAAGCGACCATTTCTACTTCCCCTAATGTT 120
Query 123 CTCAATCGATCTGGCGATTCCGTTGTGATACAATGGTCCGGTGTCGATTCTCCGTCAGAT 182
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Sbjct 121 CTGAATCGATCTGGCGATTCCGTCGTGATACAATGGTCCGGCGTCGATTCTCCGTCCGAT 180
Query 183 CTCGATTGGTTAGGACTCTACTCGCCGCCGGAGTCTCCTAATGATCACTTTATTGGTTAC 242
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Sbjct 181 CTCGATTGGTTAGGACTCTACTCGCCGCCGGAGTCTCCTAATGATCACTTTATTGGTTAC 240
Query 243 AAATTCCTCAATGAATCGTCCACTTGGAAAGATGGTTTCGGTTCGATTTCTCTTCCTTTA 302
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Sbjct 241 AAATTCCTAAATGAATCGTCCACTTGGAAATCTGGATTCGGTTCGATTTCTCTTCCTTTG 300
Query 303 ACCAATCTCCGATCAAATTACACATTCCGGATCTTCCGTTGGAGCGAATCCGAGATTGAT 362
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Sbjct 301 ACAAATCTCCGATCAAATTACACATTCCGGATCTTCCGGTGGACCGAATCCGAGATCGAT 360
Query 363 CCGAAACATAAGGATCATGATCAGAATCCTTTACCAGGAACTAAACATCTTCTAGCTGAA 422
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Sbjct 361 CTGAAACATAAGGATCATGATCAGAATCCTTTACCAGGAACTAAACATCTTCTAGCTGAA 420
Query 423 TCGGAGCAGCTGACTTTCGGATCCGGTGTTGGTATGCCGGAGCAGATCCATTTGTCGTTC 482
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Sbjct 421 TCGGAGCAGCTGAGTTTCGGATCCGGTGTTGGCATGCCGGAGCAGATCCATTTGTCGTTC 480
Query 483 ACAAATATGGTTAACACGATGCGTGTTATGTTTGTAGCTGGAGATGGTGAAGAACGTTTT 542
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Sbjct 481 ACGAATATGGTTAACACGATGCGTGTTATGTTTGTAGCTGGAGATGGAGAAGAACGTTTC 540
Query 543 GTTAGATACGGTGAATCGAAGGATTTGTTAGGTAATTCCGCGGCGGCGCGTGGGATGAGG 602
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Sbjct 541 GTGAGATACGGTGAAGCGAAGGATTTGTTAGGCAATTCCGCGGCGGCGCGTGGGATGAGG 600
Query 603 TACGAGAGAGAGCACATGTGTGATTCGCCGGCGAATTCCACTATTGGTTGGAGAGATCCT 662
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Sbjct 601 TACGAGAGAGAGCATATGTGTAATTCACCGGCGAATTCTACTATTGGATGGAGAGATCCT 660
Query 663 GGTTGGATTTTTGATACCGTCATGAAGAATTTGAATGATGGCGTTAGATACTATTATCAG 722
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Sbjct 661 GGTTGGATTTTTGATACCGTTATGAAGAATTTGAATGATGGCGTTAGGTACTATTATCAG 720
Query 723 GTTGGGAGTGATTCTAAGGGATGGAGTGAGATCCATAGCTACATTGCTCGAGATGTGACT 782
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Sbjct 721 GTTGGGAGTGATTCTAAGGGATGGAGTGAGATCCATAGCTATATTGCTCGAGATGTGACC 780
Query 783 GCAGAAGAAACCGTAGCTTTCATGTTTGGAGATATGGGTTGTGCTACACCATACACGACA 842
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Sbjct 781 GCAGAAGAAACCGTAGCTTTCATGTTTGGAGATATGGGTTGTGCTACACCATACACGACA 840
Query 843 TTTATCCGCACACAAGATGAGAGCATATCTACAGTGAAGTGGATCCTCCGTGACATTGAA 902
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Sbjct 841 TTTATCCGCACACAAGATGAGAGTATATCTACAGTGAAGTGGATCCTCCGTGACATTGAA 900
Query 903 GCTCTTGGTGATAAGCCAGCTATGATTTCACACATTGGAGATATAAGTTATGCTCGTGGT 962
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Sbjct 901 GCTCTTGGTGACAAGCCAGCTCTTATTTCACACATTGGAGATATAAGTTATGCTCGTGGT 960
Query 963 TACTCGTGGGTATGGGATGAGTTCTTTGCTCAGGTTGAGCCTATTGCCTCGACAGTTCCT 1022
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Sbjct 961 TACTCGTGGGTATGGGATGAGTTTTTTGTTCAGATCGAGCCTATTGCCTCGAAAGTTCCT 1020
Query 1023 TACCATGTTTGCATTGGTAACCATGAGTATGATTTCTCTACTCAGCCGTGGAAACCTGAT 1082
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Sbjct 1021 TACCATGTCTGCATTGGTAATCATGAGTATGATTTCCCTACTCAGCCGTGGAAACCCGAT 1080
Query 1083 TGGGCAGCTTCTATTTATGGAAACGATGGTGGTGGCGAATGTGGTGTGCCGTATAGCTTG 1142
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Sbjct 1081 TGGGCAGCTTCTATTTATGGAAACGATGGTGGTGGCGAATGCGGTGTGCCGTATAGTTTG 1140
Query 1143 AAGTTTAACATGCCTGGGAATTCTTCAGAGTCTACAGGAATGAAAGCTCCTCCGACAAGG 1202
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Sbjct 1141 AAGTTCAACATGCCTGGAAATTCTTCAGAATCCACAGGAATGAAAGCTCCTCCGACAAGG 1200
Query 1203 AATTTATATTATTCTTATGATATGGGAACGGTCCATTTCGTTTATATCTCCACAGAGACG 1262
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Sbjct 1201 AATCTATATTATTCTTATGATATGGGATCGGTCCATTTCATTTATATCTCCACGGAGACG 1260
Query 1263 AATTTTCTTAAAGGAGGTAGTCAATATGAATTCATAAAGCGAGATCTAGAGTCTGTAGAC 1322
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Sbjct 1261 AATTTCCTTAAAGGAGGCAGTCAATATGAATTCATAAAGCGAGATCTAGAGTCTGTAAAC 1320
Query 1323 AGGAAGAAAACACCGTTTGTTGTTGTGCAAGGACATAGACCAATGTACACTACGAGCAAC 1382
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Sbjct 1321 AGGAAGAAAACACCGTTTGTTGTTGTGCAAGGACACAGACCGATGTACACTACGAGCAAC 1380
Query 1383 GAGGTTAGAGACACTATGATTCGACAAAAGATGGTTGAGCATCTAGAACCTTTGTTTGTG 1442
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Sbjct 1381 GAGGTTAGAGACACTATGATTCGACAAAAGATGGTTGAGCATCTAGAACCGCTGTTTGTG 1440
Query 1443 AAAAACAATGTCACACTTGCTCTATGGGGACATGTTCATAGATACGAAAGGTTTTGTCCC 1502
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Sbjct 1441 AACAACAATGTCACACTCGCTCTATGGGGACATGTTCATAGATACGAAAGGTTTTGTCCC 1500
Query 1503 ATAAGCAACAACACTTGCGGCACACAGTGGCAAGGAAATCCGGTTCATCTTGTGATCGGT 1562
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Sbjct 1501 ATAAGCAACAACACTTGCGGCAAACAGTGGCAAGGAAACCCGGTTCATCTTGTGATTGGT 1560
Query 1563 ATGGCTGGTCAAGATTGGCAACCGATTTGGCAGCCTAGACCAAACCATCCAGATCTTCCT 1622
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Sbjct 1561 ATGGCTGGTCAAGATTGGCAACCGATTTGGCAGCCGAGACCAAACCATCCAGATCTTCCT 1620
Query 1623 ATATTCCCTCAGCCTGAACAATCAATGTATCGTACAGGTGAGTTTGGTTACACTCGTTTA 1682
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Sbjct 1621 ATATTCCCTCAGCCTGAACAATCAATGTATCGTACGGGTGAATTTGGATACACTCGTTTA 1680
Query 1683 GTTGCAAACAAAGAAAAGCTCACTGTTTCTTTTGTGGGTAATCACGATGGCGAAGTTCAT 1742
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Sbjct 1681 GTTGCAAACAAAGAAAAGCTCACAGTTTCTTTTGTGGGTAACCACGATGGCGAAGTTCAT 1740
Query 1743 GATACTGTTGAGATGTTAGCATCTGGGGTAGTAATCAGTGGGAGCAAAGAGAGTACTAAA 1802
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Sbjct 1741 GATACTGTTGAGATGTTAGCATCTGGGGAAGTAATCAGTGGGAACAAAGAGAGTACTAAA 1800
Query 1803 ATCCCAAATCTGAAAACCGTTCCTGCTTCTGCTACACTTATGGGAAAATCAGAATCTAAT 1862
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Sbjct 1801 ATCCCAAATCTTAAAACCGTTCCTGCTTCTGCTACACTTACGGGAAAATCCGAATCTAAT 1860
Query 1863 GCTTTGTGGTATGCCAAAGGAGCAGGCTTGATGGTTGTGGGTGTGCTTTTAGGGTTCATT 1922
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Sbjct 1861 GCTTTGTGGTATGTTAAAGGGGCAGGCTTGATGGTTGTAGGTGTGCTTTTAGGGTTCATT 1920
Query 1923 ATCGGGTTTTTTACCCGGGGAAAGAAATCTTCGTCTGGAAACCGTTGGATCCCAGTCAAG 1982
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Sbjct 1921 ATCGGGTTTGTTACCCGAGGAAAGAAATCTTCGTCTGGTAACCGTTGGATTCCAGTCAAG 1980
Query 1983 AACGAGGAGACATAAT 1998
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Sbjct 1981 AACGAGGAGACATAAT 1996
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 88369368400
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5