BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G13940.1
Length=3374
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg312397 jgi|Araly1|312397|fgenesh1_pm.C_scaffold_1001177 4621 0.0
> Ahg312397 jgi|Araly1|312397|fgenesh1_pm.C_scaffold_1001177
Length=3024
Score = 4621 bits (2502), Expect = 0.0
Identities = 2874/3047 (94%), Gaps = 52/3047 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 357 ATGGGAACAAAGGTGCACTGTGAAAGCTTATTTGGTGGATATCATCATTCTATGGGAGAT 416
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 1 ATGGGAACAAAGGTGCACTGTGAAAGCTTATTTGGTGGATATCATCACTCTATGAGAGAT 60
Query 417 CTCAACAAAGAATCTAATAACGGTTGTAGATGGCCATTGTTCTACGGTGACAATAAAACC 476
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CTCAACAAAGAATC---TAACGGTTGTAGATGGCCATTGTTCTACGGTGACAATAAAACC 117
Query 477 TCTGCATC--A-AACAACGATCAATGCTACAATAATGGGTTCACGTCTCAGACTACATTT 533
|||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 118 TCTGCATCAAACAACAACGATCAATGCTAC---AATGGGTTCACGTCGCAGACTACATTT 174
Query 534 GGGTTTGACAAAGATGTGGTGAGAAGGACAATGCTCGAACACGAAGCTGTTTTTAAGACA 593
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 175 GGGTTTGACAAAGATGTGGTGAGAAGGACAATGCTAGAACACGAAGCTGTTTTTAAGACA 234
Query 594 CAGGTTTTGGAACTTCACCGGGTATATAGGACACAGAAGGATATGATGGATGAATTGAAA 653
|||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 235 CAGGTTTTGGAACTTCACCGGGTATACAGGATACAGAAGGATATGATGGATGAACTGAAA 294
Query 654 AGGAAACAGTTTAATAAAGAATGGGTTCAGATTGAGGCATCACTTTCTTCTCAAGCTACG 713
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 295 AGGAAACAGTTTAATAAAGAATGGGTTCCGATTGAGGCATCATTTTCATCTCAAGCTACG 354
Query 714 AATGATGATGTTCGTAAATGGAAAATCCCTAGCTTCCCTTTGGCGAACTCGGTTTACGAT 773
||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 355 AATGATGATGTCCGTAAATGGAAAATTCCTAGCTTCCCTTTGGCGAACTCGGTTTACGAT 414
Query 774 AGACCATCCATGTCGGTTGTTGAGGATAATGGCCATTCTCCCATGAAAGGAAGCAATTCT 833
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 415 AGACCATCCATGTCGGTGGTTGAGGATAATGGCCATTCTCCTATGAAAGGAAGCAATTCT 474
Query 834 CAA---------GGTCCAGTTTCATGGCAAAATGGAGCTAGTTCCAAAAGTGTTGAAGTG 884
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 475 CAAGGGGTTGTTGGTCCAGTTTCATGGCAAAATGGAGCTAGTTCCAAAAATGTTGAAGTT 534
Query 885 TCCGAGGTTAGACCGACGAAAATCAGAAGAAAGATGATAGATCTTTGCCTTCCAGCTGAT 944
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 535 TCTGAGGTTAGACCGACGAAAATCAGAAGAAAGATGATAGATCTTTGCATTCCAGCTGAT 594
Query 945 GAGTACATTGATGACAATGAAGAAGTTGTTGAGTTAAAGGATCACAGGGTCTGCAG-TAC 1003
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| | |
Sbjct 595 GAGTACATTGATGACAATGAAGAAGTTGTTGAGTTAAAAGATCACAGAGTTTGCAGCT-C 653
Query 1004 ATCGAGTCAGCTTCCTAATGGAGATGTGAAGACTGAATCTCGCATAGATGGTGTGAGAAT 1063
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||
Sbjct 654 ATTGAGTCAGCTTCCTAATGGAGATGTGAAGACTGAATCTCGCAGAGATGGTATGAGAAT 713
Query 1064 TGGCTATGGGTCTAGTAGAAGCAATGGTTTGGCTGACTTAAATGAACCAGTTGATGCTCA 1123
||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 714 TGGGTATGGGTCGAGTAGAAGCAATGGTTTGGCTGACTTAAATGAACCAGTTGATGCTCA 773
Query 1124 AGAAGCAAACGAATTTGCTTATGGCCACTCCCGTGACTTGCGTAATGGGGAGTTTCAAGG 1183
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 774 AGAAGCAAACGAATTTGCTTATGGCCACTCCCGTGACTTGCGTAATGGCGAGTTTCAAGG 833
Query 1184 CCATATTCGTGACTACGGAAAATCTCTAAACTCAGGTAGTGTAAGGGAGCATATTCCTGT 1243
||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 834 CCATATTCGCGACTACGGAAAATCTCTAAACTCGGGTAGTGTAAGGGAGCATGTTCCTGT 893
Query 1244 TATCCCTCTGCAGCCAGATTTGAACGGCAAACCAAAAGTTTGGTCACACCAACCCCTAAG 1303
|||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 894 TATCCCTCCGCAACCAGATTTGAACGGCAGACCAAAAGTTTGGCCACACCAACCCTTAAG 953
Query 1304 AACTGATCATTATAAT--G----GCACACACAAGTCTGCTGCTCCATTTTTTCAACCGGC 1357
|||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 954 AACTGATCATTATAATGGGAATAGCACACACAAGTCTGCTGCTCCGTTTTTTCAACCGGC 1013
Query 1358 TAAACCACTGGATTCTTTGTCTCAGCCTATGCAAGTTTTGATGAACAGTTCACAAAGAGT 1417
|| || |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1014 CAAGCCTCTGGATTCATCGTCTCAGCCTATGCAAGTTTTGATGAACAGTTCACAAACAGT 1073
Query 1418 TATGAGTTTACCTAATTCAGGTCCACCAAGTAAGGCAGTCGTCTGGAGAGAAAGAACGTT 1477
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 1074 TATGAGTTTACCTAATTCAGGTCCACCAAGTAAGGCAGTCTTTTGGAGAGAAAGAACGTT 1133
Query 1478 TATTGACCTAGAGGCTGATACTGATACCAATAGTAGTCATGAAGCCGTCATTCATCAAAA 1537
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1134 TATTGACCTTGAGGCTGATACTGATACCAATAGTAGTCATGAAGCCGTCATTCATCAAAA 1193
Query 1538 TCACTTGGATTCAAGTTTAACTTCTCACCAACAGCGCCCCTTGTATCCATATATTCGTCC 1597
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 1194 TCACTTGGATTCAAGTTTAGCTTCTCACCAACAGCGCCAGTTGTATCCATATAATCGTCC 1253
Query 1598 AGATTCTGCTGTCTCCTGGAACCATTTGCACTCTTCTTGGCAAAATCCTAGCTTTGGATT 1657
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1254 AGATTCTGCTGTCTCGTGGAACCATTTACACTCTTCTTGGCAAAATCCTAGCTTTGGATT 1313
Query 1658 CCCTCAGAAAGTTGCTTCAGCTCAGAGATATCCGGTTCTAAACATGTCTGATACACTGAT 1717
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||
Sbjct 1314 CCCTCAGAAAGTTGCTTCAGCGCAGAGATATCCGGTTCTAAACCTGTCTGACACTCTGAT 1373
Query 1718 TGGTAATGCTCAGAAGCAAGGGTATCTTGGAGATAGATTGCAGTTTGAAAGCAATTCTAG 1777
| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1374 TAGTAATGCTCAGAAGCAAGGGTATCTTGGAGACAGACTGCAGTTTGAAAGCAATCCTAG 1433
Query 1778 ATTTGACTCAGGGTGCGGGAATTCCAGTCGGTTAAACCACAATATGTTTTACAATGAGTG 1837
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 1434 ATTTGACTCGGGGTGCGGGAATTCCAGTCGGTTAAACCAAAACATGTTTTACAATGAGTG 1493
Query 1838 TTCCACTTCATCAAAATCGAAAGTCGCTGGGACTGGCTATAATTATCCTAACGGAGGAAG 1897
|||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1494 TTCCACTTCATCAAAATCGAAATTTGCTGGGACTGGCTATACTTATCCTAACGGAGGAAG 1553
Query 1898 AAGTGATTACAGCTCGGAGAGGAAGTTTGTGAGGGATTTGAACTTAAATGTGACACTTTC 1957
|||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1554 AAGTGATTACAGCTCGGAGATGAAGTTTGTGAGAGATTTGAACTTAAATGTGACACTTTC 1613
Query 1958 AAACACTTCTGTTGTTGAAGTCAGAAAGGATGAAGAACACCTGGCTACTTTACCATGGCT 2017
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1614 AAACACTTCTGTTGTTGAAGTCAGAAAGGATGAAGAACATGTGGCTACTTTACCATGGCT 1673
Query 2018 TAATAAACCCAAGTCTGTTTGTAACTCTGAGTTAGCTGATGGGAAATGGAGTCTGAAGAG 2077
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1674 TAATAAACCCAAGTCTGTTTGTAACTCTGAGATAGCTGATGGGAAATGGAATCTGAAGAG 1733
Query 2078 TAATGATGCTGTTCCAAGTTCTTCTTTGAAACCATTGGATATC-AGAGATGAGGCAGGAG 2136
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||| |||
Sbjct 1734 TAATGATGCTGTTCTGAGTTCTTCTTTGAAACCATTGGATA-CTAAAGATGAGGCAAGAG 1792
Query 2137 ACAAAGTTCAGAA-TATTATGTGGCTAGAGAGGTTAAAGTCTGGTTCTTGTTCCAATAAT 2195
||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1793 ACAAAGTTCAGAACGA-TATGTGGCTAGAGAGGTTAAAGTCTGGTTCTTGTTCCAATAAT 1851
Query 2196 CCGGTGACTGAGAAGATCGATGCTAACA-AGGAAATTCCTGGATTGGCTTATAAAGATCA 2254
|||| ||||||||||||| | ||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1852 CCGGAGACTGAGAAGATCAAAGCTAACACA-GAAATTCCTGGATTTGCTTATAAAGATCA 1910
Query 2255 ATCCAATGTAGAGAAAGGTAAAGTCCATTACGTTAGGATGCTAGACATGAACGAACCGTG 2314
|||||||| ||| ||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1911 ATCCAATGCAGAAAAAGGTAAAGTCCATAATGTTAGGATGCTCGACATGAACGAACCTTG 1970
Query 2315 TGATCCTCTTTGGGATGAAGATCAGCAAACAGAGGAACAGACTGAGACAAGGGTTTCAGC 2374
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 1971 TAATCCTCTTTGGGATGAAGATCAGCAAACAGAGGAACAGACTGGGACAAGGGTTTC-GG 2029
Query 2375 TA-GTAATAGGTGTCAGATTGATTTGAACATTTTGGGCAGTGATGATGAAGGCGAAAATT 2433
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 2030 TAGGTAATAGGTGTCAGATTGATTTGAACATTTTGGGTAGTGATGATGAAGGGGAAAATT 2089
Query 2434 GCTCTGTTCCTGCCAGTTCAAGACTGAATTCAAAGGCTCCTATGATAGATTTGGAAACTG 2493
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 2090 GCTCTGTTCCTGCCAGTTCAAGACTGAATGCAAAGGCCCCTATGATAGATTTAGAAACTA 2149
Query 2494 TTCCTGAGTCTGATGATGAAGAAGAAGATGGTAATATCTCTGGAGAAAAGCGATCAGAAG 2553
|||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2150 TTCCCGAGTCTGATGATGAAGAAGAAGA---TAATATCTCTGGAGAAAAGCCATCAGAAG 2206
Query 2554 TAAAAT-CAATT-GAGGAAAAAACTCTAGAGAAACCGCCTGAGTTTGAAAAATTAGCAGC 2611
|||| | ||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2207 --AAATCCCATTAGAGGAAAAAACTATCGAGAAACCGCCTGAGTTTGAAAAATTAGCAGC 2264
Query 2612 AGAAACAATAGTTGCCATCTATTCAGCTTGCCTAGATAGAGAGGTTGAAGTTGTTGCTTC 2671
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2265 AGAAACAATAGTTGCCATCTATTCAGCTTGCCTAGATAGAGAGCTTGAAGTTGTTGCTTC 2324
Query 2672 GTCAGAAGTTTCTGAAACCATCATCCTTCACTGGTTTGCAGAAACAGTAAATACTCACAA 2731
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2325 GTCAGAAGTTTCTGAAACCATCATCCTTCACTGGTTTGCAGAAACAGTAAATACTCACAA 2384
Query 2732 AGAGAATCTGGACAAAAAGCTCGATACTTTTTCAAGGAATCAATCG-CGTTCTATCGAAG 2790
||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 2385 AGAGAATCTGGACGAAAAGCTCGATACTTTCTCGAGGAATCAA-GGACGTTCTATCGAAG 2443
Query 2791 ATATTGATTACTTTGAGTCAATGACCCTGCAACTACCTGATATCTCAGAACAAGAGTATA 2850
| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||
Sbjct 2444 AGATTGATTACTTTGAGTCAATGACCCTGAAACTACCTGAGATCTCAGAAGAAGAGTATA 2503
Query 2851 TGCCTAAGCCATTGGTTCCTGAAAACCTCAAATTGGAGGAAACTACAGGAACCGCTCTGG 2910
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2504 TGCCTAAGCCATTGGTTCCTGAAGACCTCAAATTGGAGGAAACTTCAGGAACCGCTCTGG 2563
Query 2911 TCACAAGCCAAAGACCGAGAAGAGGAAACGCGAGAAAAGGGAAACAGAGACGAGACTTCC 2970
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2564 TCACAAGCCAAAGACCAAGAAGAGGAAACGCGAGAAAAGGGAAACAGAGACGAGACTTCC 2623
Query 2971 AAAGAGACATTCTCCCTGGACTTCTGTCTCTTTCGAAACACGAAGTAACAGAAGACATTC 3030
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2624 AAAGAGACATTCTCCCTGGACTTCTGTCTCTTTCGAAACACGAAGTAACAGAAGACATTC 2683
Query 3031 AAATGTTTGATGGGTTCATGAGAGCAACAGGAAGATCTTGGACTCCAACCGGTTTAACAA 3090
|||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2684 AAATGTTTGATGGGTTCATGAGAGCAGCAGGAAGCTCCTGGACTCCAACCGGTTTAACAA 2743
Query 3091 GGAAGAAAACCGGTTCAAGAGGAAGACCACGACGAGCCATAACAATCCCTGCTGAACC-G 3149
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |
Sbjct 2744 GGAAGAAAACCGGTTCAAGAGGAAGACCACGACGAGTCATAACAAACCCTGCTGAACCAG 2803
Query 3150 --GTCTATTGTCCGGTTCCAGCTCCAGCTCCTCCTCCTCCCTCAGTTCAACAACATGTGA 3207
|||||||| ||||| ||||||||||||||| | || ||||| ||| ||||||||||
Sbjct 2804 TAGTCTATTGCCCGGTACCAGCTCCAGCTCCT-C-CC-CCCTCGGTT---CAACATGTGA 2857
Query 3208 GCAATCAAAGCAACAATGGTGAAACTGAAATGTGTTTAGAAGATAGAAGCTTTGCAGGTT 3267
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2858 GCAATCAAAGCAACAATGGTGAAACTGAAATGGGTTTAGAAGATAGAAGCTTTGCAGGTT 2917
Query 3268 GGGGTAAGATGACAAGAAGGCCTAGAAGACAACGATGTCCTTCAGCTTCAACTACAACTG 3327
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2918 GGGGTAAGATGACAAGAAGGCCTAGAAGACAACGATGTCCTTCAGCTTCAACTACAACTG 2977
Query 3328 CAACTACAAGTAACCAACGTTCATCATCACACGCGCCTTTCACGTGA 3374
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2978 CAACTACAAGTAACCAACGTTCATCATCACACGCGCCTTTCACGTGA 3024
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 127378696831
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5