BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G13980.1
Length=4835
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg471559 jgi|Araly1|471559|fgenesh2_kg.1__1513__AT1G13980.1 7773 0.0
> Ahg471559 jgi|Araly1|471559|fgenesh2_kg.1__1513__AT1G13980.1
Length=4636
Score = 7773 bits (4209), Expect = 0.0
Identities = 4499/4640 (97%), Gaps = 15/4640 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CCCTCCTCGAGAATTTCCGATCGTGCTTTCCTCAAAAGCATTTCTGTTTCTCGTCGTCGG 60
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CCCTCCTCGAGATTTTCCGATCGTGCTTTCCTCAAAAGCATTTCTGTTTCTCGTCGTCGG 60
Query 61 AGCCCGACGACAGATCTCTGAATCGCTGGAGAAACATAATGATTGAGTTTGGCCTCTATC 120
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AGCCCGACGACAGATCTCTGAATCGCTTGAGAAACATAATGATTGAGTTTGGCCTCTATC 120
Query 121 TGTGAAGGGTATATGCTCCGGCTGTATCTACTTTATATTCTGCCAGGAAGATTGTGAGCA 180
|||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TGTGAAGGGTATAT-ATGC-TCTGTATCTACTTTATATTCTGCCAGGAAGATTGTGAGCA 178
Query 181 TTGAAGTGCCTTGGGCTCTGGCTGAAGATTTGAGCAGATTAAATGGGTCGCCTAAAGTTG 240
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 179 TTAAAGTGCCTTGGGCTCTGGCTGAAGATTTGAGCAGATTAAATGGGTCGCCTAAAGTTG 238
Query 241 CATTCTGGAATCAAGGCCATTGAGGAAGAACCTGAGGACTTTGAGTGTACTGATTCAAGT 300
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 239 CATTCTGGAATCAAGGCCATTGAGGAAGAGCCTGAGGACTTTGAGAGTACTGATTCAAGT 298
Query 301 AATACAACCACTTTAGCATGCATGATTGATACGGAAATTGCTGCTGTTTTAGCGGTTATG 360
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 AATACTACCACTTTAGCATGCATGATTGATACGGAAATTGCTGCTGTTTTAGCGGTTATG 358
Query 361 AGAAGAAATGTAAGATGGGGAGGTCGATACATGTCTGGTGATGATCAACTAGAACACTCG 420
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 AGAAGAAATGTAAGATGGGGAGGACGGTACATGTCTGGTGATGATCAACTAGAACACTCG 418
Query 421 TTGATTCAGTCACTTAAAGCTCTTAGAAAACAGGTGTTCTCATGGAACCAGCCGTGGCAT 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 TTGATTCAGTCACTTAAAGCTCTTAGAAAACAGGTGTTCTCATGGAACCAGCCGTGGCAT 478
Query 481 ACAATTAGTCCCATGTTGTATCTTCAGCCCTTTCTTGATGTGATACGGTCAGATGAAACT 540
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 479 ACGATTAGTCCCATGTTGTATCTTCAGCCCTTTCTGGATGTGATACGGTCGGATGAAACT 538
Query 541 GGAGCACCAATAACCAGCATTGCTTTGTCATCAGTTTACAAGATCTTAAACCTGAATGTA 600
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 539 GGAGCACCGATAACCAGCATTGCTTTGTCATCAGTTTACAAGATCTTAAATCTGAATGTA 598
Query 601 ATTGATCAAAATACTGCGAATATTGAAGACGCTATGCACTTGGTAGTTGATTCTGTGACA 660
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 599 ATTGATCAAAATACTGCAAATATTGAAGACGCTATGCATTTGGTAGTTGATTCTGTGACA 658
Query 661 AGCTGTCGATTTGAGGTGACAGATCCTGCATCAGAAGAGGTTGTGCTAATGAAGATACTT 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 AGCTGTCGATTTGAGGTGACAGATCCTGCATCAGAAGAGGTTGTGCTAATGAAGATACTT 718
Query 721 CAGGTTCTTCTAGCATGTATGAAAAATAAAGCATCAGTTATGCTAAGCAATCAGCATGTA 780
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 CAGGTTCTTCTAGCATGCATGAAAAATAAAGCATCAGTTATGCTAAGCAATCAGCATGTA 778
Query 781 TGCACTGTCGTCAACACTTGTTTTCGTGTTGTCCACCAAGCAGGAATGAAAGGTGAGTTA 840
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 TGCACTGTTGTCAACACTTGTTTTCGTGTTGTCCACCAAGCAGGAATGAAAGGTGAGTTA 838
Query 841 TTGCAACGAGTAGCTCGCCACACGATGCATGAATTAGTGAGGTGTATCTTCTCGCATCTC 900
||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 CTGCAACGTGTAGCTCGCCACACGATGCATGAACTAGTGAGGTGTATCTTCTCGCATCTC 898
Query 901 CCAGATGTTGAAAGAACAGAAACTACACTTGTCAACAGAGCTGGTAGCATCAAACAAGAG 960
||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 899 CCAGATGTTGACAGAACAGAAAGTACACTTGTCAGCAGAGCTGGAAGCATCAAACAAGAG 958
Query 961 AAAGCTGGAGTAGACAGTGATTATGCCATTGTGAGTAAACCAGTCGAGGATGGAAATGCT 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 AAAGCTGGAGTAGACAGTGATTATGCCATTGTGAGTAAACCAGTCGAGGATGGAAATGCT 1018
Query 1021 AATTCCGAGTATGATGTTGAAAATTCTATGGCAACTTTTGCAACTGGTGCTCAAAGTTTG 1080
||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 AATTCCGAGTATGATAATGAAAATTCTGTGGCAACTTTTGCAACTGGTGCTCAAAGTTTG 1078
Query 1081 ATGGATGATGGAC-CAGTTGGCCCTGGAAGCAGAAAGCCGGCTTCTCCATATGATTTGCA 1139
||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1079 ATGGATGATGGACTC-GTTGGCCCTGGAAGCAGAAAGCCGGCGTCTCCATATGATTTGCA 1137
Query 1140 TATAATGACAGAGCCATACGGAGTCCCAAGTATGGTGGAAATTTTTCACTTCTTGTGCTC 1199
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1138 TATAATGACAGAGCCATACGGAGTCCCAAGTATGGTGGAAATATTTCACTTCTTGTGCTC 1197
Query 1200 TTTGTTAAATGTGGTCGAACATGTTGGTATGGGATCCCGATCAAACACCATAGCATTTGA 1259
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 TTTGTTAAATGTGGTCGAACATGTTGGGATGGGATCCCGATCAAACACCATAGCATTTGA 1257
Query 1260 CGAAGATGTGCCTCTGTTTGCGTTGAACTTGATCAACTCAGCCATTGAATTGGGTGGATC 1319
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 CGAAGATGTGCCTCTGTTTGCATTGAACTTGATCAACTCAGCCATTGAATTGGGTGGATC 1317
Query 1320 GTCCATCCGCCATCACCCAAGATTGTTAAGCCTAATTCAAGATGAGTTATTTCGTAACTT 1379
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 ATCCATCCGCCATCACCCAAGATTGTTAAGCTTAATTCAAGATGAGTTATTTCGTAACTT 1377
Query 1380 GATGCAGTTCGGATTGTCGATGAGCCCCCTGATTCTTTCGATGGTTTGCAGCATTGTGCT 1439
|||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 GATGCAATTCGGATTGTCAATGAGTCCCCTTATTCTTTCGATGGTTTGCAGCATTGTGCT 1437
Query 1440 CAATTTGTATCAACATCTACGAACTGAACTCAAGTTGCAGCTTGAGGCATTCTTTTCATG 1499
||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 CAATTTGTATCAACATCTACGTACTGAACTCAAACTGCAGCTTGAGGCATTCTTTTCATG 1497
Query 1500 TGTGATTCTAAGGCTTGCTCAAGGAAAATATGGGCCCTCGTATCAGCAGCAAGAGGTTGC 1559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 TGTGATTCTAAGGCTTGCTCAAGGAAAATATGGGCCCTCGTATCAGCAGCAAGAGGTTGC 1557
Query 1560 TATGGAGGCTCTTGTGAATTTTTGTAGGCAGAAGAGTTTTATGGTTGAAATGTATGCCAA 1619
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1558 TATGGAGGCTCTTGTGAACTTTTGTAGGCAGAAGAGTTTTATGGTGGAAATGTATGCCAA 1617
Query 1620 TCTCGATTGTGATATAACTTGCAGCAACGTGTTTGAGGAGCTGTCTAATCTTCTCTCGAA 1679
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1618 TCTCGATTGTGATATAACTTGCAGCAATGTGTTTGAGGAGCTGTCTAACCTTCTATCGAA 1677
Query 1680 GAGCACATTTCCTGTGAACTGTCCTTTGTCTGCAATGCACATTCTTGCTCTGGATGGCCT 1739
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 GAGCACATTTCCTGTGAACTGTCCTTTGTCCGCAATGCACATTCTTGCTCTGGATGGCCT 1737
Query 1740 AATCGCTGTTATTCAGGGAATGGCCGAGAGGATAAGTAATGGATTGACTGGTTTGGATTT 1799
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1738 AATCGCTGTTATTCAGGGAATGGCCGAGAGGATAAGTAATGGATTGACTGGTTTGGACTT 1797
Query 1800 GGGTCCTGTCCATCTTGATGAGTACACGCCTTTCTGGATGGTTAAGTGTGACAACTATAG 1859
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 GGGTCCTGTCCATCTTGATGAGTACACACCTTTCTGGATGGTTAAGTGTGACAACTATAG 1857
Query 1860 TGATCCAAATCACTGGGTTTCATTTGTCCGCAGGAGAAAATATATCAAGAGAAGGTTAAT 1919
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 TGATCCAAATCACTGGGTTTCATTTGTCCGCAGGAGAAAATATATCAAGAGAAGGTTAAT 1917
Query 1920 GATTGGAGCAGATCATTTTAACAGGGATCCAAAGAAGGGGTTAGAGTTTCTCCAAGGCAC 1979
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1918 GATTGGAGCAGATCACTTTAACAGGGATCCAAAGAAGGGGTTAGAGTTTCTCCAAGGCAC 1977
Query 1980 ACATCTTTTGCCTGACAAACTCGATCCCCAAAGTGTTGCTTGCTTTTTTAGATATACTGC 2039
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1978 ACATCTTTTGCCTGACAAACTTGATCCCCAAAGTGTAGCTTGCTTTTTCAGATATACTGC 2037
Query 2040 TGGGCTTGATAAGAACCTTGTTGGGGATTTTCTTGGAAATCATGACGAATTTTGTGTTCA 2099
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2038 TGGGCTTGATAAGAACCTTGTTGGGGATTTTCTTGGAAATCATGACGAATTTTGTGTTCA 2097
Query 2100 AGTTCTCAATGAGTTTGCTGGGACTTTCGATTTCCAGTACATGAATCTGGATACTGCACT 2159
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2098 AGTTCTCCATGAGTTTGCTGGGACTTTCGATTTCCAGTACATGAATCTGGATACTGCACT 2157
Query 2160 CCGACTCTTCTTGGAAACCTTCAGGTTGCCTGGAGAATCCCAGAAAATACAGAGAGTGCT 2219
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2158 CCGACTCTTCTTGGAAACCTTCAGGTTGCCTGGAGAATCTCAGAAAATACAGAGAGTGCT 2217
Query 2220 TGAGGCGTTCTCTGAAAGATACTATATGCAATCTCCTGAGATTCTGGCCAACAAGGATGC 2279
||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2218 TGAAGCGTTCTCGGAAAGATACTATATGCAATCTCCTGAGATTCTGGCCAACAAGGATGC 2277
Query 2280 TGCTCTTGTGTTATCATACTCTATTATCATGCTTAACACTGATCAGCACAACGTTCAAGT 2339
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2278 TGCTCTTGTGTTATCATACTCTATTATCATGCTTAACACTGATCAGCACAACGTTCAAGT 2337
Query 2340 AAAGAAAAAGATGACAGAAGAGGATTTCATTCGCAATAATAGGCATATCAATGGAGGAAA 2399
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2338 GAAGAAAAAAATGACAGAAGAGGATTTCATTCGCAATAATAGGCATATCAATGGAGGAAA 2397
Query 2400 TGATCTACCTCGAGAATTCTTGTCTGAACTCTTTCACTCCATCTGCAACAATGAGATCAG 2459
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2398 TGATCTACCTCGAGAATTTTTGTCCGAACTCTTTCACTCCATCTGCAACAATGAGATCAG 2457
Query 2460 GACTACTCCAGAACAAGGTGCAGGCTTTCCTGAAATGACTCCCAGCCGTTGGATTGATTT 2519
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2458 GACTACTCCAGAACAAGGTGCAGGCTTTCCTGAAATGACTCCCAGCCGTTGGATTGATTT 2517
Query 2520 GATGCATAAATCAAAGAAAACTGCTCCATATATTCTGGCTGATTCAAGGGCTTATCTTGA 2579
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2518 GATGCATAAATCAAAGAAAACTGCTCCATATATTATGGCTGATTCAAGGGCTTATCTTGA 2577
Query 2580 CCATGATATGTTTGCTATCATGTCTGGTCCAACCATTGCTGCCATATCAGTCGTTTTTGA 2639
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2578 CCATGATATGTTTGCTATCATGTCTGGTCCAACCATTGCTGCCATATCAGTCGTTTTTGA 2637
Query 2640 CCATGCAGAACATGAAGACGTTTACCAGACATGCATCGATGGATTCTTGGCTATAGCTAA 2699
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2638 CCATGCAGAACATGAAGACGTTTACCAGACATGCATAGATGGATTCTTGGCTATTGCTAA 2697
Query 2700 AATTTCTGCCTGTCATCATCTTGAAGATGTGCTTGATGATCTGGTTGTCTCTCTCTGCAA 2759
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 2698 AATTTCTGCCTGCCATCATCTTGAAGATGTGCTTGATGATCTGGTAGTATCTCTCTGCAA 2757
Query 2760 ATTCACAACTCTGTTGAATCCATCATCTGTTGATGAACCCGTTCTTGCATTTGGTGATGA 2819
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2758 ATTCACAACTCTTTTGAATCCATCATCTGTTGATGAACCGGTTCTTGCATTTGGTGATGA 2817
Query 2820 CGCAAAAGCAAGGATGGCTACTATCACAATTTTTACCATTGCAAACAAATATGGAGATTA 2879
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2818 CGCAAAAGCAAGGATGGCTACCATCACTATTTTTACCATTGCAAACAAATATGGAGATTA 2877
Query 2880 TATACGTACGGGTTGGAGGAACATATTGGACTGTATCTTACGGCTACATAAACTTGGACT 2939
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2878 TATACGTACGGGTTGGAGGAACATATTGGACTGTATCTTACGGCTACATAAACTTGGACT 2937
Query 2940 TCTGCCAGCTCGTGTAGCCAGTGATGCAGCTGATGAATCAGAACATTCATCTGAGCAAGG 2999
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||
Sbjct 2938 TCTGCCAGCTCGTGTAGCCAGTGATGCAGCTGATGAATCTGAACTTTCACCTGAGCAAGG 2997
Query 3000 GCAAGGAAAGCCCCTCGCGAATTCCCTATCTTCAGCTCATCTACAGTCAATGGGAACTCC 3059
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2998 ACAAGGAAAGCCCCTCGCGAACTCCCTATCTTCAGCTCATCTACAGTCAATGGGAACTCC 3057
Query 3060 GAGGAGATCTTCCGGATTGATGGGAAGATTTAGTCAGCTTCTTTCACTTGATACAGAAGA 3119
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3058 AAGGAGATCTTCCGGATTGATGGGAAGGTTTAGTCAGCTTCTTTCCCTTGATACAGAAGA 3117
Query 3120 GCCAAGATCACAGCCTACTGAGCAACAGCTTGCAGCTCATCAACGAACACTTCAAACAAT 3179
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3118 GCCAAGATCACAGCCTACTGAGCAACAGCTTGCGGCTCATCAACGAACACTTCAAACAAT 3177
Query 3180 TCAGAAATGTCACATTGACAGCATATTTACCGAAAGCAAGTTTCTACAAGCTGAATCTTT 3239
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3178 TCAGAAATGTCACATTGACAGCATATTTACCGAAAGCAAGTTTCTACAAGCTGAATCTTT 3237
Query 3240 GTTGCAGCTTGCGCGTGCTCTCATTTGGGCTGCAGGTAGGCCACAGAAAGGAACCAGTTC 3299
| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3238 GCTGCAGCTTGCGCGTGCGCTCATTTGGGCTGCAGGTAGGCCACAAAAAGGAACCAGTTC 3297
Query 3300 TCCAGAGGATGAGGATACTGCGGTTTTCTGTCTGGAATTGCTTATTGCAATCACTCTAAA 3359
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3298 TCCAGAGGATGAGGATACTGCAGTTTTCTGTCTGGAATTGCTTATTGCAATCACTCTAAA 3357
Query 3360 CAACAGAGACAGGATCGTTCTCCTATGGCAAGGCGTCTATGAACATATAGCTACAATTGC 3419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3358 CAACAGAGACAGGATCGTTCTCCTATGGCAAGGCGTCTATGAACATATAGCTACAATTGC 3417
Query 3420 TCAGTCAACGGTGATGCCCTGCAACTTAGTGGATAAAGCTATTTTTGGTCTACTTCGGAT 3479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3418 TCAGTCAACGGTGATGCCCTGCAACTTAGTGGATAAAGCTATTTTTGGTCTACTTCGGAT 3477
Query 3480 CTGCCAGAGACTACTTCCTTATAAAGAAAGCCTAGCTGATGAGCTTTTGAGATCTCTTCA 3539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3478 CTGCCAGAGACTACTTCCTTATAAAGAAAGCCTAGCTGATGAGCTTTTGAGATCTCTTCA 3537
Query 3540 GCTTGTGCTGAAACTGGATGCACGTGTTGCAGATGCCTATTGTGAGCAAATTGCAATTGA 3599
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3538 GCTTGTGCTGAAACTGGATGCACGTGTTGCCGATGCCTATTGTGAGCAAATTGCAATTGA 3597
Query 3600 AGTCAGCCGTCTTGTGAAAGCCAATGCTAATCACATCAGGTCTCAGGCGGGTTGGAGAAC 3659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3598 AGTCAGCCGTCTTGTGAAAGCCAATGCTAATCACATCAGGTCTCAGGCGGGTTGGAGAAC 3657
Query 3660 AATCACATCCTTACTCTCCATCACAGCGCGGCACCCAGAAGCTTCTGAATCAGGATTTGA 3719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 3658 AATCACATCCTTACTCTCCATCACAGCGCGGCACCCAGAAGCTTCTGAAGCAGGATTTAA 3717
Query 3720 TGCCGTATCCTTTGTTATGTCTGAAGGAACTCACCTGTATCCAGCCAATTATGTACTCTG 3779
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3718 TGCCGTATCCTTTGTTATGTCTGAAGGAACTCACCTGTATCCAGCCAATTATGTACTCTG 3777
Query 3780 TGTTGATGCTGCAAGACAGTTTGCTGAATCCCGCGTGGGACAGTCCGAACGCTCTATCCG 3839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 3778 TGTTGATGCTGCAAGACAGTTTGCTGAATCCCGCGTGGGACAGTCCGAACGGTCTACCCG 3837
Query 3840 TGCCCTTGATCTAATGGGAGATTCATTAGAATTTTTGGCTAAATGGGCTCTCTCAGCTAA 3899
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 3838 TGCCCTTGATCTAATGGGAGATTCATTAGAATATTTGGCTAAATGGGCTTTGTCAGCTAA 3897
Query 3900 GGAAAACATGGGAGAAGAAGATTTCGGGAAGATGTCACAAGATATTGGGGAAATGTGGTT 3959
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3898 GGAAAACATGGGAGAAGAAGATTTCGGGAAGATGTCACAAGATATTGGGGAAATGTGGTT 3957
Query 3960 AAGGCTTGTTCAAGGACTAAGAAAAGTGTGTTTAGACCAGAGGGAGGATGTCCGAAACCA 4019
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 3958 AAGGCTTGTTCAAGCACTAAGAAAAGTGTGTTTAGACCAGAGAGAGGATGTCCGAAATCA 4017
Query 4020 CGCTTTACAGTCATTACAGAAGTGTTTAGGCGGAGTAGACGGAATCAACCTAGCTCATAG 4079
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 4018 CGCGTTACAGTCATTACAGAAGTGTTTAGGCGGAGTAGACGGGATCAACCTAGCTCATAG 4077
Query 4080 CATGTGGTCTCAATGCTTTGACAAAGTAATCTTCACGGTTTTGGATGACTTACTTGAGAT 4139
||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||
Sbjct 4078 CATGTGGTCTCAATGCTTTGAGAAGGTAATCTTCACGGTTTTAGATGACTTATTTGAGAT 4137
Query 4140 AGCTGCTGGGTCACAGAAAGACTACCGAAACATGGAAGGCACATTGCTTCTCGCAATCAA 4199
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4138 AGCTGGTGGGTCACAGAAAGACTACCGAAACATGGAAGGCACATTGCTTCTCGCAATCAA 4197
Query 4200 ACTTCTCTCCAAAGTGTTTCTTCAGCAACTCCAAGAGCTATCTCAGTTATCAACCTTCTG 4259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 4198 ACTTCTCTCCAAAGTGTTTCTTCAGCAACTCCAAGAGCTGTCTCAGTTATCAACCTTCTG 4257
Query 4260 CAAGCTATGGCTCGGTGTTCTAACTCGAATGGAGAAATACATGAAAGTGAAAGTAAGAGG 4319
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4258 CAAGCTATGGCTCGGTGTTCTAACCCGAATGGAGAAATACATGAAAGTGAAAGTAAGAGG 4317
Query 4320 CaaaaaaaGCGACAAGCTACAAGAATCAGTACCAGAGCTTCTCAAA-AACATATTGCTGG 4378
|||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 4318 CAAAAAAAGCGACAAGCTTCAAGAATCAGTGCCAGAGCTTCT-AAAGAACATATTGCTGG 4376
Query 4379 TGATGAAGACGAAAGGCGTGCTATTGCAAAGAAGTGCTCTTGGTGGAGATAGCTTATGGG 4438
| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 4377 TAATGAAGACGAAAGGCGTGCTTTTGCAAAGAAGTGCTCTTGGTGGAGATAGTTTATGGG 4436
Query 4439 AGCTAACATGGCTTCATGTGAATAACATTGCACCGTCTATGCGACTGGAGCTATTCCCTG 4498
| ||||||||||||||||| || ||| |||| || ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 4437 AACTAACATGGCTTCATGTAAACAACGTTGCTCCTTCTATGCGACTCGAGCTATTCCCTG 4496
Query 4499 ATCAAGAATCCTCACAACTTGGTGATGATGAAACCGTATCGAATGGCTTATCTTCTCCTG 4558
||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 4497 ATCAAGAATGCTCACAGCTTGGTGATGATGAAACAGTATCGAATGGCTTATCATCTCCTG 4556
Query 4559 AA-----A--A--CACAACTGGTTCGTGACCTTACAAGTGAGATCATTAGGTGAGTTTCT 4609
|| | | |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4557 AAGCTGGAGCAAACACAACGGGTTCGTGACCTTGTAAGTGAGATCATTAGGTGAGTTTCT 4616
Query 4610 TTCGAATATCCATATAAGTA 4629
|| |||||||||||||||||
Sbjct 4617 TTTGAATATCCATATAAGTA 4636
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 182980810984
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5