BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G13980.1 Length=4835 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg471559 jgi|Araly1|471559|fgenesh2_kg.1__1513__AT1G13980.1 7773 0.0 > Ahg471559 jgi|Araly1|471559|fgenesh2_kg.1__1513__AT1G13980.1 Length=4636 Score = 7773 bits (4209), Expect = 0.0 Identities = 4499/4640 (97%), Gaps = 15/4640 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 CCCTCCTCGAGAATTTCCGATCGTGCTTTCCTCAAAAGCATTTCTGTTTCTCGTCGTCGG 60 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 CCCTCCTCGAGATTTTCCGATCGTGCTTTCCTCAAAAGCATTTCTGTTTCTCGTCGTCGG 60 Query 61 AGCCCGACGACAGATCTCTGAATCGCTGGAGAAACATAATGATTGAGTTTGGCCTCTATC 120 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 AGCCCGACGACAGATCTCTGAATCGCTTGAGAAACATAATGATTGAGTTTGGCCTCTATC 120 Query 121 TGTGAAGGGTATATGCTCCGGCTGTATCTACTTTATATTCTGCCAGGAAGATTGTGAGCA 180 |||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 TGTGAAGGGTATAT-ATGC-TCTGTATCTACTTTATATTCTGCCAGGAAGATTGTGAGCA 178 Query 181 TTGAAGTGCCTTGGGCTCTGGCTGAAGATTTGAGCAGATTAAATGGGTCGCCTAAAGTTG 240 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 179 TTAAAGTGCCTTGGGCTCTGGCTGAAGATTTGAGCAGATTAAATGGGTCGCCTAAAGTTG 238 Query 241 CATTCTGGAATCAAGGCCATTGAGGAAGAACCTGAGGACTTTGAGTGTACTGATTCAAGT 300 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 239 CATTCTGGAATCAAGGCCATTGAGGAAGAGCCTGAGGACTTTGAGAGTACTGATTCAAGT 298 Query 301 AATACAACCACTTTAGCATGCATGATTGATACGGAAATTGCTGCTGTTTTAGCGGTTATG 360 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 299 AATACTACCACTTTAGCATGCATGATTGATACGGAAATTGCTGCTGTTTTAGCGGTTATG 358 Query 361 AGAAGAAATGTAAGATGGGGAGGTCGATACATGTCTGGTGATGATCAACTAGAACACTCG 420 ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 359 AGAAGAAATGTAAGATGGGGAGGACGGTACATGTCTGGTGATGATCAACTAGAACACTCG 418 Query 421 TTGATTCAGTCACTTAAAGCTCTTAGAAAACAGGTGTTCTCATGGAACCAGCCGTGGCAT 480 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 419 TTGATTCAGTCACTTAAAGCTCTTAGAAAACAGGTGTTCTCATGGAACCAGCCGTGGCAT 478 Query 481 ACAATTAGTCCCATGTTGTATCTTCAGCCCTTTCTTGATGTGATACGGTCAGATGAAACT 540 || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| Sbjct 479 ACGATTAGTCCCATGTTGTATCTTCAGCCCTTTCTGGATGTGATACGGTCGGATGAAACT 538 Query 541 GGAGCACCAATAACCAGCATTGCTTTGTCATCAGTTTACAAGATCTTAAACCTGAATGTA 600 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 539 GGAGCACCGATAACCAGCATTGCTTTGTCATCAGTTTACAAGATCTTAAATCTGAATGTA 598 Query 601 ATTGATCAAAATACTGCGAATATTGAAGACGCTATGCACTTGGTAGTTGATTCTGTGACA 660 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 599 ATTGATCAAAATACTGCAAATATTGAAGACGCTATGCATTTGGTAGTTGATTCTGTGACA 658 Query 661 AGCTGTCGATTTGAGGTGACAGATCCTGCATCAGAAGAGGTTGTGCTAATGAAGATACTT 720 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 659 AGCTGTCGATTTGAGGTGACAGATCCTGCATCAGAAGAGGTTGTGCTAATGAAGATACTT 718 Query 721 CAGGTTCTTCTAGCATGTATGAAAAATAAAGCATCAGTTATGCTAAGCAATCAGCATGTA 780 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 719 CAGGTTCTTCTAGCATGCATGAAAAATAAAGCATCAGTTATGCTAAGCAATCAGCATGTA 778 Query 781 TGCACTGTCGTCAACACTTGTTTTCGTGTTGTCCACCAAGCAGGAATGAAAGGTGAGTTA 840 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 779 TGCACTGTTGTCAACACTTGTTTTCGTGTTGTCCACCAAGCAGGAATGAAAGGTGAGTTA 838 Query 841 TTGCAACGAGTAGCTCGCCACACGATGCATGAATTAGTGAGGTGTATCTTCTCGCATCTC 900 ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 839 CTGCAACGTGTAGCTCGCCACACGATGCATGAACTAGTGAGGTGTATCTTCTCGCATCTC 898 Query 901 CCAGATGTTGAAAGAACAGAAACTACACTTGTCAACAGAGCTGGTAGCATCAAACAAGAG 960 ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 899 CCAGATGTTGACAGAACAGAAAGTACACTTGTCAGCAGAGCTGGAAGCATCAAACAAGAG 958 Query 961 AAAGCTGGAGTAGACAGTGATTATGCCATTGTGAGTAAACCAGTCGAGGATGGAAATGCT 1020 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 959 AAAGCTGGAGTAGACAGTGATTATGCCATTGTGAGTAAACCAGTCGAGGATGGAAATGCT 1018 Query 1021 AATTCCGAGTATGATGTTGAAAATTCTATGGCAACTTTTGCAACTGGTGCTCAAAGTTTG 1080 ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1019 AATTCCGAGTATGATAATGAAAATTCTGTGGCAACTTTTGCAACTGGTGCTCAAAGTTTG 1078 Query 1081 ATGGATGATGGAC-CAGTTGGCCCTGGAAGCAGAAAGCCGGCTTCTCCATATGATTTGCA 1139 ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1079 ATGGATGATGGACTC-GTTGGCCCTGGAAGCAGAAAGCCGGCGTCTCCATATGATTTGCA 1137 Query 1140 TATAATGACAGAGCCATACGGAGTCCCAAGTATGGTGGAAATTTTTCACTTCTTGTGCTC 1199 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1138 TATAATGACAGAGCCATACGGAGTCCCAAGTATGGTGGAAATATTTCACTTCTTGTGCTC 1197 Query 1200 TTTGTTAAATGTGGTCGAACATGTTGGTATGGGATCCCGATCAAACACCATAGCATTTGA 1259 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1198 TTTGTTAAATGTGGTCGAACATGTTGGGATGGGATCCCGATCAAACACCATAGCATTTGA 1257 Query 1260 CGAAGATGTGCCTCTGTTTGCGTTGAACTTGATCAACTCAGCCATTGAATTGGGTGGATC 1319 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1258 CGAAGATGTGCCTCTGTTTGCATTGAACTTGATCAACTCAGCCATTGAATTGGGTGGATC 1317 Query 1320 GTCCATCCGCCATCACCCAAGATTGTTAAGCCTAATTCAAGATGAGTTATTTCGTAACTT 1379 |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1318 ATCCATCCGCCATCACCCAAGATTGTTAAGCTTAATTCAAGATGAGTTATTTCGTAACTT 1377 Query 1380 GATGCAGTTCGGATTGTCGATGAGCCCCCTGATTCTTTCGATGGTTTGCAGCATTGTGCT 1439 |||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1378 GATGCAATTCGGATTGTCAATGAGTCCCCTTATTCTTTCGATGGTTTGCAGCATTGTGCT 1437 Query 1440 CAATTTGTATCAACATCTACGAACTGAACTCAAGTTGCAGCTTGAGGCATTCTTTTCATG 1499 ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1438 CAATTTGTATCAACATCTACGTACTGAACTCAAACTGCAGCTTGAGGCATTCTTTTCATG 1497 Query 1500 TGTGATTCTAAGGCTTGCTCAAGGAAAATATGGGCCCTCGTATCAGCAGCAAGAGGTTGC 1559 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1498 TGTGATTCTAAGGCTTGCTCAAGGAAAATATGGGCCCTCGTATCAGCAGCAAGAGGTTGC 1557 Query 1560 TATGGAGGCTCTTGTGAATTTTTGTAGGCAGAAGAGTTTTATGGTTGAAATGTATGCCAA 1619 |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1558 TATGGAGGCTCTTGTGAACTTTTGTAGGCAGAAGAGTTTTATGGTGGAAATGTATGCCAA 1617 Query 1620 TCTCGATTGTGATATAACTTGCAGCAACGTGTTTGAGGAGCTGTCTAATCTTCTCTCGAA 1679 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| Sbjct 1618 TCTCGATTGTGATATAACTTGCAGCAATGTGTTTGAGGAGCTGTCTAACCTTCTATCGAA 1677 Query 1680 GAGCACATTTCCTGTGAACTGTCCTTTGTCTGCAATGCACATTCTTGCTCTGGATGGCCT 1739 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1678 GAGCACATTTCCTGTGAACTGTCCTTTGTCCGCAATGCACATTCTTGCTCTGGATGGCCT 1737 Query 1740 AATCGCTGTTATTCAGGGAATGGCCGAGAGGATAAGTAATGGATTGACTGGTTTGGATTT 1799 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1738 AATCGCTGTTATTCAGGGAATGGCCGAGAGGATAAGTAATGGATTGACTGGTTTGGACTT 1797 Query 1800 GGGTCCTGTCCATCTTGATGAGTACACGCCTTTCTGGATGGTTAAGTGTGACAACTATAG 1859 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1798 GGGTCCTGTCCATCTTGATGAGTACACACCTTTCTGGATGGTTAAGTGTGACAACTATAG 1857 Query 1860 TGATCCAAATCACTGGGTTTCATTTGTCCGCAGGAGAAAATATATCAAGAGAAGGTTAAT 1919 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1858 TGATCCAAATCACTGGGTTTCATTTGTCCGCAGGAGAAAATATATCAAGAGAAGGTTAAT 1917 Query 1920 GATTGGAGCAGATCATTTTAACAGGGATCCAAAGAAGGGGTTAGAGTTTCTCCAAGGCAC 1979 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1918 GATTGGAGCAGATCACTTTAACAGGGATCCAAAGAAGGGGTTAGAGTTTCTCCAAGGCAC 1977 Query 1980 ACATCTTTTGCCTGACAAACTCGATCCCCAAAGTGTTGCTTGCTTTTTTAGATATACTGC 2039 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1978 ACATCTTTTGCCTGACAAACTTGATCCCCAAAGTGTAGCTTGCTTTTTCAGATATACTGC 2037 Query 2040 TGGGCTTGATAAGAACCTTGTTGGGGATTTTCTTGGAAATCATGACGAATTTTGTGTTCA 2099 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2038 TGGGCTTGATAAGAACCTTGTTGGGGATTTTCTTGGAAATCATGACGAATTTTGTGTTCA 2097 Query 2100 AGTTCTCAATGAGTTTGCTGGGACTTTCGATTTCCAGTACATGAATCTGGATACTGCACT 2159 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2098 AGTTCTCCATGAGTTTGCTGGGACTTTCGATTTCCAGTACATGAATCTGGATACTGCACT 2157 Query 2160 CCGACTCTTCTTGGAAACCTTCAGGTTGCCTGGAGAATCCCAGAAAATACAGAGAGTGCT 2219 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 2158 CCGACTCTTCTTGGAAACCTTCAGGTTGCCTGGAGAATCTCAGAAAATACAGAGAGTGCT 2217 Query 2220 TGAGGCGTTCTCTGAAAGATACTATATGCAATCTCCTGAGATTCTGGCCAACAAGGATGC 2279 ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2218 TGAAGCGTTCTCGGAAAGATACTATATGCAATCTCCTGAGATTCTGGCCAACAAGGATGC 2277 Query 2280 TGCTCTTGTGTTATCATACTCTATTATCATGCTTAACACTGATCAGCACAACGTTCAAGT 2339 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2278 TGCTCTTGTGTTATCATACTCTATTATCATGCTTAACACTGATCAGCACAACGTTCAAGT 2337 Query 2340 AAAGAAAAAGATGACAGAAGAGGATTTCATTCGCAATAATAGGCATATCAATGGAGGAAA 2399 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2338 GAAGAAAAAAATGACAGAAGAGGATTTCATTCGCAATAATAGGCATATCAATGGAGGAAA 2397 Query 2400 TGATCTACCTCGAGAATTCTTGTCTGAACTCTTTCACTCCATCTGCAACAATGAGATCAG 2459 |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2398 TGATCTACCTCGAGAATTTTTGTCCGAACTCTTTCACTCCATCTGCAACAATGAGATCAG 2457 Query 2460 GACTACTCCAGAACAAGGTGCAGGCTTTCCTGAAATGACTCCCAGCCGTTGGATTGATTT 2519 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2458 GACTACTCCAGAACAAGGTGCAGGCTTTCCTGAAATGACTCCCAGCCGTTGGATTGATTT 2517 Query 2520 GATGCATAAATCAAAGAAAACTGCTCCATATATTCTGGCTGATTCAAGGGCTTATCTTGA 2579 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2518 GATGCATAAATCAAAGAAAACTGCTCCATATATTATGGCTGATTCAAGGGCTTATCTTGA 2577 Query 2580 CCATGATATGTTTGCTATCATGTCTGGTCCAACCATTGCTGCCATATCAGTCGTTTTTGA 2639 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2578 CCATGATATGTTTGCTATCATGTCTGGTCCAACCATTGCTGCCATATCAGTCGTTTTTGA 2637 Query 2640 CCATGCAGAACATGAAGACGTTTACCAGACATGCATCGATGGATTCTTGGCTATAGCTAA 2699 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| Sbjct 2638 CCATGCAGAACATGAAGACGTTTACCAGACATGCATAGATGGATTCTTGGCTATTGCTAA 2697 Query 2700 AATTTCTGCCTGTCATCATCTTGAAGATGTGCTTGATGATCTGGTTGTCTCTCTCTGCAA 2759 |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| Sbjct 2698 AATTTCTGCCTGCCATCATCTTGAAGATGTGCTTGATGATCTGGTAGTATCTCTCTGCAA 2757 Query 2760 ATTCACAACTCTGTTGAATCCATCATCTGTTGATGAACCCGTTCTTGCATTTGGTGATGA 2819 |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 2758 ATTCACAACTCTTTTGAATCCATCATCTGTTGATGAACCGGTTCTTGCATTTGGTGATGA 2817 Query 2820 CGCAAAAGCAAGGATGGCTACTATCACAATTTTTACCATTGCAAACAAATATGGAGATTA 2879 ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2818 CGCAAAAGCAAGGATGGCTACCATCACTATTTTTACCATTGCAAACAAATATGGAGATTA 2877 Query 2880 TATACGTACGGGTTGGAGGAACATATTGGACTGTATCTTACGGCTACATAAACTTGGACT 2939 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2878 TATACGTACGGGTTGGAGGAACATATTGGACTGTATCTTACGGCTACATAAACTTGGACT 2937 Query 2940 TCTGCCAGCTCGTGTAGCCAGTGATGCAGCTGATGAATCAGAACATTCATCTGAGCAAGG 2999 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||| Sbjct 2938 TCTGCCAGCTCGTGTAGCCAGTGATGCAGCTGATGAATCTGAACTTTCACCTGAGCAAGG 2997 Query 3000 GCAAGGAAAGCCCCTCGCGAATTCCCTATCTTCAGCTCATCTACAGTCAATGGGAACTCC 3059 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2998 ACAAGGAAAGCCCCTCGCGAACTCCCTATCTTCAGCTCATCTACAGTCAATGGGAACTCC 3057 Query 3060 GAGGAGATCTTCCGGATTGATGGGAAGATTTAGTCAGCTTCTTTCACTTGATACAGAAGA 3119 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 3058 AAGGAGATCTTCCGGATTGATGGGAAGGTTTAGTCAGCTTCTTTCCCTTGATACAGAAGA 3117 Query 3120 GCCAAGATCACAGCCTACTGAGCAACAGCTTGCAGCTCATCAACGAACACTTCAAACAAT 3179 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3118 GCCAAGATCACAGCCTACTGAGCAACAGCTTGCGGCTCATCAACGAACACTTCAAACAAT 3177 Query 3180 TCAGAAATGTCACATTGACAGCATATTTACCGAAAGCAAGTTTCTACAAGCTGAATCTTT 3239 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3178 TCAGAAATGTCACATTGACAGCATATTTACCGAAAGCAAGTTTCTACAAGCTGAATCTTT 3237 Query 3240 GTTGCAGCTTGCGCGTGCTCTCATTTGGGCTGCAGGTAGGCCACAGAAAGGAACCAGTTC 3299 | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 3238 GCTGCAGCTTGCGCGTGCGCTCATTTGGGCTGCAGGTAGGCCACAAAAAGGAACCAGTTC 3297 Query 3300 TCCAGAGGATGAGGATACTGCGGTTTTCTGTCTGGAATTGCTTATTGCAATCACTCTAAA 3359 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3298 TCCAGAGGATGAGGATACTGCAGTTTTCTGTCTGGAATTGCTTATTGCAATCACTCTAAA 3357 Query 3360 CAACAGAGACAGGATCGTTCTCCTATGGCAAGGCGTCTATGAACATATAGCTACAATTGC 3419 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3358 CAACAGAGACAGGATCGTTCTCCTATGGCAAGGCGTCTATGAACATATAGCTACAATTGC 3417 Query 3420 TCAGTCAACGGTGATGCCCTGCAACTTAGTGGATAAAGCTATTTTTGGTCTACTTCGGAT 3479 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3418 TCAGTCAACGGTGATGCCCTGCAACTTAGTGGATAAAGCTATTTTTGGTCTACTTCGGAT 3477 Query 3480 CTGCCAGAGACTACTTCCTTATAAAGAAAGCCTAGCTGATGAGCTTTTGAGATCTCTTCA 3539 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3478 CTGCCAGAGACTACTTCCTTATAAAGAAAGCCTAGCTGATGAGCTTTTGAGATCTCTTCA 3537 Query 3540 GCTTGTGCTGAAACTGGATGCACGTGTTGCAGATGCCTATTGTGAGCAAATTGCAATTGA 3599 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3538 GCTTGTGCTGAAACTGGATGCACGTGTTGCCGATGCCTATTGTGAGCAAATTGCAATTGA 3597 Query 3600 AGTCAGCCGTCTTGTGAAAGCCAATGCTAATCACATCAGGTCTCAGGCGGGTTGGAGAAC 3659 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3598 AGTCAGCCGTCTTGTGAAAGCCAATGCTAATCACATCAGGTCTCAGGCGGGTTGGAGAAC 3657 Query 3660 AATCACATCCTTACTCTCCATCACAGCGCGGCACCCAGAAGCTTCTGAATCAGGATTTGA 3719 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | Sbjct 3658 AATCACATCCTTACTCTCCATCACAGCGCGGCACCCAGAAGCTTCTGAAGCAGGATTTAA 3717 Query 3720 TGCCGTATCCTTTGTTATGTCTGAAGGAACTCACCTGTATCCAGCCAATTATGTACTCTG 3779 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3718 TGCCGTATCCTTTGTTATGTCTGAAGGAACTCACCTGTATCCAGCCAATTATGTACTCTG 3777 Query 3780 TGTTGATGCTGCAAGACAGTTTGCTGAATCCCGCGTGGGACAGTCCGAACGCTCTATCCG 3839 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| Sbjct 3778 TGTTGATGCTGCAAGACAGTTTGCTGAATCCCGCGTGGGACAGTCCGAACGGTCTACCCG 3837 Query 3840 TGCCCTTGATCTAATGGGAGATTCATTAGAATTTTTGGCTAAATGGGCTCTCTCAGCTAA 3899 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||| Sbjct 3838 TGCCCTTGATCTAATGGGAGATTCATTAGAATATTTGGCTAAATGGGCTTTGTCAGCTAA 3897 Query 3900 GGAAAACATGGGAGAAGAAGATTTCGGGAAGATGTCACAAGATATTGGGGAAATGTGGTT 3959 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3898 GGAAAACATGGGAGAAGAAGATTTCGGGAAGATGTCACAAGATATTGGGGAAATGTGGTT 3957 Query 3960 AAGGCTTGTTCAAGGACTAAGAAAAGTGTGTTTAGACCAGAGGGAGGATGTCCGAAACCA 4019 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || Sbjct 3958 AAGGCTTGTTCAAGCACTAAGAAAAGTGTGTTTAGACCAGAGAGAGGATGTCCGAAATCA 4017 Query 4020 CGCTTTACAGTCATTACAGAAGTGTTTAGGCGGAGTAGACGGAATCAACCTAGCTCATAG 4079 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 4018 CGCGTTACAGTCATTACAGAAGTGTTTAGGCGGAGTAGACGGGATCAACCTAGCTCATAG 4077 Query 4080 CATGTGGTCTCAATGCTTTGACAAAGTAATCTTCACGGTTTTGGATGACTTACTTGAGAT 4139 ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| Sbjct 4078 CATGTGGTCTCAATGCTTTGAGAAGGTAATCTTCACGGTTTTAGATGACTTATTTGAGAT 4137 Query 4140 AGCTGCTGGGTCACAGAAAGACTACCGAAACATGGAAGGCACATTGCTTCTCGCAATCAA 4199 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4138 AGCTGGTGGGTCACAGAAAGACTACCGAAACATGGAAGGCACATTGCTTCTCGCAATCAA 4197 Query 4200 ACTTCTCTCCAAAGTGTTTCTTCAGCAACTCCAAGAGCTATCTCAGTTATCAACCTTCTG 4259 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 4198 ACTTCTCTCCAAAGTGTTTCTTCAGCAACTCCAAGAGCTGTCTCAGTTATCAACCTTCTG 4257 Query 4260 CAAGCTATGGCTCGGTGTTCTAACTCGAATGGAGAAATACATGAAAGTGAAAGTAAGAGG 4319 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4258 CAAGCTATGGCTCGGTGTTCTAACCCGAATGGAGAAATACATGAAAGTGAAAGTAAGAGG 4317 Query 4320 CaaaaaaaGCGACAAGCTACAAGAATCAGTACCAGAGCTTCTCAAA-AACATATTGCTGG 4378 |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| Sbjct 4318 CAAAAAAAGCGACAAGCTTCAAGAATCAGTGCCAGAGCTTCT-AAAGAACATATTGCTGG 4376 Query 4379 TGATGAAGACGAAAGGCGTGCTATTGCAAAGAAGTGCTCTTGGTGGAGATAGCTTATGGG 4438 | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 4377 TAATGAAGACGAAAGGCGTGCTTTTGCAAAGAAGTGCTCTTGGTGGAGATAGTTTATGGG 4436 Query 4439 AGCTAACATGGCTTCATGTGAATAACATTGCACCGTCTATGCGACTGGAGCTATTCCCTG 4498 | ||||||||||||||||| || ||| |||| || ||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 4437 AACTAACATGGCTTCATGTAAACAACGTTGCTCCTTCTATGCGACTCGAGCTATTCCCTG 4496 Query 4499 ATCAAGAATCCTCACAACTTGGTGATGATGAAACCGTATCGAATGGCTTATCTTCTCCTG 4558 ||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 4497 ATCAAGAATGCTCACAGCTTGGTGATGATGAAACAGTATCGAATGGCTTATCATCTCCTG 4556 Query 4559 AA-----A--A--CACAACTGGTTCGTGACCTTACAAGTGAGATCATTAGGTGAGTTTCT 4609 || | | |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4557 AAGCTGGAGCAAACACAACGGGTTCGTGACCTTGTAAGTGAGATCATTAGGTGAGTTTCT 4616 Query 4610 TTCGAATATCCATATAAGTA 4629 || ||||||||||||||||| Sbjct 4617 TTTGAATATCCATATAAGTA 4636 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 182980810984 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5