BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G14030.1
Length=1713
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg471564 jgi|Araly1|471564|fgenesh2_kg.1__1518__AT1G14030.1 2712 0.0
> Ahg471564 jgi|Araly1|471564|fgenesh2_kg.1__1518__AT1G14030.1
Length=1663
Score = 2712 bits (1468), Expect = 0.0
Identities = 1601/1665 (96%), Gaps = 9/1665 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 34 ACACTCTCTGTTTCACTGATACTACCCGCCATCGGAAAACCACCATGTCAGCCTCCGTCG 93
|||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1 ACACACTCTGTTTCACCGATACTACCCGCCAACGGAAAACCACCATGACAGCCTCCGTCG 60
Query 94 CCGTCGTGTCGGGTTTTCTCCGTATCCCGTCAATTCAAAAGTCTCAAAACCCTTCCTTTC 153
||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| | |||| ||||| |||
Sbjct 61 CCGTCGTGTCGGGTTTTCTCCGTGTTCCGTCAATTCAAAAGTCACGAAACTCTTCCATTC 120
Query 154 TCTTTTCTCGACCCAAGAAATCTTTGGTGAGACCCATTTCAGCTTCAAGCTCAGAGTTGC 213
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 121 TCTTTTCTCGACCCAAGAAATCTTTGGTGAGACCTATTTCAGCTTTAAGCTCAGAACTGC 180
Query 214 CGGAAAATGTTCGGAATTTCTGGAAATGGCTCAGAGACCAAGGAGTCGTATCCGGGAAGT 273
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 181 CGGAAAATGTTCGGAATTTCTGGAAATGGCTCGGAGACCAAGGAGTCGTCTCCGGGAAGT 240
Query 274 CTGTGGCAGAACCTGCGGTGGTACCGGAAGGTTTGGGACTTGTAGCCAGGCGTGATATTG 333
|| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CTCCGGCAGAACCTGCCGTGGTACCGGAAGGTTTGGGACTTGTAGCCAGGCGTGATATTG 300
Query 334 GAAGAAACGAGGTCGTATTGGAGATTCCCAAGCGATTGTGGATAAACCCAGAGACAGTGA 393
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GAAGAAACGAGGTCGTATTGGAGATTCCTAAGCGATTGTGGATAAACCCAGAGACAGTGA 360
Query 394 CTGCTTCCAAGATTGGACCTTTATGCGGCGGATTAAAGCCGTGGGTTTCAGTAGCTCTGT 453
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CTGCTTCCAAGATCGGACCTTTATGCGGCGGATTAAAGCCGTGGGTTTCAGTAGCTCTGT 420
Query 454 TTTTGATCAGAGAGAAGTATGAAGAAGAGTCTTCATGGAGAGTTTATCTTGATATGCTTC 513
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TTTTGATCAGAGAGAAGTATGAAGAAGAGTCTTCATGGAGAGTTTATCTTGATATGCTTC 480
Query 514 CTCAATCTACTGATTCTACTGTCTTCTGGTCAGAAGAGGAGCTTGCTGAGCTTAAAGGGA 573
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 CTCAATCTACTGATTCTACTGTCTTCTGGTCAGAAGAGGAGCTTGCTGAGCTTAAAGGGA 540
Query 574 CTCAACTGTTGAGCACCACATTGGGTGTGAAAGAGTATGTGGAGAATGAATTCTTGAAAC 633
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CTCAACTGTTGAGCACCACATTGGGTGTGAAAGAGTATGTGGAGAATGAATTCTTGAAAC 600
Query 634 TGGAACAAGAGATATTACTGCCTAACAAAGATCTCTTCTCATCCCGCATAACACTTGATG 693
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 601 TGGAACAAGAGATATTACTGCCCAACAAAGATCTCTTCTCATCCCGCATAACACTCGATG 660
Query 694 ACTTCATATGGGCGTTTGGGATCCTCAAGTCGAGGGCTTTTTCTCGTCTCCGTGGCCAAA 753
||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 ACTTCATCTGGGCGTTTGGGATTCTCAAGTCGAGGGCTTTTTCTCGTCTCCGTGGCCAAA 720
Query 754 ACCTTGTCTTGATCCCTCTTGCAGACTTGATAAACCATAACCCCGCGATAAAGACAGAAG 813
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 721 ACCTTGTCTTGATCCCTCTTGCAGACTTGATAAACCATAACCCCGCAATAACGACAGAAG 780
Query 814 ATTATGCATACGAGATCAAAGGAGCCGGCCTTTTCTCTAGAGATCTCTTATTTTCCTTGA 873
|||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 ATTACGCATACGAGATTAAAGGAGCCGGCCTTTTCTCTAGAGATCTCTTATTTTCCTTGA 840
Query 874 AGTCACCTGTTTATGTTAAAGCAGGTGAGCAGGTATACATTCAGTACGATCTGAACAAAA 933
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 AGTCACCTGTTTATGTTAAAGCAGGTGAGCAGGTATACATTCAGTACGATCTGAACAAAA 900
Query 934 GCAATGCAGAACTTGCTCTCGACTATGGTTTTGTGGAATCAAACCCTAAACGGAACTCAT 993
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 901 GCAATGCAGAACTTGCTCTCGACTATGGTTTTGTGGAATCAAACCCTAACCGGAACTCAT 960
Query 994 ATACTTTAACAATAGAGATACCAGAATCAGACCCATTCTTTGGGGATAAGTTGGATATTG 1053
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 ATACTTTAACAATAGAGATACCAGAATCAGACCCATTCTTTGGGGATAAGTTGGATATTG 1020
Query 1054 CTGAGAGTAACAAGATGGGTGAGACCGGATACTTTGACATAGTAGACGGCCAGACTCTTC 1113
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 CTGAGACTAACAAGATGGGTGAGACCGGATACTTTGACATAGTAGACGGCCAGACTCTTC 1080
Query 1114 CCGCTGGTATGCTTCAGTACCTTCGGCTTGTGGCTCTTGGCGGTCCAGATGCTTTCTTAT 1173
| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1081 CTGCTGGCATGCTTCAGTATCTTCGGCTTGTGGCTCTTGGCGGTTCAGATGCTTTCTTAT 1140
Query 1174 TAGAATCTATCTTCAATAACACCATATGGGGTCATCTTGAATTGCCTGTAAGTCGTACAA 1233
|||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1141 TAGAGTCTATCTTCAATAACACCATATGGGGCCATCTTGAATTGCCTGTAAGTCGTTCAA 1200
Query 1234 ACGAGGAACTCATATGCCGTGTTGTCAGAGATGCCTGCAAATCTGCTCTGTCTGGTTTT- 1292
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 ACGAGGAACTTATATGCCGTGTTGTCAGAGATGCCTGCAAATCTGCTCTGTCTGGTTTTA 1260
Query 1293 GATACGACCATTGAAGAGGATGAGAAGCTTCTGGACA-AAGGAAAGCTTGAGCCTAGGTT 1351
| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1261 G-TACCACCATTGAAGAGGATGAGAAGCTTCTGGA-AGAAGGGAAGCTTGATCCTAGGTT 1318
Query 1352 GGAAATGGCTCTCAAGATAAGGATTGGTGAGAAGAGAGTGCTTCAGCAAATCGACCAAAT 1411
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 GGAAATGGCTCTCAAAATAAGGATTGGTGAGAAGAGAGTACTTCAGCAAATCGACCAAAT 1378
Query 1412 CTTCAAGGATAGAGAGCTTGAACTTGACATTTTAGAGTATTACCAAGAGAGAAGGCTCAA 1471
||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 CTTCAAGGATAGAGAGCTTGAGCTTGACGTTTTAGAGTATTACCAAGAGAGAAGGCTCAA 1438
Query 1472 AGATCTTGGGTTGGTTGGCGAACAAGGGGATATTATCTTCTGGGAAACCAAGTGAGAATT 1531
||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 AGATCTTGGTTTGGTTGGCGAACAAGGGGATATCATCTTCTGGGAAACCAAGTGAGAATT 1498
Query 1532 AGCTTAGCT----T-GTATAGCTTATCCTGCAGAACAAACTCAAGGCTAGAAAGAAAATC 1586
||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||
Sbjct 1499 AGCTTAGCTCAGCTCGTATAGCTTATCCTGCAGAACAAAATCAGGGCTTGAAAGAAAATC 1558
Query 1587 TTTACTGGTTTGGTCTCAGACCACATAGACTTGAATCAACCTCAAGACATCAGAGTTGAG 1646
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 1559 TTTACTGGTTTGGTCTCAGACCACATAGAGTTGAATCAACCTCGAGACATAAGAGTTGAG 1618
Query 1647 AGACCACAATTTGTATGTTAGGCTATTGCCAAAAGCAGGCTTTTT 1691
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1619 AGACCACAATTTGTATGTTAGGCTATTGCCAAAAGCTGGCTTTTT 1663
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 64258243315
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5