BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G15130.1
Length=2823
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg471702 jgi|Araly1|471702|fgenesh2_kg.1__1656__AT1G15130.1 4351 0.0
> Ahg471702 jgi|Araly1|471702|fgenesh2_kg.1__1656__AT1G15130.1
Length=2771
Score = 4351 bits (2356), Expect = 0.0
Identities = 2667/2811 (95%), Gaps = 45/2811 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AAGGAAACCAAAAATCGAAGAAAATTAGAAAAATCGGAAGAGCGATCGAAGAGGATTTTG 60
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AAGGAAACCAAGAATCGAAGAAAATTAGAAAAATCGGAAGAGCGATC------------- 47
Query 61 AACCGCCATGGCTTCTTCTTCGCTCTCTAATCTGATGCTCGCCATTCATGAGAAGAAGAC 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 48 AACCGCCATGGCTTCTTCTTCGCTCTCTAATCTGATGCTCGCCATTCATGAGAAGAAGAC 107
Query 121 GAGCTCCGTTGATCTCTACCGTCCTCTCCGCAACTACGTTACTTTCACCTACTCTGAGCG 180
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 108 AAACTCCGTTGATCTCTACCGTCCTCTCCGCAACTACGTTACTTTCACCTACTCTGAGCG 167
Query 181 CGAGGCTCAGCTTATAGACGACGATCTCGAGACCTTGAAGCAGCTCCGATCCGATATAGA 240
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 168 CGAGGCTCAGCTTATAGACGACGATCTCGAGACCCTGAAGCAGCTCCGATCCGATTTAGA 227
Query 241 ACGCGTTTCC-GATCCTTCTCCAG-CTGCTCGGCGAGACCTTCTCATCTCCTATTACAAA 298
||||| |||| ||||| ||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 228 ACGCG-TTCCTGATCCCTCTCC-GTCCGCTCGGCGAGACCTTCTCATCTCCTATTACAAA 285
Query 299 GTTCTTTGTCTTGTGGAGACGCGATTTCCAATTTCCCCTGACAAGGATCATGTCAACGCC 358
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 286 GTTCTTTGTCTTGTGGAGACGCGATTTCCAATTTCCCCTGACAAGGATCATGTCAACGCC 345
Query 359 GTCTCTTTCGTATGGTACGATGCTTTCAAGCAAAAGCATAAAGCTACTCAGCAGAACATT 418
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 346 GTCTCTTTCTTATGGTACGATGCTTTCAAGCAAAAGCACAAAGCTACTCAGCAGAACATT 405
Query 419 CAT-TTGGAGAAAGCAGCTGTTCTATTCAATCTTGGTGCTAGCTACAGCCAGATTGGACT 477
||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 406 CATCTT-GAGAAAGCCGCTGTTCTCTTCAATCTTGGTGCTACCTACAGCCAGATTGGACT 464
Query 478 CGGTCATGACCGCACCACCGTCGATGGGCGTCGTCAGGCTTCACATGCGTTCATGGCTGC 537
||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 465 CGGTCATGATCGAACCACCGTGGATGGGCGTCGTCAGGCCTCACATGCGTTCATCGCTGC 524
Query 538 AGCAGGGGCGTTCGCTCACTTGAGGGATAACGAGTCCATTAAGGCGACGATCGGGCCGAG 597
|||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 525 AGCAGGGGCGTTCGCTTACTTGAAGGAGAACGAGTCCACTAAGGCGACGATCGGGCAGAG 584
Query 598 CACTACCGTGGATGTGTCGGTTGAGTGTGTTGGAATGTTGGAACGGTTGATGGTGGCGCA 657
| | ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 585 CGCCACCGTGGATGTGTCGGTGGAGTGCGTGGGAATGTTGGAACGGTTGATGCTGGCGCA 644
Query 658 GGCGCAGGAATGTGTCTTTGAAAATACCATTGCTAAAGGAAGTACTCCTGGTGTCTCTGC 717
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||
Sbjct 645 GGCTCAGGAATGTGTCTTTGAAAATACCATTGCTAAAGGAAGCACTCCTGGTGTTTGTGC 704
Query 718 TAAAATTGCTAGGCAGGTTGGCATATTTTATGAGGAGGCTTTATCTGCGCTAATCATTTC 777
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| |||
Sbjct 705 TAAAATTGCTAGGCAGGTTGGCATATATTATGAGGAAGCTTTAGCTGCGCTAATCACTTC 764
Query 778 GCCATTGAAGGATCATTTCGACAAAGGCTGGATTTCTCATGTGCAGCTGAAAGCAGCACT 837
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 765 GCCATTGAAGGATCATTTCGACAAAGGCTGGATTTCTCATGTGCAGCTCAAAGCAGCACT 824
Query 838 CTTCTATGGTGAAGCTTGCTTTAGATATGGAAAAGAGTTGCACGAGAAAGAGGAAATTGC 897
||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 825 CTTCTATAGTGAAGCTTGCTTTAGGTATGGAAAAGAGTTGCACGAGAAAGAGGAAATTGC 884
Query 898 AGAAGAAATTGCACGGCTGAGGAGTGGAGCCAGCCGTTTGGCAGAAGCAAAGAAGTCTTC 957
||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 885 AGAAGAAATCGCACGGCTGAGGAGCGGAGCCAGTCGTTTGGCAGAAGCAAAGAAGTCTTC 944
Query 958 AAGGGGAGCTCCTGCTCAGCTTATAGAAGCGATGAACACACTAGAGTCTAGCATTAATGG 1017
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 945 AAGGGGAGCTCCTGCTCAGCTTATAGAAGCGATGAACACACTAGAATCGAGCATTAATGC 1004
Query 1018 CAATTTGGATAGGGCTGTCAAGGAAAACGACAGAGTGTACCTCATGAGAGTTCCTTCTCC 1077
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1005 CAATTTGGATAGGGCTGTCAAGGAAAACGACAGAGTGTACCTCATGAGAGTTCCTTCTCC 1064
Query 1078 TTCTTCTTTGTCTCCACTTCCCGCCTTCTCAATGGTTAAGCCAATGAACATGACTGATAT 1137
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1065 TTCTTCTTTGTCTCCACTTCCCACCTTCTCAATGGTTAAGCCAATGAACATGACTGAGAT 1124
Query 1138 TTTGGATGCAAGCAAGGAAAAAATGTTTTCAATCCTTGTTCCAGACAGCAGTGCAAAGGC 1197
|||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1125 ATTGGATGCAAGCAAGGAAAAGATGTTTGCAATCCTTGTTCCAGACAGCAGTGCAAAGGC 1184
Query 1198 TCTCTCTAGATACACTGAGATGGTCGATGATGTAATTAGAACTCAGGCGGAGAGATTACA 1257
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 TCTCTCTAGATACACTGAGATGGTCGATGATGTAATTAGAACTCAGGCGGAGAGATTACA 1244
Query 1258 GCAAGCTAGCGAACTAACTCGAGTTAGGCTCAAAGAGATGGATCTTCCAGATTCTATTCT 1317
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1245 GCAAGCTAGTGAACTAACTCGAGTTAGGCTCAAAGAGATGGATCTTCCAGATTCTATTCT 1304
Query 1318 CGCTGTGGATGGTAATTCAGCTCTTCCTGTTGATCTTAAAGAAGATGTAGAAGCTGTTCA 1377
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1305 TGCTGTGGATGGTAATTCAGCTCTTCCTGTTGATCTTAAAGAAGATGTAGAAGCTGTTCA 1364
Query 1378 GATCAGTGGTGGTCCAGCTGGCTTGGAAGCTGAACTGCAGCAACTTAGAGATTTGAAGAG 1437
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1365 GATCAGTGGTGGTCCAGCTGGCTTGGAAGCTGAACTGCAGCAACTTCGAGATTTGAAGAG 1424
Query 1438 GGTTAATCAGGAACTGTTGGTGCACACTGAAGAGCTTTTGCAGAAAGAAGCAACTGAAGA 1497
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1425 GGTTAATCAGGAACTGTTGGTGCACACCGAAGAGCTTTTGCAGAAAGAAGCAACTGAAGA 1484
Query 1498 TTCTCAGTTCAGAAGTCAATTTGGGACTCGGTGGACTAGGCCTCAATCTAGCACACTGAC 1557
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1485 CTCTCAGTTCAGAAGTCAATTTGGGACTCGGTGGACTAGGCCTCAATCTAGCACACTGAC 1544
Query 1558 AAAGAACTTGCAGGATAGGCTAAATCGGTTTGCAGCCAATTTGAAACAAGCTGGCGAAAG 1617
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1545 AAAGAACTTGCAGGATAGGCTAAATCGGTTTGCAGCCAATTTGAAACAAGCTGGAGAAAG 1604
Query 1618 TGATGTTAAGATTGAGCGATCAGTGAGAGATAACTCCGCCCTCATGTCTATTCTTGATCG 1677
|||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1605 TGATGTGAAGATTGAGCGATCAGTGAGAGATAATTCCGCCCTCATGTCTATTCTTGATCG 1664
Query 1678 ACGGCCGATAGAGTCTGCTGTCCCAACTCTTGCTAGGCCAATAATGTCTCTGGACGCAAC 1737
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1665 ACGGCCAATAGAGTCTGCTGTCCCAACTCTAGCTAGGCCAATAATGTCTCTGGACGCAAC 1724
Query 1738 AGAGGATGCTATTGTGGGAACTTTGAAGCAGAGTCTGAGGCAACTGGAAAATCTTGGTGC 1797
||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1725 AGAGGATGCAATTGTGGGAACTCTGAAGCAGAGTCTGAGGCAACTGGAAAATCTTGGTGC 1784
Query 1798 TCAGCGGGCAGGTCTTGAAGACATGCTCAAAGAGATGAAGAGAAAGGATGACATACTGCC 1857
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1785 TCAGCGGGCTGGTCTTGAAGACATGCTCAAAGAGATGAAAAGAAAAGATGACATACTGCC 1844
Query 1858 AAAGCTGATGACCATAACAGGCTCCTATGAAGATATGTTCAGGAAAGAGATATCAAAGTA 1917
||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1845 TAAGCTGATGACAATTACAGGCTCCTATGAAGATATGTTCAGGAAAGAGATATCCAAGTA 1904
Query 1918 TGACCACATTTGTGAAGATATTTCCCAAAACATTGAAGTTCAAGAACAATTATTGATGCA 1977
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1905 TGATCACATTTGTGAAGATATTTCCCAAAACATTGAAGTTCAAGAACAATTATTGATGCA 1964
Query 1978 AATTCAGGCTCAAAATGAAGAGTTTTCAACTATTTTCAATCTTGAAGATTATAAAGCATC 2037
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1965 AATTCAGGCTCAAAATGAAGAGTTTTCAACTCTTTTCAATCTTGAAGATTATAAAGCATC 2024
Query 2038 CAAGGAGAAGTGCTACAAGCAGATTCAAGCTGCAATAATGAAGTATCGAGAGATCAAGGA 2097
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2025 CAAGGAGAAGTGCTACAAGCAGATTCAAGCTGCTATAATGAAGTATCGAGAGATCAAGGA 2084
Query 2098 GAACATCAATGAGGGCCTGAAGTTCTATGTCACTCTCCAAGATGCAATCACGAATGTGAA 2157
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2085 GAACATCAATGAGGGCCTGAAGTTCTACGTCACTCTCCAAGATGCAATCACGAATGTGAA 2144
Query 2158 GCAGCAGTGCAGTGATTTTGTGATGACAAGGAGTATCCAGTGCCGAGATATGATTGAAGA 2217
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2145 GCAGCAGTGCAGTGATTTTGTAATGACAAGGAGTATCCAGTGCCGAGAAATGATTGAAGA 2204
Query 2218 TGTGCAACGACAGATGTCTGGTTTGAGTTTTCAGGATCATAGAAGCTCCGGCCCATACCC 2277
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2205 TGTGCAACGACAGATGTCTGGTCTGAGTTTTCAGGATCATAGAAGCTCCGGCCCATACCC 2264
Query 2278 ATCTGTGCATCAACCAACGGCTTCAAGTCCGCCTCCTCCACCAGAAACTCAGAATCCATC 2337
|||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2265 ATCTGTGCATCAACCAGCTGCTTCAAGTCCGCCTCCTCCACCAGAAACTCAGAATCCATC 2324
Query 2338 TCATCCTCACCCACATGCACCATACTATAGACCGCCTGAGCAGATGTCAAGGCCTGGCTA 2397
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2325 TCATCCTCACCCACATGCACCATACTATAGACCGCCTGAGCAAATGTCAAGGCCTGGCTA 2384
Query 2398 CTCTATCCCACCCTACGGTCCACCTCCCCCATACCATACTCCTCATGGCCAGGCGCCACA 2457
| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | | |||
Sbjct 2385 CACTATCCCACCCTACGGTCCACCTCCCCCGTACCATACTCCTCATGGCCAG-C-C-ACA 2441
Query 2458 ACCATACCCTCCTCAGGCACAGCAACAGCCTCATCCATCATGGCAACAAGGCTCTTACTA 2517
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2442 ACCATACCCTCCTCAGGCCCAGCAACAGCCTCATCCATCATGGCAACAAGGCTCGTACTA 2501
Query 2518 TGATCCGCAGGGACAGCAGCCTCGGCCTCCTTATCCCGGCCAGAGCCCATACCAACCTCC 2577
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2502 TGATCCGCAGGGACAACAGCCTCGGCCTCCTTATCCCGGCCAGAGCCCATACCCACCTCC 2561
Query 2578 TCACCAAGGTGGAGGATACTACAGGCAATGAGTTACTTTGGGAGCAATAAAATTCTGGTG 2637
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 2562 TCACCAAGGTGGCGGATACTACAGGCAATGAGTTACCTTGGGAGCAATAAA-T------- 2613
Query 2638 TTATATATCTATTGTTGTGTTTCCTGTGAGTACTTGATGTGTGTCTATCTCTTTGACATG 2697
|| | ||||||||| |||||||||||||||| | || ||||||| |||||||
Sbjct 2614 --AT-T-------GTTGTGTTTACTGTGAGTACTTGATGGGCGTGTATCTCTCTGACATG 2663
Query 2698 TTTCTGTCA-TGAAATT-GAATATCTGGTTTGATAGTGACTCAAATTCTTTATTCAAAGT 2755
||||| | | ||||||| |||| | || ||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2664 TTTCT-TGAATGAAATTAGAATCT-TG-TTTAATAGTGACTCAAATTCTTTATTCAAAGT 2720
Query 2756 AGAGCCGATGTGATGGATGAGAGTTGTGTAAAGCACGTTATTCATATATAG 2806
|||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2721 AGAGACGATGTGATGGATGAAAGTTGTGTAAAGCACACTATTCATATATAG 2771
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 106538415265
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5